Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000165.5
Sequence Length
3083 nt
GC Content
0.4045
AAAAGCUUUUACGAGGUAUCAGCACUUUUCUUUCAUUAGGGGGAAGGCGUGAGGAAAGUACCAAACAGCAGCGGAGUUUUAAACUUUAAAUAGACAGGUCUGAGUGCCUGAACUUGCCUUUUCAUUUUACUUCAUCCUCCAAGGAGUUCAAUCACUUGGCGUGACUUCACUACUUUUAAGCAAAAGAGUGGUGCCCAGGCAACAUGGGUGACUGGAGCGCCUUAGGCAAACUCCUUGACAAGGUUCAAGCCUACUCAACUGCUGGAGGGAAGGUGUGGCUGUCAGUACUUUUCAUUUUCCGAAUCCUGCUGCUGGGGACAGCGGUUGAGUCAGCCUGGGGAGAUGAGCAGUCUGCCUUUCGUUGUAACACUCAGCAACCUGGUUGUGAAAAUGUCUGCUAUGACAAGUCUUUCCCAAUCUCUCAUGUGCGCUUCUGGGUCCUGCAGAUCAUAUUUGUGUCUGUACCCACACUCUUGUACCUGGCUCAUGUGUUCUAUGUGAUGCGAAAGGAAGAGAAACUGAACAAGAAAGAGGAAGAACUCAAGGUUGCCCAAACUGAUGGUGUCAAUGUGGACAUGCACUUGAAGCAGAUUGAGAUAAAGAAGUUCAAGUACGGUAUUGAAGAGCAUGGUAAGGUGAAAAUGCGAGGGGGGUUGCUGCGAACCUACAUCAUCAGUAUCCUCUUCAAGUCUAUCUUUGAGGUGGCCUUCUUGCUGAUCCAGUGGUACAUCUAUGGAUUCAGCUUGAGUGCUGUUUACACUUGCAAAAGAGAUCCCUGCCCACAUCAGGUGGACUGUUUCCUCUCUCGCCCCACGGAGAAAACCAUCUUCAUCAUCUUCAUGCUGGUGGUGUCCUUGGUGUCCCUGGCCUUGAAUAUCAUUGAACUCUUCUAUGUUUUCUUCAAGGGCGUUAAGGAUCGGGUUAAGGGAAAGAGCGACCCUUACCAUGCGACCAGUGGUGCGCUGAGCCCUGCCAAAGACUGUGGGUCUCAAAAAUAUGCUUAUUUCAAUGGCUGCUCCUCACCAACCGCUCCCCUCUCGCCUAUGUCUCCUCCUGGGUACAAGCUGGUUACUGGCGACAGAAACAAUUCUUCUUGCCGCAAUUACAACAAGCAAGCAAGUGAGCAAAACUGGGCUAAUUACAGUGCAGAACAAAAUCGAAUGGGGCAGGCGGGAAGCACCAUCUCUAACUCCCAUGCACAGCCUUUUGAUUUCCCCGAUGAUAACCAGAAUUCUAAAAAACUAGCUGCUGGACAUGAAUUACAGCCACUAGCCAUUGUGGACCAGCGACCUUCAAGCAGAGCCAGCAGUCGUGCCAGCAGCAGACCUCGGCCUGAUGACCUGGAGAUCUAGAUACAGGCUUGAAAGCAUCAAGAUUCCACUCAAUUGUGGAGAAGAAAAAAGGUGCUGUAGAAAGUGCACCAGGUGUUAAUUUUGAUCCGGUGGAGGUGGUACUCAACAGCCUUAUUCAUGAGGCUUAGAAAACACAAAGACAUUAGAAUACCUAGGUUCACUGGGGGUGUAUGGGGUAGAUGGGUGGAGAGGGAGGGGAUAAGAGAGGUGCAUGUUGGUAUUUAAAGUAGUGGAUUCAAAGAACUUAGAUUAUAAAUAAGAGUUCCAUUAGGUGAUACAUAGAUAAGGGCUUUUUCUCCCCGCAAACACCCCUAAGAAUGGUUCUGUGUAUGUGAAUGAGCGGGUGGUAAUUGUGGCUAAAUAUUUUUGUUUUACCAAGAAACUGAAAUAAUUCUGGCCAGGAAUAAAUACUUCCUGAACAUCUUAGGUCUUUUCAACAAGAAAAAGACAGAGGAUUGUCCUUAAGUCCCUGCUAAAACAUUCCAUUGUUAAAAUUUGCACUUUGAAGGUAAGCUUUCUAGGCCUGACCCUCCAGGUGUCAAUGGACUUGUGCUACUAUAUUUUUUUAUUCUUGGUAUCAGUUUAAAAUUCAGACAAGGCCCACAGAAUAAGAUUUUCCAUGCAUUUGCAAAUACGUAUAUUCUUUUUCCAUCCACUUGCACAAUAUCAUUACCAUCACUUUUUCAUCAUUCCUCAGCUACUACUCACAUUCAUUUAAUGGUUUCUGUAAACAUUUUUAAGACAGUUGGGAUGUCACUUAACAUUUUUUUUUUGAGCUAAAGUCAGGGAAUCAAGCCAUGCUUAAUAUUUAACAAUCACUUAUAUGUGUGUCGAAGAGUUUGUUUUGUUUGUCAUGUAUUGGUACAAGCAGAUACAGUAUAAACUCACAAACACAGAUUUGAAAAUAAUGCACAUAUGGUGUUCAAAUUUGAACCUUUCUCAUGGAUUUUUGUGGUGUGGGCCAAUAUGGUGUUUACAUUAUAUAAUUCCUGCUGUGGCAAGUAAAGCACACUUUUUUUUUCUCCUAAAAUGUUUUUCCCUGUGUAUCCUAUUAUGGAUACUGGUUUUGUUAAUUAUGAUUCUUUAUUUUCUCUCCUUUUUUUAGGAUAUAGCAGUAAUGCUAUUACUGAAAUGAAUUUCCUUUUUCUGAAAUGUAAUCAUUGAUGCUUGAAUGAUAGAAUUUUAGUACUGUAAACAGGCUUUAGUCAUUAAUGUGAGAGACUUAGAAAAAAUGCUUAGAGUGGACUAUUAAAUGUGCCUAAAUGAAUUUUGCAGUAACUGGUAUUCUUGGGUUUUCCUACUUAAUACACAGUAAUUCAGAACUUGUAUUCUAUUAUGAGUUUAGCAGUCUUUUGGAGUGACCAGCAACUUUGAUGUUUGCACUAAGAUUUUAUUUGGAAUGCAAGAGAGGUUGAAAGAGGAUUCAGUAGUACACAUACAACUAAUUUAUUUGAACUAUAUGUUGAAGACAUCUACCAGUUUCUCCAAAUGCCUUUUUUAAAACUCAUCACAGAAGAUUGGUGAAAAUGCUGAGUAUGACACUUUUCUUCUUGCAUGCAUGUCAGCUACAUAAACAGUUUUGUACAAUGAAAAUUACUAAUUUGUUUGACAUUCCAUGUUAAACUACGGUCAUGUUCAGCUUCAUUGCAUGUAAUGUAGACCUAGUCCAUCAGAUCAUGUGUUCUGGAGAGUGUUCUUUAUUCAAUAAAGUUUUAAUUUAGUAUAAACAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-837.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -899.37
Frequency: 0.0000
Diversity: 962.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((...(((.....(((((((((.(((((((((((((((((((.((((...((.((...(((((((((.((((........((((.((.((((((((..(((....(((.(((((.((.......((((...(((((((......)).))))).))))...((((((((((......))))))))))((((.......)))).....((((.(((...)))...))))((((..((((....))))..)))).))..))))).)))....)))..)))).)))).))))))...)))).))))))))).))))((((((((((.(((((....((((((((((((((((.....(((((........)))))..(((((.((((.((((......))))....)))).)))))..(((.((((.....(((((...((((((((....)).)))))))))))..(((((...(((.(((((((((...))))))).))...))))))))...............(((......)))..((((.....))))....(((((......))))))))).))).))))))(((((.......(((((.((.((.(((((....(((((((((((.........(((((((((.((((.((.......))..))))))))))))).(((((((((.((.(((((...(((((((((((((.(((.....))))))).)))))..(((((.......)))))......))))...)))))..))..)))))))))((((..(((((.(((((((.(((...((((((..(((.......)))..))))))...))).)))..((((.(((((((...(((.(((...))).))).....))))))).)....)))...))))..)))))..))))...)))))))))))...))))).)).)))))))(((((........))))))))))......))))))))))...))))))))......)))))))..)))).))))).....)))))))).((((((((((..((.(((((((((((((((........(((((((((((.((..((.(((.(((.......)))..)))..(((((.((((((((....((....((((...(((((.........((((..(((((((.(((.(((((...((.((((((.(((..(((((.(((((((.......((((((((.(((((.......((((........))))....((...(((......)))...))..)))))))))))))..(((((.(((.(((.(((((............))))(((((.....)))))..(((((......)))))..........(((((..........)))))............).))).))).)))))..........(((((((....))))))).................)))))))..)).)))))).)))))).))..))))).).)).)))).)))..)))).....(((((((.(.((((.(((((.....((((((((((......................))).)))))))...)))))...)))).).)))))))...))))).....))))...))...))))))))..)))))....))..)).))))))))))).........)))))))....((((((((.........((..((((((.......))))))..))...(((((.(((((((((......((.(((.(((((.......)))))))))).......(((((((.........((((((.((.(((..((((...))))...))).)).)))))))))))))..(((((((((......(((((((((.(((....((((.......))))...)))...))))))))).......(((....))).........((((((((((.((((.((((((..................................................(((((((((((((((.(((.(((((((..((((.......)))).(((.(((((.......(((.((((((((((((((..((((...))))(((((((...............((((((......((((((...((((((..((((((.((....)).))))))..))))))..)))))).(((((((((.......((((.....)))))))))))))............(((.((.(((((((((((((......).)))))))))))).)).)))((((......))))..))))))...............))))))).))))))).((((((......)))))).((..((((.....))))..))..........((((......)))).((((((....))))))(((((((((..(((((........)))))...((((((.(....).))))))...)))))))))(((....)))))))))))))..)))))..))).......))))))).))).)).)))))))))))))...(((((((((.(((..(((.(((((((((..((((....))))...))))).))))......(((((((((......))))))))).((((....(((((((........)))))))...))))))).))).)))))))))..)))))).).))).))))))))))..)))))))))..........................))))))))).))))).)))))))).....................(((((.((((((..((((...((((...))))..))))..)))))))).)))..)))).))))..))..))).))))))).))))))...........(((((((((...)))))))))...(((((((((((((......)).)).))))).))))........((((........))))))))))))).....)))...)))))))).................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((((...(((..,..((((((((((,,,{.,,{||{(((({((({{{((,..,,.||...((((((,,((((,,........|{{,.{{.(((({,(({{{,,,,,|||,,|||,,,,............,,.,(((({({{|...,|.||,||{{|,.{..((((((((((......)))))))))|(((({....}.))))},...||,|}|||..,)}}.,,))))||}...{(({....))))}}))..))))))||}|{{{(({{.|||{{|,,,.,,,,.{{{|||{{{||,|,|,||||{|(.,..)}|||||,||{,|{{,,..}}||||||||||}}}||}}}}}}{{{({...,,{{{|||}}.(((((({,...,(((,{{{{{{||,...((((({.(((((((((..,((({.{{{(((((...((((({((,...}),))))))))))}..(((((...{{(.(((((((({...})))))).))...,)})))))...,{.....||...{((...{{{|||{{((((((..,,,.{{{{{(({{({{.{{{},,.,|))},})}.|||||||{,({.,{{{{,(((({{((.((.(((((....(((((((((((.,.......((((((((,{((((.((.......))..))))))))))))).(((((((({.{({,(((({.{((..(((((((((.,((.....)},)))),}))))..)}|{||......}}}}},},..,}}}....|}}}}}}}.}}))))))))){{((,,(((((.(((({{{,({(,..(((({{..(((,,,,...,}}..)))))),..}})}))}||{|{(.(((((((...(((.(({...,)).})).....))))))).)}...,)),..))))..}))))..}))},.,)))))))))))...))))).)).))))))),{{,,...,,.{{|||||{|||{,,{{{{|,,,}}}}},..,|||||{.....{{{|,||||{{{|{{{{{||||.{{{.|||,,,,)}|,|||,||,,{((.{((,,,,}||,|}}..,{{{,(((((({({.,,.......{{..{(.,,,..}}....(((.(((......))).))).......,,...,|,||}}}|||||},|{{(({(((,,.{(,(((((((((...,....,....(((((.(((..(((((.(((((((....{{.((((((((.(((((.......((((........))))....((...{({......)))...))..))))))))))))),,(((((.(((.(((.{(((({.,..{,...,,|||}(((((.....))))).,(((((......))))),.........{{{{|,,,,...,,.})}))}}|,........,.))).))).))))).{,..{{...(((((((....)))))))..},..,,.........)))))))..)).)))))).))))))))))))))))))))))))))}))))).{((((...(((((((.(.((((.(((((.....((((((({{{.....,,{{..,,......,..)))})))))))...)))))...}))}.).))))))).))))){{{.{{{{,||...,,..}},,,})))}.))),...}}))}},}})),..,)))))}}.}||}||}))|,,{{{{{((((.,,((({{,.,..((((((((((.......))))))..||,,{{,,((((((((.....}}}}}}))|{{,|||{{,,.....|||}}}}},,...(((.(((((((.........((((((.((.(((..((({...}))).}.))).)).)))))))))))))..))}}}}}...,,,}}}|,|,})))))))}...{{{{.......)))).}))))))})),,,,.,,.......(((....)))..........}})}}},}},}}}}.}})}},.........,})))))}.,,.....{((((((..,(({,,,{,{{,,...(((((((((((({((.(((.(((((((,,{,,,{{{{{{.,,|,.||||||,,,,,.....{({{(((((((((((((({,{{((...}}}}.,,,.{{,{{{,.,({,,((((((((((,{{{{,((((((.,,((((((..((((((.((....)).))))))..))))))..)))))}.||||)))||.....,}))))))))})}|{(({....)))}}.........(((.({.(((((((((((((,...,})},,)))))))))).}).))),||.|||||..,.,,,|},,}},,,,,,........}}}},,,..}}}}|}}.((((((......)))))).||,.,}}}}}}.}}}}}}}}}},........{(((......}))}.((((((....)))))),,||||||,,,,,,,,......{{{{{{{...((((((.{....}.))))))...))))))),.{{{....}})))))))))}},.},.}})}},},}}}},,))))))).))).)).})))))))))))),|....,,,|,.{{{{|.{{{.(((((((((..((((....))))...))))).)))).}}}}}||{{(((((......}})))))})}}|||,,,...))))))}...|||}}}}}}}.))))}}.||.,,.,,,..,}}))},)))),)})})))}),,}))}}},},,}))))).)}}}}}}}}}}......,{.{{{.....))),}}},.,,,}|,||||||}},...|||,,||},........}||...||||||,}||||...,|||}}}))}},,}}}},,}))}}||{{{{{{{{|||{{|||,,,...|||||||}},...,,}}}}},........(((((((({...))))))))).,.{||{||||{{|||,.,...)),)),))}}}.}}}},,}}....{(({.,....,.))))))))))))).....)))...)))))))).................
Back