Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000810.4
Sequence Length
2553 nt
GC Content
0.4508
GCAGAGGGCCGAUCCUCCAGCCCAGAGACGACAUGUGGCGCUCGGGCGAGUGCCUUGCAGAGAGAGGAGUAGCUUGCUGGCUUUGAACGCGUGGCGUGGCAGAUAUUUCAGAAAGCUUCAAGAACAAGCUGGAGAAGGGAAGAGUUAUUCCUCCAUAUUCACCUGCUUCAACUACUAUUCUUAUUGGGAAUGGACAAUGGAAUGUUCUCUGGUUUUAUCAUGAUCAAAAACCUCCUUCUCUUUUGUAUUUCCAUGAACUUAUCCAGUCACUUUGGCUUUUCACAGAUGCCAACCAGUUCAGUGAAAGAUGAGACCAAUGACAACAUCACGAUAUUUACCAGGAUCUUGGAUGGGCUCUUGGAUGGCUACGACAACAGACUUCGGCCCGGGCUGGGAGAGCGCAUCACUCAGGUGAGGACCGACAUCUACGUCACCAGCUUCGGCCCGGUGUCCGACACGGAAAUGGAGUACACCAUAGACGUGUUUUUCCGACAAAGCUGGAAAGAUGAAAGGCUUCGGUUUAAGGGGCCCAUGCAGCGCCUCCCUCUCAACAACCUCCUUGCCAGCAAGAUCUGGACCCCAGACACGUUCUUCCACAACGGGAAGAAGUCCAUCGCUCACAACAUGACCACGCCCAACAAGCUGCUGCGGCUGGAGGACGACGGCACCCUGCUCUACACCAUGCGCUUGACCAUCUCUGCAGAGUGCCCCAUGCAGCUUGAGGACUUCCCGAUGGAUGCGCACGCUUGCCCUCUGAAAUUUGGCAGCUAUGCGUACCCUAAUUCUGAAGUCGUUUACGUCUGGACCAACGGCUCCACCAAGUCGGUGGUGGUGGCGGAAGAUGGCUCCAGACUGAACCAGUACCACCUGAUGGGGCAGACGGUGGGCACUGAGAACAUCAGCACCAGCACAGGCGAAUACACAAUCAUGACAGCUCACUUCCACCUGAAAAGGAAGAUUGGCUACUUUGUCAUCCAGACCUACCUUCCCUGCAUAAUGACCGUGAUCUUAUCACAGGUGUCCUUUUGGCUGAACCGGGAAUCAGUCCCAGCCAGGACAGUUUUUGGGGUCACCACGGUGCUGACCAUGACGACCCUCAGCAUCAGCGCCAGGAACUCUCUGCCCAAAGUGGCCUACGCCACCGCCAUGGACUGGUUCAUAGCCGUGUGCUAUGCCUUCGUCUUCUCGGCGCUGAUAGAGUUUGCCACGGUCAAUUACUUUACCAAGAGAGGCUGGGCCUGGGAUGGCAAAAAAGCCUUGGAAGCAGCCAAGAUCAAGAAAAAGCGUGAAGUCAUACUAAAUAAGUCAACAAACGCUUUUACAACUGGGAAGAUGUCUCACCCCCCAAACAUUCCGAAGGAACAGACCCCAGCAGGGACGUCGAAUACAACCUCAGUCUCAGUAAAACCCUCUGAAGAGAAGACUUCUGAAAGCAAAAAGACUUACAACAGUAUCAGCAAAAUUGACAAAAUGUCCCGAAUCGUAUUCCCAGUCUUGUUCGGCACUUUCAACUUAGUUUACUGGGCAACGUAUUUGAAUAGGGAGCCGGUGAUAAAAGGAGCCGCCUCUCCAAAAUAACCGGCCACACUCCCAAACUCCAAGACAGCCAUACUUCCAGCGAAAUGGUACCAAGGAGAGGUCUUGCUCACAGGGACUCUCCAUAUGUGAGCACUAUCUUUCAGGAAAUUUUUGCAUGUUUAAUAAUAUGUACAAAUAAUAUUGCCUUGAUGUUUCUAUAUGUAACUUCAGAUGUUUCCAAGAUGUCCCAUUGAUAAUUCGAGCAAACAACUUUCUGGAAAAACAGGAUACGAUGACUGACACUCAGAUGCCCAGUAUCAUACGUUGAUAGUUUACAAACAAGAUACGUAUAUUUUUAACUGCUUCAAGUGUUACCUAACAAUGUUUUUUAUACUUCAAAUGUCAUUUCAUACAAAUUUUCCCAGUGAAUAAAUAUUUUAGGAAACUCUCCAUGAUUAUUAGUUGACCAACUAUAUUGCGAGAAACAGAGAUCAUAAAGAGCACGUUUUCCAUUAUGAGGAAACUUGGACAUUUAUGUACAAAAUGAAUUGCCUUUGAUAAUUCUUACUGUUCUGAAAUUAGGAAAGUACUGCAUGAUCUUACACGAAGAAAUAGAAUAGGCAAACUUUUAUGCAGGCAGAUUAAUAACAGAAAUACAUCAUAUGUUAGAUACACAAAAUAUUUCCCUGAGGAAAAAAAAUCAACUGCUUAAAUUUUUUGGGAAGAAAAAGAAACAUUUCUUACCCCACACCACCCACUACCUGAACAAUAGCCAAGAAAGGAAAGGAGAUGUUAAAACAAACAGUGUUUUGAUGACAUUCUCAGCACUUGGCCCAUGUGAUCGCUGUCUCUGAAACACUGACCACCUCUCCCUACAGCCAGCGUGUAGUGCUUCAGUGGUGAGAAAUUGUAAUUGAGUUAUUUUCCAUUUUAUUUCCUUGUAUGUAUUUCAUGACUGGACUUACUGCUCUGUCAGCUUUUGUAUAUGAAUCUUAAAUGUUCAUUAAAAAAUAAAAAAUGAACUGAUCUUGUGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-727.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -775.84
Frequency: 0.0000
Diversity: 467.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.((((((.((((((((((...........((((((((((....)))))))..)))......(.(((((((((.(((........((((((((((...((....))....(((((.......)))))(((((((((.((((.(((((((((((..((.((......................)))))))))....))))))..))))((((((..........))))))))))))))).(((((..((((.((.((((((((((((..((((((((((((.((.((......)))).)))))....))).))))))))...(((..(........)..)))..)))))))).)).))))....))))).....((((((..((((...((((((((((..((((....))))(((((((..(((.((((.(((((((.(...(((.....((((((...((((......))))...))))))...))).).)))))))...))))..)))..)))))))..(((((.(.....).)))))...............((((....)))).(((((...)))))..))))))))))...))))..))))))............)))).))))))))).))))))))).)))))))))))...)))).))))))((((((...(((.(((....(((((((..(..((((((((.(((......((((((..(((((.((((((.(((.(((...........))))))..)))))).))..)))..))))))(((((.((((((((((.(.(((((((((......)))))).))).)....))).)))))))))))).........)))))))))))..)(.(((...((((.....))))..))).)...((.((((((....((.((((.(((..(((((((((....)))......((((..((((((((((((.((((.((((.((...(((((((((((......((..((.((((((...((((.....((((.....)))))))))))))).)).((((((((..((.(((....))).))..))))).))).(((((((((.((((..(...((.....(((((....))))).(((((((.(((.....)))))))).))...))....)..)))).))))))))).))......))))))))......)))...)).)))).)))).)).))))))))))..)))).)))))).)))...).))).))((((((((...((...(((.....)))..))..))))))))....(((((.....((((...((...............))...)))))))))..((((((((((((((......((((((((.......(((....))).......)))).........)))).......))))........))))).....))))).....)))))))).((((((((.(..(((.(((((.((...(((((((((.((((((......((((((((((.......((((......))))......)))))).....)))).............(((((..(((....))))))))......(((((((..((((((((.(((...)))...))))))))..))))))).((((((.((((.(.(((.....(((((((.(((((.((......)).))))).)))))))))).))))).))))))(((.(((....((((....))))....))).))).(((......)))))))))....((((...)))).)))))))))...)).))))).)))...).)))))))).............(((......)))(((.(((((.((((((((((((.....((((..............)))).....))))).)))))))))))).)))((((((.......(((((....)))))...)).))))..)))))))....))).))).((((((((...)).))))))......((((((((((((((.((((((.......)))))).((((.(((((....))))).))))...(((((...(((((((.((((((((((.((..(((((...(((((((((.....(((((.............))))).............(((((....))))).........)))))..........(((((((((........)))))).)))..((((((.((((((....(((...((((((...(.....(((((((((...((((......)))).))))).))))..).))))))...)))...(((((...(((.......((.....))......))).))))).)))))).....))))))......))))...))))).....)))))))))))).))))..)))..))))).(((.((..........))))).)))))))))))))).......(((((((...........)))))))......))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.((((((.((((((((((......,....{{{(((((((....)))))))..}}}......(.(((((((((.(((........((((((((((,{.((....,}....(((((.......)))))(((((((((.((((.(((((((((({.{((.((......................)))))))))....))))))..))))((((((..........))))))))))))))).{{{{{..((((.((.((((((((((((..((((((((((((.((.{{......}})).))))),...})).)))}))))...,{{..{,.........,})),.)))))))).)).))))..,.))))}.....((((((..((((...((((((((((..((((....)))}(((((((..(((.((((.(((((((.{...(((.....((((((...((((......))))...))))))...))).).)))))))...))))..)))..))))))}..(((((.,.....).)))))...............((((....)))).(((((...)))))..))))))))))...))))..))))))....,.......)))).))))))))).))))))))).)))))))))))...)))).)))))){(((({...{((,(((,...{((((((,,(,,((((((((.(((..,{..((((((..(({((.((((((.(({{(((...........))))))..)))))).))..}})..))))))(((((.((((((((((.(.{({((((((......)))))).))).}....))).))))))))))))......,,.)))))))))))..}((,(((...((((,,((((..{.((((....{{,..........,,.{{,..|||..(((((,{{{....})),,,...((((..((((((((((((.((((,((((.{(,..(((((((((((..........{{.(((((,..,((((,....((((.....)))))))))))))).}}..{((((((..((.(((....))).))..))))),}}},(((((((((.((((..,...,,.....(((((....))))).(((((((.(((.....)))))))).))...},....}..)))).))))))))).,,......)))))))).,,,..,,....}).)))).)))).)))))))))))))..)))),|||}}}.}}),},}.,...|.((((((((...{{...(((.....)))..}}..))))))))....))))}..))))))))).}}})).....{(((...)))}..{,{{{{....))),,}}}{,........,,.|||{{{{.......,|))),,}}},.,,||.,|{,,{({,.,,,|{},{{{....}}....,.......(((,...})))..{{,..,,}})}...((((((((.(..(((.(((((.((...(((((((((.(((((({,....((((((((((.......((((......))))......)))))).....))))...,..{,,,...(((((..(((....)))))))).,{...(((((((..((((((((.(({...)))...))))))))..))))))).}}..((((.((((((((....)))))))).}))}.....,,.}|||{.|||,{.....}.,}}.}))}.,|{(((({{(,(((....((((....))))....))).}},}|})))}...}}}))))))....((((...)))).)))))))))...)).))))).)))...).))))))))..},}..,,}}}..,))))}},}}}||{.(((((.(((((((.((.({{{..{{(({,........,,..,,}}....}))))).)))))))))))).}}}(((({{.,{,...(((((....})))),..)).))))..))))))),...}}).)}|.(((((((.....,.)))))).,|{,.((((((((((((((.({{(((({{....||,|||{(,{(,({{{{....|||}}.}}},,,,,||{,...,|||,{|}|||,||,,|,}||}}|...,...,((((((((,....,,,(({{{{{{{{{,...|||,,...,.........|||,,..,.(((({{.,,.({{{.{{{...{{{{{{,,(((((((((........)))))).})),,((((((.((((((....(((...((((((...{.....(((((((((...((((......)))).)))))}})))..}.))))))...)))...{((((...{((.......{,.....,,......))).))))).)))))).....)))))),}}}}}}))).}))),}}.}))))),}}}}}}}}}.})),}}))),,))})).,.},,,...}}}}.}}))}},.}))))))))))))).,,....(((((((...........)))))))......)))))}
Back