Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000520.6
Sequence Length
4785 nt
GC Content
0.5039
CUCACGUGGCCAGCCCCCUCCGAGAGGGGAGACCAGCGGGCCAUGACAAGCUCCAGGCUUUGGUUUUCGCUGCUGCUGGCGGCAGCGUUCGCAGGACGGGCGACGGCCCUCUGGCCCUGGCCUCAGAACUUCCAAACCUCCGACCAGCGCUACGUCCUUUACCCGAACAACUUUCAAUUCCAGUACGAUGUCAGCUCGGCCGCGCAGCCCGGCUGCUCAGUCCUCGACGAGGCCUUCCAGCGCUAUCGUGACCUGCUUUUCGGUUCCGGGUCUUGGCCCCGUCCUUACCUCACAGGGAAACGGCAUACACUGGAGAAGAAUGUGUUGGUUGUCUCUGUAGUCACACCUGGAUGUAACCAGCUUCCUACUUUGGAGUCAGUGGAGAAUUAUACCCUGACCAUAAAUGAUGACCAGUGUUUACUCCUCUCUGAGACUGUCUGGGGAGCUCUCCGAGGUCUGGAGACUUUUAGCCAGCUUGUUUGGAAAUCUGCUGAGGGCACAUUCUUUAUCAACAAGACUGAGAUUGAGGACUUUCCCCGCUUUCCUCACCGGGGCUUGCUGUUGGAUACAUCUCGCCAUUACCUGCCACUCUCUAGCAUCCUGGACACUCUGGAUGUCAUGGCGUACAAUAAAUUGAACGUGUUCCACUGGCAUCUGGUAGAUGAUCCUUCCUUCCCAUAUGAGAGCUUCACUUUUCCAGAGCUCAUGAGAAAGGGGUCCUACAACCCUGUCACCCACAUCUACACAGCACAGGAUGUGAAGGAGGUCAUUGAAUACGCACGGCUCCGGGGUAUCCGUGUGCUUGCAGAGUUUGACACUCCUGGCCACACUUUGUCCUGGGGACCAGGUAUCCCUGGAUUACUGACUCCUUGCUACUCUGGGUCUGAGCCCUCUGGCACCUUUGGACCAGUGAAUCCCAGUCUCAAUAAUACCUAUGAGUUCAUGAGCACAUUCUUCUUAGAAGUCAGCUCUGUCUUCCCAGAUUUUUAUCUUCAUCUUGGAGGAGAUGAGGUUGAUUUCACCUGCUGGAAGUCCAACCCAGAGAUCCAGGACUUUAUGAGGAAGAAAGGCUUCGGUGAGGACUUCAAGCAGCUGGAGUCCUUCUACAUCCAGACGCUGCUGGACAUCGUCUCUUCUUAUGGCAAGGGCUAUGUGGUGUGGCAGGAGGUGUUUGAUAAUAAAGUAAAGAUUCAGCCAGACACAAUCAUACAGGUGUGGCGAGAGGAUAUUCCAGUGAACUAUAUGAAGGAGCUGGAACUGGUCACCAAGGCCGGCUUCCGGGCCCUUCUCUCUGCCCCCUGGUACCUGAACCGUAUAUCCUAUGGCCCUGACUGGAAGGAUUUCUACAUAGUGGAACCCCUGGCAUUUGAAGGUACCCCUGAGCAGAAGGCUCUGGUGAUUGGUGGAGAGGCUUGUAUGUGGGGAGAAUAUGUGGACAACACAAACCUGGUCCCCAGGCUCUGGCCCAGAGCAGGGGCUGUUGCCGAAAGGCUGUGGAGCAACAAGUUGACAUCUGACCUGACAUUUGCCUAUGAACGUUUGUCACACUUCCGCUGUGAAUUGCUGAGGCGAGGUGUCCAGGCCCAACCCCUCAAUGUAGGCUUCUGUGAGCAGGAGUUUGAACAGACCUGAGCCCCAGGCACCGAGGAGGGUGCUGGCUGUAGGUGAAUGGUAGUGGAGCCAGGCUUCCACUGCAUCCUGGCCAGGGGACGGAGCCCCUUGCCUUCGUGCCCCUUGCCUGCGUGCCCCUGUGCUUGGAGAGAAAGGGGCCGGUGCUGGCGCUCGCAUUCAAUAAAGAGUAAUGUGGCAUUUUUCUAUAAUAAACAUGGAUUACCUGUGUUUAAAAAAAAAAGUGUGAAUGGCGUUAGGGUAAGGGCACAGCCAGGCUGGAGUCAGUGUCUGCCCCUGAGGUCUUUUAAGUUGAGGGCUGGGAAUGAAACCUAUAGCCUUUGUGCUGUUCUGCCUUGCCUGUGAGCUAUGUCACUCCCCUCCCACUCCUGACCAUAUUCCAGACACCUGCCCUAAUCCUCAGCCUGCUCACUUCACUUCUGCAUUAUAUCUCCAAGGCGUUGGUAUAUGGAAAAAGAUGUAGGGGCUUGGAGGUGUUCUGGACAGUGGGGAGGGCUCCAGACCCAACCUGGUCACAGAAGAGCCUCUCCCCCAUGCAUACUCAUCCACCUCCCUCCCCUAGAGCUAUUCUCCUUUGGGUUUCUUGCUGCUUCAAUUUUAUACAACCAUUAUUUAAAUAUUAUUAAACACAUAUUGUUCUCUAGGCACUGUGGUAGUGGGUUUUUUUGUUGUUUUUGUUUUUGAGACUGUCUCAAAAACUCUGUCGCCCAGGCUGACAGUGCAGUGGCACAAUCUUGGCUCACUGCAGCCUCUGCCUCCUGGGUUCAAGCGAUUCUCGUGCAUCAGCCUCCUGAGUAACUGGAAUUAAUAGGCACGUGCCACCAUGUCCAUCUAAUUCAUAUAUAUAUAUUUUUUUUUUCUGAGACGGAGUCUCACUGUCACACAGGCUGGAGUGCAGUGGCACGAUCUCGACUCACUGCAAGCUCCACCUCCUGGGUUCACGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCCAGUAGCUGGGACUACAGGCGCCCGCCACCACGCCCGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAUGGGGUUUCUCCGUGUUAGCCAGGAUGGUCUCGAUCUCCUGACCUCGUGAUCCGCCCGCCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCCGGCCGAAUUCAUCUAUUUUUAGUAGAGAUGGGGUUUCACUAUAUUGGCCAGGCUGGUCUUGAACUCAUGACCUCAGAUGUUCACUUGUCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUAGAGGCGUGAGCCACCGCACGCGGGCCUGUGGUAAAUUGUUGAAUUUGAAGGACUCAGAGGCCCUGGUCAAUUCCAAAAUAACGUAGGCGACUUCCAUCCCCCUCCUCCCAACCAUUUUCAGCCCAAAGCAUCUUCGCAGGGAAUGGAUGGCUGCGCGGAGGUGGGCGGUGGCUCUGGAGAGGGUCUUUGCAGGUGUGAUUUUCUCUAGAAGGAAAUGUCUCGUCGUGGACCCAGACUGCCCCCUCCUGGUUUCAGAUGCAGAAGUGAUACUGUAAGCCAGAGGCGGGGGCAGUAAUGCAUCGCAGCCAUUUUAGGUGAGGAUUUCCUUGGCGGUUAUUUGUUAAGUUCUUUGGCUGGGCCCUGGGCUGGGGUAACAAUGGACAGGUUCCAGGCAUUUUUUUCAGAAAGCUUCCAGUGUAGUGGAUACAGAAACUUCAGGAAGGCAGGGCUGAGAAGGAUCUGAGUAAAACUCGGUCCUUCAACACCAUCCUUCAGCCCCUGGGUCAUGUUCCUUCGAGGUCCUGGUGGGAGGUAGACAAGCCUAGCCUUGUGCUGUUCCUGUAAGGACAGGGUGGGCAUUUUCUACCAACAGAAUUCUUGGAAUUUUCACACAGCCCAGCCUAGCCAAGUCCAGGGCUAUAGCCCAGAUACACAAGUUAAGGUCCCAGCACUGGCACCCACCACAGGAGCCCCCUUACCUCUAUUACCCAGAAGCUUGUAGGAGGGGUGGUCCGCAGACAAGGACCCUGCACAGGUGCGACCCUGCUUCCCUCCUGGUCAUAACUUUCAUGUUACUAUUGCUUGGGAUAAUGUUAAGUAAAAAUAGCAGACACUGAGUUUUAAGUCUCAAGUGGAUGAAGGCAGAGAUCGUGAUACACUUGAGUUAAAGCAGUAGGGUUCUGUCAUUUUCUAUUCCUGUUGUAAACAUUUUCUUUAAUGUUAUUAUUUUUACCACUAAACUAACGUGGCCUGGUCACGACUUUCAUUGGUAAAGUGUGCUGUUCCUCACCCUCCACCGUUGCUCCUUUGGUCCACUGAUCAUAAGAGCAUUUACCUGAAGGUCGUCAGACCUCGAAUGCCAACAGGUCAACUGCAGUGGCCUGCAGUUACCACCCAGUCUGUUCCAAUGAACAGAAUCGCUGUUGCCCCAACUCAUCUCCCUUCACCUAGGCUGUAAAUUGAAAGUCCCACCCCUGAGCGGAACACAGGCCAUCUUGUGUGCUGUGCACCACCAGGGGGUGGGGAAGUUUCCAGACUGACUUCCUGGCUCCAGUCAUCCUAGGAAAAGAGUUCUCCAGUCGCUCCCCACCCCCACCCCUUCCCAUUCCAGGAGUCUAUUAAGGAGGCAAAGCAGGCCUAACGGGUAUCAAAGCAAAGGAGUGAAUGGAGACUGGGAGAGUCUUCAACCUCUCCUCUCCUUGGUAGGAGCUGAGGCUGCAUGCCAGGUACCUUCCCUUCGAGGAAUCUAAUAAAGCUAGGUCACUGGUGUUUUCAGGUGCUUCUCAAAGGAUUGCCGUAGGGGUAGGAUAUCAGGAUGUGGGAGCACAGGUGCCACCACAGCACUAGUGAUGGAGAGUCAUUGCCCCUAGACUUCUGGGACAGUGAGACUGUGAGGAAAGCUGAAAUGAUACUGGGAAAGGGUGAAAGAAAGGAUGUAGGUGGAAUUUAUUUAGUAUUAAUGUAGGUACACAUACCUUAUGGCAACAUUCCUAGCACUCUAAAUUCUAGAUUUGUAUAGUUUCUGUCAAUAUCUUUUGUAAGCUUAAUCAAUACAGGGCAUGACAAGUAUGUGUCACAUACUUUUUUUUCCACGAAGAAAAAAAAUAAGUAGGAAUUGGGUGCUUUGUUUAUCAAAAUUUGUAUUUCCUUUAUAAAUAAACUUUGAAAUAAAGGUUGAAAAUUAGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1694.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1784.19
Frequency: 0.0000
Diversity: 1073.88
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(.((((((.((((((...))))))(((((((..((((.((........))))))))))))).((((((((....))))))))...((.(((.((((....))))))).)).)))))).)................(((((.((.(((((((((((((((.............((((((((..((.((((((...((.(((((.(..(((((((((((((.((.((((((((..(((((((..((((((((((((..((((((((((....)))).........((.(((((((..((((..((((...........))))..)))))))))))))....(((((((((((.((((((.((((((..((((((((.((.........)))))))......((((((..(((((.......(((((.(((((.((.((((....))))))))))))))))((((((((.((.((.......)).)))))))))).)))))..))))))........(((.((((((((((((((.(.(((((((((((((((((.(((((((.....(((((((((.(((((..((((((.(((((..((((.((((((((.(((...(((((((((.....((.(((.(.(((........))).).))).))(((((((.........((((((..........))))))....((..(((((......))))).))...(((((((..........))))))))))))))..))))..)))))..))))))))))).)))).))))).).)))))......((((((.(((((((..(((((.....(((((....)))))..((((((..((((.((.(((.((((((..(..((((((.....((((((((((........((((((..(((........)))..)))).))..........((((((((((.(((((((((((((..........))).))).))))))).))))))))))....)))))...))))).))))))..)..))))))...)))..)).))))..))))))(((((((((......)))))))))......(((((......)))))....(((.........))).))))).....)))))))))))))(((((((.....................))))))).......))))))))))))))(((...)))............(((((..((((((((((((.....)))))).))))))..)))))....((((..((((.((((.(((.((.((((((((((((((((((((.(((..((((((...))))))..)))((((....((((.((((..(((.((((((((((((.((..(((((((((...((((((.(((((((...((((.....))))...((((...))))((((((...))))))(((((.((..(((....)))(((.((........)).))).....((((((((((((((......((...(((((.......)))))...))..)))))).)))).))))..)).))))).......(((((((((((.((((.(((((....(((...(((.(((((((...((((.(((((.((((((((((.....((((((((((...)).)))))))).(((((((((((((((((((........)))))).)))))((((.(((.((((((...(((...)))..))))))...))).))))..(((((((........).))))))((((((((......(((((((((.....))))))))).....))))))))(((.(((.((((((...((((((..(((...))).....))))))..)))))).))).)))........)))))))).....))))))))))...))))).))))....)))))).).)))..)))....(((((((.(..(((.......((((((((((........(((..(((((.............(((((((.....((((..((....))...))))....)))))))))))).))))))).))))))))).))))))))...)))))....)))).)))))))..)))))))))))))))))..))).))))))....)).)).)))))).)))).))).)))).))))..)))).((((.........(((((((...............((((...((((.....)))).)))))))))))........)))).....((((((((((...))))))))))..((..(((((((..(.((((((((((((.((....)))).)))))))....))))..))))))).)).((((...))))......(((((((((((..(((((((((...((.(((((....)))))))...)))))).................(((((((((((((.......)))))....(((.(((((((((((((..((....))..)))))))..)))))))))((((((.((...(((((....((((((((((..(((((...)))))....((((.((((((((....(((.(((((((...((.((((((((.((((((((((..(((.(((.......(((((.(((....)))))))).....(((((((...(((.((((....)))).)))...))))))).((((((......)))))))))..)))....)))))))))).)))))))).)).........))))))).))).((((.((....)).))))..((((.((((((((...((((.(((((......)))))...(((((((((((((((((.(((((((((.(((((((((....))))))......))).))))))(((......)))...........))).........(((((((.(.((.((((((....(((...((......)).)))...)))))).)).).))))).))))))))))))(((((((((((...........))))))))))).......)))))))...((((......(((((((((((((((((((((...((....))...))).))))))).)).)))))))))......)))).))))...)))))))).)))).((((((((....)))))))).....)))).))))))))))))))))))..)))))...)).))))))........))))))))..((((......))))..)))..)).))))).)))).(((((((((((((.((((((...))))))))))))...........)))))))((((((..(((((((.(.((...)).).))))((((((.(((((((.((((((.((.........)).))))))))))).)).))))))...(((((((...))))))).)))..)))))).....)).))).)))))))))))....)))).))..))).)))).))))....)))).)))..)))))))))))(((..((....(((((....((((((.(((((((((((((........))))).(((((((..(((....))).((((((..(((....(((((((..((((....(((((((....(((((........)))))..(((((((........))).))))..((((((..(((((.(((...)))..(((((...(((((((((((((((((((.......(((((((..((((((......))))))..........((((.........))))...((((((((((((((..(((((((((.(......).)))..........(((((...(((((....)))))...)))))))))))))))))))))..))))........)))))))..((((((((....)))))))).................)))).)))))))).)))))))...))))))))))))))))))))))).))))..)))))))...)))...))).)))(((((((....))))))).)))))))......(((((((((((.((.....((((((((((((((...........))))))....)))....))))))))))))))))))))))))))((......)).((((.......))))...)))))).....)))))....))..)))).))))..)))))).)))))))))))))).))).....)))..))))))))))).)..))))).)))))).............))))))....))))).))))))))))))))...))).)))))))..))))......((((((((((((((((...(((((..(((....)))..))))).......)))).....))).))))))))).....))))).))))..).))))).))..)))))).))..))))))))..)))))).....)))))))))))(((((.......((....(((.(((((....))))))))....))))))).(((((((..((((((..((((((........(((((...(((.(((..........)))...)))...)))))(((((((...)))))))((((((((......)))))))))))))).)))))))))))))(((((..((((((((((((.......)))))))....)))))))))).)))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....{.((((((.((((((...)))))){((((({.,((((.{(......,.}}))))))))))}.((((((((....))))))))...((.(((.((((....))))))).)).)))))).}.,...,....,,{{{.{,,((,,(.(((((((((((((((,,,.....}}}..((((((((..((.((((((...((.(((((.{..((((({(((((((.((.((((((({..(((((((..((((((((((((..((((((((((....)))).,.......{{.(((((((.,((((.,(({(,.....,...,))))..)))}))))))),}....(((((((((((.((((({{((((((..((((((((.(({,......,|}|||},{,,...,,|||,.}||{||...,|||{({{|,{{{({.,{,((((,,.,|||||.}}}})))))){||{{{{,{(({(({{,.,{,||,,||||}}})),),))).,))}}}),,,}}...(((.((((((((((((((.(.(((((((((.(((((((.((({{((,....(((((((({,(((((..((((((.(((((..{(((.((((((((.(((.,,((((({{,.....,|..,{{,,,{||,,{{{,,{|||,|{|{({.{({(((((,.,.,..,.((((({..........)))))),}}.|{.,((({{......,)))).))...{((((((..........)))))))}))))))}}))),..))))),.))))))))))).)))).))))).).)))))......(((((,{(((((((..(((((((({{{((({....))))),|,{{{{,.,{{,,.{{.((({((((,,..{|,|{{{||},...,{(({{||{{{,.,,,,.{,((((..{,,.....,},),,..}}}},,}.,,,......((((((((((,(((((((((((((..........)))},)).))))))),))))))))))...,}}})),.,))))),))))))..)}})))),....,||{|||,,,|||,}}|||((((((((((......))))))))),.....{((((......))))|{{{.||||||||,,,,||{,}}})),))},)))))))))))))(((((((.....................))))))).......)))))))))))))){{,...}))|,,,........(((((..((((((((((((.....)))))).))))))..)))))....{(((..((((.((((.{((.((.((((((((((((((((((((.(((..((((((...))))))..)))((((....((((.((((..(((.((((((((((((.((..(((((((((...((((((.(((((({...((((.....))))..,{{((.,,||}}((((((...)))))),||||}||..(((....))){((.{{,,.....,}}.}},...,.((((((((((((((..,...(,...(((((,....,.)))))...})..))))))}})))}})))..}}.,}}}},.....,(((((((((((.((((.(((((....(((,{.((({,((((((,..({{{.((({(,((((((((({.....((((((((((...))}}))))))).{{{{((({(((((((((((|,....},)))))).))))},(((.{((.((((((...(({...)}}..)))))).,,}}|,|||{{,(((((((........).})))))|(((((((......(((((((((.....))))))))).....}))))))|{{{.(((.{||(((|||(({{((,{({{|||||}..,,.}}}))),,||}}}},}}},|},....,,}})))))))}.,...})))))))))...)}))).)}}).,..)))))}.).))),.})),,..(((((((.{..{{{..,....(((((((((((.,,.....{{..(((((.,..........,(({{{{({{{{.{(((,.{{...,)),,,))))....)))))))))))).)))))))},)))))})),))))))))...)))))....)))).))))))),.)))))))))))))))))..))).))))))....)).}),)))))).)))).))).)))).))))..))))..............,.,.,,{,,{,......,},||,,,,...|||,..{{{{||,.||,|||}||||{,.....,|,,|.....((((((((((...)))))))))).{(({{((,,,,|}.|}|||{((((((((.((....)))).))))))|{{{.||||{{|||||||,|..{{((,,,|,||,,.{{{(,,,,||||||..|{||||||{...((.(((((....)))))))...}}}}}}........,,.......,((((((((((((.......)))))....(((.(((((((((((((..((....))..))))))),.}))))))))((((((.((...(((((....(((((((((({.((((({....{((({{{((((.{,((((({.((((((.,((((({......,{,..|,}}},{{.((((((...)))))).)),|||{{((,(((,..{{.,.,{{||,,||(((({{,{(({((,(((((({((({......}))))...,.((((((......)))))).|||||,..{{.((((({...,}))))))}}})}}.,,,,......|||||||}.|||..,||,,||}||}..,))},.)})))}}.)))))))),(((((......)))))...}.)))))){((((((((.,,,((((((.(((((((((....)))))}....,,})).))))))(((......)))..........{|,,....,,..{({(((((.(.((.((((((....(((...((......)).)))...)))))).)).).))))).))))))))))}((((((((((((...........))))))))))))|(((((((.(((({,,((({......(((((((((((((((((((((.{.((....)).,.))).))))))).)).)))))))))..||,.,})).|||,.....))))))))))))))))))))...}))))..)))))}..,))))))....)))))))))))..)))))...)).))))))........)))))))}..{(((......))))..}}).,))}}))))}})))}|||||{,((((((,({((((...)))))))))))).......,,,.||||}}|(({(({..,,.,{{{.|.||}..))}).)))}((((((.{((((((.((((((.((.........)).))))))))))).)}.))))))...|{{{{{{...))))))}.,)),.)))))))))}})),}))},))))))))))....)))).))..))}.)))).))))....)))}.},,,,)))))))))))(((..((....(((((....((((((.(((((((((((((........))))).(((((((.,(({..,,||},((((((..((,....(((((((..((((....(((((((....(((((........)))))..(((((((........))),,)))..((((((..((((,.(((...))).{(((((...(((((((((((((((((((.......(((((((,.((((((......))))))..........((((.........))))...((((((((((((((..(((((((,(,(........))).,...,,...(((((.,.(((((....))))).,.)))))})))))))))))))))..))))..,...,.)))))))..((((((((....)))))))).................))))}}))))))).)))))))...))))))))))))))))))))))).))))..)))))))...,,)}..))).)))|{{||||....})))))).)))))))......(((((((((({,((.....(((({,,(((((((...........))))))}...))}.,,.}})}})))))))))))))))))))))((......)).((((.......))))...)))))).,...)))))....))..)))).))))..)))))).)))))))))))))).})),,..))))..))))))))))).)..))))).))))))....,,.....,,))))))....))))).))))))))))))))...))).)))))))..))))},,.,.(((((((((((((((({..(((((..(((....)))..)))))...}}..})}),....})).))))))))),....}}))).))))..}.))))).))..)))))).))..))))))))..))))),....})))))))))))||,,,.......,,....,,{.(((({....))))),}},,...,}},,,.(((((((..((((((..((((((........{((((...{{{,{((({...........})}))))..))))}(((((((...)))))))((((((((......))))))),)))))).))))))))))))){(({{..{(((((((((((.......))))))).,,.))))),}}}))))))),.........
Back