Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000161.3
Sequence Length
2916 nt
GC Content
0.4297
AGCCUGUGGCCGCUCCCGGCUCGGAGUGUGAUCUAAGCAGGUUGCGUACCUUCCUCAGGUGACUCCGGCCACAGCCCAUUGUCCGCGGCCACCGGCGGAGUUUAGCCGCAGACCUCGAAGCGCCCCGGGGUCCUUCCCGAACGGCAGCGGCUGCGGCGGGUCCAUGGAGAAGGGCCCUGUGCGGGCACCGGCGGAGAAGCCGCGGGGCGCCAGGUGCAGCAAUGGGUUCCCCGAGCGGGAUCCGCCGCGGCCCGGGCCCAGCAGGCCGGCGGAGAAGCCCCCGCGGCCCGAGGCCAAGAGCGCGCAGCCCGCGGACGGCUGGAAGGGCGAGCGGCCCCGCAGCGAGGAGGAUAACGAGCUGAACCUCCCUAACCUGGCAGCCGCCUACUCGUCCAUCCUGAGCUCGCUGGGCGAGAACCCCCAGCGGCAAGGGCUGCUCAAGACGCCCUGGAGGGCGGCCUCGGCCAUGCAGUUCUUCACCAAGGGCUACCAGGAGACCAUCUCAGAUGUCCUAAACGAUGCUAUAUUUGAUGAAGAUCAUGAUGAGAUGGUGAUUGUGAAGGACAUAGACAUGUUUUCCAUGUGUGAGCAUCACUUGGUUCCAUUUGUUGGAAAGGUCCAUAUUGGUUAUCUUCCUAACAAGCAAGUCCUUGGCCUCAGCAAACUUGCGAGGAUUGUAGAAAUCUAUAGUAGAAGACUACAAGUUCAGGAGCGCCUUACAAAACAAAUUGCUGUAGCAAUCACGGAAGCCUUGCGGCCUGCUGGAGUCGGGGUAGUGGUUGAAGCAACACACAUGUGUAUGGUAAUGCGAGGUGUACAGAAAAUGAACAGCAAAACUGUGACCAGCACAAUGUUGGGUGUGUUCCGGGAGGAUCCAAAGACUCGGGAAGAGUUCCUGACUCUCAUUAGGAGCUGAGCUUCAUUCAGUGUGUGUGCGUUGGUUGCCGAUCGUACUGCCAGUAGCAUUGUCUGUCUGUCCGGUCUUGUUUGUACAUUCCAUUUUCAAUUGUUACAGAUGUGAACUUUAUUCCUUGUCACUAAUUAUAUUUAAAAUUAUUUCUAGGAAGUCAAAUAAAUAUAAUAAAGGGUUGAGCCCUCUACUUUCUUCUUGCCACCUUUUUGUGGCAAUAUUAAAGUGAACUGCUAAUAGUGUAAGUACGUGCACAAAACCACUGCCAGAUAACCAGAGGGGCCUGGGAAGGGAGAAGAAUUAGUGUAUUUUUUUCAAAUAGUACAGUAAUUUGCCUCAUAAGCAUAGGAGCAUUGGGAAUGAGAGGGAACUGUGCCCAGUAUACUGUUUUUUUUCUUCCUCCAAUAAAAGUGGUGUAGUGCCGAAAGUGCUAAAAUAUUUAGUGCGGUAUUGCUCUGUGAAUUCAAGUUCAACAGACUUCACUUUGGUCAUGUUUAUUAAACCACCAGUGACAUUUAAAAAUAUAUUUUUAGCAGUCGUAAUGUUAGUCACCAAGGGAAGGUGGUGGAAUGUCUAUGUUUUUGAUUUUACUGUGAGUUAAAAAGGCACAUUUCUACCUUCUAUUGUUUUUAAAUUCAAGAAUAGGGAAUUAGUUCCUGGUGUUGUUUACGAGUGUAUUCUCGUGUCAACAUACAGGGAUUUAGACAUUUAACUCUCUGUGCCUUGAUAAGAAUAUCAUUUAGAGUGUAGAUACUUUUGCCUUUUUAAAAAAGCCAUUAUUUUAUGAGACUUAGUACUCACACUGCAAAUAACUAGUCAGCUCAGUUUUAACUUUAUAGGUUUAUUGAGUUUCCUUUGUGUGAUCCAUGUAGAUGCCUCAAAAUGUUUCUUCUUCUUCUUUUUUUUAAUCUUAUAAGAUAUUUUUCUAAGUAUUUCCAGAAACAUUUGAGAGUGCCCAUCAUUUUCAGGUCUGCAGAACCAUAGCUUCCACGCACCUGAACGAGCACAGAAUGAACUGACGGUGGAAGACAUUAUGAGCUGUGUCCAACGUUUUAACCAAAGCGUAUCGUACCAACGAUCUGUGAAAAUGCACUGGAAGCUUCUGGUCCCGGUUUCCUUUGUGGUCUAUGUGGGUCUUGUCCUCAUUGUAACUCCGUAUAGAUGGUAUAGGUAUUUUAAUCCUGGAAGCUGUUGCCUUAUUAAUGAUUAUCUUAAAAUUUCCUCCAUUGGGGCAGCGUGGGCCAAAUUAAAACAAACAAAACCGCAACUCCUCCACAGAAACACAAACACAGUUAUUCCAUGAAGUUUAGUAUUUGGUUGACAUAGUGCUCUUCAAAUUCAUCCCAUUACCCUAAAAGUAAUAACUUUGAUGCUUGCUUUAACUUUAGUCCCAUCUCUGCCACUUUGAUGCUAUUUGGGUUAUGAUGGGGCAAGAUGGCAGAGGUAUUGGGUUUUUUUGUUUUUUUCCAUUCCUCUCUACUUCUGUUUCCUAGCUUUUUCUUUCUGGAGUUUAAGUACAGUGAUGGUUGGCUUGAGUACCUUUUUAAAUCUAGCCCAGUAUAAACAUUAGCCUGCUUAAUAUUUAGACAUUUAUAGGUAGAAUUCUGAGCACUCAACUCAUGUUUGGCAUUUUAAAGUAAAAACAAGUGUGACUUCGAGGACCAAAGAAAUUGUCAGCUAUACAUUUAUCUUUAUGAACUCAUUUAUAUUCCUUUUUAAUGACUCGUUGUUCUAACAUUUCCUAGAAGUGUUCUUAUAAAGGUCUAAUGUAUCCACAGGCUGUUGUCUUAUUAGUAAAUGCAAAGUAAUGACUUUGUCUGUUUUACUCUAGUCUUUAGUACUUCAAAAUUACCUUUUCAUAUCCAUGAUCUUGAGUCCAUUUGGGGGAUUUUUAAGAAUUUGAUGUAUUUCAAUACACUGUUCAAAAUUAAAUUGUUUAAUUUUAUGUAUGAGUAUGUAUGUUCCUGAAGGUGGUCCUAUUUAAAUUAUUAAACUAUUGUAACUUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-888.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -941.68
Frequency: 0.0000
Diversity: 906.29
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((.((((((((....(((.(((((((((((((....))))))).(((((.....))))))))))))))(((......)))..)))))))).)))..(((((((((((((.((.....(((((.(((((....)))))...))).)))))))))))((((((........))))))....(((((..(((((((....((((((((.(((..((......)).))).))))..))))..)))))))..)))))((((.....))))((.((((((.....((.((((.((((((......(.(((((((((.....)).(((.(((((((.(((...((.((.((((((.....(((......))))))..))).)).)).)))..))))))).)))...((.(((((((.(.....))))))))))..))))))).).....((((....)))))))))))))).))...)))))).)).((((((((((((((..((((((((((.(((((((.(((...........(.(((((((((((((((.(((((((.(((((.((..(((((((((((((((.(((.((..(((.(((((((..((((((((.((((((((...)))..))))).))))))))(((....))).((((.(((....))))))).((((((...((((...))))...))))))(((((((.(((.............(((((....)))))...((((((..((.(..(((((((.(((..((((((((((...(((...(((((.(((((((.((((.(((.(((((((..........((((.((((.((((((.((((((((((((....(((....)))((((((((.(((((((...))))))).)))..)).)))((((((.....))))))....(((((((((...)))).))))).)))..))))))))))))...))))))).)))))))))))))))))).))).....)))).)))))..........((((.(((((((((((((((.....(((((...)))))....))))))))))..(((((...))))).((((((..(.(((((((......))))))).)..)))))).........)))))))))....)))....)))))))))).)))..)))...(((((((((((.((((..((((((.((((((..........)))))).))))))..))).........((.((((((((((.(((((((((((((((...)))))..)))))))))))))))(((.......))).((((((((....((((((((...))))))))))))))))(((((((((....)))).)))))..(((((.((((............))))..)))))....((((((....))))))(((.((...(((...(((((((((((((.((((((((.((.(((.((((((((..(....((...(((((((((((....(((((.(((((.((((((((...(((((.(((((((.((((((((((((((((..((((((......)))))).)))))).))))))).........))).)))))))..))))))))))))).....))))).)))))......)))))))))))....))....)..))).))))).))))).)).)))))).............(((((((...(((((...))))).))))))))))))))).))))).)))...)))))((((((.(((((((.......(((.......((((....))))........))).......))))))))))))))))))))..).)))))))))))))))..)))..)))))).))).))))))))))).)))..))).)).))))))))))))))....((((((((...(((((((....))))))).((((....))))((((((.............(((((((((.........(((.(((.((((((((((((..((....)).....)).)))))))))).))).))).........)).)))))))(((((((...(((((...................))))))))))))((((.....................))))........)))))).......))))))))......(((((...((((((((.....)).)))))))))))........(((((((....(((((....)))))......(((((.((((((((.((((((...(((.(.............))))...))))))((.((..((((((((((..(((.....................)))..))))))))))..)).)).........)))))))).)))))..)))))))..((((.((.............)).))))....(((((((.(((((((....((((((((((.((((((((((((((.(((((((.........))))))).))))))...((((((..(((((((....(((..(.(((((((.(((.......))).)).)))))..)..)))..)))))))..))))))..(((.....)))..((((((((...)))))))))))))))).)))))).))))...))))))).))).)))).((((((.(((((((....)))))))....))))))...))))...)).))))).))))))).))))))...))))))))).))))..))))))).))).....((((..(.(((((....)))))).))))(((((((((...))))))))).....)))).)))....)))))...)))))))))...........))))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((.((((((((....(((.(((((((((((((....})))))).{((({.....))))}))))))))){(({.....})}..)))))))).))){{((((,.(((((((.((.....(((((.(((((....)))))...))).)))))))))))((((((........)))))).,,.(((((..(((((((....((((((((.(((..{(,...},.,.))).))))..))))..)))))))..))))){||({{(({(((((((((.{......))))(({{,{,||||.,{.{|{||((((({||...,}))}|,,.((((((({(((...{(,({.((((((.....{,{.....,))))},..}}),)).)),))}..})))))).||||{,((,(((((((.{.....,))))))))}..||||||},,.....((((....)))))))),})))).,|||||}||||.(((((((((,,{,(((((.(((.((..(((((((..((((((((((.,,{,(({(..,}))},|,,,.})))),}))))..))))))).}}.|||.}}}}),,|{(,((({.,,,..,,}}}}},|(((((((.((((((({...}))..))))).))))))),..)))))))))((((.(((....))))))),{(((((...,||}}}|}|}}.,,))})},|||||||,|||}}},.........(((((....))))}...{{,,,|},||}|}}||}||||.{{{{{((((((((,({{{(({,{{(,{{{,|||{{{{.{{||,{,(.(((,((.....}}.}}},|,,,(((({(,(((({(,,,||||||,(({{{((,{{({{||,{{..{{{,{{{{({,.{{|||||||.,,,..})})))|||,{{||||.,,||||{{{,(((((((((...)))).))))).|}|{,|,}}}}}}}})).,.}}}}}}},|||||||||||}}|||||.,}}...,,}}}),))|||..,.....,,{{{{,|{{{{((((((((((.....(((((...)))))....))))))))))..(((((...))))).((((((..{.(((((((......))))))).}..)))))).,{{{{,,.,}|||||,,...,)))}}..,||||||}||,|}|..|||,..|||,||||{{,|{(((..((((((.((((((.,.....,,.)))))).))))))..)))....,{.,,{{,{{{{{((({{.(((((((((({((({...}}}))}.))))))))))))))}||,....,||||},((((((((,...((((((({...})))))))))))))))(((((((((....)))),}))))..{||||,|(((...{{{,...,,)),)|||}}|},,,.{,,,,,....,}})))|||||{,,.{{{,|,||((((||||||({(((((((({.(.((({(,((({(,......{(({{{(((((((((((....(((((.(((((.((((((((...(((((.(((((((.((((((((((((((((..((((((......)))))).)))))).))))))),........})).)))))))..)))))))))))}}..,..))))).)))))......))))))))))}..,,||{{{......)}),),),),,.}}}}})}|}||........,{..{(((((((...((((,...})))).)))))))),,))}}),))}}}.}}|,..|||||(((,((((((((((.......(((.......{(({....)))}........))).......))))))))))}})||||}...,},}}}}}})}},,})))}}.))}}))))))}),)))))},}}}}}},|||..}},,))}}}))))),}}}|}|,,,}|,||)}||,..(((((((....))))))){((((....))))},,,,,...}}})))})},{||||{{{{,,,,,|...(({.{{{.((((((((((({..,{....,,..,..}}.)))))))))).)}}.))).........})})))))))(((((((({..,,,(,..................,,,))))))))){{{{.,,........,.,,,....,)))}...}}}}}).}.},,,}}},..)))))))......(((((...(((((({(.....)}.)))))))))))..,}}}..}}}}}}}}}}.(((((....))))).{{{{{((,(({.{(((({((((((((...(((.,..,,....,,...,)))...)))))))),||..|||{|||({(.,(((......,,........,,..})}}.,}}}))})}}},,{|{,{{.......{{||||,,|,{||||.,}||||||,,((((.((.........,,..}).)))).,..,,,,{||}||{,,||}}}}|,,||||||{..,,{,||{|||{{{.{(((({{.....,...}))}}}).,},,))}}}}.}}}.))))}}}|}}},,,(({{({(((((...,{{{{{,{{{|||{|.,|||||{{{{.,{{{{|,|,,.,..,,,..}}}|||,,,..}},,.{(((((((...)))))))},)))))))}))}})),)))}...}}))))).,})}}},,.((((((.(((((((....)))))))..,,}))))).,|},,,,},},.|||||.|,,|||,.,|{{{{,..||}}}||||{{{(((......,)))),,,,}}||,{,,{,(((({....})))}..,,}}{{(((((({...})))))))),}}}})))).}}))}.,)},})))})})))))))...........}}}},....,,,.....
Back