Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000244.4
Sequence Length
2746 nt
GC Content
0.6089
AGAAGCCACAGCGCAGCGGCCCGGCCCGCCACUAUUUCCAGGCUCAGCGGGGCAGGGGCCGCCGCCCACCGCCCGCCGCCAUGGGGCUGAAGGCCGCCCAGAAGACGCUGUUCCCGCUGCGCUCCAUCGACGACGUGGUGCGCCUGUUUGCUGCCGAGCUGGGCCGAGAGGAGCCGGACCUGGUGCUCCUUUCCUUGGUGCUGGGCUUCGUGGAGCAUUUUCUGGCUGUCAACCGCGUCAUCCCUACCAACGUUCCCGAGCUCACCUUCCAGCCCAGCCCCGCCCCCGACCCGCCUGGCGGCCUCACCUACUUUCCCGUGGCCGACCUGUCUAUCAUCGCCGCCCUCUAUGCCCGCUUCACCGCCCAGAUCCGAGGCGCCGUCGACCUGUCCCUCUAUCCUCGAGAAGGGGGUGUCUCCAGCCGUGAGCUGGUGAAGAAGGUCUCCGAUGUCAUAUGGAACAGCCUCAGCCGCUCCUACUUCAAGGAUCGGGCCCACAUCCAGUCCCUCUUCAGCUUCAUCACAGGUUGGAGCCCAGUAGGCACCAAAUUGGACAGCUCCGGUGUGGCCUUUGCUGUGGUUGGGGCCUGCCAGGCCCUGGGUCUCCGGGAUGUCCACCUCGCCCUGUCUGAGGAUCAUGCCUGGGUAGUGUUUGGGCCCAAUGGGGAGCAGACAGCUGAGGUCACCUGGCACGGCAAGGGCAACGAGGACCGCAGGGGCCAGACAGUCAAUGCCGGUGUGGCUGAGCGGAGCUGGCUGUACCUGAAAGGAUCAUACAUGCGCUGUGACCGCAAGAUGGAGGUGGCGUUCAUGGUGUGUGCCAUCAACCCUUCCAUUGACCUGCACACCGACUCGCUGGAGCUUCUGCAGCUGCAGCAGAAGCUGCUCUGGCUGCUCUAUGACCUGGGACAUCUGGAAAGGUACCCCAUGGCCUUAGGGAACCUGGCAGAUCUAGAGGAGCUGGAGCCCACCCCUGGCCGGCCAGACCCACUCACCCUCUACCACAAGGGCAUUGCCUCAGCCAAGACCUACUAUCGGGAUGAACACAUCUACCCCUACAUGUACCUGGCUGGCUACCACUGUCGCAACCGCAAUGUGCGGGAAGCCCUGCAGGCCUGGGCGGACACGGCCACUGUCAUCCAGGACUACAACUACUGCCGGGAAGACGAGGAGAUCUACAAGGAGUUCUUUGAAGUAGCCAAUGAUGUCAUCCCCAACCUGCUGAAGGAGGCAGCCAGCUUGCUGGAGGCGGGCGAGGAGCGGCCGGGGGAGCAAAGCCAGGGCACCCAGAGCCAAGGUUCCGCCCUCCAGGACCCUGAGUGCUUCGCCCACCUGCUGCGAUUCUACGACGGCAUCUGCAAAUGGGAGGAGGGCAGUCCCACGCCUGUGCUGCAUGUGGGCUGGGCCACCUUUCUUGUGCAGUCCCUAGGCCGUUUUGAGGGACAGGUGCGGCAGAAGGUGCGCAUAGUGAGCCGAGAGGCCGAGGCGGCCGAGGCCGAGGAGCCGUGGGGCGAGGAAGCCCGGGAAGGCCGGCGGCGGGGCCCACGGCGGGAGUCCAAGCCAGAGGAGCCCCCGCCGCCCAAGAAGCCAGCACUGGACAAGGGCCUGGGCACCGGCCAGGGUGCAGUGUCAGGACCCCCCCGGAAGCCUCCUGGGACUGUCGCUGGCACAGCCCGAGGCCCUGAAGGUGGCAGCACGGCUCAGGUGCCAGCACCCACAGCAUCACCACCGCCGGAGGGUCCAGUGCUCACUUUCCAGAGUGAGAAGAUGAAGGGCAUGAAGGAGCUGCUGGUGGCCACCAAGAUCAACUCGAGCGCCAUCAAGCUGCAACUCACGGCACAGUCGCAAGUGCAGAUGAAGAAGCAGAAAGUGUCCACCCCUAGUGACUACACUCUGUCUUUCCUCAAGCGGCAGCGCAAAGGCCUCUGAACUACUGGGGACUUCGGACCGCUUGUGGGGACCCAGGCUCCGCCCUUAGUCCCCCAACUCUGAGCCCAUGUUCUGCCCCCAGCCCAAAGGGGACAGGCCUCACCUCUACCCAAACCCUAGGUUCCCGGUCCCGAGUACAGUCUGUAUCAAACCCACGAUUUUCUCCAGCUCAGAACCCAGGGCUCUGCCCCAGUCGUUAGAAUAUAGGUCUCUUCUCCCAGAAUCCCAGCCGGCCAAUGGAAACCUCACGCUGGGUCCUAAUUACCAGUCUUUAAAGGCCCAGCCCCUAGAAACCCAAGCUCCUCCUCGGAACCGCUCACCUAGAGCCAGACCAACGUUACUCAGGGCUCCUCCCAGCUUGUAGGAGCUGAGGUUUCACCCUUAACCCAAGGAGCACAGGUCCCACCUCCAGCCCGGGAGCCUAGGACCACUCAGCCCCUAGGAGUAUAUUUCCGCACUUCAGAAUUCCAUAUCUUGCGAAUCCAAGCUCCCUGCCCCAAAUAACUUCAGUCCUGCUCCAGAAUUUGGAAAUCCUAGUUUCCUCUCCUUCGUAUCCCGAGUCUGGGACACAAAACUCCGCCCCCAGCCUAUGAGCAUCCUGAGCCCCGCCCUCUUCCUGACGAAACUGGCCCCGGAUCAGAGCAGGACCUCCCUUCCGACCCUCUGGGAACCUCCCAGAGGUCCAGCCCAUCUCGGAGCAUCCCGGAGGAAAUCUGCAGAGGGUUAGGAGUGGGUGACAAGAGCCUGAUCUCUUCCUGUUUUGUACAUAGAUUUAUUUUUCAGUUCCAAGAAAGAUGAAUACAUUUUGUUAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1082.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1131.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 664.57
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((.(......).)))((((...((((...((((((((....(((((((.(((((.((.((.........)).))...((((((((.(((.((.(((.....((.......)).((((.(((.((....))))).)))))))...)).)))((((.(..(((((((((((.((((((((((....((((((((((((((((.(((..((((.......((((((((....((((...........)))).....((((..(((((..((((.((((((((.(((.((..((((((..((((.(((((....((.(((((.............(((((((((.((((((.((((((...((((......).)))(((((..(((((((((((.((((((.....))))))(((((((((...(((((((((((((.((.((..(((((.....((.....))....(((.((((......)))).)))....))))).)).)).))))).(((((.((((((((((.(((((((((((..(((.((((((....)))))).)))..))))))).))))(((((((...)))))))((((((((((((((....(((((.......)))))..))).)))))....((((((..(((....)))..))))))((((((((...(((((.((((.((((((.((((....((((((((((.((.((....))..)).)))))..((((.((.((((((((((...)))....)))).)).).))..))))..((((((((.((.....(((((....)))))...))))))))))..))))).......)))).)).(((((((((.......)))))))))(((((((((.(((((.((.........((((...((((.(((.(......).))).))))..))))))))))).)))))))))....)))).))))))))).........((((........))))....))))))))..))))))......(((((((...((((.....((((.....(((((((((...)))((((.((..(((((...)))))...))...)))).((((((..((((.(....))))).))))))............))))))....(((((((.(((....))).)))))))..)))).....)))))))))))))))))).)))..))))).)))))))))))))))))((((((((.(((((((((((.((..((((..(((.......)))..))))..))))))).)).))....)).)))))))).................((((((..(((((...((((((.((.(((.((((((..(((...))))))))))))..)).))))))...))))).......))))))..)))))))))))))))).))).))).)))))).).(((....)))...))))).)))))))).))....)))))..))))..).)))))..)).))).))))))))...(((((((.((((........))).).)))))))............(((((((((.(((((((((((....(((((.(.(((((.((((((((.....)).....)))))).)))))).)))))...)))).)))))))...(.(((((.(........).))))).).((..(.((.........)).)..)))))))))))((((((....)))))).........))))..)))))))))..(((((((...(..((.....))..).)))))))..(((((.((..((((...))))..))))))).(((.((((((((..((((.(((.....)))...)))))))))..))).)))...)))))).)).((((((((((.(.(((((((............(((.((((((..(((......)))..)))))))))....((((((..((((((.((((........))))((((((.....(((.(((..((((...))))...)))...)))....))))))(((........)))...........))))))...))))))..))))))).)))))).....)))))...))))..))).))))))..))))).))))).....)))))))))).........((.((((..(((...)))..)))).))....)))))).)))))..).)))).(((.(((...(((....))).))))))((((((..((((((....)))))).((((........))))..))))))...(((((...((((......))))....)))))..))))))))..(((((.......((((....(((........))))))).......)))))..)))))........((((...(((((........((((((....)))))).....((((.....)))).(((((...............))))).....)))))..)))))))))))......))))..)))).)))).))))..((((((((((.(.(((((((((((((((((((.(((((..(((.(((((.....)).))).).))..)))))...))).))))))))).)))).))).)...((((......)))))))))))))).......(((((((((((........)))))))))))..................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,.,({,,((((((,(((({(,(((,({{{,,.....,,,(((.{,((((((({(((((.{{,||||...||||,,.}}...}))))}}..))),))}}.......,)))|,|||||}|{||,{{{.,|....,)))),)})),.|,|||||||.,||}|((((.(.((((.{..((((((,{((((((((((((((((((((((.(((..((((.,.....{((((({,..,,(({{...........,||,....,((((..(((((..((((.((((((((.(((.((..((((((..((((.(((((..,,((.(((((,..........,.{((((((({.((((((.((((((...((((......).)))(((((,.(((((((((((.((((((.....))))))(((((((((...(((((((((((((.((.((..(((((.....((....,||...,(((.((((......)))).)))}),,))))).)).)).))))).(((((.(((((((((({(((((((((((,.(({.((((((....)))))).)))}}),})))).)))){((((((...))))))|((((((((((({((....((({{,,.,,.,|}|||..}}},|||}|,,..((((((..(((....)))..))))))({(((({{...(((((.((((.{((({{.{{{(,...((((((((((,((,((,...||,,||,|||}}..((((.((.((((((({{(,..,}}.,}}}))).)).}.))..))))..((((((((.((.{{{.(((((....))))).}}))))))))))..}}})),,,,,,.)))).)).(((((((((.......)))))))))(((((((((.(((((.({.,{{{{..{(((,...||||.,||}|..|{{.,,||,.,)))}})}},))))))).)))))))))....)))).))))))))).....,,,.{{{{...,,...}))),,,.)))))))},.})))))......{((((({..,((((.....({{(...,.((((({{(({..,.,|{||}({..((((,...})))),..}}}}}))}||((((((..((((.{....})))).)))))).},.........))))))....(((((({.(((....))).}))))))..)))).....)))))))))))))))))).)))..))))).}))))))))))))))))((((((((.(((((((((((.((..((((..(((.......)))..))))..))))))).)).))....)}.))))))))...{{{{{{{......}|,||||,.(((((...((((((.((.(((.((((((..{{{...))}})))))))}..)).))))))...))))).......}}}},,..)))))))))))))))).))))})).)))))).|.(((....))),,.)))))),)}))))).)),}..)))))..))))..)}}})))..)).))).))))))))...(((((((.((((........))).).)))))))...........,(((((((((.(((((((((((....(((((.(.(((((.((((((,{,....}}.....)))))).)))))).)))))...)))).)))))))...{((((,.{(..,{{...|,|))}.,).|},.|.||....,,.{{,,.}..)))))))))))|(((((....)))))}.........))))..))))))))){{(((((((...,.,(,....,),..}.))))))}.}|(((,,((..((((...))))..))))))}.{((.(({(((({..((((.(((.....)))...))}}))))},,))}.))}.||))}))).),.(((((((({{{(.(((((((.,...{{,..,.(((.((((((..{(({...},)}}..))))))))),,,,((((((..((((((.((((........))))((((((.....(((.(((..((((...))))...)))...)))....)))))),{{........}}}...........))))))...)))))).,))))))).)))))}....,)))))...))))..))).))))))..))))).)))}.......((((((,({(.............,,.})))))))).....((((((..(((((((,{,.((,...(({{.,,,.|||}..{{{....}}}.,}},|||},..,}}.)),,.}.)))))))..))))))...........,))))))))))))))..})))).}}}}{((|{({{(({..,.,,..),,))}}||{{,....,,,{(({....{({........}}})))),,,....))))}}.}}..,...........(((((((((..{,....(((({{....}))))),,...,,,({.{{{{|...,|)))}.}}......,.{..,,|||,....},},,,,|.{,{{{..,,.,||.....}}.}}},},)),.},))}}}.))))))))),.{{{{{{{{({(((((((((.,{|||,}|||}{{{{({{{.{||,|||.,.||{.}}})),..)))},)))))))).)))),))).}.,,{{{|},,}..}}}}}},,}||||,.{||..,(((((((((((........)))))))))))......}}}..,,,....
Back