Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000421.5
Sequence Length
2143 nt
GC Content
0.5203
AGGCACUCCCUGGGCUAAACAGCAUCACCAUGUCUGUUCGAUACAGCUCAAGCAAGCACUACUCUUCCUCCCGCAGUGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAUGUGGAGGAGGAGGAGGAGUGUCAUCCCUAAGAAUUUCUAGCAGCAAAGGCUCCCUUGGUGGAGGAUUUAGCUCAGGGGGGUUCAGUGGUGGCUCUUUUAGCCGUGGGAGCUCUGGUGGGGGCUGCUUUGGGGGCUCAUCAGGUGGCUAUGGAGGAUUAGGAGGUUUUGGUGGAGGUAGCUUUCGUGGAAGCUAUGGAAGUAGCAGCUUUGGUGGGAGUUAUGGAGGCAUCUUUGGAGGGGGCAGUUUCGGAGGUGGCAGCUUUGGUGGGGGCAGCUUUGGUGGAGGCGGCUUUGGUGGAGGCGGCUUUGGAGGAGGCUUUGGUGGUGGAUUUGGAGGAGAUGGUGGCCUUCUCUCUGGAAAUGAAAAAGUAACCAUGCAGAAUCUGAAUGACCGCCUGGCUUCCUACUUGGACAAAGUUCGGGCUCUGGAAGAAUCAAACUAUGAGCUGGAAGGCAAAAUCAAGGAGUGGUAUGAAAAGCAUGGCAACUCACAUCAGGGGGAGCCUCGUGACUACAGCAAAUACUACAAAACCAUCGAUGACCUUAAAAAUCAGAUUCUCAACCUAACAACUGAUAAUGCCAACAUCCUGCUUCAGAUCGACAAUGCCAGGCUGGCAGCUGAUGACUUCAGGCUGAAGUAUGAGAAUGAGGUAGCUCUGCGCCAGAGCGUGGAGGCUGACAUCAACGGCCUGCGUAGGGUGCUGGAUGAGCUGACCCUGACCAAGGCUGACCUGGAGAUGCAAAUUGAGAGCCUGACUGAAGAGCUGGCCUAUCUGAAGAAGAACCACGAGGAGGAAAUGAAAGACCUUCGAAAUGUGUCCACUGGUGAUGUGAAUGUGGAAAUGAAUGCUGCCCCGGGUGUUGAUCUGACUCAACUUCUGAAUAACAUGAGAAGCCAAUAUGAACAACUUGCUGAACAAAACCGCAAAGAUGCUGAAGCCUGGUUCAAUGAAAAGAGCAAGGAACUGACUACAGAAAUUGAUAAUAACAUUGAACAGAUAUCCAGCUAUAAAUCUGAGAUUACUGAAUUGAGACGUAAUGUACAAGCUCUGGAGAUAGAACUACAGUCCCAACUGGCCUUGAAACAAUCCCUGGAAGCCUCCUUGGCAGAAACAGAAGGUCGCUACUGUGUGCAGCUCUCACAGAUUCAGGCCCAGAUAUCCGCUCUGGAAGAACAGUUGCAACAGAUUCGAGCUGAAACCGAGUGCCAGAAUACUGAAUACCAACAACUCCUGGAUAUUAAGAUCCGACUGGAGAAUGAAAUUCAAACCUACCGCAGCCUGCUAGAAGGAGAGGGAAGUUCCGGAGGCGGCGGACGCGGCGGCGGAAGUUUCGGCGGCGGCUACGGCGGCGGAAGCUCCGGCGGCGGAAGCUCCGGCGGCGGCCACGGCGGCGGCCACGGCGGCAGUUCCGGCGGCGGCUACGGAGGCGGAAGCUCCGGCGGCGGAAGCUCCGGCGGCGGCUACGGGGGCGGAAGCUCCAGCGGCGGCCACGGCGGCAGUUCCAGCGGCGGCUACGGUGGUGGCAGUUCCGGCGGCGGCGGCGGCGGCUACGGGGGCGGCAGCUCCGGCGGCGGCAGCAGCUCCGGCGGCGGAUACGGCGGCGGCAGCUCCAGCGGAGGCCACAAGUCCUCCUCUUCCGGGUCCGUGGGCGAGUCUUCAUCUAAGGGACCAAGAUACUAACAAAACCAGAGUAAUCAAGACAAUUAUUGAAGAGGUGGCGCCCGACGGUAGAGUUCUUUCAUCUAUGGUUGAAUCAGAAACCAAGAAACACUACUAUUAAACUGCAUCAAGAGGAAAGAGUCUCCCUUCACACAGACCAUUAUUUACAGAUGCAUGGAAAACAAAGUCUCCAAGAAAACACUUCUGUCUUGAUGGUCUAUGGAAAUAGACCUUGAAAAUAAGGUGUCUACAAGGUGUUUUGUGGUUUCUGUAUUUCUUCUUUUCACUUUACCAGAAAGUGUUCUUUAAUGGAAAGAAAAACAACUUUCUGUUCUCAUUUACUAAUGAAUUUCAAUAAACUUUCUUACUGAUGCAAACUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-746.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -783.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 422.34
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((.((....))))).....((((((...(((.((((.((......)).)))).)))...((((((((((......))))))))))(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((.(((((.....(((((((((((...((((((((((((..........)).))))))))))..(((((((((((..((((((((((((((((.(.((......)).).))))))).)))..)))))).))))....((((((((((.(.((((((.((((((((((...((((.(((((....))))).))))...))))))))))(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((.(((((....))))).))))...((((((((..((((((..(((((((....(((((.((.((.((.........)).)).)).)))))......))))))).)))))).)))))))).(((((......(((.((((((((..........))).))))).))).......)))))..(((((((....((((((((..(((.......)))..)))..))).)).......)))))))....))))))............(((((................)))))....(((.((((((((.....((((....(((((...)))))..)))).((((((..((........))..)))))).((((((...))))))..(.((((((.......)))))).))))))))).)))..)))))).)))).)))))))))).))((......)).....((.(((.(.((....))).))))).(((.....))).((....))............))))))))).....(((((.............))))).......))))))))....((((.((........(((((.(......).))))).......)).))))((((...........))))....((((.......((((((((.......(((....(((....)))...))).......)))))))).......))))........(((.(((((...........))))).).))..)))))))))).......((((....))))))).........))).).))))))))))(((((........((.(((...((((.(((((((((..((((....((.........))..))))..)))...))))))))))...))).)).........)))))......(((((..((....(((((((((......)))))...))))..))..)))))...))))))).).))))))))))...))))).(((((.(.(((.((.(.(((.((.((((((.(..((.(((.((((.((.((.((((...)))).)).))..))))))).))((.(((((.(.(((.(((.((.(((.(((((((.(..((....))..).))).))))))).))((((((((((((..(((.(((.(.(((((....))))).).))).))).))).)))..)))).))))).))).).))))).))).)))).)).)).))).).)).))).).))))))))).))))(((..(.((.(.(((((((.((.((....)).)).))).)))).).)).)..))).....))))))))))))).))))..(((((..((((((..(((..(.....((((((...........))).)))....)..))).)))))).....)))))(((.(((((.........))))).)))....(((((((((.((((((((..................((((......))))..(((.((.(((((((((...(((((..(.((((..........)))).)........)))))..))))))))).))))).((((((((.......))).)))))...)))))))).)))))))))...))))))))))).......(((((((((((((((.....)))))...)).))))))))...(((((....)))))....................))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((.{,...,|||||..,,,(((({{...||{|||||.,,...,||}).,},,.}},...((((((((((......))))))))))(((((((((({((((.(((((((((((((((((((((.(((((.....(((((((((((...((((((((((((.,,....,,.)).)))))))))}..(((((((((((..((((((((((((((((.(.((......)).}.))))))).)))..)))))).))))....((((({{{(({(,(({(((,((((((((((...||||}|||||.,,.|||||.||||{{,||}|||||||(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((({(((((((((.(((((....))))).)))},..((((((((..((((((.,{((((((...,(((((.{{,{{,||,........))..,.)}.))))).,....))))))).)))))).)))))))).(((((......(((.((((((((..........))).))))).))).......))))),,((({((({...,,||||{|..|||.,..,,}})}..)))},})),}}..,.,..,}}))}}....)))}}},...........(((((................)))))....(((.((((((((.,,,,,{{{....(((((...})))).,}}|}.((((((..((.,......))..)))))).((((((...))))))..(.((((((.......)))))).))))))))).)))..)))))).)))).)))))))))).)){,......,,...,.((.(((.(.((....))).)))}}.|{{.....}},.{{....}}.,,.........)))))))))..,,.(((((.............))))).,,....)))))))){{{{{{{{.|{..,,}}..(((((.(......).))))).......,,.,,,,{(((.,.......,,))))||,|((((....{{.((((((((.......(((....(((....)))...))).......))))))))}}...,.))))......,}||{.((({(,..........))))).).},..)))))))))).......((((....))))))))}.,..,..)))}).)))))))))|(((((........((.(((...((((.(((((((((..((((....((.........}},.))))..))}..,))))))))))...))).)).........))))),.....|{{{|,,||,...||||{((((......))))}...)))}..}}..)))))...))))))).),})))))))))...))))).(((((.(.(((.((.{.(((.(({,((((((((((,{(,{({....}},),}).)))))}(((.((.((({{{(((((.((,,{(((.{...,),}))).)).))).))))))).)).)))...(((({,{....))))))((.((((((((((((.{(((.(((.{.(((((....))))).}.))).))).,),))).}})))).)).)).(((((....)))))..,)))).),}).))).).)).))).).))))))))},))))(((..(.((.(.(((((((.((.((....)).)).))).)))).).)).)..))).....))))))))))))).))))..(((((..((((((..({{..{.....{{((((...........)))},)}....}..))}.)))))).....)))))(((.(((((,......,.))))).))),,,,(((((((((.((((((((..........,.......{{({,.....||}},.{{{.((.(((((((((...(((((,|{.((((..........)))).}....,,,.)))))..))))))))).))}},.|||(((((.....,,))),))}},...)))))))).))))))))).,,))))))))))).......(((((((((((((((.....}))))...)),,)))))))...(((((....)))))....................))))))......
Back