Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000300.4
Sequence Length
991 nt
GC Content
0.5267
AGUGUCAGCCCGAAGGCUGAAGGAAAAAGAGCAACAGAUCCAGGGAGCAUUCACCUGCCCUGUCUCCAAACAGCCUUGUGCCUCACCUACCCCCAACCUCCCAGAGGGAGCAGCUAUUUAAGGGGAGCAGGAGUGCAGAACAAACAAGACGGCCUGGGGAUACAACUCUGGAGUCCUCUGAGAGAGCCACCAAGGAGGAGCAGGGGAGCGACGGCCGGGGCAGAAGUUGAGACCACCCAGCAGAGGAGCUAGGCCAGUCCAUCUGCAUUUGUCACCCAAGAACUCUUACCAUGAAGACCCUCCUACUGUUGGCAGUGAUCAUGAUCUUUGGCCUACUGCAGGCCCAUGGGAAUUUGGUGAAUUUCCACAGAAUGAUCAAGUUGACGACAGGAAAGGAAGCCGCACUCAGUUAUGGCUUCUACGGCUGCCACUGUGGCGUGGGUGGCAGAGGAUCCCCCAAGGAUGCAACGGAUCGCUGCUGUGUCACUCAUGACUGUUGCUACAAACGUCUGGAGAAACGUGGAUGUGGCACCAAAUUUCUGAGCUACAAGUUUAGCAACUCGGGGAGCAGAAUCACCUGUGCAAAACAGGACUCCUGCAGAAGUCAACUGUGUGAGUGUGAUAAGGCUGCUGCCACCUGUUUUGCUAGAAACAAGACGACCUACAAUAAAAAGUACCAGUACUAUUCCAAUAAACACUGCAGAGGGAGCACCCCUCGUUGCUGAGUCCCCUCUUCCCUGGAAACCUUCCACCCAGUGCUGAAUUUCCCUCUCUCAUACCCUCCCUCCCUACCCUAACCAAGUUCCUUGGCCAUGCAGAAAGCAUCCCUCACCCAUCCUAGAGGCCAGGCAGGAGCCCUUCUAUACCCACCCAGAAUGAGACAUCCAGCAGAUUUCCAGCCUUCUACUGCUCUCCUCCACCUCAACUCCGUGCUUAACCAAAGAAGCUGUACUCCGGGGGGUCUCUUCUGAAUAAAGCAAUUAGCAAAUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-298.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -316.22
Frequency: 0.0000
Diversity: 340.11
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((....))))))(((...(((.((....((..(((((((.......)).)))))..))......)))))...)))............(((((((.(((...((((((.(((..((.((((((((((................(((((((((((.((....))..))))))....)).)))......((((.(.((((((((((.(((.(((................))).((((((((.((.....))))).))))).(((((((((((.....((((......))))...((((.((((((.((((((((((..(((..(((((.....)))))..(((((((((...))))))))).))))))))))..))).))))))...)))).((((((..(((((.(((...))).)))))....)))))).)))))))))))(.((((.....)))).)...(((...((((((.((..((((((((((.(((((((.((((........))))...))))))).)...(((((((((((......))))...)))))))((((.....(((((.....)))))....))))...))))..(((.(((.(((((....((((.(((((...(((((((.......)))))))...(((........))).(((((((...............((((((((.....)))))..))).(((....))).....(((((...)))))...)))))))....................................(((((...)))))..((((.....)))).((((..........))))...))))).))))....))))).))).))).)))))..)).))))))...))).))).))....)))))))).).)))).))))).)))))..))..))))))))).))).)))))))..............((.....))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{{,,{(({..,,|||||,,((....,(,{,.,{{(...((((({....,,.}))),,)))},))}...}}))))),.}),,}}}.........(((((((.({(,,.((((((.(({..((.((((((((({{,((........{((.(((((((((((....{{{{|{{||||||{{{{|{{{,,....,(({(({(.((((((((({,(((,(((({{,,.,,{{.{,,,.|{|{((((((({|||.,,..,}))).))))).(((((((((((.....((((......))))...({{{.((((((.({{(((((((..{{{..(((((.....)))))..{((((((((...})))))))}.}}})))))))..})).))))))...}|||{(((({,..,,{{..||||},|}...},|||||,}})))),)))))))))))(,((((.....)))).)..,||{,,.|||||{|({,.{((,,{{{{(,(((((({.{(({,.......)))),..})))))}.},..,{|{||{{{{|...,,{||||,,,}|||||,((((.....(((((,,,,,|||||,{{{}|||{{..,,,..|||,|,|}||{{{....(((,.{{|||.}}|||||||,..,...}}}}}}....{{{........}}}.{{{||||.............,,||{(((((.,...)))))},))),|,,,,}})))},,,,|((({...,}}||,..})))}})..,},,,}}}}}}},.....................(((((...)))))..((((.....)))).{{{{..........))))...))}}),)))}.,|||,,,,.,,,.})),,.))))).)}))),))}}})))}))).))).)))),))))).,.,}},.}}}}}.}))))..)).,)),)))))).))).))))))).......,,.....{{.....))......
Back