Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000811.3
Sequence Length
2450 nt
GC Content
0.4049
AGUCAGAGGAGCCUGGGUGUCUGCAGGACAUAAUCUAAGACCACAAACCACCUUGUUCCACGUGAGAAGGAAACAAGAAAGAAGGGAGCCAGGGGAAUCCUGCAAAUUUUUAGGCAACCUCUUUAUCUAUUGGAUUACUGACUUGAGGCAAACAAGGAACAGAGAUAUGAAGGGUUUGAAAGAUUUCUCCAGUUGAUUGGCAGAGAAGAGCUGGCUAGCAGGGAGGACGACCCUAGGAGGGUGAAUUCUGCAUUUCAGUGCACUGCAGGAUGGCGUCGUCUCUGCCCUGGCUGUGCAUUAUUCUGUGGCUAGAAAAUGCCCUAGGGAAACUCGAAGUUGAAGGCAACUUCUACUCAGAAAACGUCAGUCGGAUCCUGGACAACUUGCUUGAAGGCUAUGACAAUCGGCUGCGGCCGGGAUUUGGAGGUGCUGUCACUGAAGUCAAAACAGACAUUUAUGUGACCAGUUUUGGGCCCGUGUCAGAUGUGGAGAUGGAGUAUACGAUGGAUGUUUUUUUCCGCCAGACCUGGACUGAUGAGAGGUUGAAGUUUGGGGGGCCAACUGAGAUUCUGAGUCUGAAUAAUUUGAUGGUCAGUAAAAUCUGGACGCCUGACACCUUUUUCAGAAAUGGUAAAAAGUCCAUUGCUCACAACAUGACAACUCCUAAUAAACUCUUCAGAAUAAUGCAGAAUGGAACCAUUUUAUACACCAUGAGGCUUACCAUCAAUGCUGACUGUCCCAUGAGGCUGGUUAACUUUCCUAUGGAUGGGCAUGCUUGUCCACUCAAGUUUGGGAGCUAUGCUUAUCCCAAAAGUGAAAUCAUAUAUACGUGGAAAAAAGGACCACUUUACUCAGUAGAAGUCCCAGAAGAAUCUUCAAGCCUUCUCCAGUAUGAUCUGAUUGGACAAACAGUAUCUAGUGAGACAAUUAAAUCUAACACAGGUGAAUACGUUAUAAUGACAGUUUACUUCCACUUGCAAAGGAAGAUGGGCUACUUCAUGAUACAGAUAUACACUCCUUGCAUUAUGACAGUCAUUCUUUCCCAGGUGUCUUUCUGGAUUAAUAAGGAGUCCGUCCCAGCAAGAACUGUUUUUGGGAUCACCACUGUUUUAACUAUGACCACUUUGAGCAUCAGUGCCCGGCACUCUUUGCCAAAAGUGUCAUAUGCCACUGCCAUGGAUUGGUUCAUAGCUGUUUGCUUUGCAUUCGUCUUCUCUGCGCUUAUCGAGUUCGCAGCUGUCAACUACUUUACCAAUCUUCAGACACAGAAGGCCAAAAGGAAGGCACAGUUUGCAGCCCCACCCACAGUGACAAUAUCAAAAGCUACUGAACCUUUGGAAGCUGAGAUUGUUUUGCAUCCUGACUCCAAAUAUCAUCUGAAGAAAAGGAUCACUUCUCUGUCUUUGCCAAUAGUUUCAUCUUCCGAGGCCAAUAAAGUGCUCACGAGAGCGCCCAUCUUACAAUCAACACCUGUCACACCCCCACCACUCUCGCCAGCCUUUGGAGGCACCAGUAAAAUAGACCAGUAUUCUCGAAUUCUCUUCCCAGUUGCAUUUGCAGGAUUCAACCUUGUGUACUGGGUAGUUUAUCUUUCCAAAGAUACAAUGGAAGUCAGUAGCAGUGUUGAAUAGCUUGCGGCCAGGACAACCUGAAUUCUAUAAGUUCUUGUUUUCUGUUUCCUAUGUUUUCUUAAAAAAUAGCAUUGAGACUUGUGUAGAUGCUUCUCAGAACAUGAAAUCAAAUUGGAAAUCUGUAACGCAGCUUCCGUAAGCAUGUGUGGGCAAAAAAGCAAUAAUCCUACUCCUCAAAAUAGAAAGUUGAAGAUUGCUGAAAAAUAUGACUUUUCUGUAUGUUAGAGAAAAACUUUAUGAGGAUGAAAUGGGUUCAAGAUGAAUUUGUCAACUUUUGUCUUCCAUUGUUCAGUAUUUUUAAUUGUCACUGUAAAUAACAUUUACCACAAGGCAGAUAAAAUAAGAAAUGCUGACACUUCCAAAGGUUGCCUUAAAAUAUGUUUAUUUUGGCUUAGUUCCCGAGAGGGCAAAAUAUAAAUACAGUCUAAAUAUUUAUCAGUAGGUUAAUACCAGCAUGUUGGAGGCCUUUAUGCUAGUAAAAUGGCUUUCAGUGGCAUUGUAAAGCCUACAUUGAGCUUAGCCAUUUGUUUUUAACCUCGCUGUGCUCUUUUACCUCAAUAAAAUGUGGUGUUUGUAUACAUAUAAAUUAUACAUAGCUCAUAAAUUAUGUAUGCAUAUGUACAUAGCUGUAGUUGGACUAAAAUUCAGUGUGUUUUAUCCUACUAAAUUCUCCUUUUAAAAUAAUACACUUACCAUAAUUCUAUGAGGUUGUAGAAAAAAGUACUCAUUAUAAGGAAGCCUUGUAUAUUAUGACUAUGGUUAUCUCUUGUGUUUUCCACAUUUCCAAUUAUAACACUAAAUAAAACAACAAUAAACAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-644.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -689.13
Frequency: 0.0000
Diversity: 671.71
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.((((..(...((((((..(((((........(((((...........((((((((.........)).))))))(((((.((..(((..((((((.......)))))).)))..)))))))...((((((..........((((((...((((((.((((((..(((.(((...(((....))))))(((.(.(((((((....(((((.(...(((((((((((((((((...)))))......(((((....)))))..((((((((....)))).))))...(((((((.((((.((((((((.((......((....))......(((((((....)))))))............(((((((((((((((((..........(((((((..((((.(((((...(((((((.(((((((.((..((((((((((((......))).)))).))))))).))))))))))).))).((((.((..((((.(((((.(((((.........(((.((((((.(.((((.......)))).).)))))).)))(((.(((..((((((((((((((.((..((..((((((......)))...)))...))..)).))))))(((((........)))))..............................))))))))....)))..)))..))))).))))).))))....))...))))...))))).))))(((((....(((((.(((((.....((((((((((((((..(((........))))))).))))))))))..)))))..)))))......)))))......((((...(((((...))))).))))..((((...)))).))))))))))))...))))))))).)))(((((((.....((((((........)))..))).(((((.....((.(((.(((((((........(((((...((..((((((((.(((..(((..((((...(((((.........((((...)))).........)))))...))))..)))..))).)))))))))).)))))))))))).))).))))))))))))))....((((((.(((((..(((..(((((...)))))...)))..))))))))))).....)))))))))).)))).)))))))...(((...)))..))))))))))))......).)))))....)))))))).)))...((..((((((((.......((.....((((..(((((((((.((((.(((....(((((.(..........).)))))......)))..)))))))))))...)).))))....))........))))))))...)).)))..))))))))))))......))))))..........))))))..((((((....))))))...))))).........))))).))))))...)..)))).))(((((((((((((...(((((.((((......))))...((((((...(((..((((((...((...(((((((.((((.((((((...(((((((((....)))))).))).....)))))))))).))))))).)).))))))..)))......))))))......(((((((((((((((((..(((((............))))).))).((((((((((((.((..(((.(((((.........(((((..((((...)))).)))))....)))))(((((...............)))))...........((.((((((((((.((((((....(((..(((((((.....))))))).........((((((((((((((((((...))))))))).....))))))))))))..)))))))))))))))).)).)))..))...)))))).)))))))))))..))))))))).)))))...)))))))))))))........(((((((((((((..(((......(((((((((....(((((((.........)))))))((((((((((((((.((((((..((...))..)))))).)))(((((((((((((((((........)))...))))))...))))))))....))))))).)))))))))))))((((((......(((((((..(((((((((((....(((((((((........))))))))).)))))).........((((.(((.((((((.......))))))))).))))..................)))))..)))))))......)))))).(((........)))(((((((((((...)))))))....)))).(((((((......((((.....)))).....)))))))........)))..))).))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{.((((..(...((((((..(((((........{((({...........((((((((.........))}}}))))((((,,((..(((,,(({{{{,,,....}}}}}}.)))..)))))))...{,((((,.....(({{{{,((({,.{{{((,,((((((..(({.,{({{{({{,{{{{.....(((.(.(((((((....(((((.(...(((((((((((((((((,,,,|}||...,,,(((({...,|||||,.((((({{(,,,.}}}).))))}||{{|,||||||{,.{{{||{||.||,..,}.}}}}}}))....{{{{((({(,,{.}},)))).,}}..},....{((((((((((((((((......,,,,(((((({.,{{...,((((....)))){({(((,,.({.(((,(((((((,(((......))).,,},.}|||{(((({{((((,,{{.(((((,{(((({{((((.(((((.(((((.........{((.((((((.(.((((.......)))).).)))))).))}(((.(((..((((((({((((((..,..,{..((((((......))},..}}),..},..,,.)))))}(((((........))))|,.{{,.....}}}.................})))))))....)))..)))..))))).))))).))))....},..)))},..,,)))))}),)}}|,|}}}}}||||,,|{(({{...(((((((((((((|.|(((........})))))).)))))))))).,}}}}}},,,.}}......,||||......,,,}}})|||,,}}})).}}}))}))....},,)))))))))}))})))))...))))))))))},|(((((((...,.(((({{,.......,,,.,||,.(((((...,,{,.,,{.(((((((........(((((...((..((((((({.(((..(((,.((((...(((((.........((({...)))).........))))).,.)))).,)))..))).}))))))))).)))))))))))).})),},))))),})))),....((((({,(((((,.(((..(((((...)))))...))),.))))))))))).,,,,,.}}}}}})}.))}},)})})))}},|||...},,.}))))))))))))......).)))))....)))))))).))).....,}||||||||}......,(,,...{{{{.,||(((((((.((((.(((....(((((.{..........}.)))))......)))..))))))))))}..,}}.}}}}....}|........}|}},}},...)),)))..))))))))))))}}...})))}}}...)}}}},,},,,},..((((((....))))))...))))).........))))).))))))...}..)))).|}(((((((((((((...(((({..,,{,.....,,,,...((((((...(((..((((((...((...(((((((.((((.{(((((.,.(({((((((....)))))).}))...,.)))))})))).))))))).)).))))))..}|}...,..)}}}))......{((((((({((((({({,.{(({{.,........,.})}}},)}}}(((((({(((((,{{..(({.{{{{{,........{({{{..{(({.,,||||,|}}}}.,}}),)))||{{|,......,|,.,...}}}}},..,,......{{.{((({{{{{||{{{{{{....,,{..{((((({|....))})))),,...,,,,{{(({(((((((((((({.,.}))))}}},,,..})))))))))})),,)))))))))))))))).}}.}}},.,,...})))))},))))))))))..})))))))).)))))...)))))))))))))........{((((((((((((..{{{,,...,{((((((({....(((((({.........))))))}((((((((((((((.((((((..((...))..)))))).)))(((((((((((((((((........)))..,))))))...))))))))....))))))).))))})))))))}((((((.,,.{.(((((((..(((((((((((....(((((((((........))))))))).))))))}.,.,,.,,((((.(((.((((((.......))))))))).)))}..................)))))..))))))}.}}.,,)))))).{,|||.....{||,{{{{(((((((...)))))))....}))).}}|||}}.,,,..{(((,....)))}.....,,,,,,}..,,....,,}..))}.)))))))))}
Back