Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000316.3
Sequence Length
2153 nt
GC Content
0.6006
AGCACUAUCCUUGCUUAGGCCUGAGCCACAGAAGCUGCUCAGGGACUAUCCAUGGCCUCCCCGUGGCCAACUUGAGUCUGCUCUGCAGCUUUAGGCCCGACUUGGAAGGCCCAUGGGCUGCAGAUGAGGAAACUGAGGUCCAGACAGCCGAAGAGUGGUAGUGUCCAGGACACACAACUGGGCCGGCGGCGGCGGCUGCCCCGAGGGACGCGGCCCUAGGCGGUGGCGAUGGGGACCGCCCGGAUCGCACCCGGCCUGGCGCUCCUGCUCUGCUGCCCCGUGCUCAGCUCCGCGUACGCGCUGGUGGAUGCAGAUGACGUCAUGACUAAAGAGGAACAGAUCUUCCUGCUGCACCGUGCUCAGGCCCAGUGCGAAAAACGGCUCAAGGAGGUCCUGCAGAGGCCAGCCAGCAUAAUGGAAUCAGACAAGGGAUGGACAUCUGCGUCCACAUCAGGGAAGCCCAGGAAAGAUAAGGCAUCUGGGAAGCUCUACCCUGAGUCUGAGGAGGACAAGGAGGCACCCACUGGCAGCAGGUACCGAGGGCGCCCCUGUCUGCCGGAAUGGGACCACAUCCUGUGCUGGCCGCUGGGGGCACCAGGUGAGGUGGUGGCUGUGCCCUGUCCGGACUACAUUUAUGACUUCAAUCACAAAGGCCAUGCCUACCGACGCUGUGACCGCAAUGGCAGCUGGGAGCUGGUGCCUGGGCACAACAGGACGUGGGCCAACUACAGCGAGUGUGUCAAAUUUCUCACCAAUGAGACUCGUGAACGGGAGGUGUUUGACCGCCUGGGCAUGAUUUACACCGUGGGCUACUCCGUGUCCCUGGCGUCCCUCACCGUAGCUGUGCUCAUCCUGGCCUACUUUAGGCGGCUGCACUGCACGCGCAACUACAUCCACAUGCACCUGUUCCUGUCCUUCAUGCUGCGCGCCGUGAGCAUCUUCGUCAAGGACGCUGUGCUCUACUCUGGCGCCACGCUUGAUGAGGCUGAGCGCCUCACCGAGGAGGAGCUGCGCGCCAUCGCCCAGGCGCCCCCGCCGCCUGCCACCGCCGCUGCCGGCUACGCGGGCUGCAGGGUGGCUGUGACCUUCUUCCUUUACUUCCUGGCCACCAACUACUACUGGAUUCUGGUGGAGGGGCUGUACCUGCACAGCCUCAUCUUCAUGGCCUUCUUCUCAGAGAAGAAGUACCUGUGGGGCUUCACAGUCUUCGGCUGGGGUCUGCCCGCUGUCUUCGUGGCUGUGUGGGUCAGUGUCAGAGCUACCCUGGCCAACACCGGGUGCUGGGACUUGAGCUCCGGGAACAAAAAGUGGAUCAUCCAGGUGCCCAUCCUGGCCUCCAUUGUGCUCAACUUCAUCCUCUUCAUCAAUAUCGUCCGGGUGCUCGCCACCAAGCUGCGGGAGACCAACGCCGGCCGGUGUGACACACGGCAGCAGUACCGGAAGCUGCUCAAAUCCACGCUGGUGCUCAUGCCCCUCUUUGGCGUCCACUACAUUGUCUUCAUGGCCACACCAUACACCGAGGUCUCAGGGACGCUCUGGCAAGUCCAGAUGCACUAUGAGAUGCUCUUCAACUCCUUCCAGGGAUUUUUUGUCGCAAUCAUAUACUGUUUCUGCAAUGGCGAGGUACAAGCUGAGAUCAAGAAAUCUUGGAGCCGCUGGACACUGGCACUGGACUUCAAGCGAAAGGCACGCAGCGGGAGCAGCAGCUAUAGCUACGGCCCCAUGGUGUCCCACACAAGUGUGACCAAUGUCGGCCCCCGUGUGGGACUCGGCCUGCCCCUCAGCCCCCGCCUACUGCCCACUGCCACCACCAACGGCCACCCUCAGCUGCCUGGCCAUGCCAAGCCAGGGACCCCAGCCCUGGAGACCCUCGAGACCACACCACCUGCCAUGGCUGCUCCCAAGGACGAUGGGUUCCUCAACGGCUCCUGCUCAGGCCUGGACGAGGAGGCCUCUGGGCCUGAGCGGCCACCUGCCCUGCUACAGGAAGAGUGGGAGACAGUCAUGUGACCAGGCGCUGGGGGCUGGACCUGCUGACAUAGUGGAUGGACAGAUGGACCAAAAGAUGGGUGGUUGAAUGAUUUCCCACUCAGGGCUGGGGCCAAGAGGAAAAACAGGGAAAAAAAGAAAAAAAAAAGAAAAAGGAAAAGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-880.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -917.67
Frequency: 0.0000
Diversity: 452.51
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((((((((.(((((.((((.....(((.(((((((......((((((.....))))))....)))))))..)))(((((((((..((((..........))))...))))))))).(.((....)).)((((((....(((((((((.(((((((((...)))))....(((((((((.(((((((((((((((.((((......)))).)).))))))((..((((.((((.((.(((....))))).)))).))))..)))))))))))).))))))((((.((((.((..((((((..(((...((((...(((...(((((((.(((......))).(((((.(.((....)).).)))))......((((......((.(((....)))))))))(((((((((((.........(((((((.((((((.((((((.((((((.(((((((..............))))).....)).)))))).(((..((((..((((..(((((((.((((((((...((((...((.(((((((.(.(((((.((((((.....)))))).))))).).))))))).)).)))).((((((((((((((((.((((((.((.......(((......)))...((((...)))).((.(.(((((.(......).)))))).)))))))).))..))))))).(((((..(((((((.((((.(.(((...........(((((....))))).(((((..((((.(((.....))).))))..)))))...((.(((.((((........)))).))).))..))).).)))).)).)))))))))).........((((((((((.(.....).))).............(((.((.(((((.....(((.((((.(((((((((((((...((((...))))..)))))).))...))))))).)).)))((((((.....))))))...))))).)).)))(((((........)))))....))))))))))))))))))))))))....(..(((..((((((((((.((((...............(((..((((((....(....).....)))))).)))((((.((((((((((((.(.....(((((.((((((((...))))))))...)))))(((((....))))).((((.(((.....))))))).....).)))))))))))))))))))).)))))))))))))..)...)))))))....))))..)))).))).......))))))....)))))).)))))))....)))))))))))........)))))))..)))....))))....)))...)))))).))))))))))......((..(((((((((......((((((..........))))))......)))))))))))...)))).)))))))))(((((((((..((((..((.(((((..((.........((((((((((..(((((((.....))))).))..(((((..(((........((((....)))).........))).)))))..........(((.((((.((((...(((((((..((((....))))..((((.(((....(((((.(((.......(((..((((..((.(.(((.(((..(((....)))..((((....((.(((((((((.....((((....))))......))))))))))))))))))))).).))....))))..)))))).)))))...))).))))....))))))))))).)))))))....((((((.......))))))...)))).))))))...(((((((((((((((((((((((((((.....).))))....((((...(((((((((((((.(......).))))))))))))))))).((((........)))).....)))))).)))))))).)..))))...)))))..))).))))..))))..)))).)))))...))))))......(((((((..(((....)))))))))).)))).))))))))........)))))).................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......(((((((((.(((((.((((.,...,((.(((((((......((((((.....))))))....))))))),.))|(((((((({..((((,......,..))))...))))))))),,.{{....)}.,((((((....(((((((((.(((((((((...)))))....(((((((((.((((((((,,((,,...((({.{{|,||{{((((((,{(((((.(((....))).,,)))).})),})))))))})))))).)}))))))))).))))))((((.((((.((..((((((..(((...((((...(((...(((((((.(((..,,,,|||,(((((.(.((....)).}.))))}......|||{..,}},||.{||,..,|||}}}}}}(((((((((((....{.,..(((((((.((((((.((((((.((((((.((((((({............})))))...,,}).)))))){(((..((((..((((..(((((((.((((((((.,,{{((..,{{.{((((||.|.(((((.{(((((.....)))))}.))))).}.,)))))).)).}}}|.((((((((({((({{{.,{,,||.,........{{{......}}}...((((...)))).,,.,.(((((.{......}.))))),{|{.||.((((({(((({....(((((..(((((((.((((.(.(((.({{{{,....(((((....))))).(((((..((((.(((.....))).))))..)))))...,{.{{{.((((........)))),)))}),}.))).).)))).)).))))))))))(((((...))))),((,{{...}}.,{{|||....,.,......}|,.,.{((({|.,{{,(((.((((.((((((((((((,,..((((...))))..)))))).))...))))))).)).))}((((((.....))))))..})))))))))))))))}}...)))))))))))})))}.})},)})}))))))))))))),...|..(((..{(((((((((.((((...............(((..((((((....,....)}....)))))),)))((((.((((((((((((.{.....{{{({.((((((((...))))))))..,}||||{{{{,,},|}|||..{(((,(((.....)))))}}.....}.)))))))))))))))))))).)))))))))))))..)...)))))))....))))..)))).))}.,.....)))))}....)))))).))))))).,.,)))))))))))........)))))))..))}....))))....)))...)))))).))))))))))......({..(((((((((......((((((..........))))))......))))))))))}...)))).)))))))))(((((((((..((((..((.(((((..((......(((((((((((((..{(((((((.....{(((.(((.((((,{{(((.,...,,.((((....))))......}..))}.)),))}}.))).)))|{.(((((.((((...(((((((..((((....))))|.((((.(((....(((((.(((.......(({..{(((..((.(,(((.(({{.{((....)))..((((....{(.(((((((((..{.,((((....)))),}....))))))))),)))))}))}}}.}.)).,.,))}}..}))))).)))))...))).))))....))))))))))).)))))},...))))))).,.....))))}}))))))))).,.{{{...(.((((((((((((((((((((((((.....),})))....((({..,(((((((((((((.{.{,...)}))))))))))))))))).{((,.{{{{...))))..,..)))))).)))))))).)..)))).).)))))..))).))))..))))..)))).)))))...))))))......(((((((..(((....)))))))))).)))).)))))}}),}......)))))).................................
Back