Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
HSALNT0374208
Sequence Length
2763 nt
GC Content
0.4325
UAGUUACUUGGGACAACAGUUUUAGCAGGGCUCUCUUUCUCCUUUCCUGAUCUCUCUGUUAAGCUGCCUGGCUCAUUUGAUAUCACAUCCAAAUUAUCAGCUGAUUGCUCUAUUGUUUUGGACAAUGCCCUGAAGCAUACCAAAAUGUGUCUGGAAUUGGUGGGUUCUUGGUCUUACUGACUUUAAGAAUGAAGUUGCGGACUUUUGCGGUGAUCCACCCUACCACAUAUUGUCUCCUAAUGGCCGUCCAGUUUAUCCUGGAGCCCUUGCAUGACACAGGCCUAUCGAAGCAUAGGAGAUGCCAAUAUUUUACCUCUUGGGUACUUUCUGUGUAGAAGAUUCAUAACAAGAACAAUACUUAUUCUGCAAUUCUUUAUAUAAAGCUAAAAGAAAAUGCAUUCUGCCAACAACUAAUGAGCUUGGAAGAGAACUCCAAACCCCAGAAGAGGCCUGUCACAUUGGCUAACACCUUGAUUUCCACCCACUGAGACCUUGAGCAGAGACUUCAGUUACACCCCACCCAGACUUCUGACCUGCAAAACUUAAGAAGAAAGCCCAAAGACAAAACCAGAGGCAACUGGCUGCUGCAUCGCCCACCUAGUGGCAGUAGUGUGAGCUAUGGACAAAAGAUCUAAGUCUCCAGGACAAAGAGUUGUGCAGCUGCUCAUUUUCCUGUUGACUUCUGUCUAAGACUUGGAGAUGUUUGUAAGAUUGGGACCUACCUACAGAGCUCCAGAGGGAAGUGAGAAGGAUGUUCACUUGCUGGUGAGAGAAGGAGCUGGUUCCAUCCAUUACGCAGUCCCCUGGGAGCGCUAAAUGCAACUUUAUCUCAACGGGGAGUGGACGAUGAGCAGGACGUCGCUAGAGGGAAAGAGCCUCACUUCCCGUUUCCUUUGGCAGCGCCCUUUUCCCGACCUAAGGGAGCAGACCUUCGUUGGUUGGCGUGAGGACUGGCGGGAGAGGUUUUGUGCCAGGAUCCGCACUGUCUGGGGUGAACGCUCCUCACCUUUGACCUGAACCGCCAACUUCCCAUCCUCCACUUUUGGAGAGCGCGCCUGAUAGCUGCUGCCCACCUGGGCACUGACAUCCUCCUUCCGACCGGGUGCGGAGAAAGCACAAAGGAAGUAGACCAAGGAGACUGAAGGUGGUUAUGAAGACUGUGCAUCUCUGAGGACAUCUUAAACAAAGAUGACCCAAAUCUUUGAUCUUCAAAUAGUCGAUGUGAACUGCUUAACAAAAUGCCCUGGGAAAACUCUGUCUGAAACAAGCAGCUUGGGGGUUUGAUUUCAUUAGUUACUGGACAAGAACUGGAAUGGAGUGAAAAAUCUUCAUUCAUUUCUUGGUCAGAUGGAGAGAGGAGAAAAAAAGAAGUGGGUUUCCAUUCACUUCCAUUUUCUAACUGAUCAUUAGUUAGAGAACCUUUGGAAAGGUUUAGCUCAGUUUUUUCUUCCAACUUAUCAGGUUCCUCAAGAAAUUCACUGCCUUGAGAUGACUUUGAUAACCCAUCCAAAUCCAGUGACUUAAAACCGUUAUUACAAGGGCUCUUGCUGUUGUCUGACUCUGACAUCAUUGAAUCCAACUCAGAGAUUUUGUCAAGGUAAGCAGCAUCCAUCGAUGCUUCACUGGAUGUUCUUGUCCGGUUCAUUUCAAAAGAGCGAAUAGAAUUCAACCUUUUGGAUAAACAUAAGCCUGAUUUCUCACUCAAUUUUGAAGAUAUUUCUCCAACAGAAUUUGCUAUCGUGUUCCCCUCUGAACUUUCAAAAUCUAAGUUUUGGGCAUAGCUUGUGGAACAACAGUCCCAAAAUCCUGUCUUUGGGGAAGAAAAACAUUCUGAUUUCUUUUCAUUUUCACUUCUACUUAUAUCAUCUUCUGAAGAAUCUUUAUUAGAAACAUUUGAAGAAUCACAAAAAUCAUCAAACACCAAUUUUCUGAGAUGGUUUGAGUGCUUUUUGGAACCUCCUGCUUGGACCACAGAGCUCUCUCUAUUUUCUGGAGUACUGAGCUGAAGGCAACUAAGGGACAAAGGAGUACAAGGAGCUGGAAGAUCAUAAAGUUCUUCAUCUUUGUAGGGUACACAGUCACUUGGUUUAUUCCCCCAUUCUCUUUCCAAAUAAGUAUCCAUACUUGUAUCUGUCACAUCUAACAUUACUUCUACCUGUUCUUGAUAUAGGUCUUUGUUCUUAGAACAGUUAAGGUCUGCUUUGCUGGUACUUUCCUGCCUUGCAGAACUGGUGUCACACAGUCUGCUGCUGGAAGGCUUCGCUAGGUGAGAAGAACUGGAGGUGGAUGAGCCAGGCUGCUUUCUGGCACUAUCGCCUUGAUUCUUUGACACCACAUCCUCCUCACUGCCUUUGCUCCCUUUGCCAUCUGCAGAAAGUGCUGUCUGGCAAAUGGAAUUCAUAGCUUCUUUCUCUUCACUUGAAUUUUUUAGCUGUGCAACUUGAGAUUCUAGUUCCUCUAUAUACUUAUCACUUCGUUCCAGGGCUUUCUUGAGGCGAUUGGUUUCACGCUCAUACUGUUCUACUUUGGACUGAAGAGCAGCAACUGCAAACCUUCCAAACCUACAAAGAAUGGAAAGAUAGUUAAUCUUAUAACUCAAGCUUUUUUCUUUUCAAGGUUUGAGAGUGCAAACUGUCCCAGGCUAUUCUAAUUUCACCUAACAGUGACAUUUCAGACCACUCAAUGAGUAGGGCAAAUGCCAGAUGUAUAUUUUCAAAAAAUGGUUUCCCCACUUACAUAAUAAUAAACAUAUGAUAAUAAUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-792.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -847.51
Frequency: 0.0000
Diversity: 672.83
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((((((((..((((((.(((((.................((((..((((((((.((((....)))).....((((............))))(((.....))).....(((((((...((((......)))).)))))))......((..(((((((((((..(((.(((..(((((((....)))))))..((((...((.((((........)))).))....))))......(((..(((((......))))))))...(((((..((((((((.((...(((((((((.((((................)))).)))))))))...............................((((.((((((...........))))))..))))....((((........)).))(((((.......)))))......))..))))))))..)))..))))).)))..)).....)))))))))..))...))))))))..))))............(((....))).)))))))))))....((((((((((...(((....((((......))))(((((((............))))))).((((((((.((((((.....((.(((((((((.........(((((((((((((((((((((((((...(((....)))......((((((...((((((.....((......)))))))).)))))))))))))))))(((........))).(.((((((((((((((((((((((((.((((...((.((((((((((..((.....)).......)))))..))))).))...))))...(((.(((.(((((((((((.(((......)))...))))))))))).))).)))............((((((((((((......))))((((((((((.((((((...(((((..((((........)))).....(((((((.......))))))).)))))...))))))..........(((((....)))))((((.((((..((((.(((((((....)))))(((.(((((...........)))))))).(((((.((....((((((((((..(((((..(((((.((..((((((((((((.((((.((((.....)))).((((((((((..........((((((((........((.((((((((....((((.((((((....((((((..(..(((((....(((...(((((..((((..((......(((((((((((((.((((..(((((((.....)))))))..))))......(((((...((((((((((...(((((((((....))))))))).....(((((((((...)))))))))(((((((....))))))).......))))))))))....((((((((((.((((((...........))))))..))).))))))).)))))...(((((((((...............((((.(((....))).))))((.(((.(((((((.((((.......)))).))...))))).))).)).((((((....))))))))))))))))))))))))))))....((((((((((.((...(((.(((..(((.((......)).)))..))).))))).)))..))))))).....((((.....))))..))..))))...))))).)))...)))))....)..))))))))))))...)))).......))))((((((........))))))(((((((..........)))))))......)))).)).(((((.((((((((..(((((.(((.....)))....(((((.((..........)).)))))......))))).)))))))).)))))((((((((....(((((..(((..((....(((((.(((((.....)))))....)))))..((....))..))..))))))))..))))))))..)))))))).........)))))))))).)))).)))))))......)))))..)))).)))..)))))..(((((((....)))))))..((((....(((((....((....((((((.......))))))....))..)))))))))....))))))))))....)).)))))((((...)))).((((........))))..)).))))..))))..)))).((((.((((((.(.(((((((....((((((......))))))....))))))).)))))))..))))......))))))).)))..))))))))((((((...((((......)))).)))))))))))))...)))).)))))))).))))).).......)))))))))))))))))))).))).)).))))))..)))).))))..)))...))))))))))(((((.....)))))..((((.....((((......))))....))))......((((...(((.(((((((..((((((..(((((..(((((......)))))....)))))))))))...))))))).)))))))...)))))))))....((((((.((((......)))).)))..)))........(((((.(((.....((((...................))))..))).)))))............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{,..,,(((({,,.{(((((({((((((.,.{{...........,,||..,|||||||}||}}}.{{((((((.((((((............)))))).))},{{|{{{{{{(((((((...((((......)))).))))))){,(((((({,{.(((((((((..(((({{,.,(((((({....})))))}{.(({{...((.((((........)))).))....|||}.,,,,.(((..(((((......)))))||}.,||..{{,,{(((((((.{{...(((((((((.((((.,............,,)))).))))))))).,,.,.,,,......,||,.........,,,|(((.((((((.........,,))))))..)))}.,,,{(((........}}.)}{((({.,....,))))}......}}..))))))))..}},.|}},,..,}}..},...,,},,,},}})}}))..}))),}}}}..))}),......,,,,}(((....)))..,,..........,}|||{{((((,...((({...((((......)))).((((((.((,.,{,,,.(((((.({(((((((((({{{{{(((,....(((((((((.(((((.{{.((((.((...|}.}))).}},)))))..(((....)))..)))))))))..},)))))}....{((({{{..|||,,{((((((..(((.(((((((.{((.,{((.,,...{{{((((((((((((((((((((((((.{{{{...((.((((((((((,.{,.....)).......)))))..))))).))...|}}|{{.(((.(((.(((((((((((.(({......}))...))))))))))).))).))).,},.......,((((((((((((......)))}((((((((((.((((((...(((({..((((.,,,....}|||...,.{((((({.......)))))},.)))))...))))))..........(((((....)))))((((.((((..((((.|,(((((....))))),.,.,,,{{,,...,.,...))|,((((.(((((.((....((((((((((..(((((..(((((.((..((((((((((((.((((,((((,...,)))}.((((((((((........,.((((((((....,{{,{{,((({{{({{{,......{((((({{{,{,,,{{{{(,.{{,,,,,{|{{|...{{(({||{{{{..,,..,{,,(((((((((((((.{((({{((({{{{....,))))))).,)))||,....{((((.|.{{(((((((({,.(((((((((....)))))))))...,,(((((((((...)))))))))|{(((((....)))))}}.......))))))))))}...{(((((((((.((((((...........))))))..))))))))))).)))))...(((((((((.........{{{,..((((.(((....))).)))).|}||{.(((((((.((((.......)))).)),..))))).))).,,.((((((....))))))))))))))))))))))))))))...,((((((((((.({..,(((.(((..(((.((......)).)))..))).))))).)))..)))))))|....{((({{{{{{{,|{{{{..||,|{{{{||||,|,|,,,|||||......,)))))})))}}}.,.,,||}}}}},,},}}{{||||.,.,}},.,}))))|||((({.......,|,,,,,}},,}...,}}}}.}}.(((({.{(((((((,.(((({.(((,,...})}....,{|||,||.,.....,,.}|.||}},......}}}}}.)))))))).))))){{{{{{{{..,,{((({.,{((..((.,||(((((.(((((.....)))))....)))))..,|....)).,)),.)))))))),.))}}))))..))))))))...,,....)))))))))).)))).)))))))......)))))..)))).)))..)))))..(((((((....)))))))..,(((....,,,,|,,..,,....({((((,,,....|}}}}}...|)),,,,)))))))....))))))))))..,.)).)))))}))}...(((({{(((........)))))))).))))..))))..)))).((((.((((((.(.(((((((..{.((((({......}))))).,..))))))).)))))))..))))......))))))).))).,))))))))|(((((...((({....,,)})}.)))))})))))))...}))))))))))))},)))}.{{{{{{{..|||.,,},,,}}.))))))),)))......)))..))}.))))))).)))..))))))}..|||||,....})))))}.))))))))))}}))))).,))...},.}})))))}..((((...(((.(((((((..((((({..(((((..(((((......)))))....)))))))))))...))))))).)))))))...)))),,,))}}.}}}}..,.((((......)))).)))}}))),,||.....|}))})||}}}..))||}.,,..,,,,.........}}|,..,))}).,,,,.............,.,...........
Back