Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000155.4
Sequence Length
1756 nt
GC Content
0.5473
AGAUUUUCCAGCGGAUCCCCCGGUGGCCUCAUGUCGCGCAGUGGAACCGAUCCUCAGCAACGCCAGCAGGCGUCAGAGGCGGACGCCGCAGCAGCAACCUUCCGGGCAAACGACCAUCAGCAUAUCCGCUACAACCCGCUGCAGGAUGAGUGGGUGCUGGUGUCAGCUCACCGCAUGAAGCGGCCCUGGCAGGGUCAAGUGGAGCCCCAGCUUCUGAAGACAGUGCCCCGCCAUGACCCUCUCAACCCUCUGUGUCCUGGGGCCAUCCGAGCCAACGGAGAGGUGAAUCCCCAGUACGAUAGCACCUUCCUGUUUGACAACGACUUCCCAGCUCUGCAGCCUGAUGCCCCCAGUCCAGGACCCAGUGAUCAUCCCCUUUUCCAAGCAAAGUCUGCUCGAGGAGUCUGUAAGGUCAUGUGCUUCCACCCCUGGUCGGAUGUAACGCUGCCACUCAUGUCGGUCCCUGAGAUCCGGGCUGUUGUUGAUGCAUGGGCCUCAGUCACAGAGGAGCUGGGUGCCCAGUACCCUUGGGUGCAGAUCUUUGAAAACAAAGGUGCCAUGAUGGGCUGUUCUAACCCCCACCCCCACUGCCAGGUAUGGGCCAGCAGUUUCCUGCCAGAUAUUGCCCAGCGUGAGGAGCGAUCUCAGCAGGCCUAUAAGAGUCAGCAUGGAGAGCCCCUGCUAAUGGAGUACAGCCGCCAGGAGCUACUCAGGAAGGAACGUCUGGUCCUAACCAGUGAGCACUGGUUAGUACUGGUCCCCUUCUGGGCAACAUGGCCCUACCAGACACUGCUGCUGCCCCGUCGGCAUGUGCGGCGGCUACCUGAGCUGACCCCUGCUGAGCGUGAUGAUCUAGCCUCCAUCAUGAAGAAGCUCUUGACCAAGUAUGACAACCUCUUUGAGACGUCCUUUCCCUACUCCAUGGGCUGGCAUGGGGCUCCCACAGGAUCAGAGGCUGGGGCCAACUGGAACCAUUGGCAGCUGCACGCUCAUUACUACCCUCCGCUCCUGCGCUCUGCCACUGUCCGGAAAUUCAUGGUUGGCUACGAAAUGCUUGCUCAGGCUCAGAGGGACCUCACCCCUGAGCAGGCUGCAGAGAGACUAAGGGCACUUCCUGAGGUUCAUUACCACCUGGGGCAGAAGGACAGGGAGACAGCAACCAUCGCCUGACCACGCCGACCACAGGGCCUUGAAUCCUUUUUUGUUUUCAACAGUCUUGCUGAAUUAAGCAGAAAGGGCCUUGAAUCCUGGCCUGGAAUUUGGGCAGAUAUAGCAUUAAUAAAACUGUGCAUCUCAAACUUUUAUCACAUACUCUAAUAUCAGAGGAGUGUGAACCUUCAGAGAUCUAGGGUUAAAAGCUAAAGGCAUAGCUCCAGCUACAACUUUUCUUUGUCUACAGAUGUGUAAAAUCUUGAUGCAAAAAUCUACCCCAAAUUUCUGAACAAAAUUAAUAUUCAGUAUUAUAUCUAGCCUAUAGAUUCUCUUACUCUUGGUGUAAUGACAGCAUUCCCAGUUUAGGAAACUGUUUUAAAAUCUUGUGUCUUGGUUGUGGCUGAGGCUUUGGGAAGGCCAGAGCCCCCUUUGCCACCACCCCUAGGGUGUCAGCUCCAAGCCUGGGCCUGAGGGUUUGAUGGGGAGCGGGUGAGCUGGAUCCUGAUCCCAGUGGUCAGUGGCCAGAUCCUGGGCUGCUGGCCAGAACCCUGGCUUUGUGAGUGGCUGCAGCUUGGCUCUGCUCCAGCCCACAGGGGCUAAAGGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-638.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -667.50
Frequency: 0.0000
Diversity: 481.86
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
............(((((((((((.((.....(((.(((..(((...(((..((((....(((((....)))))..))))))).)))))).))).....)).))))).....(((.((((((((..(((((.((..((......)).))))))))))))))))))((((((((..((((.(((((.(((.(((((((.(((.(.((((((((((((((.(((((...((((.((((((((.......((((((((..((((((((.((((......))))((((((.(((........)))..))))))..((((((((((((......(((((....)).)))..((((...((((((((((..((((.......((((((..((((.....)))).)))))).......(((..(((((.((((((...))).))).)).)))..)))..))))...))).)))).)))..))))))))))))).)))..)))))))).))))))))....((((((...))))))..))))(((..((((((....))))))))))))).)))))))))...........(((((.((((((((.(((((..((((....))))........)))))))((.((((((...(((((((((.......(.((((((.(((..((((.((((..((((((((...((....))...))))).((((((...(.(((((.(((((((((....))))))))).))))).).))))))((((......))))..((.(((...((....))...))))))))..)))).))))..))).))))))))))))))))(((((((..........))))))).....)))))).)).......(((...(((...)))..)))....(((........)))))))))))))).(((....)))))))))))))))))).))).).))).))).)))..)).)))))))..........(((((((((..(((.((.((((((.....(((.(((((..((.(.....(((((((((((....(((....)))...)))))))))))....))).))))).)))..((.(((.((((........)))).))).))..)))))))))))..))).((((((((((((((.((((....((((((((........(((((((((....((((...))))....))))))))))))))))).....)))).)))...))))))((((...((((..........))))))))..........((((((.((((......))))..))))))((((((((.(.((((((.((...((((...((((.((...(((((((((((..........((((....)))).......(((((((..........((..(((((((((.............((((....(((((.....))))).....))))..(((.(.((((....)))))))))))))))))..))..........)))))))..))))))))))).((((((((.....))))))))..)).))))..(((((...)))))..))))..)).)))))))))))))))..))))))))))))))))))))))))).........((((((((((((........))))))))))))...(((((.(((((((...(((((.(((........))).)))))))))))).)...))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
......,,,,,,{{(((((((((.((.....{((.((({.(((,..(((..((((.,..(((((....))))),.))))))).}})))).)),}},.})}.))))).....((,{(((((((,.,(((((.((.,({......)).)))))))))))))))))){(((({((.,{({{{(((((.(((,(((((((.(((.(.((((((((((((((,{{({{.,,((((,(((((({{.{{,,..((((((((..((((((((.,{((.,,.{{|||,((((((.(((........)))..)))))).}}||},|.((((({{....({(((..,,|||,}}..((({...((((((((((..((((.......((((((..((((.....)))).)))))).......(({,,{((((.((((((...))).))).))},)).})))..})))...)))}}})).)))..)))).)))))))..)),,})))))))).)))))))).|.,||||((((({,,,,.,})))){{,.{((((((....)))))))}})))).}))))})}},,.........(((((.((((((||.{((({..((((....))))........)))))}}((.((((((...(((((((((.......{.((((((.,{(,{((({{((((..,(({,,,,,}.{{,..})).}}),))).((((((...(.(((((.(((((((((....))))))))).))))).).))))))((((......))))..,({(,,.,{(({{{{||{..,,,)))),..))))}))}}..))).))))))})))))))))(((((((..........))))))).....)))))).)).......{{{...{{{...)))..)))....(((........)))))))))})))).(((....)))))))))))))))))}.))).},,)).})),)||,.|}.|))}}},.......,,.{((((((((,.{{{|((,{{({{{,.....,{.||||||||,.......(((((((((((....(((....)))...))))))))))).,|,},|||.||.||||..{{.(((.((((........)))).))).}}..||}||||||}}..}},.{{{{{{{{{{{(((.((((....((((((((,.......{((((((((....((((...))))....))))))))))))))))).....}))).)}|,,,|||||}((((...((((,,........}}|}||||..........{(((((.((((......))))..)))))|{(((((((.{.{{{{((|{{...((({,.,({{,,{(|..,{||||{{{||,,.,,||,..,,{{||,.}}},....,,,|||||{,..,,,,..,,||,,||||{{{{,..........,,.||{{,,,.(((((.....)))))..,..}}},..{||||}|||({{{,}}||||,,},,},)))).}))},........}})))}}..})}}|||||}|.((((((((.....))))))))..}}.,))),,{({((...))))),,)))),,)),))}))))))}}})))},})))))))))))))))))))))}}}||....,,.((((((((((((,,...,,.))))))))))))...((((({(((((((...(((((.(((........))).))))))))))))}))..})))
Back