Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000640.3
Sequence Length
1338 nt
GC Content
0.3857
CUUCCGGAUGAAGGCUAUUUGAAGUCGCCAUAACCUGGUCAGAAGUGUGCCUGUCGGCGGGGAGAGAGGCAAUAUCAAGGUUUUAAAUCUCGGAGAAAUGGCUUUCGUUUGCUUGGCUAUCGGAUGCUUAUAUACCUUUCUGAUAAGCACAACAUUUGGCUGUACUUCAUCUUCAGACACCGAGAUAAAAGUUAACCCUCCUCAGGAUUUUGAGAUAGUGGAUCCCGGAUACUUAGGUUAUCUCUAUUUGCAAUGGCAACCCCCACUGUCUCUGGAUCAUUUUAAGGAAUGCACAGUGGAAUAUGAACUAAAAUACCGAAACAUUGGUAGUGAAACAUGGAAGACCAUCAUUACUAAGAAUCUACAUUACAAAGAUGGGUUUGAUCUUAACAAGGGCAUUGAAGCGAAGAUACACACGCUUUUACCAUGGCAAUGCACAAAUGGAUCAGAAGUUCAAAGUUCCUGGGCAGAAACUACUUAUUGGAUAUCACCACAAGGAAUUCCAGAAACUAAAGUUCAGGAUAUGGAUUGCGUAUAUUACAAUUGGCAAUAUUUACUCUGUUCUUGGAAACCUGGCAUAGGUGUACUUCUUGAUACCAAUUACAACUUGUUUUACUGGUAUGAGGGCUUGGAUCAUGCAUUACAGUGUGUUGAUUACAUCAAGGCUGAUGGACAAAAUAUAGGAUGCAGAUUUCCCUAUUUGGAGGCAUCAGACUAUAAAGAUUUCUAUAUUUGUGUUAAUGGAUCAUCAGAGAACAAGCCUAUCAGAUCCAGUUAUUUCACUUUUCAGCUUCAAAAUAUAGUUAAACCUUUGCCGCCAGUCUAUCUUACUUUUACUCGGGAGAGUUCAUGUGAAAUUAAGCUGAAAUGGAGCAUACCUUUGGGACCUAUUCCAGCAAGGUGUUUUGAUUAUGAAAUUGAGAUCAGAGAAGAUGAUACUACCUUGGUGACUGCUACAGUUGAAAAUGAAACAUACACCUUGAAAACAACAAAUGAAACCCGACAAUUAUGCUUUGUAGUAAGAAGCAAAGUGAAUAUUUAUUGCUCAGAUGACGGAAUUUGGAGUGAGUGGAGUGAUAAACAAUGCUGGGAAGGUGAAGACCUAUCGAAGAAAACUUUGCUACGUUUCUGGCUACCAUUUGGUUUCAUCUUAAUAUUAGUUAUAUUUGUAACCGGUCUGCUUUUGCGUAAGCCAAACACCUACCCAAAAAUGAUUCCAGAAUUUUUCUGUGAUACAUGAAGACUUUCCAUAUCAAGAGACAUGGUAUUGACUCAACAGUUUCCAGUCAUGGCCAAAUGUUCAAUAUGAGUCUCAAUAAACUGAAUUUUUCUUGCGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-311.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -342.23
Frequency: 0.0000
Diversity: 346.98
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(..((((((.....((((((.((........(((((((.((((((.((((((.((((.(((((.((...((.(((((...)))))..))....)).)))))........(((........)))......)))).)))))).)))).)).)))))))))))))))))))))..)..(((((...........(((......(((((.((((((((((.....((((((....).)))))....((((....))))...)))))))))).)))))......)))..(((.(((.(((...((((((........((....((((((((((....(((....)))))))))))))...))..((((.....))))..((((((((........(((((((((((..........))))).........))))))......))))))))))))))...)))))).)))............((((..((........))..))))......(((((((((..((((((((.(((((...(((.(((((((((((((((.((((((((...((..(((((((((((........))))).........((((((((((((..(((((((((((((((.((((......))))))))).........(((((((((((((((((((((((....((((......)))))))))...............)))))))).)))).......))))))....))))))).)))...)))))....(((((((((...(((((..(((((((((((((((((...((((.((..((((....((((....))))....))))...)).))))...(((((....((....)).....))))))))))).).))))))))))...)))))....)))))).)))......(..((((..((...((........))...))..))))..))))))))..................))))))..))..)))).)))).))))))))))..........(((((((((.(((...(((((.((((.....)).....((((.(((((.((((.((.(((((....))))).)).)))).(((((((...((((((.((...((((....))))....)).))))))...((....)))).)))))..))))).))))...(((..(((((((...))))).))..))).........((((.((....)).))))..)).))))).))).)))).))))).))))).)))...))))))))))..)))..))))))))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{{((((((((((((((((....,,{,,,.{{({{|{{.....,,.(((((.((........)).))))).,})}.|}}}}....,,,,}}}..))))))))))))))}|.{(((((((((((..............))))))}})).)}},,,,{((,({,{(({.{((((........))))}..}})}....||({({.,,(((({.((((((((((.....((((((....),,))))....{(((....)))}...)))))))))).}))))..,...)))}.(((.(({.(((,,.((((((........,,....((((((((((....(((....)))))))))))))...||,.({({.....)))),,{(((((((........(((((((((((..........))))).........)))))).,....)))))))}))))))..,)))))).))).........,.,(((,..{{.|,....}},,,||||{,,...,{(((((((..(((((({{.((({(...{((.(((((((((((((((.((((((((...,,..(((((((((((.({{{{({{{,,{{{{{.{,...,{,...(((((..(((((((((((((((,((((....,})))}})))).{{{{{...,|||||{{({{((((((((((((....((((......)))))))))...||.....,..,,)))))))).}}}}..,,,.,}}}}}}....))))))).)))...)))))...,(({,.(((((((((.....((((,...{{,((((.(((..(((..{.......,..})}))).))))},..}))).....))))))))},}|||.{{((({{(((({....})))),.})))))),,,,,,,.}}.}}))).,)))}}}))))...,,,|,..,..{{{(,,((...||}},.....}}...},..)))),,|....,,...............,...))))))..}}..))))}}})).)))))))))}...,,,.,..{({{{{{{{,|||||||,{{{|{{||,,,,..}..,..((((.(((((.{(((.{{.(((((....))))).}}.)))}.{((({{{,...,((({.((...{(((....}}))....)).)))))},.,((....)))},})))}..))))).))))...{{{|,{|((((,...})))).)),.))},.......,||||,||..,,||,,|}|,|||{}}}}..))}.}})),))))),))))).))),..))))}))))}}.,}}..))))))))),,,,}.)}.
Back