Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000598.5
Sequence Length
2613 nt
GC Content
0.5113
AGAUGCGAGCACUGCGGCUGGGCGCUGAGGAUCAGCCGCUUCCUGCCUGGAUUCCACAGCUUCGCGCCGUGUACUGUCGCCCCAUCCCUGCGCGCCCAGCCUGCCAAGCAGCGUGCCCCGGUUGCAGGCGUCAUGCAGCGGGCGCGACCCACGCUCUGGGCCGCUGCGCUGACUCUGCUGGUGCUGCUCCGCGGGCCGCCGGUGGCGCGGGCUGGCGCGAGCUCGGCGGGCUUGGGUCCCGUGGUGCGCUGCGAGCCGUGCGACGCGCGUGCACUGGCCCAGUGCGCGCCUCCGCCCGCCGUGUGCGCGGAGCUGGUGCGCGAGCCGGGCUGCGGCUGCUGCCUGACGUGCGCACUGAGCGAGGGCCAGCCGUGCGGCAUCUACACCGAGCGCUGUGGCUCCGGCCUUCGCUGCCAGCCGUCGCCCGACGAGGCGCGACCGCUGCAGGCGCUGCUGGACGGCCGCGGGCUCUGCGUCAACGCUAGUGCCGUCAGCCGCCUGCGCGCCUACCUGCUGCCAGCGCCGCCAGCUCCAGGAAAUGCUAGUGAGUCGGAGGAAGACCGCAGCGCCGGCAGUGUGGAGAGCCCGUCCGUCUCCAGCACGCACCGGGUGUCUGAUCCCAAGUUCCACCCCCUCCAUUCAAAGAUAAUCAUCAUCAAGAAAGGGCAUGCUAAAGACAGCCAGCGCUACAAAGUUGACUACGAGUCUCAGAGCACAGAUACCCAGAACUUCUCCUCCGAGUCCAAGCGGGAGACAGAAUAUGGUCCCUGCCGUAGAGAAAUGGAAGACACACUGAAUCACCUGAAGUUCCUCAAUGUGCUGAGUCCCAGGGGUGUACACAUUCCCAACUGUGACAAGAAGGGAUUUUAUAAGAAAAAGCAGUGUCGCCCUUCCAAAGGCAGGAAGCGGGGCUUCUGCUGGUGUGUGGAUAAGUAUGGGCAGCCUCUCCCAGGCUACACCACCAAGGGGAAGGAGGACGUGCACUGCUACAGCAUGCAGAGCAAGUAGACGCCUGCCGCAAGGUUAAUGUGGAGCUCAAAUAUGCCUUAUUUUGCACAAAAGACUGCCAAGGACAUGACCAGCAGCUGGCUACAGCCUCGAUUUAUAUUUCUGUUUGUGGUGAACUGAUUUUUUUUAAACCAAAGUUUAGAAAGAGGUUUUUGAAAUGCCUAUGGUUUCUUUGAAUGGUAAACUUGAGCAUCUUUUCACUUUCCAGUAGUCAGCAAAGAGCAGUUUGAAUUUUCUUGUCGCUUCCUAUCAAAAUAUUCAGAGACUCGAGCACAGCACCCAGACUUCAUGCGCCCGUGGAAUGCUCACCACAUGUUGGUCGAAGCGGCCGACCACUGACUUUGUGACUUAGGCGGCUGUGUUGCCUAUGUAGAGAACACGCUUCACCCCCACUCCCCGUACAGUGCGCACAGGCUUUAUCGAGAAUAGGAAAACCUUUAAACCCCGGUCAUCCGGACAUCCCAACGCAUGCUCCUGGAGCUCACAGCCUUCUGUGGUGUCAUUUCUGAAACAAGGGCGUGGAUCCCUCAACCAAGAAGAAUGUUUAUGUCUUCAAGUGACCUGUACUGCUUGGGGACUAUUGGAGAAAAUAAGGUGGAGUCCUACUUGUUUAAAAAAUAUGUAUCUAAGAAUGUUCUAGGGCACUCUGGGAACCUAUAAAGGCAGGUAUUUCGGGCCCUCCUCUUCAGGAAUCUUCCUGAAGACAUGGCCCAGUCGAAGGCCCAGGAUGGCUUUUGCUGCGGCCCCGUGGGGUAGGAGGGACAGAGAGACAGGGAGAGUCAGCCUCCACAUUCAGAGGCAUCACAAGUAAUGGCACAAUUCUUCGGAUGACUGCAGAAAAUAGUGUUUUGUAGUUCAACAACUCAAGACGAAGCUUAUUUCUGAGGAUAAGCUCUUUAAAGGCAAAGCUUUAUUUUCAUCUCUCAUCUUUUGUCCUCCUUAGCACAAUGUAAAAAAGAAUAGUAAUAUCAGAACAGGAAGGAGGAAUGGCUUGCUGGGGAGCCCAUCCAGGACACUGGGAGCACAUAGAGAUUCACCCAUGUUUGUUGAACUUAGAGUCAUUCUCAUGCUUUUCUUUAUAAUUCACACAUAUAUGCAGAGAAGAUAUGUUCUUGUUAACAUUGUAUACAACAUAGCCCCAAAUAUAGUAAGAUCUAUACUAGAUAAUCCUAGAUGAAAUGUUAGAGAUGCUAUAUGAUACAACUGUGGCCAUGACUGAGGAAAGGAGCUCACGCCCAGAGACUGGGCUGCUCUCCCGGAGGCCAAACCCAAGAAGGUCUGGCAAAGUCAGGCUCAGGGAGACUCUGCCCUGCUGCAGACCUCGGUGUGGACACACGCUGCAUAGAGCUCUCCUUGAAAACAGAGGGGUCUCAAGACAUUCUGCCUACCUAUUAGCUUUUCUUUAUUUUUUUAACUUUUUGGGGGGAAAAGUAUUUUUGAGAAGUUUGUCUUGCAAUGUAUUUAUAAAUAGUAAAUAAAGUUUUUACCAUUAAAAAAAUAUCUUUCCCUUUGUUAUUGACCAUCUCUGGGCUUUGUAUCACUAAUUAUUUUAUUUUAUUAUAUAAUAAUUAUUUUAUUAUAAUAAAAUCCUGAAAGGGGAAAAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-913.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -958.90
Frequency: 0.0000
Diversity: 837.17
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((...(((((..((.((((.(((((((..((.....))))))..))).)))).))..)))))...(((((.((((..(((((((.((((.(((((((.((((((.(((((((((((((((.((((((((((((.((((.....)))....).)))))))).)))))))))..(((((((((((((.((...((((((.(((((((.(((((.((((((((.((((((...))).))).)))..)))))))))).).))((((((((((...))))))))))..)))))))))).)).)))))))).)))))...)))))))..)))))))))((((...((((((((((.(((.(((...(((....))).......(((.((((((((((((((((..(((((((((((.(((((((.....)).))))).)))).((((((.((.((.((((.(..(((.(((((....))).)).)))..).)))))).)))))))).((((..((..((...))..))..))))....)).)))))))))))).....)))))))))))).(((.(((((((.(.((((((((....(((((((((((((((((...............((((...(((...(((.......)))..)))))))..((((..((((((.((((........)))).))....))))...)))))))))))))......((((((.(........).))))))((.....))...((((((.........((((((..((((((..((...((((((((((...(((....(((....((((((....))))))..)))...)))...))))))))))...)).....))))))....))))))..)))))).(((((.....)))))))))))))....)).)))))).).)))).))).)))..........((((...((((.((((..((.((((((((.(((.(((.......((((((.((((((((((((((((.(((....((((((((.....(((........))).)))).))))...))).(((((((((.(((.(((.............))).)))........(((((((((((....)))))))))))((....((((((((....(((((((......)).)))))...))))...))))....)).)))))))))...(((...(((((((.((.(((...........))))).)))))))..)))(((((...(((...(.(.....))....)))...))))).))))))((((((((...))))))))...))))))))))...))))))))).))))))...)))))))..))))))))..))))...)))))).))))))))))))))..........(((((..............((((....))))...(((((.....(((.((((((((........((((..((((.(((.....(((((((.....((((.((...(((...............(((((((((((........)))))))))))...............))))).))))..))))))).......)))))))..)))).)))))))))))...))))).)))))...))))))).....)))).....(((((((((....)))))))))...(((((((.((((((((......))))))))))).)))).)))))))..)).))))))).....((((((..(((((((((........))))).....(((.(((......)))))).((((((..(..(((((((.(((((((.((((....))))))))))).(((((((((....)))))))))......((((...)))))))))))..)..))))))....((((((((.......((...................)).......)))))))).((((((.(((((((((....((((....))))((((.(((.((((...(((...((((...))))...).))...)))))))((((((((((.............((((((((.((((.....)))).)).....))))))...(((((......((((((((...((((..((((......)))).........))))..)))))))).......)))))........)))))))))).))))..((((((...)))))).)))).)))))))))))..((((((((((((((((...)))))))((((((((((((((...(((..........((((((....)))))))))))))).)))))))))...(((((..(((....))).)))))...............................)))))))))((((((.(((((((((((((.(((((.((((.((..........)).))))))))).))))))........))))))).))))))........))))..)))))).)).))))))).............(((((((((((((........))).))))))))))((((.....)))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((((.,{(((((,((((((((,...})))|((((((((((((((((((..(((((((((((.,.......((((.(((.,((,((((((({.((((((..(((((((.,,,(((,..(((((.((((((((((((.({{(.....,},....).)))))))).)))))))))))))))))))..)))))).}..))),})))))).))).)))}((.((((((((..((({......((((((((.{.(({({((,|{..,,||||||,|}}}))))))))))))..)))))))).)))))))))))))(((((((.(.(((((.((....)).))))).).)))))))..((((((((((((((..(((((.((......))..)))))))))..))))))))))(,{(((.(((((((.....)).))))).))))).((,((((((((({(({.((((((((((((....))).{(,({{{.{{{..,,)})))}))|||({,((((((.((((.{(,.{({{{,{.....,}}.}.}}}|,||,|{..,.}}}}.)))).))))))}}))))))))))}},))}))))))),)).))(((((((((...............((((...(({...(((....,},.,...}}}))))..((((..((((((.((((........)))).))....))))...)))}))))))))).,....,,},,,..))))))..|{|||.{{(,.....,,))}}}})),.........((((((.,((((((..{{...((((((((((...(((.,..(((....((((((....))))))..)))..,))).,.))))))))))...)}.....)))))).,..)))))).})))))))))))}.,(((((.(((((({(((,...,({.((((.{{...}})))).})),))}}))),,).))))),,,,{(.(((.((((........)))).))}.}}...}}))}}}||||,{|{,,,,({(({(((({,.,.((((,,..,,.,,...{{{{{.,(({{{((.{{{{{{{,,{{(.(,((((((({{..((........}}.},})))))).}.))}..(((((((((((....)))))))))))))))...,..}})))).)))),))))),...))}),,.}}}})),|,,,}}}},{(((((((((((.,{...{(({{{(,,{,,,....,,({{{{{,.....|||,,.|||||||,.||,({(({,.{{,..,,{...,{.,((({{{||(({{{{..{{||||{.((((((((...)))))))),,..,,..|{|||({,((((,((({{{||||||||{}}.|||.....{|||,...,.{{{(....,...}))),}...}})),,,.}}....},|||....}},.......((((....))))......}}})))),)}}}))})})})|||||....}))))))),}})))),,,.....|||||||||,..,{,......||,||,,}}}},}}}}}},})))))}..,.}))))))),,)))))))))))},{{{{{{||{{.,,,)}})))}}}}....,,||,,{{{{,.,({.{|||||{((({..,((((({((((........)))).}})})))}}}}..(((((((((....)))))))))...(((((((.((((((((......))))))))))).))))..,{((((((((({{{(((((((((..(((((({,,.(((((........)))))..,..,,{.,,|.,,...,||||,.{|}},,}}|,,{{{,,,,..((((((,((({....})))}}})))|.{((((((({....})))))))),..,.{{{||...))))))}}}}}.)))))).))))))))))))))....(((((((.,..{((((({....,.,{..,,,,,,,.,{,{(((((((((,,{(((,,,))},{((((....))))|,}|,.,,,{,,||||..}},},}}}}}}},.}},.}})))}}}))|.{{({{{(({.{{{{...........}}}).))))))),},))))))).}}.)))))))..........)))))}.,(((((,,...,|||}|({{{....,.)))),,,...,,|||||,{||}|}}||{,|,...,,}|||||,,..{||,||,..||{||,},.((((((...)))))).}}}})))))),))))}..((((((((((((((((...)))))))((((((((((((((,..,{.,|||}....,((((((....)))))))}}})))).)))))))))...(((((,,(({....))).}))))..,.......,|........,,.........)))))))))((((((.(((((((((((((.(((((.((((.,{.{,.......}}.))))))))).)))))}.......,))))))).))))))..}}}},,.,}})}))))))}))})))))))............,(((((((((({(({{{.....))))))))))))))|(((.....)))}.....
Back