Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000529.2
Sequence Length
3652 nt
GC Content
0.4354
AUUCCUUCUCAUUCAUUUUGCCCAGAAAGUUCCUGCUUCAGAGCUGAAGGUGAUUGGGAGAUUUUAACUUAGAUCUCCAGCAAGUGCUACAAGGAAGAAAAGAUCCUGAAGAAUCAAUCAAGUUUUCCGUGAAGUCAAGUCCAAGUAACAUCCCCGCCUUAACCACAAGCAGGAGAAAUGAAGCACAUUAUCAACUCGUAUGAAAACAUCAACAACACAGCAAGAAAUAAUUCCGACUGUCCUCGUGUGGUUUUGCCGGAGGAGAUAUUUUUCACAAUUUCCAUUGUUGGAGUUUUGGAGAAUCUGAUCGUCCUGCUGGCUGUGUUCAAGAAUAAGAAUCUCCAGGCACCCAUGUACUUUUUCAUCUGUAGCUUGGCCAUAUCUGAUAUGCUGGGCAGCCUAUAUAAGAUCUUGGAAAAUAUCCUGAUCAUAUUGAGAAACAUGGGCUAUCUCAAGCCACGUGGCAGUUUUGAAACCACAGCCGAUGACAUCAUCGACUCCCUGUUUGUCCUCUCCCUGCUUGGCUCCAUCUUCAGCCUGUCUGUGAUUGCUGCGGACCGCUACAUCACCAUCUUCCACGCACUGCGGUACCACAGCAUCGUGACCAUGCGCCGCACUGUGGUGGUGCUUACGGUCAUCUGGACGUUCUGCACGGGGACUGGCAUCACCAUGGUGAUCUUCUCCCAUCAUGUGCCCACAGUGAUCACCUUCACGUCGCUGUUCCCGCUGAUGCUGGUCUUCAUCCUGUGCCUCUAUGUGCACAUGUUCCUGCUGGCUCGAUCCCACACCAGGAAGAUCUCCACCCUCCCCAGAGCCAACAUGAAAGGGGCCAUCACACUGACCAUCCUGCUCGGGGUCUUCAUCUUCUGCUGGGCCCCCUUUGUGCUUCAUGUCCUCUUGAUGACAUUCUGCCCAAGUAACCCCUACUGCGCCUGCUACAUGUCUCUCUUCCAGGUGAACGGCAUGUUGAUCAUGUGCAAUGCCGUCAUUGACCCCUUCAUAUAUGCCUUCCGGAGCCCAGAGCUCAGGGACGCAUUCAAAAAGAUGAUCUUCUGCAGCAGGUACUGGUAGAAUGGCUGAUCCCUGGUUUUAGAAUCCAUGGGAAUAACGUUGCCAAGUGCCAGAAUAGUGUAACAUUCCAACAAAUGCCAGUGCUCCUCACUGGCCUUCCUUCCCUAAUGGAUGCAAGGAUGAUCCCACCAGCUAGUGUUUCUAAUAGCUAGGUUCUAUGUGAACAGUCUUAUUGUAGGGGCAACCUCUUAACUUUGUGACUGGACAGAUAAAACGAUGUAGUAAAAGAAGGAUAGAAUACAAAGUAUUAGGUAGGUACAAAAGUAAUUAAGGUUUUUGCCAUUACUUUCAAUGACCAAAAAUUGCAAUUACUUUUGCACCAAUCUAGUAAAACAGCAAUAAAAAUUCAAGGGCUUUGGGCUAAGGCAAAGACUUGCUUUCCUGUGGACAUCUAACAAGCCAGUUCUGAGGUGGCCUUUCCAGGUGGAGGCCAUUGCAGCCAAUUUCCAGAAGUUAAGUACCUGGACAUGCGACUCCAGGCAGAAGAUGUAGGGUCUCUGUAAGCCAAUAAUAAAUUGGAAGGAAUGCAUUGCUGCAGCUGAAUUUGUCUGUCUCCCACAGCCAUGUGGAAUCUCCACCCUCCUCUUUCUCCCUGUUAGUCUGAUGUAUUGAUGCCACCUCAGUUUCAGAAAGUAGGCUGAGUAUAAACUAUAAAUGUCAAAUAACGAGCUUCGAGUUUCCAAUGAUAAAUGGACCUUCUCUGUUAGUCUUCUUUGCUCACUCAGUAUCCCACUGGCCUUAAAACCCUUUCCUGUUACAUUUCCUCAUGCUUUAUGAGCAUACAUUUCAAAGGAAGAAAUGAAAAUUUAAUCCAUUUAGUUCCCAUGUGGGAAUACAUAAAGGCCAGAUGAAAAUUGUCACUAUUUGAAGAAGCUGUAACCAAACUAUGUGUGUUACAAUGUAGAAGUACAAGAAAAGAGCCCCAACAUGUAUUUUAAGAAAUAAAGAGAGAGAGACAGAGACAGACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUAUUUUCCCCAUGCUUUUGGACUAUGGGGAAAACCAAAACCAAAGCAAGACAUCAAGCAAUGGUGCUGUUAUUAUAGCCCCAAGUCAAAGACCUGAGGGAGGCAAACACCACCUCAUUCUGCAGAUGAAUGUGAAAGCAGACCCAGUCACUGGGAAAUGUCAUCCUCCCAUCAGCCAAGAUGCCAGCAAUGGAAGAGUGGCAACCCCAGUAGGAAUAAAAGAAACAUAAUUUGCAAGUUCAUUCAUUUUUAAUAGCUAAAAAUCAGCUUAAAGGAGAAGCACAUCCUGAUUGUAAGUCCCCACUAAGUUGGAGGGUGACUUGAAUGGGGUGAAAGGUGAAAGGGACAGAGGAGAGCAGUGGGGCUUCAGAGGCCACCAGGCUCAGGAUCUGCAGGAUGGAUGGUAUCUUCCAGAACAGGCAAUGCUUUGCCCUCAGGAGAAUUUCCCAGAGCUGCUGAGGGGAGAAGACAGCCACACACAGGACAGACCAUUUGGUGAUGGGUUUGAUAUUAGAAGUGGCAGGGACAGGAACUUCAGAAGCAAAGGAGGCAAGGCAGCUGGAGUCAAGUGAGGACAGUGGCAGGCGUGCUUUCACAUGGCCUGUCCCACAGAUGGAGGUGAAAGGUGCACCUUCUUGUCCUCUGUUCUGUAGAAAUCCUUCCCUGUUUGAUCCUUCCCCUGCCAAAUGAACUAUGUUACUCUAAUACUAACCUGUAUUAAUUAAUAUAUGAGAUAUAUAUAAGUUAAUUUUUCAUGAAAUCUAAAGCACAACCCUAGAACUAAUUUUUAAAAGUGUUAUUUCUACCAUUGAAAAAGUAAUGUAUAACAUAUUUUAUGUGAUUAAAGUGCGUAUUCUCAAUAAGAGGUAACCUUUUUUUGAUGCUGCAAUGCUCUGUGAUACCACAGAGGUAAGCAAUGCCACUUAACCUGUAUCAUAAAUAGUCCCAAACUGCUCUUCCUAUAAAAUUCUGCCUUUGUCAACAGCUUUGCUGUCUCCUAAUCACUCUCAAGCUCUCUGCUGUGCAUGUGACUGUUGUCAGAAGGAAAAUCACCAAGAAACUUCACCUCUCACUGCCUUUGAUUUGUUGCAGUUAAUCUAAGAAACAAAAUGAAGAUGGCUAGUCUAAUGGUGGAUGAAACAAAAAUGAAGUCUGAGUGCUAAUUCAGAGAACUUGCAAUUCCAGACAUUUUCAAUUCUAGGUCUUCUGCUAUAUUCCAAUCAGAACAGAAGCUUCAGGGCUCAUAGUUACUGAGAAAACUCACGUUUUUCUACCUCUAACUUCAUAUAGAAUUCCAAAUGAAAGCACCACCAAACUGCACAUAUUUGUGUGAGGAAGAUCAACAAGCUUCAGACUUUUCCCAUGAGGACUUAAUUCUUUUAUCAAAUUACCCAAUUUUUAAACUGCUGUGUGGAUACUGUGAGUGUUCAGCUUUAUCGAUGACCUAGCCUUGGACCAGAUAGCUGAAAAUGUUCAGGAUGUGUACUCAAGCUGAUAGUAAUUCUGAGCCCUGUCUAAUAAAAAAGGAAGGAUGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1045.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1125.00
Frequency: 0.0000
Diversity: 1075.07
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((..((((((((...........((((((((........((((((....((((((((......))))))))(((....))).((.((((((...(((..(((....))))))...)))))).)).......................))))))......)))))))))))))))).((((.((((.....((.(((.....))))).((((((((.(((....))).....(((((((((.((....((.(((.((...((((((((.((.(((((....))))).))))))))))....)).))).)).((((((((((((((..........((((((((..(((........)))..)).)))))).(((((...))))).((((.((((((((((.((((..(((.....))).)))).)))........)))))))..)))).(((....)))..)))))))..)))))))((((....)))).((((.((.(((.(((((((.((....((((((((((((.(((((.....(((.((((.(((((((.......................))))).)).)))))))((((((..(((((((......)))))))....)))))).((.((((...((((((((((((((((((.(((((((.........))))))).((..((((((((.........))))))))....))))))))))))).....)))))))....)))).))(((((....(((((((.(((.(((((..((.(((.(((....(((.(((((((((....((((.((((((.......(((..(((((....)))))..)))..........))))))(((((((.(((.(((((((((....((((((((.(((.((..(((((((..((((((................)))))).(((((((((.........)).)))))))....(((...(((((((((((.((((.((((.....)))).)))).)))........(((.(((((.((((...((((((((((..(((.....(((((((.........))).))))....))))))).)))))).((((........))))........(((((((.....)))))))..(((.........)))))))))))).)))..((((((((..........))))).)))..))))))))..))).....)))))))..................))))).)))).......)))).....))).))))))))))))))))((((((((.(((.(((((((((((..((((((((.((((......))))..))))))))..))))))))))).))).))))))))...............))))..)))))))))...)))...)))))).))....)))))..))).....))))))).(((.((((((((((......)))))))))).))).......((((...........)))))))))......))))).)))))))..)))))(((.....(((((.....)))))..))).((((....)))).((...(((((((((((((((((....))))).............(((((((((..(((((...((((((...........((((((((........))))))))............))))))..)))))((((((((((.......(((.((((((.....)))))).)))......))))...........((((((((((.......((((((..........((((((...))))))............))))))(((((...........))))).((((((....)))))).....)))))))).)).......(((.....))).))))))(((((((.......)).)))))......((((((((.................))))))))..........)))))))))...))))))))))))...)))).))))).)).))).)).))))(((((((((.((.((.(((.((((.(((.((.((((.(((.((.((.....(((((((((((.........))))))))))).....))))..)))..)))))).))).(((.(((((....))))).)))(((..(((((((((((..((......)).))))..(((((..............))))).......((((((...((((((.((.((((..((..........)).)))).)).))))))..)))))).(((((..((((........((((((((((.(((((((((...((((.......))))...(((((((((.((((((.(((.(((((((((.(((...))).))).)))))))))))))))((((.((.(((((.(((((((((((((((((((((((..(((....(((...((((((.(((((..(((.(((.(((..((((((((....((((((.(((((((.((............)).)))))))..)))).))(((((........(((((((((....))).)))))).........))))).((((((((((((((((..((...(....)...))..)))))))...(((.((((((.(.((...(((....))).)).))))))))))......(((((.......)))))))))))))))))))))).))).))).))))))))..))))))...))))))...)))..((((.(((..((((((......))))))..(((((((((((((((.((((.((((.(((((((((........(((((.....(((((.....)))))...)))))........)).))))))).)))).))))..))))))))))).))))(((((.((((..((((.((((((...)))))).))))((((......(((((((....)))))))...))))))))))))).....))).))))...))))))..)))))))))).........))))))))).....)).))))))).))))))..((((...(((((.....))).))...))))(((....)))..((.......)).......((((((....(((((((((..((((((...............))))))....))).))).))).....))))))......))))))))).(((((((....))))))))))))))))).........))))..))))))))))))..))).........((((((((..((((....))))..).))).))))((((((....)))))).....((((........)))).............))))))))).)))))))))))..((.(((((............))))).))....)))))))))))..................................)))))))).)))).))))....(((((((..(((.....((.......))....))))))))))...(((((((((...((.(((...)))))...)))))))))................)))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((((,..,,,,{{,{,..,{{{{((....|}}}|{{,{|((((((((.,||((((((((......)))))))),((,,,,||{.({.((((((...(((..(((....))))))...)))))).||.||,...,...,,{{,.,.{{{(((.{..{{{{{(({({((({({,{{(,....}}},.,,.....{,.{{{.....}},,,...{(((...(({....})).,.))))}}}}.|||||||,.|{}||{||||,|{{{{(((|,{{.(((((....))))}|||}}))))}}.,,||}.|}}||||((((((((((({({....{,,,..{{{(({{(,,(((,...,,,,||,..||.||||||,{{{,|,,..,}}},})}})}}}|||,{{{.((((..(((.....))).)))).}}},}}}},,||||||||......,|||.,,,)}}..}}}}))),,))))}})(({(,,,.))))|,{....|||||}||.||||,,|}}}}||{{,||||||||}}}|{(((,,(({((((({({(((((,(((,((((({....(((((((.{{|,|{||{{|||||,{(((((..(((((((......)))))))....)))))}{((((,((,{{(({.((((((((((((((.(((((((.........))))))).(,..((((((((.........))))))))....)}))))))))))))))..,,{(((({.....).))))}.,,{{,,(((((((.{,{,({,,...,|}|(({(.({{{{....(((((((((....((({.((((((..{,...{((..{((({....)))))..})}.....}}..,))))))(((((((.(((.(((((((((,{...,,,||.((.,.((((.....))))},||,((({{(({{{...,,,,.||{{((,{((((((((.........))}})))))))}}|{,,..,,{{,,,.((((.((((.((((.....)))).)))).)))}......,(({.((({{.((({,.,((((((((({,,{((..,,.(((((((.,....,,.))).)))).,,.}}}}))),,))))).{{{{.,,,...,}}}}........(((((((.....)))))))..{{{.,,{,....))}})))))))}.)))..{(((((((..........))))).))}..{{{.{|,.(((((.{{..{{(((({...})))}..}}..}}.))))),.)),)}}..}}.})))})),.)))}})))))))))))))))((((((((.(((.(((((((((((..((((((((.((((......))))..))))))))..))))))))))).))).))))))))...............})))..)))))))))..,{(({({.,..})})))}..,))))}.)))}....)))))))...|}|(((((({{{,,....)))))))))}|)))..}}}.|||}}..........{(((((........)))))|((({{(((.....)))))))....(((((.....)))))..}},.{{{{..,,))))||,,,,,,{,{{{,{{{{(((((....)))))..,,{{..,.((((((((((((.(({((.{({((,,{{.,,,,.,....(((((((({.....,.))))))))......,,.....,}|},.....,||||,,,,}}},((((........))))...((((((((..((((((((({({..,{,,,....{{((((((((.......,{{{{{..........{{{(((,,,,}}))),},.........}}}}}}(((({...........},}}}.((((((....)))))).....)))))))).})....,,,{{,.....}},.,..,,((((((({.......)).))))))...,.((((((((.,.............,.))))))))......,}})))))))..))))))))}})))})}}))})))))}))).)))}))))})})}}}}}})})}}}}}}}}})})})})}}|}|}|}|||}|}|}|}||,||,||,.{((((((((((.,....,..})))))))))).....||||..||,,.}}}.},.)),.|||.(((((....))))).)||,(((,.,|}}.||{||||{|,,.,,,}|||||||{{|||||||||||||,,...|||||{{{{{,,{|||||...{{{{{{,{{,{{{|,.{|,,.,,,,}|,}}.}))),)).)))))}..}}}))}.|||,,..............||{{{{({{{.{{({(((({...((((.......))))...(((({{{{{.{{|{{|.,{{.{((((((((.({,...,)).))).)))))))))))))))..,({(({(((((.(((((((((((((((((((({{.,,((((....)))),.|||(({({((({{({.,,,|}|||}.|}||.,.(((..{{((((.(((((((.((..,{,....},.)).))))))).}))}).},)))....,{{{{.{{{((({{{....}}}||||}}|.{,{,,,..,((((((((..((((.,.((({..{{...(,{{{.,,{{,..({(.({..,...(((((((({((((((((((......)}),}))))}}))))....(((((((.......))))))),)))))))},,,)),)))...,))))})))})))))))))..)))))))}..,,,..,|,|,,|,,,{(((((......)))))}.,(((((((((((((((.((((.((((.(((((((((........(((((.....,((({.....))},,...)))))........}}.})))))).)))).))))..)))))))))))},)))|((((.((({,.((((.((((((...)))))).)))),{{(,{....(((((((....)))))))...}))))))))))))..})))),.,......)))))),.}))))))))),........))))))))).,,.,|{{|..,)))})}}))}..{{{{...{,(((.....))).,}...}|||({{..,,))}..||.....,.}}.......{{{(((....{({(((|{{,|((((({.,||.....}..,,.})))}}.),)))}.))).))).....)))))),,....}}}}}))}}.(((((((....)))))))))))))))}}...}}},},}}}}},.}})}{{|,((((((.....,{{......}}}))))))}},(((((((((.((((((((,,...(({{{{({|..(((,(,{{....{{{{{.|,|,...,...}}}},,{{,..........(((((....)))))||||{{{{.....((((((((,........,.))))).)))...}}}}},...,,,,,....,,,,,.......||||.|||}|,,.|}}}})}.{((((({..{((...,.((.......)).,,.))}))))))}....,||||,.||,.}.,.)),})))}}))))))).)))))))))............)))))))...
Back