Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000578.4
Sequence Length
3608 nt
GC Content
0.5942
ACACUUACUUGCACCAGUGCCCAGAGAGGGGGUGCAGGCUGAGGAGCUGCCCAGAGCACCGCUCACACUCCCAGAGUACCUGAAGUCGGCAUUUCAAUGACAGGUGACAAGGGUCCCCAAAGGCUAAGCGGGUCCAGCUAUGGUUCCAUCUCCAGCCCGACCAGCCCGACCAGCCCAGGGCCACAGCAAGCACCUCCCAGAGAGACCUACCUGAGUGAGAAGAUCCCCAUCCCAGACACAAAACCGGGCACCUUCAGCCUGCGGAAGCUAUGGGCCUUCACGGGGCCUGGCUUCCUCAUGAGCAUUGCUUUCCUGGACCCAGGAAACAUCGAGUCAGAUCUUCAGGCUGGCGCCGUGGCGGGAUUCAAACUUCUCUGGGUGCUGCUCUGGGCCACCGUGUUGGGCUUGCUCUGCCAGCGACUGGCUGCACGUCUGGGCGUGGUGACAGGCAAGGACUUGGGCGAGGUCUGCCAUCUCUACUACCCUAAGGUGCCCCGCACCGUCCUCUGGCUGACCAUCGAGCUAGCCAUUGUGGGCUCCGACAUGCAGGAAGUCAUCGGCACGGCCAUUGCAUUCAAUCUGCUCUCAGCUGGACGAAUCCCACUCUGGGGUGGCGUCCUCAUCACCAUCGUGGACACCUUCUUCUUCCUCUUCCUCGAUAACUACGGGCUGCGGAAGCUGGAAGCUUUUUUUGGACUCCUUAUAACCAUUAUGGCCUUGACCUUUGGCUAUGAGUAUGUGGUGGCGCGUCCUGAGCAGGGAGCGCUUCUUCGGGGCCUGUUCCUGCCCUCGUGCCCGGGCUGCGGCCACCCCGAGCUGCUGCAGGCGGUGGGCAUUGUUGGCGCCAUCAUCAUGCCCCACAACAUCUACCUGCACUCGGCCCUGGUCAAGUCUCGAGAGAUAGACCGGGCCCGCCGAGCAGACAUCAGAGAAGCCAACAUGUACUUCCUGAUUGAGGCCACCAUCGCCCUGUCCGUCUCCUUUAUCAUCAACCUCUUUGUCAUGGCUGUCUUUGGGCAGGCCUUCUACCAGAAAACCAACCAGGCUGCGUUCAACAUCUGUGCCAACAGCAGCCUCCACGACUACGCCAAGAUCUUCCCCAUGAACAACGCCACCGUGGCCGUGGACAUUUACCAGGGGGGCGUGAUCCUGGGCUGCCUGUUCGGCCCCGCGGCCCUCUACAUCUGGGCCAUAGGUCUCCUGGCGGCUGGGCAGAGCUCCACCAUGACGGGCACCUACGCGGGACAGUUCGUGAUGGAGGGCUUCCUGAGGCUGCGGUGGUCACGCUUCGCCCGUGUCCUCCUCACCCGCUCCUGCGCCAUCCUGCCCACCGUGCUCGUGGCUGUCUUCCGGGACCUGAGGGACUUGUCGGGCCUCAAUGAUCUGCUCAACGUGCUGCAGAGCCUGCUGCUCCCGUUCGCCGUGCUGCCCAUCCUCACGUUCACCAGCAUGCCCACCCUCAUGCAGGAGUUUGCCAAUGGCCUGCUGAACAAGGUCGUCACCUCUUCCAUCAUGGUGCUAGUCUGCGCCAUCAACCUCUACUUCGUGGUCAGCUAUCUGCCCAGCCUGCCCCACCCUGCCUACUUCGGCCUUGCAGCCUUGCUGGCCGCAGCCUACCUGGGCCUCAGCACCUACCUGGUCUGGACCUGUUGCCUUGCCCACGGAGCCACCUUUCUGGCCCACAGCUCCCACCACCACUUCCUGUAUGGGCUCCUUGAAGAGGACCAGAAAGGGGAGACCUCUGGCUAGGCCCACACCAGGGCCUGGCUGGGAGUGGCAUGUAUGACGUGACUGGCCUGCUGGAUGUGGAGGGGGCGCGUGCAGGCAGCAGGAUAGAGUGGGACAGUUCCUGAGACCAGCCAACCUGGGGGCUUUAGGGACCUGCUGUUUCCUAGCGCAGCCAUGUGAUUACCCUCUGGGUCUCAGUGUCCUCAUCUGUAAAAUGGAGACACCACCACCCUUGCCAUGGAGGUUAAGCACUUUAACACAGUGUCUGGCACUUGGGACAAAAACAAACAAACGAAAAACAUUUCAAAAGGUAUUUAUUGAGCACCUGCAGGCGUGACCUGACAGCCCAAGGGUGGGUGGGGUGAGGGCUUGAGGACUUGGGCGGGACACAGGCUCCAAACUGGAGCUUGAAAUAGUGUCUGAUGAAUGUUAAAUUAUCUAUCUAUCUAUUUAUUUAUUUAUUUGAGACAGGGAAAGGGUCUCCCUCUGUUGCCAAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCAAUCUUAACUCAUUGCAACCUCCACCUUCUGGGUUCAAGCGAUUCUCUUUAUUCAGCCCCGGGAGUGGCGCGCGCCACCACGCCCAGCUAAUUUGUGUAUUUUCAGCAGAGACGGGGUUUGCCAUGCUGGCCAGGCUGGUCUCGAACUGCUGGAUUCAAGUGAUCCGCCCAUCUCCGUCUCCCAAAGUGCUGGGAAUUACAGGCGUGAGCCACCAAACCCGGCCUGAUUAAAGUUAAAUAAAUACUAGUUCCCUUCUCGUCCAAAGGAGCAGGGAAUGGGAACCGGGAAGGCACGAAGUCUCUAAAGCAUCCAGAAGACCCCUACACCAGGGUCUGGUCCGCUCCUAUUCGCCGCAGCCUUUCUGUUCCGCCUGCAACCCAUUUUCCAGACAGUAAAACGGCGGCGCACUUCUUUCUCCGUCAGGCACCAGGUCAUAAGGAACCCAAGAGUCUGUGCCUCUGAGGCCCAAAUUAUUUGCUGUUUCCUCAGGGGAGCCGGCGGCCGCGACUCCCACGCCGCGCCGUUACCGCUCCCUCUCUGCUGACUGCUCCCCCUAGGGGCAGAGACGGUCCCGACGCCCGCCAUCCCGCCCCGGCCUCACCCCUCCCCGCCAGGCGGAACGACGCGGGGAGGCGGGCGCUCGGGGCUCGCGCCAGGGGCCCCAGAAUCCUUCGGGGAGAGUGGGUGGGAGGAAGCUGUGUGGGCGGGGAGCCCCCUCUGCCUUAGGGAGCGGCUGGGCACCCAUUCGCCCCAUUCAGGGGCUGCACUUUAUAGACGUUCCCUAGGCUGUUUCUAGGCUCCCCCAAGUCCCUCCUCCAGCCUCGUCGGGUCCCUCAGACCCCAGCCCAGGACCUGCGGAGGGCCGCAGCGAGGAGAGGCCAACAGGCCUUUCCCUAGAGUUGAACCUGGGCCGGGUGUUGCACCUGGAAGAACCCCCGAUUUCCUGGGGACCCAGCAGGGCAGGCGGCCUGGCUCCGCGCUCAGGUCCGGACGCUUGUUUAUGAGAAGAAUUUCCUCUUUCUUAAAAGGGCAACGAUGCGAGUGGGUCCCUCAAGGAGAGAAGAGAUGGGACCGGUCUGGUGCGACCUGGGCAAGCGCUGCAGAGGGUACCUGGGCAAGAGGGCCGCCCGCCUCCUCUGGGUUUGGCACUGGAGAAGAUGGGUCCAUGCCAGCUGAAGGAGGAGAUGGAUGGGGGACGUUUAGCGAAGAAAGGCAUCUCCCAGAUCCUUUAGCCUCCUGGAAGUGCCCCCGUUGUACCCCCUACACACCCCUCUUGGCAUUGAGUGCCAGUCCUCUGCCAGGCUCUGUGUUACAAGUUGGGGAGGGCGGCAAAGUCCCGAAUUAAAGAUGUCAGUUCUCAAGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1496.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1556.15
Frequency: 0.0000
Diversity: 721.61
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..................(((((.(.((((((((..((.((.(((((((....((((...))))..((((...))))(((((..((.(......).))..))))).....((((.....(((((..((((((((((((((.(((.....((...(((((...(((((((((.(((((((((...((((.......((((((((..........(((..(((..(((((((................(((.((...((((((.(((((((..(((((((...))))))))))))))((.(((....((.(((((((....))))))))).....)))))....)))))))).))))))).))).)))..))))))))))))))))))))))))....).)))))))).((((.((((((((..(((((((.(((((((((.((((...((((.((.((.(((((((((.....)))))...........(((((...)))))......((((((((((.((((.(((...(((..((((((........)).)))).((((((.((((((((((........(((...))).(((((.((((((...))))))..)))))....(((....))).....(((((.(((((.(..((.((.......))))..).)))))..))))).........(((((((..........((((((.........))))))(((.(((.(((((((((...(((((.((((((((......((((((((......((((((.(((((((..((((((((...((((........((((((((((....((((((.........................((((..((((((((((((..((((....)))).)))))))...)))))))))..(((((.((((..........))))))))).((((((.(((((((.((((((..........((((......(((((((..(((((((...(((.((((((....(((((.........((((((((((..((....))...))).)))))))(((((.(((((........(((.....))).........))))).))))).........((((((.((((.....((((((......)))))))))).))))))...))))).....)))))))))))))))).))))))).......))))((.(......).))))))))...)))))))..))))))....((.((.((.((.((((.......)))).)).)).)).))......))))))...))))))))))))))))))))))..)))))).).))))))......)))))))).....(((((..........)))))....)).))))))))))).)))))))))))).)))..........(((((........)))))))))))))).))))))))))))))...((((....))))........(((((((......))))))))))...))).))))))))))))))...)))))))))))).)))).))))))....)))..))))))))))))))).).))).....)))))...)).....)))))).))))))))))))))))))))..((.((((......)))))).)))))))))))..)))))))).).)))))(((((((.((((((......(((....)))((((((((((((......))))))))))))....(((..((........))..))).(((((((.(((((((..((((((...((.((((((.(.((((((....((((((((.((..(((...))).)).)))))))))))))).).)))).))))...))))))....))))))).))).))))))))))((((.(((..(((.(((....((.(((((.(((............((((((((((((.((((((((...(((((..............((((....))))....((((((((.((.....(((((((.....)))).))).(((((((.((((((((.(((((..(((((.((.((((((((..(((((((((...)))))))))...((.(((((((((((((.(((((.............)))))..)))))))....(((((((...((....)))))))))...((((.(((((((((((((............))))))))..))))))))).((((((((.((......(((((.((((..(((((.(((((.((((((......((((((...(((((((.......)))(((((((((...((((.(((.....)))))))........((.(((((.....)))))))....))))))))).))))..)))))).......)))))).)))))....))))).)))).)))))..............(((((((.(((........))).))))))).(((((.((((((((.((..(.......(((..(((((....((((.....)))))))))...)))......)..))..))))))))))))))).)).)))))).....)))))).))....(((((.((...((.....(((((((((((.(((((.............)).)))))))))((((((...((((........))))))))))((((((.((((((.(((.(......).)))))))))...))))))((......))(((((((.....))))))).)))))....)).))))))).)))))))).))))))).))))))))...(((.((.((((((.((((..(((((..((.(((((((.......)))))))))..)))...((((.(((((((((...((..(((.(.(((((((((......))))))).)).).)))..))...))))))))).)))).((((((((((...((((.(((((((..((((((.....))))))..((((((.(((((((((.((((......(((((.....)))))..(((((((..((((((....))))))...(((((((((....)))))))))...........)))))))((((((...)))))).......(((((......)))))((((((.(((..((((((..(((((((..((((((((((((.((((((((((((((((((......)).)))))).....(((....))).....((((((((............)).))))))((((......))))))))))))))))......)).))))))))..).)))))).))))))))))))))).(((((.((((.........))))))))))))).)))))).)))...)))))))))))))..))))(((((.((((...))))))))))))).)))))).)).)))))))))).)).)))...)))))))))))))).)))))))).))))).)))))))).)))))))).))))))).))))).))....))))))..))).))))........)))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
................,.(((((.{.((((((((..((.((.(((((((....((((...))))..{(((...)))|(((((..((.(,....,}.})..))))),....((((.....(((((..{(((((((((((((.(((.....{{...(((({...(((((((({.(((((((((...,,,,{(({...((((((((,........,,{{..{,,,,{{{{.,,{{{..........,,|(((.{,..{((((((.(((((((,.((((((,...}))))))))))))),,.{((.,..{{.(((((((....)))))))}}..,..}}}}}....)))))))).)))}))).)))))},..,}))))))))))))))))))))))....}.)))))))).(({{.((((((((..(((((((.(((((((((.((((...(((,,((.({{(((((((({.....}))))...........(((((...)))))......((((((((((.((((,,{(({,,{{{{|(({((..,,,{.,|||{{||,{{((((.((((((((({........(({..,|||.(((((.((((({...})))))..)))))....{{(....)))}....{{{{{.(((((.(..((.((.......))))..).)))))..))))),......,|({{{{{,..........|||({{..,.....,))))}|(((.(((.(((((((((...(((((.((((((((.,,...((((((((......((((((.(((((((..((((((({..,((((........((((((((((..,.((((((.......,|{...............((((..((((((((((((..((((....)))).)))))))...)))))))))..(((((.((((.......,..))))))))).((((((.(((((((.((((((,,..{{,...{{{,......(((((((.{(((((((...(((.((((((....(((((..........(((((((,,..,{....|}{,,|||,|||||||(((,({,(((({{........({{{,,|,.,..,{{{,.,,))),})))}.,,,.....,|||||}||||.}}.,||||||..}}}}})))}}))))}))},,,...))))).....))))))))))))))))}))))))).......}))).))|,......}},))))))...)))))))..))))))..{.((.((.((.((.((((.......)))).)).)).)),)},}.,..))))))...))))))))))))))))))))))..)))))).).))))))......))))))))...},(((((..........)))))....)).))))))))))).)))))))))))).))),.,.......{{{{{.....,..)))))})))))))),})))))))}))))}...((((....)))).,}},...(((((((......)))))))......,,,.})))))))))))))...)))))))))))).)))).))))))....)))..))))))))))))))).).))).....}))))...}}.....)))))).))))))))))})))))))))..((.((((......)))))).)))))))))))..)))))))).}.)))))(((((((.(((({({,,..,{({,...)))||((((((((((......))))))))))|||,.,((({{((...,}}}}}),.})),(((((((.(((((((..(((((({..((.((((((.(.((((((....((((((((.((..(({...})).)).)))))))))))))).).)))).)))).}.))))))....))))))).))).))))}}))}|((((.,,,..{((.(((....((.(((((.(((............((((((((((((.((((((((...(((((..............((({....})))....((((((((.((.....(((((((.....)))).))).(((((((.((((((((.(((((..(((((.((.((((((((..(((((((({...}))))))))...((.(((((((((((((.(((((.............)))))..)))))))..{.(((((((..,({....)))))))))..,{(((.(((((((((((((............))))))))..))))))))}.((((((((.((,.,,..(((((.((((..(((((.(((((.((((((......((((((...((((,(....,,{{|||((((({((({{.((((...|))}.,||}}|}||,,,,,,}||,||{{{,..,.))))})}....},))))))).))))..)))))).......)))))).)))))....))))).)))).)))))..,,..........(((((((.(((........))).))))))).{((({{((((((((.((..,.......(((..((({{.,,{((,,.....,))))))))...)))......,,.,,..))))))))))))))).)).)))))).....)))))).))....(((((.((...((.....(((((((((({,((({(....{{...}}..)}.)))))))))((((((...((({........)}}}))))))((((((.((((({{(((.{......).))))))))}...)))))),,......)}(((((((.....))))))).)))))....)).))))))).)))))))).))))))).))))))))...{((.((.(({(({.(((({(((((({{(({((((({(.|....|}}})}}},|..{{|.,,{|||.((,,((((,{{{((,.{,,.,.,(((((((({{{{..,,|,||||,|{|{|||{.||{,,||,}}},,,{||||..,,.)))))|,,.||...|||,||}}}||||||}.,...,,,))}}||||,,.|||||||||}|,||}}..}}(((((.....)))))..(((((((,{((((((....)))))}.|.(((((((((....)))))))))|,.,.......)))))}|((((((...))))))}......(((({.....,}))))((((((.,(({{,((((({{,{{({{{..((((((((((({.((((({((({{(((((((......))}}}))))...,,({,.,..}}}..,|.(((((({{............}}.)))))){|||,,},,,)))))))))}}}))}),,...,)),})))))))..}.))))))}))))))))))}}||}.(((((.((((.........)))))))))}}|}.||||||.||,,,,|||||||,||||}..},,,,{|||,{|||,,,)}})))))),}))}))))),.}}.)))))))))).)),)))...)))))))))))))).)))))))).))))).)))))))).)))))))).))))))).))))).))....))))))..}}}.))))}....,,,))))))}
Back