Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000617.3
Sequence Length
4132 nt
GC Content
0.4308
AGCGUGGCGCUGGCUCCCGGAAUAUGGAGCCCUGGGCGCGGGGGCGGCGUGUCAGGUGGUUGCGGAGCUGGUAAGAAUCAUAUUCUAAGAACUCAGCCACUCAGGUAUCCACCAUGGUGCUGGGUCCUGAACAGAAGAUGUCAGAUGACAGUGUUUCUGGAGAUCAUGGGGAGUCUGCCAGUCUUGGUAACAUCAACCCUGCCUAUAGUAAUCCCUCUCUUUCACAGUCCCCUGGGGACUCAGAGGAGUACUUCGCCACUUACUUUAAUGAGAAGAUCUCCAUUCCUGAGGAGGAGUACUCUUGUUUUAGCUUUCGUAAACUCUGGGCUUUCACCGGACCAGGUUUUCUUAUGAGCAUUGCCUACCUGGAUCCAGGAAAUAUUGAAUCCGAUUUGCAGUCUGGAGCAGUGGCUGGAUUUAAGUUGCUCUGGAUCCUUCUGUUGGCCACCCUUGUGGGGCUGCUGCUCCAGCGGCUUGCAGCUAGACUGGGAGUGGUUACUGGGCUGCAUCUUGCUGAAGUAUGUCACCGUCAGUAUCCCAAGGUCCCACGAGUCAUCCUGUGGCUGAUGGUGGAGUUGGCUAUCAUCGGCUCAGACAUGCAAGAAGUCAUUGGCUCAGCCAUUGCUAUCAAUCUUCUGUCUGUAGGAAGAAUUCCUCUGUGGGGUGGCGUUCUCAUCACCAUUGCAGAUACUUUUGUAUUUCUCUUCUUGGACAAAUAUGGCUUGCGGAAGCUAGAAGCAUUUUUUGGCUUUCUCAUCACUAUUAUGGCCCUCACAUUUGGAUAUGAGUAUGUUACAGUGAAACCCAGCCAGAGCCAGGUACUCAAGGGCAUGUUCGUACCAUCCUGUUCAGGCUGUCGCACUCCACAGAUUGAACAGGCUGUGGGCAUCGUGGGAGCUGUCAUCAUGCCACACAACAUGUACCUGCAUUCUGCCUUAGUCAAGUCUAGACAGGUAAACCGGAACAAUAAGCAGGAAGUUCGAGAAGCCAAUAAGUACUUUUUCAUUGAAUCCUGCAUUGCACUCUUUGUUUCCUUCAUCAUCAAUGUCUUUGUUGUCUCAGUCUUUGCUGAAGCAUUUUUUGGGAAAACCAACGAGCAGGUGGUUGAAGUCUGUACAAAUACCAGCAGUCCUCAUGCUGGCCUCUUUCCUAAAGAUAACUCGACACUGGCUGUGGACAUCUACAAAGGGGGUGUUGUGCUGGGAUGUUACUUUGGGCCUGCUGCACUCUACAUUUGGGCAGUGGGGAUCCUGGCUGCAGGACAGAGCUCCACCAUGACAGGAACCUAUUCUGGCCAGUUUGUCAUGGAGGGAUUCCUGAACCUAAAGUGGUCACGCUUUGCCCGAGUGGUUCUGACUCGCUCUAUUGCCAUCAUCCCCACUCUGCUUGUUGCUGUCUUCCAAGAUGUAGAGCAUCUAACAGGGAUGAAUGACUUUCUGAAUGUUCUACAGAGCUUACAGCUUCCCUUUGCUCUCAUACCCAUCCUCACAUUUACGAGCUUGCGGCCAGUAAUGAGUGACUUUGCCAAUGGACUAGGCUGGCGGAUUGCAGGAGGAAUCUUGGUCCUUAUCAUCUGUUCCAUCAAUAUGUACUUUGUAGUGGUUUAUGUCCGGGACCUAGGGCAUGUGGCAUUAUAUGUGGUGGCUGCUGUGGUCAGCGUGGCUUAUCUGGGCUUUGUGUUCUACUUGGGUUGGCAAUGUUUGAUUGCACUGGGCAUGUCCUUCCUGGACUGUGGGCAUACGGUAAGCAUCUCUAAAGGCCUGCUGACAGAAGAAGCCACCCGUGGCUACGUUAAAUAACACUGGAUUAGUCUGUCUUCUGCAGGUAGCCAUCAGAGCCAGUGUGUUUCUAUGGUUUACUGUGUGAACAUAGCCAAAAGUAUGUGCCGUUGCACAGACUGUGUUUAUGACUCAACCGUUGGUUGGAAAAGACUUUGUUUCAUGUGUAUUUGAAAGAUGGAAUUAUUUUUUCCUUCCUGACCUAACCUUAGAACUGGAUUAGGGUGGGAUCUUUGAAAAGCUGACAUUUGCUGCUAUCAUUCCAACACUAAAUUCUUAAGUAGUUGCCCAAGGGCCAGCUCAGUUUAUCCUUCGGAGAGACAAGGAUAUGCAUGAUUCUUAACCAGGCUAUAUGUUAAAAAAAAAUUGGAAAAUGCAAUACAUUUUUUAUUAUACAAACUACAGAAUGAGUAUGCAAGUUUUAUUUAUCAAAAUGUAAUGGAUUUUUAAAGGCUGAGAAAUUUUCCUUAUACCUACCUUUUCAGUUAUUUUAAUUAUACCAAAUUAUCAACUAGAAUAGCUUCAUCCAUAUGAAAUAUAAAAUGAAGAGACACCUAGCUCUAUCAGGCUUAGGAUUCUUUGAACUUAUUUCCACUUUAAUUUCUCAGUGGAAGUUAAGAGGGGUGAGAAAACAAAGAAGGGGAAAAACUGACAACUAACAAAACCAGCACCACAUCGCUAGGUGGUGCUUACUAAUUACCUUCUCAGGAUUUUCCUCAGAUUGAAAAGCUUAUGAGGAUUUCUUGGGAGUCUUAAUAACCUGCCUGUUAGUACAGAGCUUUCCUGAUGAUAUUUACUCUUGAGCACAUGUGGUUGUAAAACCUUAACUUUCUUUCUCCAGGAGGGUGGUGAUAGAAACAGAUGGUAGUAUUUAUGAACUGAUGUUCUCGUGAAAUGUUGAGGGUGGGGAGAAAAGACUUUAAGGGAGGAGAGCCAUCUAUUUUGUUCCUAAAGCCACCUCUCAGCAGAAUCGUCAUGUUUUUCUGAUGCACCGCUCUGCUUCAUGCCCAAGAUGACUUGCGAGGCAAUCUCAGGAGCUGUGGACUUAACCGUUGCAAAGCACACUGUCUUUCUCAGCGUUCUCUGCAAGUCAGUAGGUGUUAGUAUGGUUGCAAAGUUCACUGUCUCAGCAAAGUUGAACUGGGCUACCUCUCUACAGCUGUUUCCUCAGAGGGAAAAAUCUUGAGACCAGAUGGUGGAGCUCUGGAGUCAGAGGAAAUGGGUGUCUUCAGCACAAAGCUGCUGCUUUUACUUCAGCCACUUCUGACAUUUUUACAUACCGAGCCUGAGAUUGUGUGAUUAUCUCAAAUCAAAUCACUUUGAUGGAGAUAAAUAAUCAAAACUGUUUUAUAGUCAUUGAUUUGGUGAGAACAGUAAUGGAAAAUGGUGUUGAAGGACUUCUCAUUUUUGGAGCUUUCCUUCCAGAGUCCUGGCUGAUUGGUGUUCGCUGUUCAUCUGAGCCCCCAAAAGCAUUAUUACUGAUACUUGCACACAGUCAAAAGCGCAGACUGGAUGGAUGGUCUUUUAUAAGGCAUUUAAGGGUACACUACUGUGUUUCACUGACCAUACAUUUUUCUUAGCCCCUCAAGUAAUAUAGCACAGAGUUAUGAAUGACAAUUCCCCUAACCAUUCCUCUUCAUAUCUGCCUCUUCCCCUUACCAUCGUAAUUCUCCAAACUGGUCAUAAAGGCACUCUGUGAAGAUAUUGGGGACUGACAUCUUAAGCUCUCACCUGGCUGCAGUAGGAAAGGCCAAACUGACGACAAAAAAAAAAUUCUUUAUAAAGAUGAUAUGGUAACAUGUAUCUUUGCCCUGGGUCUGGGUGGGUCCAGUCAGUCUCAGAUUUACAAGCAUUUAGGAGCCUAGGUAAAAGCUGCUAGUAUUCUUUUAAAAGUUAUAUUUAUGACUUGCAAUGAUAGAAAACUCCUUCCAAUUAAAUGGCAUUUUAUAAUAUUAUGUGUGUACUUCACAGUGUUAAAAAUACCCUCAUACGUUAUUGCAUUUGAUCUUCACAGAAAGUGCAUUUUAACCAGUACUCUGGGUGCAAUAAAUAAUAUGUAGAAAUUUAAGUCCUCCAAUUCCAGCAUAUCCAGUGAGUUUUGACAGUGUGUUUAUGUGGAAUGUUUAAGGAUAUACAAUUGUACUUUAUAUAAAUUGGUUCUUGUUCUUCUUAAAUGUGACAUGAAAUAAUUGUGCUGCUACAUUAUACUGGAAAUUAACAGGGGAAAAGGGAAGAGCUCUUGGCUCCCUUGAGGUUCUGCUAGUGGUGUUAGGAGUGGUUACAACUGAGCUUUUAGUAACCAUUUAACCGUAUGUAAACUUGGUUUCUAAUUAAAAAAAAAUUUCUUUUUCCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1244.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1323.50
Frequency: 0.0000
Diversity: 1270.86
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((.((.((.((.(((((...........))))).)).)).)).))))...(((((((((((((((((((.(((((...))))).((.(((((((.(((..(((....)))..)))))))))).))..(((.....)))((((((.((((.((((.(((((((((((.(((((.((((((((..(((((..((((((.((((..(((((((.(((((..((..((((((...)))))).(.(((((((((((....((((.......((((...))))......))))..))))))))))).)....((((....((((.((((.((......)).))))))))......))))...(((.((..(((((((((..(..(((((((((..((((........))))....)))))))))..)..)))))))))....)).)))..(((....)))(((((.(((.....)))..)))))..))..))))).))))))))))).(((...)))...((((.((((((((((.((((((.(((((((....((((((((..((((((((((((......))))))))))))((((((.(.((((((.((.((((...)))).)))).....))))))))))).(((((...)))))....)))))))).....(((.((((((((((((((....((((((.(((....))).))))))((((((.(((((((((((.....))))))))))).))..........))))........(((.((((((((((((....(((.(((..((....))..)))..)))..))))))))))))))).((((((((..((((........))))..)))))))).(((((((((.((((......)))).))))).)))).......((((((.((((((..((((.((((((....((((((......((((..((((((..(((((((((.............)))).)))))))))))))))((((((((((...((((((((((..(((..((((((((((((....(((....)))....))))))....)))))))))))))).))))).....)))))..((((((.......)))))).......(((((((.((((......(((((....(((((((.......)))))))..)))))...)))))))))))((((((((.((........))))))))))....(((((((((((.(((...(((.((((((((((..((......))....))))))))))..)))...)))....(((((((....)))))))...((((((...(((...((......))..)))...)))))).((.....)).((((....))))(((((((((....((((((........)))))).)))))))))(((((...............)))))..........(((........))))))))))))))....)))))..))))))..)))))).)))))))))).)))))).(((((..((((....))))...)))))........))).)))))))))))..)))...))))))).))).))))))).........))))))))))((((...(((.(((((....))))).)))...))))..))))))(((((.....)))))....(((((((.(((..(((.(((((..((((((((((((..((((...(((.((((..((((((((((((....)))))..(((....)))((((...))))...)))))))..)))))))...)))).((..(.....)..))))))))))))))..)))))))).))).))))))))))))..)))))).))....)))))..)))).((..((((((((....(((((((.(.........).)))))))..))))))))..))...(((((((........)).)))))....))))))))))).)))).)))))).((..(((((((((((((((....((..(((((..(((((((((((((.(((((.(((((((.(......)))))))).)).)))........((((((.(((((.(((((.......((((((.((.((((((((.....(((.(((((.((.........))..)))))))).....)))))))).)).))))))..(((.((((........))))..)))..((((((((((((((((.(((((......))).)).)))))))))(((((....)))))........)))))))...((.(((((((((((((((((((((..........(((((((((..........)))))))))..((((((((((((((..((((..((((((((.((((..............((((((((........))))))))..............))))..))))))))..........(((((.((((((.(((((((((............((((((....)))).)).))))))).)).)))..))).)))))......((((....))))....)))).)))))).((.(((((((((.((((((((((((((....(((((((((....))..))))))).((((((((((((..........(((((.((((.((((........)))).)))))))))))))).)))))))..)))))).)))..)))))...))))))))).))....(((((...((((((((((((((............((((((((((((((.((..(((((((((.(((...(((......))).))).))))..))))).)))))))))...))))))))))))).)).))))))...))))).)))))))).......((((((....))))))))))))))).))...))))))))))..)).((((((((...((((((....(((((......)))))....))).)))....)))))))).))))))))))...)))))).((((((((..(((((((..((((((....)))))).)))))))..((((((.(((((...)))))..))))))..((((((.((((((((((...(((....(((((.((((........)))))))))...)))...)))..(((..((((.(((((.........)))))..)))).)))...))))))).).)))))))))))))......(((((..(((.((((((((((....))).......((((...(((.(((((((..(((..........................))).....))))))))))...((((....)))))))).))))))).))).....)))))((((((((.((((....))))((((((..((((((..((((((((((((((((((((....(((((((((.......((((..(((((((((((((.((.....))..)))).))....................((((((.(((((....))))))))))))))..))))..)))).......)))))))))...((((.(((.((((((.(((..........))).)))).)).))).))))((((((....))))))(((((((((.(((......))).........((.(((((.((((((..((((.......))))))))))))))).)).......)))))))))....)))))))))))..)))).)))))))))))..((((.(((..........))).))))................((((((.(((....((((((....(((((...(((((((...(((((((((((...((((....(((...........)))..))))..))))))))))).)))))))...)))))...))).)))))).)))))).......))))))..))))))))...)))))..))))).))).)))))))))))))).))))))))..))))).))))))..))))))))))(((((..........))))).............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{({(.(({(({(({((,,,.....}}}}}},,}))})).)},||.|||}{{.{(((((((((,((((((((.{((((,..,}|||.,,.{({(((((((,(({(({,,,|||,|}||}||||||{||{.,(({{{({(({(,{,,||||,..,}}}}|{{{{,,.,{({{{,|{{({{{|.,|}|||},,.}},}}}}}|{|,.,||{,.|||||{{{,.,{..((((((...)))))}.,,{((((((((((.,{.{(({....,{{((({...})))}}}}..})})}.))))))))))},|...,(({,..{,{{||,{{{(||{....,,{{{{{{{(,{{{{{{{{|||{{..((({(({{(({((((((..,.,(((,,{{||,,,{{{..|||||,||}}{{{{|||||||||..|,,||}}}}|||...{||.||{({({(..,,))|(((((((,..))))))),,{{{|,,.|{|{||||,|||,|{{{|||,,(({{{{(,,..}}}.}}}},,}}.}))))}.}}|,.|,))))},||}||.,.|||,((((((((((((......))))))))))))|||(((.{.((((((.((.((((...)))).)))).....))))})))})).{((({,,.,}}}|((((({(((((.{....}.))))).}}))))|,,{....|||{{{.{{{....))).}}}}}}||||{|.((((((((((({...,))))))))))).}},,,{{....||||}..,|}}..,}},|,|)))||,|}},.,,|||.{,|||||||,,}}||)}}...,,.|})))))}}}}}},|,.((((((((,.((((........)))).,)))))))).(((((((((.((((......)))).))))).)))).......((((((.((((((..((((.((((((....(((((,..((({((({,,((((((..(((((((((.............}))).))))))))))).}}}......||||}}}((((((((((..(({,.((((((((((((....(((....)))....))))))....)))))))))))))),}))))...,.,,,....{{{{{({,,,,{,||||||,,{(({{...}}))}..{({({..((((((((({(.,.,||,|,.,{{{|||||,{{({{{(((.{{,..,,|{{{,,,({{({.{{{{{{{,,,|{||(((((((((..((((..,|((,((((({(((.((((((((((..((......))....)))))))))).,))}.,,,||..{{,,{{{{|},,,,)))))).},((((((,....}},)))))....))))..))))))))},.||,,...}}.||,,.,,,}}}|||||||(((....{(((({.,......}}}}}}.}}}}}}}})}||||...}))).,))),..)}}},,},,}.}}.,|||........)))..})})))))))..))))}},,))))))..)))))).)))))))))).))))))|||||.}}}||)))..,}|||||},.|||||.,,,,,,,,,.,|,||||.|.{{|||,|}}}}}}},)})))))})}},,,)))},))))))|||{{{{{({{{{|{{((({{,,,,,{((({((((({.((((((((..(((,.........{(((...(((((((.(((..(((.(((((..((((((((((((..((((...(({,((((..((((((((((({....}))))..{{,....,}},{{{{...,,),,.)))))))..))))))).,.)))).{{..{.....}..}}))))))))))))..)))))))).))).)))))))..)))}{{{.((((((({.(((({|,,{{...||,,((((((((....(((((((.(.........).)))))))..)))))))).,||{..(((((((........)).)))))..|||},{,,{{{{.(((.{{|{{,.}|,{{{,,,,...((((((((..{(({...,.{((((((....))}})))|{{((.(((((((.(......)))))))).)).}}|........((((((.(((({.{(({,.......((((((.((.((((((((.....(((.(((((.{,.........}}..)))))))).....)))))))).)).))))))..{((,((((,.......}}},..}}}..(((((({(((((((((.{{{{{......}},.,}.))))))))){((((....|}}},........}))))}|...((.(((((((((((((((((((((..........{((((((((..........))))))))}..((((((((((((,....{((((((,,((...,,,({((((,,{{.....((((((((........))))))))...........,((({((((...||||{{....,....,{,,,}|||}}..|||||||||............{{((((....)))).}},|}}}}||.|}...,..,}}.,)))}...}}}||||}}...,,,,}..))))))))))).((.(((((((((,((((((((((((((....{((((((((....))}},,))))}.((((((((((((..........((((,{((((.((((........)))).)))))))))))))).)))))))..)))))).)))},})))}.,.))))))))).))....(((((...,(((((((((((((.,,....,,...((((((((((((({,((..(((((((((.(((...(((......))).))).))))..))))).))))))))}..,))))))))))))).))}}}))),...))))).)))))))).......{(((({....))))),})))))))).))...))))))))))..)).((((((((...((({((....(((((......)))))....,,},,)).}}.)))))))).})))})))))...)))))).{{((({.,..(((((((..((((({....}))))).)))))))}}}}})...((((((({.,|,{({.,,,,,}))}}))))))))...})))..}))))))),(((((((,.......{{{||....,.})))))))))))|||{,.,,|||||}.}}}.,}}}...)))},}}},..,{|{.{{,,..,))),..))),...))))).}))))))).))){(((.{(((((......,||{{{,...{({,.,,{|,...))))}},.,,))))),.)))).......))).)))))))}..,.)))}))))))),.|{{{,.,.,,}|,,,{{{{{{{{{{({{{(((,..{((((,{{{{({{{{(....}}}.....,,..{{{||{..,{{|||||{{{||||||||{.,,,|||(((({{,,.....{|{{.,{{{||||||||||.|{.....))..}))).},....................{(((({.(((((....)))))})))))),)}}))))},))))})),.,.))))))))),}}}|{{.{{{.,,{(((.(((.,........))).)))).,|.}}}.}},{((((((....))))))}{{{{{{{{,||,...,..,}|,........{{.{((((.((((((..{{((,,.....))))))))))})))).}}.......}}}}}||||,...}}}}}}}})),.,)))).,})}}))}})}...|||}||||,,|,,....}}}}}}},.......,}||,,...((((((.{((...,((((((....(((((.,,((({(((,..{((((((((((...((((..,.({{........,,.)}}..})))..))))))))))).})))))),,,)))))...))).)))))).)))))}......}))))),,{||||,|||({...))))))))}))))}.,,}},})}))}),,)))))))))}}..}}}.})))}}..)))))))))},||||,.........|||},...........,,.......,,,,,,,..
Back