Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000597.3
Sequence Length
1414 nt
GC Content
0.6740
GAGGAAGAAGCGGAGGAGGCGGCUCCCGCGCUCGCAGGGCCGUGCCACCUGCCCGCCCGCCCGCUCGCUCGCUCGCCCGCCGCGCCGCGCUGCCGACCGCCAGCAUGCUGCCGAGAGUGGGCUGCCCCGCGCUGCCGCUGCCGCCGCCGCCGCUGCUGCCGCUGCUGCUGCUGCUACUGGGCGCGAGUGGCGGCGGCGGCGGGGCGCGCGCGGAGGUGCUGUUCCGCUGCCCGCCCUGCACACCCGAGCGCCUGGCCGCCUGCGGGCCCCCGCCGGUUGCGCCGCCCGCCGCGGUGGCCGCAGUGGCCGGAGGCGCCCGCAUGCCAUGCGCGGAGCUCGUCCGGGAGCCGGGCUGCGGCUGCUGCUCGGUGUGCGCCCGGCUGGAGGGCGAGGCGUGCGGCGUCUACACCCCGCGCUGCGGCCAGGGGCUGCGCUGCUAUCCCCACCCGGGCUCCGAGCUGCCCCUGCAGGCGCUGGUCAUGGGCGAGGGCACUUGUGAGAAGCGCCGGGACGCCGAGUAUGGCGCCAGCCCGGAGCAGGUUGCAGACAAUGGCGAUGACCACUCAGAAGGAGGCCUGGUGGAGAACCACGUGGACAGCACCAUGAACAUGUUGGGCGGGGGAGGCAGUGCUGGCCGGAAGCCCCUCAAGUCGGGUAUGAAGGAGCUGGCCGUGUUCCGGGAGAAGGUCACUGAGCAGCACCGGCAGAUGGGCAAGGGUGGCAAGCAUCACCUUGGCCUGGAGGAGCCCAAGAAGCUGCGACCACCCCCUGCCAGGACUCCCUGCCAACAGGAACUGGACCAGGUCCUGGAGCGGAUCUCCACCAUGCGCCUUCCGGAUGAGCGGGGCCCUCUGGAGCACCUCUACUCCCUGCACAUCCCCAACUGUGACAAGCAUGGCCUGUACAACCUCAAACAGUGCAAGAUGUCUCUGAACGGGCAGCGUGGGGAGUGCUGGUGUGUGAACCCCAACACCGGGAAGCUGAUCCAGGGAGCCCCCACCAUCCGGGGGGACCCCGAGUGUCAUCUCUUCUACAAUGAGCAGCAGGAGGCUCGCGGGGUGCACACCCAGCGGAUGCAGUAGACCGCAGCCAGCCGGUGCCUGGCGCCCCUGCCCCCCGCCCCUCUCCAAACACCGGCAGAAAACGGAGAGUGCUUGGGUGGUGGGUGCUGGAGGAUUUUCCAGUUCUGACACACGUAUUUAUAUUUGGAAAGAGACCAGCACCGAGCUCGGCACCUCCCCGGCCUCUCUCUUCCCAGCUGCAGAUGCCACACCUGCUCCUUCUUGCUUUCCCCGGGGGAGGAAGGGGGUUGUGGUCGGGGAGCUGGGGUACAGGUUUGGGGAGGGGGAAGAGAAAUUUUUAUUUUUGAACCCCUGUGUCCCUUUUGCAUAAGAUUAAAGGAAGGAAAAGUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-689.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -713.71
Frequency: 0.0000
Diversity: 533.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........((((.(.(((.(((...((.((((...)))))).))).))).)))))((...(((.(((.(((((((((.(((.((((.((.((..((((.(((((.(((((....(((((((.(((((((((((((.(((((((((((((((((((.(((((.((....)).)).....))))).))))))))))))))))))))).)))))).)))))....)))))((((((((((......(((((.((..((.((.(((((((((((((((..(((((((((......))))).)))).))).))).)).))))))).))...))..)).)))))..)))).).))))).))))))))))..))))..)))).))))))).)))))).))).))))))...((.((((((((((((..((((((((((((((......((....))((((((.((((.(((....((((((..(((((((.(....).)))))))..))))))))).((((......)))).)))).))))))((((((...(((..(((.(((......(((..((((((((((((((((.(((((((..((......))..)))))..(((((((.....(((.(((((.((..((((.((..(((((((....((((.((..(((.....)))....)).)).)).....)).))))).)).))))..((((((...(((.(..(((((.((.....)).)))))..).)))..)))))))).))))).))))))))))..(((((.(((...))).)))))....)).))))))))).).)))))).(((((.((((((.....(((((...)))))..)))))).)))))....))).......))).)))))).))))))....)))))))....)))))))..)..))))))))))).))(((((.(((((.(((((.......(((......))).(((..(((((.......)))))..)))(((((.((..((.(((......))).))...)).))))).))))).))))))))))((((((((.........(((((((((((((((((((((((((((...((..((((((.................)))))).))..)))))).))))))))).((.((((((((.....................))))))))...)).)))))).))).))).((((((((((((......((((((((.(....(((((((((.(((((((((..........))))))).)).))).))))))...).))))))))...))).)))))))))(((...((((((....))))))...)))))))))))((((((........))))))..)).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,..,..((({.({(((.{{||||,{||||{{{,||||||.|||.|||{|||}|{(((((((.{(({((((({(({{(((.({{({((,(({,{..|,||||{.||{|{,,.,{||||||.{{{((((((((((.(((((((((((((((((((.(((,(.(,.{{.,,.))....,))))).))))))))))))))))))))).)))))).|||||,|,,||||}{{{(((((((....,,{{((({((,{((,((.(((((((((((((((.,,((((((((.,..,,)))))||))},|})|}||,}|.|}}}||}.||...)),,}}.))|}||,})}}.}||}|||.||}}||}}}}}}))))}}))))}))))}}}.))))))}})),))))))|,,,,.{{{{||||||||},|(((((({((((((....,(({....))|({{{{.{{{|||||,.,,{(({({,.{{{{||{|,..,}).|||}}}}..})})))|||.((((......)))).}})),)))})){(((((,..,{,..{||.{{{.,,.|,{|,,,|{,{{{|{{(((({{{.|||{||||,||,,,}}.}}..,,}}},}||||||{}.,,,||{,{{|||,||..((((.{{..{{{||||.{{.{{{(,{((((({.,(({{{{.|{..||||,||,.,||||.|||}}.},,))))..((((((...(((.(..(((((.((.....)).)))))..).)))..))))))}),))))),)))}}))}))..{{|||,|||}.,))).))))|,,{.}}.}))))}})}.},}|||||{(((((.({((((,.,,,(((({,,,|}}||,,||||||.|}}||{...,,|.|{,,..}}}.||||||.}}}}},...,)))}))}...,)))})})..,},)}})})))))),))|((((,(({((.,{(((.....,}||,,|.||.})),|||.}||||{..},,,,)))))).|}}|{{{{,||.,{{|{|{,.....|}|,}}.,,},.))))},))))).)))))))}}}{{{{{{{|..,.,,}}.((((((((((({{((({|((((,(((({{{(({(((((((.................)))))).|,..)))))).)))|)||||.||.{(((((((...,,{,....,,........)))))))}...))))))))).))).))).((((((((((((......((((((((.(....(((((((((.(((((((((.{,,.....,)))))))))),))),})))))...).))))))))...)))))))))))))(((...((((((....))))))...))))))))}}|{{{{{,,........,.,}}..}}.........
Back