Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000362.5
Sequence Length
4597 nt
GC Content
0.4866
AGAGCGGGCAGCAGGCAGGCGGCGGGCGCUCAGACGGCUUCUCCUCCUCCUCUUGCUCCUCCAGCUCCUGCUCCUUCGCCGGGAGGCCGCCCGCCGAGUCCUGCGCCAGCGCCGAGGCAGCCUCGCUGCGCCCCAUCCCGUCCCGCCGGGCACUCGGAGGGCAGCGCGCCGGAGGCCAAGGUUGCCCCGCACGGCCCGGCGGGCGAGCGAGCUCGGGCUGCAGCAGCCCCGCCGGCGGCGCGCACGGCAACUUUGGAGAGGCGAGCAGCAGCCCCGGCAGCGGCGGCAGCAGCGGCAAUGACCCCUUGGCUCGGGCUCAUCGUGCUCCUGGGCAGCUGGAGCCUGGGGGACUGGGGCGCCGAGGCGUGCACAUGCUCGCCCAGCCACCCCCAGGACGCCUUCUGCAACUCCGACAUCGUGAUCCGGGCCAAGGUGGUGGGGAAGAAGCUGGUAAAGGAGGGGCCCUUCGGCACGCUGGUCUACACCAUCAAGCAGAUGAAGAUGUACCGAGGCUUCACCAAGAUGCCCCAUGUGCAGUACAUCCAUACGGAAGCUUCCGAGAGUCUCUGUGGCCUUAAGCUGGAGGUCAACAAGUACCAGUACCUGCUGACAGGUCGCGUCUAUGAUGGCAAGAUGUACACGGGGCUGUGCAACUUCGUGGAGAGGUGGGACCAGCUCACCCUCUCCCAGCGCAAGGGGCUGAACUAUCGGUAUCACCUGGGUUGUAACUGCAAGAUCAAGUCCUGCUACUACCUGCCUUGCUUUGUGACUUCCAAGAACGAGUGUCUCUGGACCGACAUGCUCUCCAAUUUCGGUUACCCUGGCUACCAGUCCAAACACUACGCCUGCAUCCGGCAGAAGGGCGGCUACUGCAGCUGGUACCGAGGAUGGGCCCCCCCGGAUAAAAGCAUCAUCAAUGCCACAGACCCCUGAGCGCCAGACCCUGCCCCACCUCACUUCCCUCCCUUCCCGCUGAGCUUCCCUUGGACACUAACUCUUCCCAGAUGAUGACAAUGAAAUUAGUGCCUGUUUUCUUGCAAAUUUAGCACUUGGAACAUUUAAAGAAAGGUCUAUGCUGUCAUAUGGGGUUUAUUGGGAACUAUCCUCCUGGCCCCACCCUGCCCCUUCUUUUUGGUUUUGACAUCAUUCAUUUCCACCUGGGAAUUUCUGGUGCCAUGCCAGAAAGAAUGAGGAACCUGUAUUCCUCUUCUUCGUGAUAAUAUAAUCUCUAUUUUUUUAGGAAAACAAAAAUGAAAAACUACUCCAUUUGAGGAUUGUAAUUCCCACCCCUCUUGCUUCUUCCCCACCUCACCAUCUCCCAGACCCUCUUCCCUUUGCCCUUCUCCUCCAAUACAUAAAGGACACAGACAAGGAACUUGCUGAAAGGCCAACCAUUUCAGGAUCAGUCAAAGGCAGCAAGCAGAUAGACUCAAGGUGUGUGAAAGAUGUUAUACACCAGGAGCUGCCACUGCAUGUCCCAACCAGACUGUGUCUGUCUGUGUCUGCAUGUAAGAGUGAGGGAGGGAAGGAAGGAACUACAAGAGAGUCGGAGAUGAUGCAGCACACACACAAUUCCCCAGCCCAGUGAUGCUUGUGUUGACCAGAUGUUCCUGAGUCUGGAGCAAGCACCCAGGCCAGAAUAACAGAGCUUUCUUAGUUGGUGAAGACUUAAACAUCUGCCUGAGGUCAGGAGGCAAUUUGCCUGCCUUGUACAAAAGCUCAGGUGAAAGACUGAGAUGAAUGUCUUUCCUCUCCCUGCCUCCCACCAGACUUCCUCCUGGAAAACGCUUUGGUAGAUUUGGCCAGGAGCUUUCUUUUAUGUAAAUUGGAUAAAUACACACACCAUACACUAUCCACAGAUAUAGCCAAGUAGAUUUGGGUAGAGGAUACUAUUUCCAGAAUAGUGUUUAGCUCACCUAGGGGGAUAUGUUUGUAUACACAUUUGCAUAUACCCACAUGGGGACAUAAGCUAAUUUUUUUACAGGACACAGAAUUCUGUUCAAUGCUGUUAAAUAUGCCAAUAGUUUAAUCUCUUCUAUUUUGUUGUCGUUGCUUGUUUGAAGAAAAUCAUGACAUUCCAAGUUGACAUUUUUUUUUCAUUUUAAUUAAAAUUUGAAAUUCUGAACACCGUCAGCACCCUCUCUUCCCUAUCAUGGGUCAUCUGACCCCUGUCCGUCUCCUUGUCCCUGCUUCAUGUUUGGGGGCCUUUCUUUAACUGCCUUCCUGGCUUAGCUCAGAUGGCAGAUGAGAGUGUAGUCAAGGGCCUGGGCACAGGAGGGAGAGCUGCAGAGUGUCCUGCCUGCCUUGGCUGGAGGGACACCUCUCCUGGGUGUGGAGACAGCUUGGUUCCCUUUCCCUAGCUCCCUGGUGGGUGAAUGCCACCUCCUGAGAUCCUCACCUCUUGGAAUUAAAAUUGUUGGUCACUGGGGAAAGCCUGAGUUUGCAACCAGUUGUAGGGUUUCUGUUGUGUUUUUUUUUUUUUUUUUGAAAUAAAACUAUAAUAUAAAUUCUCCUAUUAAAUAAAAUUAUUUUAAGUUUUAGUGUCAAAAGUGAGAUGCUGAGAGUAGGUGAUAAUGUAUAUUUUACAGAGUGGGGGUUGGCAGGAUGGUGACAUUGAACAUGAUUGCUCUCUGUCUCUUUUUUCAGCUUAUGGGUAUUUAUCUUCUAUUAGUAUUUGUAUCUUCAGUUCAUUCCACUUUAGGAAACAGAGCUGCCAAUUGAAACAGAAGAAGAAAAAAAAAAAAAGCAGCAGACAACACACUGUAGAGUCUUGCACACACACAAGUGCCCAGGCAAGGUGCUUGGCAGAACCGCAGAGUGGGAAGAGAGUACCGGCAUCGGGUUUCCUUGGGAUCAAUUUCAUUACCGUGUACCUUUCCCAUUGUGGUCAUGCCAUUUGGCAGGGGGAGAAUGGGAGGCUUGGCCUUCUUUGUGAGGCAGUGUGAGCAGAAGCUGAUGCCAGCAUGUCACUGGUUUUGAAGGGAUGAGCCCAGACUUGAUGUUUUGGGAUUGUCCUUAUUUUAACCUCAAGGUCUCGCAUGGUGGGGCCCCUGACCAACCUACACAAGUUCCCUCCCACAAGUGGACAUCAGUGUCUUCUCUGUGAGGCAUCUGGCCAUUCGCACUCCCUGGUGUGGUCAGCCUCUCUCACACAAGGAGGAACUUGGGUGAAGGCUGAGUGUGAGGCACCUGAAGUUUCCCUGCGGAGUCGAUAAAUUAGCAGAACCACAUCCCCAUCUGUUAGGCCUUGGUGAGGAGGCCCUGGGCAAAGAAGGGUCUUUCGCAAAGCGAUGUCAGAGGGCGGUUUUGAGCUUUCUAUAAGCUAUAGCUUUGUUUAUUUCACCCGUUCACUUACUGUAUAAUUUAAAAUCAUUUAUGUAGCUGAGACACUUCUGUAUUUCAAUCAUAUCAUGAACAUUUUAUUUUGCUAAAUCUUGUGUCAUGUGUAGGCUGUAAUAUGUGUACAUUGUGUUUAAGAGAAAAAUGAAACCCACAUGCCGCCAUUUUCCUGAAUCAAAUUCUGCAGUGGAAUGGAGAGGAAAAUACUUCUAGGCAAGCAGCUAGACUGGUGAAUUGGGGGAAAUAGAAGGAACUAGUAACUGAGACUCCUCCAGCCUCCUCCCUAUUGGAAUCCCAAUGGCUCCUGGAGUAGGAAAAAAGUUUAAACUACAUUCAUGUUCUUGUUCUGUGUCACUCGGCCCUGGGUAGUCUACCAUUUACUUCACCCCAAGUCCUGCUGCCCAUCCAGUUGGGAAGCCAUGAUUUUCCUAAGAAUCCAGGGCCAUGGGAGAUACAAUUCCAAGUUCUCGCUUCCUCCUUUGGGCAUCUCUUCUGCCUCCCAAUCAAGGAAGCUCCAUGCUCAGGCUCUCAGCUCUCGGGCCAGUGCUCUGCUCUGUCCAGGGUAGGUAAUACUGGGAGACUCCUGUCUUUUACCCUCCCCUCGUUCCAGACCUGCCUCAUGGUGGCAACAUGGUUCUUGAACAAUUAAAGAAACAAAUGACUUUUUGGAAUAGCCCUGUCUAGGGCAAACUGUGGCCCCCAGGAGACACUACCCUUCCAUGCCCCAGACCUCUGUCUUGCAUGUGACAAUUGACAAUCUGGACUACCCCAAGAUGGCACCCAAGUGUUUGGCUUCUGGCUACCUAAGGUUAACAUGUCACUAGAGUAUUUUUAUGAGAGACAAACAUUAUAAAAAUCUGAUGGCAAAAGCAAAACAAAAUGGAAAGUAGGGGAGGUGGAUGUGACAACAACUUCCAAAUUGGCUCUUUGGAGGCGAGAGGAAGGGGAGAACUUGGAGAAUAGUUUUUGCUUUGGGGGUAGAGGCUUCUUAGAUUCUCCCAGCAUCCGCCUUUCCCUUUAGCCAGUCUGCUGUCCUGAAACCCAGAAGUGAUGGAGAGAAACCAACAAGAGAUCUCGAACCCUGUCUAGAAGGAAUGUAUUUGUUGCUAAAUUUCGUAGCACUGUUUACAGUUUUCCUCCAUGUUAUUUAUGAAUUUUAUAUUCCGUGAAUGUAUAUUGUCUUGUAAUGUUGCAUAAUGUUCACUUUUUAUAGUGUGUCCUUUAUUCUAAACAGUAAAGUGGUUUUAUUUCUAUCACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1545.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1633.06
Frequency: 0.0000
Diversity: 1270.05
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((((((.(((((((((.(((.....((.((((((((.((((((((((((...((((.((((((((((.((((...((.((((.((((((((((.((..(((((((((...)))))..)))).............)))))).)))))).)))).))...))))...(((((((((((..((.((.((((((((.((((....))))(((((...)))))))))))).).)).))..))))))))))).)))).))))))..((((((....))).)))((((((((((((((..((((((((((((.((((.(((.((..((((((..((.(((((((((.(((((.((....(((((....))))))))))))...)))))))).).))..))))..))..))))).)))))))))))))))).((((((((((((((.((((..((.((((((((((((.(((((.((((.(........).))))..)).))).)))))).(((.((((...(((((((((((((((......((((((.((((....)))).)))))).((((..(((((.(((........)))...(((((....))))).((((((.((....)))))))).(((((((........)))))))((((((((((.....)))).)))))))))))..)))).(((((....))))).......((((.(((...(((.(((...))).)))))).))))(((((.(((((....(((((((..(((((((...((((((((.((........)).)))))....((((...)))).))).))))).)).((((.....))))(((((.((((....((((.((....((((..((((((....))......((((.....)))).........(((.....))).....))))..)))).............)).)))))))).)))))((.((((((.((....((.....)).....))..))))))))........(((.......))))))))))....))))).)))))...))))).))))))))))...)))))))..........)))))).)).))))..(((((((((((..((.(((((...((((((....))))))...))))).)).))))))))))).((((((......))))))...(((.(((.((.(((.....))).)).))).))).....(((((...........)))))((((..((.......))..))))..))))))))))))))....(((((((..(((.(((((.(((((.(((((((((((...(((((...(((((((((((.........((((((((....)).))))))((((((((...((..(((.((((.(((.(((..(((((((((......)))))))))..))))))...)))).))).)).....))))).))))))))))))))..))))).))).)).))))))...)))))......))))).))))))))))..((((((...(((.(((((.....((..((((.(((((((((..((((((........))))))((.((((.((..(((((((.((.((((((........((((((..(((((.............))))).(((((((....(((((.(((......)))..)))))(((((((..........))))))).......)))))))))))))..((((....))))...)))))).))..))))))).)).)))).))..(((((((((.(((((..................)))))(((((((((.((...(((...(((((...(((((((((((...))))))))))).))))).)))...)).)))))))))......)))))))))..(((....))))))))))))........)))).)).....))))).)))....))))))..........(((((...........))))))))))))))))))).....((((((((..(((.((........)).))).))))))))(((((((.......))))))).((((......)))).......((((((((((((.(((((....))))).))...(((((((..................((((((((((((((((....((((((((((((((((.(((.(((........))).)))..))).)))))).)))))))((((((((.((((((((((.((.((....)).)).)))))))....((((((((((((((.(((((((......(((((((.(.....).)))).)))...(((((((((.(((((((((.(((((((((...((((((((...(((.(((....))).)))...))).)))))(((((((((.(((((((((((.((((........)))).))))).)))))).))))...)))))........((((((...(.((((((((((........)))))))))).)....))))))....)))))).))))))))))))..))))).))))(((..((((((((.((..........((((((((.((((.(((((((((.((((((.......(((((.((..((((((.((((......))))...))))))......)).)))))))))))...............((((((.(((...)))...))).)))........)))))))))((((...))))(((((..((((((..((((((.(((.(((((((....((((((((...)))..))))).....))).)))))))))))))))))))..))))).....((((((......((((((((.((((((......))))).(((((((.(((.(((((((((((.(((((...((((..((((((((((.(((((((.....).)))))).)))))))).))..))))(((.((((((((...))))))))..)))......................((((((.(((((....))))).)).)))).))))))))))....((((((....)))))))))))).)))))))))).(((.((((((((((((...((.....))....))))).))))))))))..((((((.....((((((((((((.....(((.((((....((....(((((.(((((((.........))))))))))))...)).....))))))).)))))))(((((.....))))).....(((.((((((((.((((((((((((((((...........((((.((((....(((((.((....)).)))))..))))..))))...(((((((((......(((((......(((((.((........)).)))))......)))))..)))))))))......((((.(((((((.(((............))).)))))))(((((......))))).)))).)))).))....)))))).)))).)))))))).))).)))))......)))))).).))))))))..(((((((....)))))))))))))))))..)))))))).........)).)))))))).)))..((((((.(((((((((((((..(((.................(((((..(((.((((......)))).)))...))))).....)))))))))))))..))).))))))...))))))).))(((((((...(((((...(......)...)))))...))))))))))))))))))).)))))))))))(((((((((.((((((((....))))))))...))))))(((((....)))))...))).......((((.(((((((((.......))))....)).))).))))..)))))))))((((......)))).....(((((....))))).......))))))))))))))........(((((((...((((....)))).))))).))....((.(.((((((......)).)))).))).(((..(((((.((((.(((((......)))))...(((((.((((...(((((((((..........))))))))))))).))))).)))).)))))...)))...))))))))))((((.((.......)).))))....))))....))).))))))))).)))))))))).((((((((((((((((((...)))))))))))......))))))).))).))))))..........))).)))))))))))............(((((((((((((((((((((((.((((.((......)).)))(((((((((..((((((........)))))).....))))...)))))..(((((((((((((((.....))).)))))))).))))).))))))................((((......))))....(((((((......)))))))))))))).)))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((((((((((.(((((((((,(((,.,.,((,(((((({(,(((((((((.{(((((((({(((({,,,,,|{{|||,,((,((((,((({(((((({({..(((((({((,.,||}}|{,||||,,...,,,{.,,{||||||,}}}}}}.||||,||..{||}}.}}|{,,{||||||,,{|.,|}|||||||||||.|,,,,|,,||||{|,.,))))}),)))))}),})}))..)))}})))))).||||||,}}|}..{{{{{(,,..))).)))((((((((((((({..((((((((((((.((((.(((.{{..{,((((..((.(((((((((.((((((((....(((((....))))))))))))...)))))))).).))..))))..,...)}))).)))))))))))))))).((((((((((((((.{{{,.,((,((((((((((((.(((((.((((.{........).}))).,}).))).)))))).{((.((((...(((((((((((((((..,{{...,(((,((((.,{.||||,|}||||{((((..,{,{||||||,.,,,|.}}}.{,(((((....))))),{(((({.{{..,,}}}}}))}.{{{((((,{{,{,..}}}|||(((((((((((.....))))))))))))},}}|,}|||{((({{.,,.|||||,{{|.|,((((.(((...(((.(((...))).)))))).)))}{((({.{{{{{,,..{{|||{{..(((((((...((((((((.((........)).))))}....((((...)))),))).))))).)).((((.....)))){{|||,|({{....|||{,||,,,,||{|.|(({,,,,,,,}|......((({.....}))),.|||.,,,)||.|,|,,||...,})},,...,,,.....,,,,...,)},))}))))),))}})((.((((((.{{,{..,{.....}}.....)}..))))))}),{{,,,..{((.......)))}}}))))},..,,}}}.,}))}...))))).))))))))))...))))}}|...,|,|,..)}}))).,}.})))..(((((((((((..((.(((((...((((((....))))))...))))).)).))))))))))).((((((......))))))...{{{.{((.,,.{{{.....||}.,,.})),))}.....{((((...........)))))||||,.,|.......)),,)))),.))))))))))))))....(((((((..(((.((((({(((((.(((((((((((...(((((...(((((((((((.........((((((((....)).))))))(({(((((...((..(((.((((.(((.(((..(((((((((......)))))))))..))))))...)))).))).}}.....))))).})))))))))))))..))))).))).))))))))),,})},))}.....,)))).))))))))))..{(((((...,,,....{({,{.((((((...((((((,(({,.((((((........))))))((.((((.{({.(((((((.(,.((((((.,,,..,{{{((((.,({{{,.....||,|..,||||}|,(((((((...|||||(.(((......}))..)))))||{{({{.,,,,.,,,.}}}}))).,,,,..))))))}}}}))},}|{{(....)))}...)))))).,}..))))))).)).)))).)}..{((((....((((((..................))))))...))))))}))))))...)))))).|,||(((((((((...)))))))))|{{{|||.{{{{,{(({{(((((.(((....}))...)))))}.))).,.})))},..,,}))}},.......{{{{{{.{,,{..,,)))),,..)))))).,,,......,{|||,,,,.......}}}},}))))))))))))),{,,{(({{{{{{.,{{{,|{......,,||,|}}.}}}}}}}}{{(((((.......)))))),...||,....|||}},,.,,...............(((((....))))).||{{{({{{{{{,,,((((((,,...||.{|||(((({(((((({,,{{((,((((((({,,||{|.||{}|||,..,,},,}},.}}),,)))},})))),}))))))|{||||||,{|||||{|||}||.||,..{||,||,|||}},,.|{,((((((((((((((,(((((((......,{{(({{,{..,,.|,|||}.,|{,{,||||(((((.((((((((,{((({{{{{,...{(((((((...(((.(((....))).)))...)))},)))}{{(((((((.(((((((((((.((((........)))).))))).)))))).)))},}}}}}}}...,,,..((((((,..{.((((((((((........)))))))))).},}},)))}}}.,,.}})))).))))))))))))..))))).}}}|,|||,(({(({{{.||,||{{||||.||,,,,,,.(((,.{((({{({{.((((((....,..(((((.((..((((((.((((......))))...))))))......)).))))))))))).,,.........||,{{((((.{{,...}))...)))}}))...,.,,.,,}||||||{{{,,{,,|||(((((..((((((..((((((((((.(((((((.,..((({,(({...)))..,,,}),....))).)))))))))))))))))))..)))))...|||||||||{,...(((((({,.,(((((,.....))))).(((((((.(((.(((((((((((.(((((...((((..{{((((((((.(((((((.....)})))))).)))))))).}}..)))){({.((((((((...))))))))..))}....,........},.......((((((.(((((....))))).)).)))).))))))))))....((((((....)))))))))))).)))))))))).(({,((((((((((((,,,((,,,,,|}...,||}}},|}}}}}}}||{.((((((.....{(((((((((((.....(((.((((....({,({.(((({{(((((((.........)))))))))))).}})).....))))))).)))))))(((((.....)))))...,.(({.((((((((.((((((((((..((((,,,,.......,,,{,||||,|,.(((((.((....)).)))))..}}}}.,|||}...{((((((({......(((((.,.{{{(((((.((........)).))))},}}}..))))),.))))))))}....,,||{{.(((((((,(({...,...,,,,.}}}.))))))){{|||,,,,..}}}||.|}},.,}}},)),...))))))},))).)))))))),})}.)))}}......)))))).,}))|||}||,{(((((((....))))))).,,|{|}}}}}))}....||,....,},.}}.}}}})})).,}},,,|||||}||||||{{(((((,...,.,,....,}}},,....|||||,|{||.((({...,,,||||.}||{..|||||,....,)))))}}|||}},,||||||,||....}}}}))),))(((((((...(((((...{......)...)))))...)))))))}))))))))}))}))))))))}}}||||((({(,{{{||{||....}|||}}||,,.,}}}}|(((((....)))))},,,)}})))...{|||,{{{||||||.,,,,..}}}}.,,,))||||,}}}}..,}}))))),((((......)))).....|||||,,,,}))))....,,,)))}))))||||}.....,,}|||(((((...((((....)))).))))|,||,...,{,{.((((((......)),,)))|{{{{,...}||||{{((({..(|,,,|}..,))))},..|((((.{(((..,(((((((((..........))))))))))))).))))}..,}}..,,},..,))),,,))))))||||,|||||{}}},....,,{{{...,||,|{,..}})))})))}}))),)|||||||,|.(((((({(((((((((({...})))))))))),,,...))))))),})),)))))),..,,,,...))).)))))))))))............(((((((((((((((((((((((.{{((.({......)).))}(((((((((..,(,((({{......,))))),....))))...))))).,((({{((((((({({.....}))|,))))))).)}}}}.)))))).,,,..,|,..,}}}.((((......))))....(((((((......)))))))))))))).)))))))))).
Back