Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000450.2
Sequence Length
3875 nt
GC Content
0.4227
AGCUGUUCUUGGCUGACUUCACAUCAAAACUCCUAUACUGACCUGAGACAGAGGCAGCAGUGAUACCCACCUGAGAGAUCCUGUGUUUGAACAACUGCUUCCCAAAACGGAAAGUAUUUCAAGCCUAAACCUUUGGGUGAAAAGAACUCUUGAAGUCAUGAUUGCUUCACAGUUUCUCUCAGCUCUCACUUUGGUGCUUCUCAUUAAAGAGAGUGGAGCCUGGUCUUACAACACCUCCACGGAAGCUAUGACUUAUGAUGAGGCCAGUGCUUAUUGUCAGCAAAGGUACACACACCUGGUUGCAAUUCAAAACAAAGAAGAGAUUGAGUACCUAAACUCCAUAUUGAGCUAUUCACCAAGUUAUUACUGGAUUGGAAUCAGAAAAGUCAACAAUGUGUGGGUCUGGGUAGGAACCCAGAAACCUCUGACAGAAGAAGCCAAGAACUGGGCUCCAGGUGAACCCAACAAUAGGCAAAAAGAUGAGGACUGCGUGGAGAUCUACAUCAAGAGAGAAAAAGAUGUGGGCAUGUGGAAUGAUGAGAGGUGCAGCAAGAAGAAGCUUGCCCUAUGCUACACAGCUGCCUGUACCAAUACAUCCUGCAGUGGCCACGGUGAAUGUGUAGAGACCAUCAAUAAUUACACUUGCAAGUGUGACCCUGGCUUCAGUGGACUCAAGUGUGAGCAAAUUGUGAACUGUACAGCCCUGGAAUCCCCUGAGCAUGGAAGCCUGGUUUGCAGUCACCCACUGGGAAACUUCAGCUACAAUUCUUCCUGCUCUAUCAGCUGUGAUAGGGGUUACCUGCCAAGCAGCAUGGAGACCAUGCAGUGUAUGUCCUCUGGAGAAUGGAGUGCUCCUAUUCCAGCCUGCAAUGUGGUUGAGUGUGAUGCUGUGACAAAUCCAGCCAAUGGGUUCGUGGAAUGUUUCCAAAACCCUGGAAGCUUCCCAUGGAACACAACCUGUACAUUUGACUGUGAAGAAGGAUUUGAACUAAUGGGAGCCCAGAGCCUUCAGUGUACCUCAUCUGGGAAUUGGGACAACGAGAAGCCAACGUGUAAAGCUGUGACAUGCAGGGCCGUCCGCCAGCCUCAGAAUGGCUCUGUGAGGUGCAGCCAUUCCCCUGCUGGAGAGUUCACCUUCAAAUCAUCCUGCAACUUCACCUGUGAGGAAGGCUUCAUGUUGCAGGGACCAGCCCAGGUUGAAUGCACCACUCAAGGGCAGUGGACACAGCAAAUCCCAGUUUGUGAAGCUUUCCAGUGCACAGCCUUGUCCAACCCCGAGCGAGGCUACAUGAAUUGUCUUCCUAGUGCUUCUGGCAGUUUCCGUUAUGGGUCCAGCUGUGAGUUCUCCUGUGAGCAGGGUUUUGUGUUGAAGGGAUCCAAAAGGCUCCAAUGUGGCCCCACAGGGGAGUGGGACAACGAGAAGCCCACAUGUGAAGCUGUGAGAUGCGAUGCUGUCCACCAGCCCCCGAAGGGUUUGGUGAGGUGUGCUCAUUCCCCUAUUGGAGAAUUCACCUACAAGUCCUCUUGUGCCUUCAGCUGUGAGGAGGGAUUUGAAUUACAUGGAUCAACUCAACUUGAGUGCACAUCUCAGGGACAAUGGACAGAAGAGGUUCCUUCCUGCCAAGUGGUAAAAUGUUCAAGCCUGGCAGUUCCGGGAAAGAUCAACAUGAGCUGCAGUGGGGAGCCCGUGUUUGGCACUGUGUGCAAGUUCGCCUGUCCUGAAGGAUGGACGCUCAAUGGCUCUGCAGCUCGGACAUGUGGAGCCACAGGACACUGGUCUGGCCUGCUACCUACCUGUGAAGCUCCCACUGAGUCCAACAUUCCCUUGGUAGCUGGACUUUCUGCUGCUGGACUCUCCCUCCUGACAUUAGCACCAUUUCUCCUCUGGCUUCGGAAAUGCUUACGGAAAGCAAAGAAAUUUGUUCCUGCCAGCAGCUGCCAAAGCCUUGAAUCAGAUGGAAGCUACCAAAAGCCUUCUUACAUCCUUUAAGUUCAAAAGAAUCAGAAACAGGUGCAUCUGGGGAACUAGAGGGAUACACUGAAGUUAACAGAGACAGAUAACUCUCCUCGGGUCUCUGGCCCUUCUUGCCUACUAUGCCAGAUGCCUUUAUGGCUGAAACCGCAACACCCAUCACCACUUCAAUAGAUCAAAGUCCAGCAGGCAAGGACGGCCUUCAACUGAAAAGACUCAGUGUUCCCUUUCCUACUCUCAGGAUCAAGAAAGUGUUGGCUAAUGAAGGGAAAGGAUAUUUUCUUCCAAGCAAAGGUGAAGAGACCAAGACUCUGAAAUCUCAGAAUUCCUUUUCUAACUCUCCCUUGCUCGCUGUAAAAUCUUGGCACAGAAACACAAUAUUUUGUGGCUUUCUUUCUUUUGCCCUUCACAGUGUUUCGACAGCUGAUUACACAGUUGCUGUCAUAAGAAUGAAUAAUAAUUAUCCAGAGUUUAGAGGAAAAAAAUGACUAAAAAUAUUAUAACUUAAAAAAAUGACAGAUGUUGAAUGCCCACAGGCAAAUGCAUGGAGGGUUGUUAAUGGUGCAAAUCCUACUGAAUGCUCUGUGCGAGGGUUACUAUGCACAAUUUAAUCACUUUCAUCCCUAUGGGAUUCAGUGCUUCUUAAAGAGUUCUUAAGGAUUGUGAUAUUUUUACUUGCAUUGAAUAUAUUAUAAUCUUCCAUACUUCUUCAUUCAAUACAAGUGUGGUAGGGACUUAAAAAACUUGUAAAUGCUGUCAACUAUGAUAUGGUAAAAGUUACUUAUUCUAGAUUACCCCCUCAUUGUUUAUUAACAAAUUAUGUUACAUCUGUUUUAAAUUUAUUUCAAAAAGGGAAACUAUUGUCCCCUAGCAAGGCAUGAUGUUAACCAGAAUAAAGUUCUGAGUGUUUUUACUACAGUUGUUUUUUGAAAACAUGGUAGAAUUGGAGAGUAAAAACUGAAUGGAAGGUUUGUAUAUUGUCAGAUAUUUUUUCAGAAAUAUGUGGUUUCCACGAUGAAAAACUUCCAUGAGGCCAAACGUUUUGAACUAAUAAAAGCAUAAAUGCAAACACACAAAGGUAUAAUUUUAUGAAUGUCUUUGUUGGAAAAGAAUACAGAAAGAUGGAUGUGCUUUGCAUUCCUACAAAGAUGUUUGUCAGAUAUGAUAUGUAAACAUAAUUCUUGUAUAUUAUGGAAGAUUUUAAAUUCACAAUAGAAACUCACCAUGUAAAAGAGUCAUCUGGUAGAUUUUUAACGAAUGAAGAUGUCUAAUAGUUAUUCCCUAUUUGUUUUCUUCUGUAUGUUAGGGUGCUCUGGAAGAGAGGAAUGCCUGUGUGAGCAAGCAUUUAUGUUUAUUUAUAAGCAGAUUUAACAAUUCCAAAGGAAUCUCCAGUUUUCAGUUGAUCACUGGCAAUGAAAAAUUCUCAGUCAGUAAUUGCCAAAGCUGCUCUAGCCUUGAGGAGUGUGAGAAUCAAAACUCUCCUACACUUCCAUUAACUUAGCAUGUGUUGAAAAAAAAGUUUCAGAGAAGUUCUGGCUGAACACUGGCAACAACAAAGCCAACAGUCAAAACAGAGAUGUGAUAAGGAUCAGAACAGCAGAGGUUCUUUUAAAGGGGCAGAAAAACUCUGGGAAAUAAGAGAGAACAACUACUGUGAUCAGGCUAUGUAUGGAAUACAGUGUUAUUUUCUUUGAAAUUGUUUAAGUGUUGUAAAUAUUUAUGUAAACUGCAUUAGAAAUUAGCUGUGUGAAAUACCAGUGUGGUUUGUGUUUGAGUUUUAUUGAGAAUUUUAAAUUAUAACUUAAAAUAUUUUAUAAUUUUUAAAGUAUAUAUUUAUUUAAGCUUAUGUCAGACCUAUUUGACAUAACACUAUAAAGGUUGACAAUAAAUGUGCUUAUGUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1108.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1185.99
Frequency: 0.0000
Diversity: 1142.97
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((((((..((((.................(((.(((.......))))))..(((.....)))((((((((..(((((((((((..(((..((((......)))))))..)))))))....(((....)))...(((....)))((((.((....))))))))))..))))))))(.(((.((((((((.....)))))))).))).)(((((((((((((((...((.....))(((......))).)).))))))))).))))..((((((...((((.((((((.((((((.(((((((................((((......)))).......((((........)))).....))))))).))))))............))))))..(((((((....))))))).)))))))))))))).))))))))))((((.((.....)).))))(((.(((((........((((.(((((((....((((((((............)))))))))))))))......(((((..((((((.((((.((((.((.....))..(((.((.(..((((....))))..).)).)))((((.((.((((((...((.....)).....(((((((....)))))))..(((....)))((((((((.(((.((((.....((((((((((((.....((((((((..(((((.(((((..(((((.(.(((..(((...)))..))).)))))).....))))))))))(((((....))))))))))).))(((((((((((((((...)))))).((.(((((((.(((.(((.(((((((....)))))))...((((....((((((((.((((.(((((((((((((..((.((((((((((((...(((((((......)))))))...))))))......))))))..(((((.(((((..(((((.((((..((......))..)))).)))))..(((((((((..(((...(((......)))....))).(((((.........)))))(((((((((.(..........).)))))))))))))))))).(((((.((((..(((...((((((((........(((((((((.......((((((....)))))))))))))))........))).)))))...)))....)))).))))).))))))))))((((...((.((((((..((((.((((((((((((.(......).))))))))(((.....))).......))))..)))).))))))))...))))((((((((((((((((((.((((((((((((((.(((((......(((.....(((((..((((....))))..))))).)))))))).)))))))(((.((...((........))...))))).((((((.(((....))).)))))).....))))))).........))))))))))).((((((....)))))).....))))).))))..)))))))..))))).).))))))))))))....))))..)))))))))).))).))......((((((((.((((..(((.......((.((...(((((.....)))))...)).))......))))))).))))))))..)))))))))...))))).))))))).(((((........))))).((..((((((((((.........))))))))))..)).(((.(((..((.......)).))).)))..)))).))))))))))))))))))).))))))))...)))).))))))....)))))))))((((((.((((.((((((.......(((((.((...((((..(((..((((((....)))))).)))..))))....)).))))).......))))))..))))....(((((((((............(((((...((((..((((((((((.....(((((((((((((((.(((((((.(((...((((((.((.........))..))))))((((.(((((((((.((.(((.....(((.....))).......))).....................(((....))).)).))))))))).))))(((....)))..))))))))))))))..((((......)))).((((..((.(((((.....((((((((.(((........))).......(((......))).....(((((....))))).))))))))))))).))..))))...((((........))))..((((((((((....)))))..)))))..((((((((.....((..(((..((((((...(((((.((((.(((((((...........(((((.......((((..............))))......)))))...........)))))))........((((....))))...((((((((((((((.......)).)))))).))..))))..((((((.((....)).)))))).......((((...(((((...)))))..)))).........((((((((((((((((((((((.((((.......)))).)))))))))))))((((((((.............)))))))))))))))))....)))))))))..)))))))))..))....))))))))........))))).)).))))....(((((....))))).........))))))))))..))))..........((((........)))).(((((........)))))((((((((...)))))).))(((((((((.(((((.(....((....))....).)))))...)))))))))))))))))))))))......)))))).((((..(((((((.....(((((((...((.........))...)))))))....)))))))..))))(((((.(((((((((((.((((..(((((........((((((((((((.((((..(((((((..........)))).)))...)))).))))))))))))((((....)))).......((((((........))))))............((((((.(((...(((((((.(((......((.(((((.((..((((((((...(((((...(.(((((.......))))).)...)))))....))))))))..))))))).))......))).)).)))))...((((((((((.(((((((((.((.....(((((((.((((((((...(((((..((....))..))))).............((((((((.((((((....))((((..((...((.(((((((((((........))))..)))))))))....)).))))....((((((......))))))...))))))))))))((((((....(((((.((((.(((.((......))..)))......((((...((((.((..((((((((.......((((.....))))........))))))))..)).)))))))).)))).))).)).....))))))...)))))))).)))))))....)))))))))))...))))))).)))............))))))))))))))..))))))))))))))).))))).(((((((((.((((.(((........))).)))).))))))))).....(((((((((..(((((((((((((....)))))))))..........))))...)))))))))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((,((((((((((..((((..,,.......,...,,(((,(((.,,....}||||},,(((,....}}}((((((((..(((((((((((..{{(,,((((......))))))),.))))))),,..,,{..,,)))...,,{....},|((((.((....))))))))))..)))))))){{{({,{{{((({(,,,,,))}))}})}))),|((((((((((((({,...,,,{,,,{,,.,,...,.,,,.}}.})))))))).)))}..((((((...((((.({((((,((((((.(((((({..............,,((((......}))).....,,{{{{..,,....|||,...,,))))))).))))))............})))))..(((((((....))))))).)))))))))))))).)))))))))){(((.({.....)).)))}......((({,,,,({,({(({((,,{{||||.||{{{{{{..,.,,,,....}}}||||{(({{{({...((((,.,(({(((((,,,....,||,,}},,,..}||.|,||.}}||||||}||,.,.}}}},|||||||||||,|||{..|||||,,..,}}})},....{((((((....}))))))}},|}}},.},|((((((({{(((.((((.....((((((((((((.....((,{,((({.(((((.(((((..((({{{(.(((..(((...)))..))).)))}}),....)))))))))){((((....)))))))))}}.))(((((((((((((((...)))))).((.(((((((.(({{(({.(((((((....)))))))...{(((....((((((((.((((.(((((((((((((..((..,{|{(((((((,{.(((((((......))))))),}.)))))),.,....|||.{(((.((((..((,(((,{(((((((......{(((.((((((((((((..{(((({{(({,{(((,..{(({..,,,||,,,,,||,.{{{{{...{{{{{.,|,||(((((((((.{..........).))))))))))),),})))}|{{{{,{{{({,{((,{.{{{{{{{{........{((((((((.......{{{{{|..,,))))}))))))))),.,,,,}}})))}})),},},}||{{{,.||}.}}}}}.((((((....((((...((.((((((..((((.((((((((((((.(......).)))))))){((.....})}.......))))..)))).))))))))...))))....)))))).,|||}}}}.,)))}.{|{{{{{....,...)))))))..}))))))...)).))))))).((((((((((({({.{....,{{,({({.{{...||}}}}.||,||...}}}}}}(((((({((,....))),)))))).}})}).)))))))))))...{{.,....,.}}..))))))))))).,))..)))).)))},))..)))))))..))))).).))))))))))))....)))}..})))))))))},)).))....,.((((((((.((((..{((......,(({((...(((((.....)))))...)).,},}}}..))))))).)))))))),.)))))))))...))))),,)))))).{((((........)))),.,,..{(((((((((.........)))))))))}.,||.{{{.(((..({....,..)}.})).)))..)))).))))))))))}.,.{((((((.((((((({(((((((..,.,.((,...,}},{{{{{{.....(((((.(((((..{{{(((((.((...((((..(((,.,(((((....)))))),)})..))))....)).))))){((((,..((((((((((......))},)))...}))).,,,..||||},.})),..)))))..))))).,,||({{|...,{(((((.(((((({,(((..,((((((.({.........}}..))))))|(((.(((((((((.((..((...,.{{{....,))),{.....,,...............,,,....||,....)),.}).))))))))).)))}{((....))}..))))))))))))))))}}}}....})))))...))))))).}})))),,).))))))}.(((........))).(((((.((.(({((({....({.(((((....)))))..}..,}})))...)),)),)))))}}||}},..,,,}}|}|{|||{,.(((({....))))).,,))))))))}}))))..,((({((((((((((((((((((.,.{{{{{{{,{{(((,,,.{{,.{{{(({,{{,,{{{{(((({.,{{,,......,,,,,....,,||||,...,,.......|(((({,{{{,,..((((....))))...((({{(((((((((.....,.}}}}}}))}.},..})})..{(((((,({....)).)))))}....,,.((((...(((((...)))))..)))).........((((((((({((((((((((((.((((.......)))).)))))))))))))((((((((.............))))))))))))))))).......,,.,.,.,,)}}}}|.{{{}||||.{{{{{.,,}}}}},.,},}}}.,,.,|{|||,.{((((....))))}....{((((,((((((({{,,,,.,..,,,.,,.,((({..,....,)})),|,{{{.,,,,.,.})}}}{{((((((...)))))).}}(((((((({.({{{(,{.,,.{{,,..)},||.},}}}}|,,,|}}}}}}}|,..(((((((,(((...((((((((.(((((((....))))))).)),.....)))))).,)}}))))))).,|,.{{,...,}))),.,}.|,,,((((((((((((...{,((((.{(((((..{{{.{{((((((((((((.((((.,(({((((..........)))).)))...)))).))))))))))))||{|,,,.}}}|{{{....||||{{{{{{.{{{|}}|||,.|{,{{{{,..,,,....||||},||{,|||}},,.,,}}}},.|||||,||,,|{{(((((,,,(((((...{.{((((.......))))}.,...))))).,|.}))))}})|.||||}}}.})))).,))))))})))).....)))))))))))},}))),}))}}}}|.}}}}},{({(,{{|||||,,{{{(({{((,,,{||,.{(((({..,{{....,}},}})))))),}}}|{{|,|||||,{,,,,},||{.(((((((((((........))))..)))))})),,,,,,,,|||,..,}))}|.......,}}}|||||.}}}},}}}|{{{,,,,(({{........,}}}}.,,,||,..,|,..,,)))}},...||||}},||||,,|,,||||||||..,,,,,{{{{.,,,,)))),....,.,|||||||},{|,{|||||,||,,||,.,}}.}},..}}))))))).})))))))}.,.}},,,|||,|||}}}.,)),))))}},,,}},))}...}.)))))))))).))))))))..}))}))}}.,,||{{{{{{{,{,,{{{|,|,|,||||.||,}}}}}},,|||{{|||..,,,,.)))}}}}}((((((((({{(,(((((((((((....))))))))).........}),))},.}))))))))))),.......
Back