Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000613.3
Sequence Length
1575 nt
GC Content
0.5549
GUCCUGUGGCCUCUGCAGCUCAGCAUGGCUAGGGUACUGGGAGCACCCGUUGCACUGGGGUUGUGGAGCCUAUGCUGGUCUCUGGCCAUUGCCACCCCUCUUCCUCCGACUAGUGCCCAUGGGAAUGUUGCUGAAGGCGAGACCAAGCCAGACCCAGACGUGACUGAACGCUGCUCAGAUGGCUGGAGCUUUGAUGCUACCACCCUGGAUGACAAUGGAACCAUGCUGUUUUUUAAAGGGGAGUUUGUGUGGAAGAGUCACAAAUGGGACCGGGAGUUAAUCUCAGAGAGAUGGAAGAAUUUCCCCAGCCCUGUGGAUGCUGCAUUCCGUCAAGGUCACAACAGUGUCUUUCUGAUCAAGGGGGACAAAGUCUGGGUAUACCCUCCUGAAAAGAAGGAGAAAGGAUACCCAAAGUUGCUCCAAGAUGAAUUUCCUGGAAUCCCAUCCCCACUGGAUGCAGCUGUGGAAUGUCACCGUGGAGAAUGUCAAGCUGAAGGCGUCCUCUUCUUCCAAGGUGACCGCGAGUGGUUCUGGGACUUGGCUACGGGAACCAUGAAGGAGCGUUCCUGGCCAGCUGUUGGGAACUGCUCCUCUGCCCUGAGAUGGCUGGGCCGCUACUACUGCUUCCAGGGUAACCAAUUCCUGCGCUUCGACCCUGUCAGGGGAGAGGUGCCUCCCAGGUACCCGCGGGAUGUCCGAGACUACUUCAUGCCCUGCCCUGGCAGAGGCCAUGGACACAGGAAUGGGACUGGCCAUGGGAACAGUACCCACCAUGGCCCUGAGUAUAUGCGCUGUAGCCCACAUCUAGUCUUGUCUGCACUGACGUCUGACAACCAUGGUGCCACCUAUGCCUUCAGUGGGACCCACUACUGGCGUCUGGACACCAGCCGGGAUGGCUGGCAUAGCUGGCCCAUUGCUCAUCAGUGGCCCCAGGGUCCUUCAGCAGUGGAUGCUGCCUUUUCCUGGGAAGAAAAACUCUAUCUGGUCCAGGGCACCCAGGUAUAUGUCUUCCUGACAAAGGGAGGCUAUACCCUAGUAAGCGGUUAUCCGAAGCGGCUGGAGAAGGAAGUCGGGACCCCUCAUGGGAUUAUCCUGGACUCUGUGGAUGCGGCCUUUAUCUGCCCUGGGUCUUCUCGGCUCCAUAUCAUGGCAGGACGGCGGCUGUGGUGGCUGGACCUGAAGUCAGGAGCCCAAGCCACGUGGACAGAGCUUCCUUGGCCCCAUGAGAAGGUAGACGGAGCCUUGUGUAUGGAAAAGUCCCUUGGCCCUAACUCAUGUUCCGCCAAUGGUCCCGGCUUGUACCUCAUCCAUGGUCCCAAUUUGUACUGCUACAGUGAUGUGGAGAAACUGAAUGCAGCCAAGGCCCUUCCGCAACCCCAGAAUGUGACCAGUCUCCUGGGCUGCACUCACUGAGGGGCCUUCUGACAUGAGUCUGGCCUGGCCCCACCUCCUAGUUCCUCAUAAUAAAGACAGAUUGCUUCUUCGCUUCUCACUGAGGGGCCUUCUGACAUGAGUCUGGCCUGGCCCCACCUCCCCAGUUUCUCAUAAUAAAGACAGAUUGCUUCUUCACUUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-605.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -630.60
Frequency: 0.0000
Diversity: 505.09
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((((..(((......))).)))).(((.((((((((.....(((((((((((((((((((((((..((((...((((((....))))...........((((..((.(((((.(((..(.(((((...))))).)((((((((((.(((..((((.((((.......))))..((.((((((......))).))).))((.....))......(((((((((..((((..((((((((((((.........)))))))(((((((((((...((((((((((((.((((....))))...(((.((((((........)))).)).)))(((....)))))))))))......((((.(((....(((((((.(((((((.......)))))...)))))))))...))))))).))))....)))))))..)))).)))))..)))).))))).))))...((((((.(((((((......(((...)))......))).)))).))))))))))..))).)))))..)))))...((((...((.((.((((((((((((((.....))))))))).))))))))).))))((((((..(((((((..((((.(..((((((((((.....(((((((..((..((((...))))..))(((((((...)))))))))))))).((((..((((.((((.(((((((.((.((.(((((((((.((...((.((((((.((((((((((............))))))))............(((((.(((..(((((.(((.((((......))))...))).....((((((((...(((((...(((((...)))))...))))).))).)))))....)))))...)))))))).)))))))).))..)).)))))(((((((.....(((((.....))))).....)))))))........)))).)).))..)))))))....((((((.((((((((.....))))))))))))))(((((...(((....))).....))))).))))..)))).))))(((....))).))))))))))..).))))..))))))))))))).))))))))))..))))((((((((((((((((.((((.((((.((((((((((.((((....))))...)).)))))).....)).)))).))((((..(((((.(((((((..(((.(((........(((....))).(((((...(((....)))..))))).))).))).....)))))..)))))))..))))...)).)))))...))))))))))).....))...))))..))))...)))))))))))))..))))))((((((...))))))..........((((((.((.(((....))).))...))))))..)))))))).)))...........((((..(((((((.(.......).)))))))..))))..(((((.((((...((.....))...))))...))))).......))))..................
Thermodynamic Ensemble Prediction
{({{{.(((((..(((......))).))))}{||.||((((((,,...{{{||{(((((({{(((({((({..((((,,,((((((....))))...........((((..{(.(((({.(({..,,{{(({...)))))|}||{{((((((,(((,.((({.,,{,,,|,||.||||..((.((((((......))).))),||{{,.,,,,,..,,..((({(((((.,((,,..((((({{{{(((,,,....,,)))}||{(((((((((((,..(((((,(((|{{|((((....}))),{,(((,({((((,,,,,,..}}}}.}}.}},,,,..,.,|||||||||,....}}||||}||,..,.(((((((.(((((((.......)))))...)))))))))..,}}})))|.,))}..,.}))))))..})))})))))..}))).))))).))))...((((((.(((((((.{,,..{{{...))),.....)))}}))).))))))}}}},,|||,}||}|,.|}}}}||.((((.,,({.(.{((((((((((((((.....))))))))).))))))}}|{||||{(({((,.((({{({..{{{{.|,.{|||||||{,.....{((((((,,((..((((...})))..))(((((({...)))))))))}))}}.({{{.,{|{{.|{{{.,{|,,((((((((((({{((((({(,...{{.{{((((,((({(({{{{,..,,,,.,,,,)))))))).,,,||....,,(({{{.{{{..{{{{{.{{{.((((......}}})...))).....((((((((...(((((...(((((...)))))...))))).))).))))},,,,}}})).,.)))))))).}}))))}}|}}..}),)))))(((((((.....(((((.....))))).....))))))).{{{.....))}.}))),.))))))))....((((((.((((((((.....)))))))))))))),,,{,..,({(....))).,}.}))))).)}})..||||,||||(((,,,,|||.}}}}}}}||}..|,||}}..|}||||}|}}}||,||}||||}}}..))))((((((((((((((((.,{((.((((.((((((((((.((((....))))...)),}))))).....)).)))).)){(((..(((((||,(((({.,({{,(((........((,...,,||.{((((...(((....)))..))))}.)))})))}))).)))))..)))))))..)))}...)}.)))))...|)))))))))).....},..,)))}..)))).,.))))))}}}))))..,||||,((((({...)))))),..,,,}.,.((((((.,(.(((....))).)}...))))))..,}}}}}}},))},......,,|,|||{..|{||||,,|..,.,,,.})))))))..))}),}{{|{|,||||,..||}.,,,)}.,,)))),..}}}},......}}}||,.,},,}}},,....,,.
Back