Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_000509.6

Sequence Length

1565 nt

GC Content

0.4045

GACAGUGCUGACACUACAAGGCUCGGAGCUCCGGGCACUCAGACAUCAUGAGUUGGUCCUUGCACCCCCGGAAUUUAAUUCUCUACUUCUAUGCUCUUUUAUUUCUCUCUUCAACAUGUGUAGCAUAUGUUGCUACCAGAGACAACUGCUGCAUCUUAGAUGAAAGAUUCGGUAGUUAUUGUCCAACUACCUGUGGCAUUGCAGAUUUCCUGUCUACUUAUCAAACCAAAGUAGACAAGGAUCUACAGUCUUUGGAAGACAUCUUACAUCAAGUUGAAAACAAAACAUCAGAAGUCAAACAGCUGAUAAAAGCAAUCCAACUCACUUAUAAUCCUGAUGAAUCAUCAAAACCAAAUAUGAUAGACGCUGCUACUUUGAAGUCCAGGAAAAUGUUAGAAGAAAUUAUGAAAUAUGAAGCAUCGAUUUUAACACAUGACUCAAGUAUUCGAUAUUUGCAGGAAAUAUAUAAUUCAAAUAAUCAAAAGAUUGUUAACCUGAAAGAGAAGGUAGCCCAGCUUGAAGCACAGUGCCAGGAACCUUGCAAAGACACGGUGCAAAUCCAUGAUAUCACUGGGAAAGAUUGUCAAGACAUUGCCAAUAAGGGAGCUAAACAGAGCGGGCUUUACUUUAUUAAACCUCUGAAAGCUAACCAGCAAUUCUUAGUCUACUGUGAAAUCGAUGGGUCUGGAAAUGGAUGGACUGUGUUUCAGAAGAGACUUGAUGGCAGUGUAGAUUUCAAGAAAAACUGGAUUCAAUAUAAAGAAGGAUUUGGACAUCUGUCUCCUACUGGCACAACAGAAUUUUGGCUGGGAAAUGAGAAGAUUCAUUUGAUAAGCACACAGUCUGCCAUCCCAUAUGCAUUAAGAGUGGAACUGGAAGACUGGAAUGGCAGAACCAGUACUGCAGACUAUGCCAUGUUCAAGGUGGGACCUGAAGCUGACAAGUACCGCCUAACAUAUGCCUACUUCGCUGGUGGGGAUGCUGGAGAUGCCUUUGAUGGCUUUGAUUUUGGCGAUGAUCCUAGUGACAAGUUUUUCACAUCCCAUAAUGGCAUGCAGUUCAGUACCUGGGACAAUGACAAUGAUAAGUUUGAAGGCAACUGUGCUGAACAGGAUGGAUCUGGUUGGUGGAUGAACAAGUGUCACGCUGGCCAUCUCAAUGGAGUUUAUUACCAAGGUGGCACUUACUCAAAAGCAUCUACUCCUAAUGGUUAUGAUAAUGGCAUUAUUUGGGCCACUUGGAAAACCCGGUGGUAUUCCAUGAAGAAAACCACUAUGAAGAUAAUCCCAUUCAACAGACUCACAAUUGGAGAAGGACAGCAACACCACCUGGGGGGAGCCAAACAGGCUGGAGACGUUUAAAAGACCGUUUCAAAAGAGAUUUACUUUUUUAAAGGACUUUAUCUGAACAGAGAGAUAUAAUAUUUUUCCUAUUGGACAAUGGACUUGCAAAGCUUCACUUCAUUUUAAGAGCAAAAGACCCCAUGUUGAAAACUCCAUAACAGUUUUAUGCUGAUGAUAAUUUAUCUACAUGCAUUUCAAUAAACCUUUUGUUUCCUAAGACUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-405.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -435.37

Frequency: 0.0000

Diversity: 372.01

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.((((..(......((((((((((....))))))(((((.......))))).(((((((...((((((((((...))))).....((.(((((.((.((((((..(((((((((((.((((((.....)))))))...(((((((((((.(((((......))))).)))))))...)))).......((((......)))).(((((((...((((.......((((((((.((.(..((((..((.(((((...........((((((((((..........(((((..((...))..)))))..........)))))............)))))...........))))).))..))))..))))))))))))))).)))))))))))).)))))......)))))).))))))).)).............(((((((((...))))))).))(((........))).(((((((....))))))).((((........))))...(((.((((.(((((((((((.(((...(((((..(...)..))))).)))......(((((((((...((((((((((((..((((.((((((((((...(((((.(.................))))))..))))..(((((...(((...((((((.(..((((((((((.......((((.((((((((((..(((((.....(((.((.(((((.((((....(((....((((((((...........))))))))...)))))))..))))).))))).....)))))(((...((((((......))))))....)))))))))))))))))))))).)).))).).))))))...)))(((((((..........))))).))(((.....))).(((((..((((((.((.((.......)).)).)))))))))))((.((((((.....)))))).))))))).....)))))).))))..)).))))))))))..)))))))))(((((((.((((((((((....((..(((......))))))))))...))....))).)))))))..))).))))))))...)))).)))....(((.((((..(((..(((((((((..(((....(((....))).......)))..)))))))))..)))...((.(((.((((...(((((.(((..((((.((((((((((((....))....)))((((((.(((......))).))))))....))))))).)))))))...))).)).....)))).)))...))..))))))).))))).((((.....)))).((((((.((....)).))))))(((((((.....))))))).))))))).(((((........))))).........(((....))).......)))).....)..)))))).(((((.(((((((((......(((((((((((.......)))).((((..(((((....)))))..))))...)))))))...)))))))))..)))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

((.((((..(.,....((((((((((....))))))(((((.......))))).(((((((...(((((((,,,....,}},..,,,((,((({{.,,.{,{{{,..,,((((((,(((((((,,.{{{{|,||.((((((((((((((((.(((((......))))).)))))))}..{(|(({......|}|)))}.{(.(((,.((((((((((((.........))))))))},)))))).}})))))))).,)}}}}.}}}}}.}}.||||}}.......}||,||},||....,.{||,,,...}}}..,,|||||.,......,{{{((,{{..,|||||....,,...,)}}}.|,.{{|{{{{{{{{...,|.||||...,||||{|||}}....,,|,,,}}.,,,,}}).,,}}}}}}},.....(((((((((...))))))).)){{{........}}}.(((((((....))))))).,|||}......}))))}}}{{|,|{{{.(((((((((((.(((...(((((..{...}..))))).)))......(((((((((...((((((((((((..((((.((((((((((...(((((.(...,,,...........))))))..))))..(((((,.{(({,((((((((.(...,,{{((({(,.,,,..((((.((((((((((.,((({{,,,,,{{(,((.(((({,{(({,,,,{{,....|||||{||...........|||}}}}|.,.})})))),,}}))).}}}}}.,...}})))(((...((((((,....,))))))....)))))))))))))))))})))}.},,}}}.}.)))))},}}))}},{||||...,,{,...}}}}}.,.{{{.....))),(((({..((((((.{(.((.......)).)}.))))))})))){{.((((((.....)))))).))))))).....)))))).))))..)).))))))))))..))))))))),,,{{{,.{({,,(((((....((..{{,....,,}),}})))))...}},,..,,,..,}})))..))),,)))))))...)))),)}}....|||,||||},{((..(((((((((..((({{,{(({.,,,)}}.......)))..)))))))))..))}...((.(((.((((.,.{((({.{{,.,((((.((((((((((((....))....)))((((((.(((......))).))))))....})))))).))))),,..,)))}}....,,)))).}))...))..}})}}})}))))),((((.....)))).((((((,({....)).))))))(((((((.....))))))).))))))).{{(((......,,)}|}}....,,,,,|{(..,.))}.,,,,,.))))....,)..)))))).{((((.(((((((((......(((((((({{{.......}}}},{(((,.(((((....)))))..))}).,}}))))))...)))))))))}.))))}...