Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000423.3
Sequence Length
2450 nt
GC Content
0.5363
AGCACAGUUGAGUCUCCAGCCUUGACUCUUCUCAAGAGCCUGUGACUUUCCUCCCUGGACAAAGGCAUCAUGAGUUGUCAGAUCUCUUGCAAAUCUCGAGGAAGAGGAGGAGGUGGAGGAGGAUUCCGGGGCUUCAGCAGCGGCUCAGCUGUGGUGUCUGGUGGAAGCCGGAGAUCAACUUCCAGCUUCUCCUGCUUGAGCCGCCAUGGUGGUGGUGGCGGGGGCUUCGGUGGAGGCGGCUUUGGCAGUCGGAGUCUUGUUGGCCUUGGAGGGACCAAGAGCAUCUCCAUUAGUGUGGCUGGAGGAGGUGGUGGCUUUGGCGCCGCUGGUGGAUUUGGUGGCAGAGGAGGUGGUUUUGGAGGCGGCAGCAGCUUUGGAGGUGGCAGCGGCUUCAGUGGUGGUGGUUUCGGUGGAGGCGGCUUUGGUGGAGGCCGCUUUGGAGGUUUUGGGGGCCCUGGUGGUGUUGGAGGUUUAGGGGGUCCUGGUGGCUUUGGGCCUGGAGGAUACCCUGGUGGCAUCCACGAAGUCUCUGUCAACCAGAGCCUCCUGCAGCCUCUCAACGUGAAAGUUGACCCAGAGAUCCAGAAUGUGAAGGCCCAAGAGCGUGAGCAGAUCAAAACUCUCAACAACAAAUUUGCCUCCUUCAUUGACAAGGUGCGGUUCUUGGAGCAGCAGAACCAGGUGUUACAGACCAAAUGGGAGCUGCUACAACAAAUGAAUGUUGGCACCCGCCCCAUCAACCUGGAGCCCAUCUUCCAGGGGUAUAUCGACAGCCUCAAGAGAUAUCUGGAUGGGCUCACUGCAGAAAGAACAUCACAGAAUUCAGAGCUGAAUAACAUGCAGGAUCUUGUGGAGGAUUAUAAGAAGAAGUAUGAGGAUGAAAUCAAUAAGCGCACAGCUGCUGAGAAUGAUUUUGUGACGCUUAAAAAGGACGUGGACAAUGCCUACAUGAUAAAGGUGGAGUUGCAGUCCAAGGUGGACCUGCUGAACCAGGAAAUUGAGUUUCUGAAAGUUCUCUAUGAUGCGGAGAUAUCCCAGAUACAUCAGAGUGUCACUGACACCAACGUCAUCCUCUCCAUGGACAACAGCCGCAACCUGGACUUGGAUAGCAUCAUCGCCGAGGUCAAGGCCCAGUAUGAGGAGAUCGCCCAGAGGAGCAAGGAAGAAGCGGAGGCCCUGUACCACAGCAAGUAUGAGGAGCUCCAGGUGACUGUCGGGAGACAUGGAGACAGCCUGAAAGAGAUCAAGAUAGAGAUCAGCGAGCUGAACCGCGUGAUCCAGAGGCUGCAGGGGGAGAUCGCACAUGUGAAGAAGCAGUGUAAGAAUGUGCAAGAUGCCAUCGCAGAUGCCGAGCAGCGUGGGGAGCAUGCCCUCAAGGAUGCCAGGAACAAGUUGAAUGACCUGGAGGAGGCCCUGCAGCAGGCCAAGGAGGACUUGGCGCGGCUGCUGCGUGACUACCAGGAGCUGAUGAACGUGAAGCUGGCCCUAGAUGUGGAGAUCGCCACCUACCGCAAACUGCUGGAGGGCGAGGAGUGCAGGAUGUCUGGAGACCUCAGCAGCAAUGUGACUGUGUCUGUGACAAGCAGCACCAUUUCAUCAAAUGUGGCAUCCAAGGCUGCCUUUGGAGGUUCUGGAGGUAGAGGGUCCAGUUCCGGAGGAGGAUACAGCUCUGGAAGCAGCAGUUAUGGCUCUGGAGGCCGACAGUCUGGCUCCAGAGGCGGUAGUGGAGGAGGAGGUUCUAUCUCUGGAGGAGGAUAUGGCUCUGGCGGUGGUUCUGGAGGAAGAUACGGAUCUGGUGGUGGCUCUAAGGGAGGGUCCAUCUCUGGAGGAGGAUAUGGCUCUGGAGGUGGAAAACACAGCUCUGGAGGUGGCUCUAGAGGAGGCUCCAGCUCUGGAGGAGGAUAUGGCUCUGGAGGUGGGGGUUCUAGCUCUGUAAAGGGUAGCUCAGGUGAAGCUUUUGGUUCCAGCGUGACCUUCUCUUUUAGAUAAAGAUGAGCCCCCACCACCACCGACUCUCCCAACCCAGACUCUCCCACUCCAGAAUGUAGAAGCCUGUCUCUGUACCUCUAACUGGCAGCAAGUUAAAUUUUUGUCAUUUAUCUCUGAUGGCACUUUGAGGGAAAAGAAUGUCCACAUACAGUUUUUGAAAGAUCUUCUCUCCAAACCAGUUAGUUAGAGCCAGUGACGCCUCUGUGUUCUGGGGCGGAAUCUGUGCUGUCUAGGUUUGUGCUUCUAGCCAUGCCCAUUCCCGCCCCCACCAUGCCUCUUUGCAUUGCCCAUUUUCCAGAUGUGUAUUCUGUUGAGGACCCAGGCCCAUCCAGGGAUUUCAUCUCUAAGCCUGGCAGUGCUGGGGGGAAAUGUGUUUCUGUGUAUAUAGCUCCUCUUGUCCACUCUGCUUUCGGAAGUGCUGUGGUCUGGGGGUCUUCAUAAUAAACCUCAUUUGCAAUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-925.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -968.81
Frequency: 0.0000
Diversity: 684.54
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((....((((.(((((.((((..(((((((((((((.(((((((((.....(((......)))......)))))).)))..))))))..........)))))))...)))))))))(((((((((.(((((.(((((((((.((((((.((((.((((((....)))))).))))...(((.(((((((((((((..((((((((....))))))))((((((((((((((.((..(((......(((.(((((((((((.((.((((((((((((((.(((((((.....(((.((((((...(.(((((((......))))))).)...)))))).)))..))))))).)))))).(((.......)))((((((((((.....(((((((((((((.(((...(((((((((((((((....)))))))))))(((..((((((((((((....)).)))(((((((((((((((.((((((((...((((.(.(.((((.((.....)).)))).).).))))..))).))))).)))))))).)))))))((((......)))).))))))).))).............((((((((.((((.((.......))))))..........(((..((((.......)))).)))))))))))((((((....((((((.......)))...)))..)))))).(((((......))))).)))).)))))))))..)))))))))))).)))))(((.(((((..(.((.((((((((..((((((((..((..........))..)))).)))).(((((((((.(((..(((((....(((((((......)))))))....))))).............(((((((((((...(.......)...))))).))))))....((((...(((..(((((.........)))))..)))...))))........((((......))))..))).)).)))))))...))))).))).)))..)))))))).(((((......)))))..((((......))))))).))))).)).)))))..........)))))).)))))).)).)))))))))))....)))....((.((......))))...)))).))).)))))))))((((((((((........)))).))).))).((((...(((((............))))))))).....((((........))))....)))))).))))....(((((((((.((....(((.....(((((.(((.((((..((((..(..(((...((((((..(((((..(((...((.(((((.....)))))((((.(((....(((.......))).....))).))))..(((((.((((((((((((.....)))))).(((((.(((.((....))))).)))))......(((.((.((((....(((......))))))).))..)))...)))))).)))))((((..(.(((.....))).)..)))).)).))).)))))..))))))...)))..).))))..)))).))).)))))...)))...)).)))))))))..((((((((((((((((.((((((((..((.((((((((..((((((((..........(.((((((((.(((......))))))))))).)((((((((((((((.(((.........(((((.(....((((((((((..(((((.(((((((((((.((((.(((...((((((((...))))..(((((((((((((..........))))))))))))).......(((.((((((((....(((((((((((.(.(((((((((..(((...((.(((((.(((((((((((....((((.((((((.((.(((.(((((.(....).)))..)).))).)).)))))))))).......)))))))))))......((...)).....))))))).)))..)))))))..)).).))))).))))))))))))))...))).(((((.......)))))(((((.(((((.(........).)))))...))))).))))...)))..))))....)))))).))))))))))....))))))))))....).))))).......(((((((....((.((((.(((((........))))).)).)).))...))))))).)))...))))))).)))))))...))))))))..)))))))).))..))).((((((......((((((...))))))..))))))....)))))(((((..(((((........)))))..)))))....)).)))))))))))))).))))).))))).))))))))).........))))..)))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((.{{.((((..,.{.,(((((,{{{{{{|||,|.||,||{{|,((((((({(({(,,..,{{{{,|.,|,..}})).((((((((.{,...,(((((.{..{(((((((.((((((..((((((,,{{(((((.((({,{(.{,....,)}),.))).))))}})))))}}))..)))))).)))))))).)))))((((((((....)))))))){{((((((((((((.((,.(((......(((.(((((((((((.((.((((((({((((((.(((((((.,...(((.((((((...(.(((((((......))))))).)...)))))).))),.))))))).)))))),(((.......)))|(((((((({....{(((((((((((((.(((...(((({{(((((((((....)))))))))}|(((,,((((((({((,({,,,,|,|||(((((((((((((((,(({{{(((,..{{||,,.,,|||{.||},.,,||.,})),).}.)))),.)}),))))).)))))))).))))))|((((......)))),}))})}}.}))},....,....||((((((((,((((.((.......)))))}.,........{((..((((.......)))).))})))))))){{((((,,..((((((.......)))...)))..}))))).(((((......))))).)))).)))))))))..))))))))))})}))))}(((.(((((..(.((.((((((((..((((((((..((..,....}..))..)))).)))).(((((((((.(((..(((((....(((((((......)))))))....)))))..,,,...,}}..(((((((((({...{.......)...))))).))))))...{((.({(.,,,.}|||||.........,}}||,.,,,{{{||||,...}))}|})))....})},,..))).))}}}))))}...))))).))).)))..)))))))).(((((......)))))..((((......))))}}),))))).)).)))))..........)))))).)))})).}).)))))))))))...,))).,..,))))))))),,}}))}))))}})))..}..,.(((((((((..(((((((((....((({{{,((((((({..{((((....,}}.,,,,),},}))))...},}.||........((((((((........))).)))))(((((...((((((((((.,,((((.(((......|||}|||....{{{||||...||||,}|||,..|||...,},||}}}|(((((((,(((((.{(.{(((((((....((.((((...((((((,{.,(((((.((((((((((((.....)))))).{(({{,{((.({....}}}}}.}})}}.,....({(.,(,(((({{{.,.,,{{{.....}))).)).|))}...)))))).)))))((((..(.({(...,||}}.}..|}}}.(({{{,.,{||,|||{(,({{{,,,,.}))))))|||}}}}},,..}}},}}.}}}....(((((((((((...})))))))))).((((({.,.(({..((.((((((((..((((((({.....,,...(.((((((({{(((......})))))))))).)((((((({(((((({(({,,,,}}}}|{((((,({.,,((({{{{((({,((({{.((({((((({(,((((,((({,,((((({{,..{{{||{{(((((((((((((..........))))))))))))}.....,..((((((((....)))))))),{|{(({{{.{{{|||||,,(,,...,,,||(((.(((((((((((....((((.((((((.((.(((.(((((.(....).)))..)).))).)).)))))))))).......))))))))))).}},..|,,}}}}}}...}|}||,}.}}}..|||||||,{}|{|{,||}}{{|,|||..,((({(({({{{...,,|.........{((((((.......))))))}.,,|{|||||.,|||,||,}}}}...)}}.,}}},....}))))),)))))))}}},},,)))))))})),.}}),)})))|||,,,,||||{|||,|.||.|||{.|||||,,,,,,,,)))}},)).)),}),,.)))))}}.,))}},))))))).)))))))...})))))))..)))))))).)),,)))})}.))))).))))))...)))).)).....))))))).}.)),))))}...})))))))).))),,,,..))))))))))...)))))}}))))....)))))))))...))))))))).........)))).})))......
Back