Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000353.3
Sequence Length
3945 nt
GC Content
0.4416
AUUGCCCCUGUAACCUGUCAAAGAAGAGCUAAGGGAGCUUUCGGGGUUGGCUUCUUGGAGGCUGCUUUCUCCUUUACUUGGAAGGCUUCGCUAGUGAUGGACCCAUACAUGAUUCAGAUGAGCAGCAAAGGCAACCUCCCCUCAAUUCUGGACGUGCAUGUCAACGUUGGUGGGAGAAGCUCUGUGCCGGGAAAAAUGAAAGGCAGAAAGGCCAGGUGGUCUGUGAGGCCCUCAGACAUGGCCAAGAAAACUUUCAACCCCAUCCGAGCCAUUGUGGACAACAUGAAGGUGAAACCAAAUCCAAACAAAACCAUGAUUUCCCUGUCCAUUGGGGACCCUACUGUGUUUGGAAACCUGCCUACAGACCCUGAAGUUACCCAGGCAAUGAAAGAUGCCCUGGACUCGGGCAAAUAUAAUGGCUAUGCCCCAUCCAUCGGCUUCCUAUCCAGUCGGGAGGAGAUUGCUUCUUAUUACCACUGUCCUGAGGCACCCCUAGAAGCUAAGGACGUCAUUCUGACAAGUGGCUGCAGCCAAGCUAUUGACCUUUGUUUAGCUGUGUUGGCCAACCCAGGGCAAAACAUCCUGGUUCCAAGACCUGGUUUCUCUCUCUACAAGACUCUGGCUGAGUCUAUGGGAAUUGAGGUCAAACUCUACAAUUUGUUGCCAGAGAAAUCUUGGGAAAUUGACCUGAAACAACUGGAAUAUCUAAUUGAUGAAAAGACAGCUUGUCUCAUUGUCAAUAAUCCAUCAAACCCCUGUGGGUCAGUGUUCAGCAAACGUCAUCUUCAGAAGAUUCUGGCAGUGGCUGCACGGCAGUGUGUCCCCAUCUUAGCUGAUGAGAUCUAUGGAGACAUGGUGUUUUCGGAUUGCAAAUAUGAACCACUGGCCACCCUCAGCACCGAUGUCCCCAUCCUGUCCUGUGGAGGGCUGGCCAAGCGCUGGCUGGUUCCUGGCUGGAGGUUGGGCUGGAUCCUCAUUCAUGACCGAAGAGACAUUUUUGGCAAUGAGAUCCGAGAUGGGCUGGUGAAGCUGAGUCAGCGCAUUUUGGGACCCUGUACCAUUGUCCAGGGAGCUCUGAAAAGCAUCCUAUGUCGCACCCCGGGAGAGUUUUACCACAACACUCUGAGCUUCCUCAAGUCCAAUGCUGAUCUCUGUUAUGGGGCGUUGGCUGCCAUCCCUGGACUCCGGCCAGUCCGCCCUUCUGGGGCUAUGUACCUCAUGGUUGGAAUUGAGAUGGAACAUUUCCCAGAAUUUGAGAACGAUGUGGAGUUCACGGAGCGGUUAGUUGCUGAGCAGUCUGUCCACUGCCUCCCAGCAACGUGCUUUGAGUACCCGAAUUUCAUCCGAGUGGUCAUCACAGUCCCCGAGGUGAUGAUGCUGGAGGCGUGCAGCCGGAUCCAGGAGUUCUGUGAGCAGCACUACCAUUGUGCUGAAGGCAGCCAGGAGGAGUGUGAUAAAUAGGCCUGCAUCCAUUCUCCUGAGGAUGUGUCCCAUCUAGGGAAGGCUGGACUAGGCCUUGCGGCUCCUCAGGGACUCAGGUGGCCCUACUGGGAGAGGGGCCUCAAAUGCACCAUGUCAAGGGUUCAAGAUUGUUCCUGCUUUUCCCCAAGUACAACCACACCCACACUCAGAUCCUCCUCAUUCACAUCGCAGAUUCUCCCUUGCUCUGCGCUGCUAGAGUGACUCACUAAUUCAUUAAUCUGCCUCCCUCUCGUAAGAUUUCCUUCUUUUUUUCUUGAAAGUACCAGGUGAACAAAGUUUACCAGAAAGCAGUUGAGACAAGAAAAUAAGAGCUCAGGAUGAGGGAAAAGAAAAAGAUUGAGAGAAUUUGUGCCCCCAACCAUUUCCUCAGACUCUAAGAAAGAACACGCUCUCUCCAGGCAGGUCUGAAGCUCAACUCUCUUAUUGCCUCACUUCAGGUAUACCUCACUUUACACAAUAGAAUUAUAACUGGAAAGAAGUUGGGGACACAUGUAUUUGGUGAUUACAUUUUAAACACAUUAGGAAAAGUUGCUAUUUGAACUUUUUAUUGAUUUUUGGGGGGAGUAAAGAAUUAUUUUGUGAUGCAAAUAAAUAUCCUUUAAUUGAUCGACUUGCCAAAUUUAGAUUUGUGUGCAUCAGGCUUUCUUUUUUUUCUUUUUUUAGAGAAGUUCAAUAUAAGCUUUUCUUUUCUUUGUUUCUUUCUUUCUUUAUUUUGAGAUGGAGUCUUGCUCUGUCGCCCAUGCUGGAGUGCAGUGGCGCGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCCACCUCCUGGGUUCAAGCGAUUCUCUUGCCUCAACCUCCCAAGCAGUUGGGACUACAGGCGUGAGCCACCAUGCCCGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACCAUGUUAGCCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGACCUCAGGCAAUCUGCCCGCCUGGGUCUCCUAAAGUACUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCUCGCCCAGCGGCAUCAGGCUUUCUUAAAGUGAGAGCACGCCUGUACUAGAGCAAGCAGGAAUCAGAGACCUUCCAGAAAUACUACUGUGUAAGGGCCAGAAAUAUCUUCACUUGUCAUUGUUAUAUAAUCAUUAUUACUUUUGCUGUAAUGUUAAUAUUGAUUUAUUAAUAUAUAUUAUCUUUUCAUACAUUUUCUAAGAAACAUUUAUAUUGAUAAGAUCUUUUAUUUUGCCAAGGGCAUAAAUUAUUGUUUUUCUUUUUUUUUUUUUAAUAAAUUUCACCAAGUAUGGCUCUUCUGUGAUGUGUUUUUUUCUCCGUUUGGGAAUUUCUAAUCCCAGGCACUCCUCAGUCUCAUUGUUUCAUUACCUAUGAGGUUUCAUUUACUUCUUUGUAAAUGUACUGACUUUUGGAGUUACUUAAGAACCACAGUUCCUAAAACAUUUUAUUUGGGAGCUCAACUUCUGGCUUCCUACUUACCAAGAGGCAGUAAGUUAUAACCUCUGGCCUUUGUCUUUACAUUUUCAACUUUCUGGAUCCCUAACCUCUGGUCCCAAGUUACUACGCUUGCCUAUAUCCACUAACCACUCACUAGGUCACAAAGUUGAUGGCUCUGGCUUGACCCAGUGAAUGAGAAGUGUCCUAGAUGUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUCGCAAAUCUUCAUAGGCACAGUUGCCUGUUUAAUUUUUUCUUCAGCCCUUCCCUUAGAGGAGGGAGCCUUAAGUUACCUUUCAAGGUUGGGGGUUAGGAAUCUAUCAUAACUAGUCUAGAGAUUUCUCACCAAGGGAAAUUUUCCUUAUCUAAAAGAGGAACUUCAGGUCUCAACCCUGCCAGUCACACCCAAUUAAUGUCCUUCACAAAAAUAAACAGCAUAUGUUCCCUUUCAAUUUGAGUUCAGUGAGCUCACAGCAAAAUUUACCUUUUAAUUUUCUUCAGCAAAUCCAAGACGAAUAUACAAAGGAUGAGAUUAGAUAAAGAUUUCAGUUUCCCGUAUGCCACCGCUGCCGCCAAUUUUCCAAAAAAGCCUGGCUCCUCUUUUCCUGUUCCUCCAUCCAAGCCCCCAAAGAUCUCUAACCAGAAAUAAACAGGAAGACUCAGUGAUUUACAAAAGACAUUUUAGUUUUACACGUACAGAAAAUUCUACCCAGCAUUACAGAAUUCUUAGACUUCUUAAAUUCCUGAUUUUCCUUGGUAUUUACAUUUUGAUAAGGGAGCCAAUGGUUCUUCAAACAUUUGAAAAGAACACAUACACACUGGACAAUUUCAAACGAUACAAACAAACGCAACUGUCCUUCUUUCUCAUUCCUGUCCUUCAGCCACCCAGUUUCUUCUCCCCUGAGGGAAUCAGUUAUCAUUUGCUGGUCAUACUUCCAGAUUAUACUGUGCCUAUGUAAGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGCACUUUUCAUUUUUUCAAAUAAAGUAUUACUCAACUUUGUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1151.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1226.83
Frequency: 0.0000
Diversity: 1321.70
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......................(((((((((..(((((((((((((......)))))))))))(((((((((((((...((((((((..((((((((((((((.......((((((((.(((..(((.((((...(((((.(((((....(((......)))...))))).)))))..)).)).))).....(((((((((((((..(((((((((.(((.((((((((((.((((((((((((.....(((((((......((((........)))).....))))))).........((((((((.......(..(((((........)))))..).....))))))))...(((....)))..(((((.((...(((((((........)).)))))))))))).........)))))))).((((.((.((((((......((((((((((((((....))))))....((((((((((..(((..........))).)))))((((...)))).))))).(((((((((((((..(((....))))))))...((((.....((((((.......))))))..))))(((((.(.(((((........((((((.....))))))..))))).).)))))...............((((((((...(((((..(((..(((((((((.((.(((.........((((((((..(((((...)))))..))))))))..........((((....)))))))))))))).....))))..)))..))))))))))))))))))))).((((.((((((.((((((((.....)))))....))).)))))).))))...((.((........)).))..(((((((((((.(((..((((....))))......))).))))).))))))....)))))))).....)))))).)).))))..(((((.((((...((.(((((((....))))))))))))))))))(((((.(((((((((((((...((.(.((....((((((((((.((....)).))))).(((......))).)))))....)).)...))...))))))))))....(((.((((....))))))).....))).)))))......((((((((((((((((....)))....)))))))..)))))))))))))))....(((((((((((((((((((((((((.........((.(((((((.....(((((.((....(((((((((.(((((((.(((((......)))))....)))))))((((((((((..(((.....((.(((.((((((((((..((((((.((((.......(((((((((((.(((((((((.((((...(((((.....(((((.((.(((.((((....)))))))..))))))).....))))))))).))))....((((..(((((.....))))).)))).))))).))...))))).)))).)))).))))))..)))))))..))).))))))))..)))))).))))................)))))))))(((((......))))).......)))))))))))))).)).......(((((((((((....((.(((((((((...)).)))))))......(((((.(((((((...((((((((.(.((......(((((.((((((((.....(((.(((((((...))))))).)......)).....)))))))).))))))).).)).))))))........)))))))..)))))((((.(((((((..((((((((((((((..((.(((......))).))..))..)))))))................(((((......)))))..............................)))))...))))))).)))).(((((((((((...........(((((.(((((((((((........))))))))....((((((((((((((.((((((......(.(((((((.((((((...((..(.(((..........))).)..)))))))).))))))).)......)))))).))......(((((((((.......)))))))))..((((((.(((((.(((.(((((..(((((..((((..(((((.((..(((((.(.((((((((((((((.((....)))).)))))))..)))))...).))))).)))))))..))))...)))))..((((((....)))))).((((((((((((..((((.(((.(((((((.............((.(((((...)))))))...))))))).))))))))))........((((.(((((.........)))))))))(((((......))))).....(((....))).....(((....))).....((((((.......))))))))))))))).))))).))).))))).)))))))))))))))))).))).)))))...(((..((((((......(((((((.(((..............(((.......)))(((((((((......)))))))))......((((..............)))).......))).)))))))......)))))))))(((((((........)))))))......................)))))))))))))....)))))))))))...........((((((((........))))))))..)))...))))))..))))))..))).)))))))..(((((((......)))))))(((((.((((((((((......((((....((((((((((........))))))))))....))))........)))..))))))).)))))..)))))))))))))))))))))))).))))))...)))))))))))..........)))))...))))))).))((((..(((((((((...((.(((((.(((((((.((((...)))).))...))))).))))).))...)))).....))))).....................))))......(((((((....)))))))..............)).))))))..)))))))))))))........((((....))))((((((((.(((...................((((((((((.....))))))))))............(((((((...(((..........(((((...................................(((((((.............(((((((...)))))))............(((((..((.(((.((...........)).))).))..))))).(((((((.......)))))))......)))))))....(((...................)))))))).........))))))))))..))).))))))))....(((((...((((((((...(((((((.((((.((((((...(((((......)))))............((((((............))))))...........)))))).)))))))))))...))).....)))))...))))).))..))))))))).......(((((((..(((((((((((.(((((...........................)))))................((((((((...................))))))))((((((........))))))(((((...((.(((.(((.........)))))).))...))))).)))))))))))..))))))).........(((((((........)))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,{{,...|,...,{,,,,,,({(((({{{{(({((((((((((({,{{,,||||||}||}|{{{{{{{{{{{{,...|||||((({,{((((({(((,,,,....}||{|||{||{,||||.({{.{((|...(((((.(((((....(((,....,)))...))))).)))))..)),}}.})).||({{{{{((((((({,{,{{(((((((.(((((,{({{{({{,..{||{|||}}..{{,..,,}||,..,,|,,,.|{{(({{{{((|....|||,,.{||,,.,,,...((((((((.......{..{((((........)))))..,.....))))))))...(((....))),,{{{{||{{,..||{((((.,......}|||,||||,},|||{{...,,,,,,,,,.|||||,{|}||,,(((,,,,,.{((((((((((((((,...}}))))....((((((((((..(((..,....,..})).)))))((({...}))).})))).(((((((((((({..{{{....}}}}}}}|{{,{(((,,{,,((((({.......})))))},}}},(((((.(.(((((........((((((.....))))))..))))).}.)))))..............,|(((((((...(((((..(((..((((((((({(,{(((.........((((((((..(((({...}))))..)))))))).,,{{{.,,.,,,,.,}})))))))))))))).....))))..)))..))))))))))))})))))))),|||{.((((((,((((((((.....))))),...})).)))))),)))},|,||,|,........|||||..(((((((((((.(((,.((((....))))..},..))).))))).)))))){{{..,,))))}}))||||}||||{((((((((((((,{((((,..((.(((((((....))))))))))))))))))({(((({(({((,{,,{,,{{{|||||{||||{{(((({,,((,,({|..||||||||{(((......}||.{{{,..{{{{{.{{,,||||{{{|,||,.,,....|||}{|||,.,,))}}))}|||||}|}}}.}}},....}))))})}|||||{{,.|||,|||||(((({{,,{{.,{{{,({{{||||,.{{{{.{{{{.||||,,,,,,}}.}},)).)))}.)))))))}...{,|,,|,,,,||||}}}},.||||,||||.(((((((,(((((......))))).,..)))))))((((((((((..(((.....{{.(((.((((((((((..{(((((.(((|.,..,,,{({||((((({,(((((((((.((((...(((((...,,(((({.{{.{{|,((((....))))))},,}}})))).....))))})))).})))..{{((((..(((((.....))))).)))),))))).)}...))))).))))})))).))))))..)))))))..})).)))}})))..)))))}.))}),.,|,,.,||||,,,.|,||{,.}}|||||}}}...,,|||||,,|,,||,|||||.,.||},}},}{{{||||||,||{{({,,|,.....|,||||}}.}),,,))))}}..||,.,,,,{.,,{{{{{,,,{{{{{{{{.,.{||.....{{(((,((((((((,..,,..,.(((((((...))))))).,...,,.,}|,,,.}))))))}.})))}||{|{||.|||||}..{|{,{,||||,||{{|||,.{(((.(((((((..((((((((((((((..((.(((......))).))..))..)))))))..........,.,,{|(({{{......|||,,..,,,.........|},||}..........)))))...))))))).)))|{((,,{,{{{{..,,}},..,,}|||},..{(((((((((..,,,((((((((({{..,,{....,((((((((.((((((......,.(((((((.((((((...,{..{,(({..........},),,,.}))))))).))))))).}..}}}}))})))})))},,)))))))))))))),,..)))))))))),||||||,}|||}}|||}|||||,,|||||..((((..(((((.((..(((((.(.((((((((((((((.((....)))).)))))))..))))).,.,.))))).)))))))..)))).|,)}))}..((((((....))))))...,{((|{(({{..((((.(((.(((((((.,,({{.{{,...,,}})}}|}|{|,...,))..))))))).)))))))}}},....}}}((((.(((((.........)))))))))(((((......))))).(((((((((({({{...,.(((....)))....}|||(((,,....,))))))))))))))).|||,|,|||{}||}|{||||||,,,|||{{{{|,.,...,||||{{{((({{((.,,,...,,|{,|{|||.,|{,{,,{,,.{(,((({{(.......)))))),}}}}}..||{(((((((((((.,,..((((..............))))...,,.)))))))))))}}}}....,,,.{(((...)))}.||,,,,,||,,.................,,.},...,,,}}},}}}}}}}||,,..}})}.}|}|||,,......((((((((........)))))))){{{{{{{({{(((((.({......))..)))))}...(((((((......))))))).||||}|{,,,||}||......|||{,...((((((((((........)))))))))).,,{|||||,{{,,...,...,,,})))})))})}})),,..,,))))))))}}}}}}))}))),,,...,)))))))),,......}}}})))}),..||,,,,}.))}}}}}}|....{{{{..,({.(((((.(((((,,.((({{,.,}}},}}}}}))))).))))).}|{|,|||},..,{|||,,.....................,,,,......(((((((....}))))))..............|||{{|||{,,|,|,})))))|||....,|...|||,..,})}|{{|||{|||||{,...........,,|..,}||({((((((.....))))))}}}||||{....,.,,|||||{{,.{(((.......)))},,||,.............{{{.....,,,.......,,,{{{{,||,,...........(((((((...))))))).,,.,,,,,,..{{{{{.,||,|{{.{{...........)}.))}.,|..}}})),{((((((.,.....})))))),,,}},})))}}}....}}}},.|||,..,||....,,,,},}))))}},,))}},))})},}}})}}})}.)))))},},,},}}}}},.}}}}{{{{{..,(((((((.((((.((((((...(((((......))))}....,,..{({..,{{({............}}}}}}},..}}.,}},)))))).))))))))))),},)}))}....,}})},,}))|||||..})))))}}},,.....{((((((,|(((((((((((.(((((....,.................,....))))).............,,,{(((((((......,{...,,.,,...)))))))){{((((........))))|},{{{,..,||,,.,,{{||,|||.,,.)}}))))))}}})))))}))))))))))),.))))))),,},,,,..(((((((........)))))))..
Back