Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000824.5
Sequence Length
3033 nt
GC Content
0.3716
AGGCGCGUCAGCCGAGCUCGGCGGUGGCGCGGGCGGCUGGGACGCAGCUGCCCCCGCUCGGCGCCCGCUGCACCCUUAGCAGCCACUGCCACCUGGGCCCGGAGCCUCCACGAUCUCGCCCGGCGAUUGUGGGCAGGGGCGCCUCCGGAUCGAUCUUCUGAAAUUCAAGUUUUCAAGAUGAAGUUUUUAUUGACAACUGCCUUUUUAAUUUUAAUUUCCUUGUGGGUGGAAGAAGCCUAUUCUAAGGAAAAGUCUUCAAAGAAAGGGAAGGGGAAAAAGAAGCAGUAUCUAUGCCCAUCUCAGCAGUCAGCAGAGGACCUUGCCCGAGUACCUGCCAACUCCACUAGCAAUAUCUUGAACAGGUUAUUGGUCAGUUAUGAUCCCAGGAUAAGACCAAACUUCAAAGGCAUUCCUGUUGAUGUAGUAGUCAACAUUUUUAUUAACAGUUUUGGAUCCAUUCAAGAAACAACAAUGGACUAUAGAGUUAACAUCUUCCUGAGACAAAAAUGGAAUGACCCCAGGCUGAAGCUCCCCAGUGAUUUUAGGGGUUCAGAUGCACUGACAGUGGAUCCAACAAUGUACAAGUGUUUAUGGAAACCUGAUUUAUUUUUUGCAAAUGAAAAAAGUGCCAAUUUUCAUGAUGUGACCCAGGAAAACAUCCUCCUCUUUAUUUUUCGUGAUGGAGAUGUCCUUGUCAGCAUGAGGUUAUCUAUUACUCUUUCAUGCCCUUUGGACUUGACAUUGUUUCCCAUGGAUACACAACGUUGCAAGAUGCAACUGGAGAGCUUUGGUUACACAACUGAUGAUUUACGAUUUAUCUGGCAGUCAGGAGAUCCUGUGCAAUUAGAAAAAAUUGCCUUGCCUCAAUUUGAUAUCAAAAAGGAAGAUAUUGAAUAUGGUAACUGUACAAAAUACUAUAAAGGCACGGGCUACUACACAUGCGUGGAAGUCAUCUUCACCCUGAGGAGGCAGGUCGGCUUUUACAUGAUGGGGGUCUACGCCCCAACUCUGCUCAUUGUUGUUCUCUCCUGGCUUUCCUUCUGGAUCAACCCGGACGCGAGUGCUGCCAGAGUGCCCCUGGGUAUCUUCUCAGUCCUCAGCUUGGCCUCUGAGUGCACAACCCUUGCCGCUGAGCUUCCCAAAGUUUCCUAUGUGAAGGCUCUUGAUGUUUGGCUUAUUGCUUGCCUUCUCUUUGGGUUUGCUUCCCUGGUGGAGUAUGCAGUUGUCCAGGUGAUGCUGAACAACCCCAAAAGGGUUGAAGCUGAAAAAGCCAGAAUUGCUAAGGCUGAGCAAGCAGAUGGAAAAGGUGGAAAUGUGGCUAAAAAGAAUACUGUGAAUGGAACAGGGACUCCUGUUCAUAUUAGCACUUUGCAGGUUGGUGAGACCAGAUGCAAAAAAGUUUGUACUUCUAAGUCUGAUCUGAGAUCUAAUGACUUCAGCAUUGUUGGAAGCUUACCAAGAGAUUUUGAACUAUCCAAUUAUGACUGCUAUGGAAAACCCAUUGAAGUUAACAACGGACUUGGGAAAUCUCAGGCUAAGAACAACAAGAAGCCUCCCCCUGCGAAACCUGUUAUUCCAACAGCAGCAAAGCGAAUUGAUCUUUAUGCAAGAGCAUUGUUUCCUUUCUGCUUCUUGUUCUUCAAUGUUAUAUAUUGGUCUAUAUAUUUAUGAUAAAUCUUUUCCAUUUGUACAAAAUAAAAUUCCAUUUCAUUGUGACCUACUCCUUUCAUAAAUGCCAAUCUGUGAGAACUUUUGAAUUUUCAUAGCAACAUUGCAUUUUGGAUGCCAUUUGAUUGUAAUAAAACUGUGGCACCUUAAUUUUGAAUGGCAGCAUGAUCAUGUAAUAUCUGUGCUCUAAUAACGAUGUAUAUAUGUAUAGUGAACAUAUUGCUUAGUAACAAAUGAAGGACAAGCAUACUACAUAAUAUAAUCCAUACAAUUCUCUUCAGUUAGUGUAAACUGCAAAUACUACAGAUAAUUCUGAUAAUAAAAUGAUAUGCACGCUGAAUCCUGCUAUGGUCACCAUUCUAAUGUAUGUAGUAUUUCAAAUUUCCUUCCUUGUAACUUUCAAAGAAAGCCAUCUUAUUCUUGUAAAAUUUUAGAUGGUAUUAUCACAGAUUUAAAAAGGUUGUAUUACAUAUUGUUUAAACUUUGUAAGUAGAAAUAUAUCUGUUAUAAUUAUACAGGCUCUGUGGAGAAAUAAAGUUCAAAAUAUAUUAAUUUGUAAAAUCAGCUCGUUUUAAAGUGUGCUUGUGUUGUCAAAAAUAUCAGAUAGUAAUACACAGUGAGCAUUUUUAAACAAAGGGAAACCUAUAUUUAUGUAACUGUAUACUGAAUUCUGACAAAAUAAAAAAAGAUACCUUAUUGACGAAAUAUUUAGGAUAAACAAAAUUCUAUUUAAUCCACCUUAAAACCUAAAUGUAUUUUCAUGGAUUUCAUUUGUUGGUACAUAUUACACAAAACAUUGUGCCUUAAAAUGAGUCAUACAUCUUUUAAAUUGGAAUGCAGUAAUAGAUAUGUGAUUUUACAUCAUUUUUAAGAAACCAAGGGGAAGUAAUAAGUUGAAAAAGAAAUCCAUAACUAUUAAAAGAUUUUAACUUUUUUAUUUUAUUAAAAUGCUUGCAUAUUUUAAGUAAAAUUAAAAAUGUUUACUGAAUUUAUUUUUUUAUUUGAAUAUUUUGGGAUUAGUUACAAAAUAUUUAGAGAUUAAAUAAAUAAUAGCUUUGUUUGUGUUAGACUUCACUUCUACUUGUAUUUUCUUUCUUGUUAAAAGUCUAGACAACUGAGAUUUACUUACUUUGAACUUGUUCCAAUCCAAAAGUAAGCACUAAGUCUCAUUUUAUGAGACCACCAUUUCUUAAUAUCACAUCCAGUGCACCUUUGUCUUUCUGCCAUAUCUGAAAUAAAACUAUCAGUAAUUCACAUAGAUAAACAUAAGACUAAAGAAGUAUAUUUACAUUAUCUGGAGAGUUUUGUUGCAGCUACGAGUUUGUAUGGCAAAUUCAAUAAUAAAGUAUUGUUUAUGCAAAUUGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-778.44 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -836.06
Frequency: 0.0000
Diversity: 851.33
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((((((....))))..))))))(((((((((.....)))))))))..((((((.(((((((((.......)))))...........)))))).))))..((((((((.(.....).))))))))(((((((.((((..((((.(((.((..(((((.(((((....(((.((((((((.(((.(((((..((((((((((.(((..((((((((.((((((.......))))))))))))))..((((.((((..(((((((((((......((((((.(((..((.....(((((..((((((....((((.(..(((....((((..(((((((((((((((.(((....))).)))))((((....)))).....((((((.((((((.((((.(((((((((((((((......)))))))......(((((..((.(((.((((((...........))))))))).)).)))))..((((...)))).......)))))).))...(((((((((((.((((((..((((((((....(((.((((...)))).))).((((((((.(((((..(((((((((..((...((((((((........)))))))).)).)))))))))..((((..((((...((((.(((((............)).))))))))))).))))(((((((((........)))...))))))((...))))))))))))))))))).))))..)))...((((((...))))))))).)))))))))))........(((((........)))))((((((((((((((......(((((((((.......(((((((((..((((((((((.........))))))))))((((((...........))))))..))))).)))).......(((..(((((((((((((.(..((...))..).)))).)))))))))...)))(((((....)))))...))))...))))).....)))))))))).(((.(((((......))))).).))((((.(((((((.(((.(((((.((.......)).)))))...)))))))).)))))).......))))..((((((.(((.((....)).)).).)))))))))).))))))))))))((..((((.......))))..))....))))))))))..)))))))..)))))..)))))).((((((.....))))))..)))))....)).)))))))))...((((((((((((((((((((((((....(((((((....(((((((.(((.(((((((((((....))))))).)))).))).((((((((((((((((......((((((....))))))(((((((...((..(((((.((....)).)))))))...)))))))))))))))((((((((......(((.....(((((...((((.....))))...))))).....))).....))))))))(((((.............)))))...))))))))....(((.....)))(((((.((((.(((.((((((((.....)))).)))).))))))))))))...)))))))....)))))))....(((.(((....))))))..))))))))))))))).................(((((((((...........((((...(((((.((((((((((........))))))))(((....)))(((..((.((((((.................))))))))..)))...)).)))))..)))).(((((((((((.((.........))))))).)))))))))))))))....)))))))))......(((((.((..((((((.............(((((((......((((((..(((((..............((((....))))..............)))))))))))...)).))))).............)))))).)).)))))..)))))))))))....))))..))))..(((((((.................)))))))........))).))))))))))((((((((....(((((..((((...))))..)))))((((((.(((....((((((((.(..(..((((....((((.....((((......)))).....))))..))))..)..).))))))))........))).))))))))))))))((((((((((((((((....(((....)))....(((((((.((((.(((((.(((((((.........(((((((.......(((.((.(((((((((................................))))))))).)).)))..((((.(((((...((((((...............))))))...)))))))))....)))))))...))))))).))))))))).)))))))((((((.......((((((...((((.(....(((((((.(((((((((((((..............)))))...)))))))).)))))))...).))))....)))))))))))))))))))))))))))).((((((((..((.(((((((((((((..........)))))))))))))))..)))))))).......))))).)))..)))))))))))..))))).....((((..(((((.........)))))..))))....((((((((....(((...)))....))))))))......(((((((...)))))))....)))))..)).)))..)))))).)).))))))).....(((((((((((.(((((((((.((((((((.....((((((.((..............)).)))))).)))).))))..))))))))).)))..........))))))))....(((((......))))).....)).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((.,...,||}(((((((((({(((((.(((((((((.....))))))))).))),,(({({{{(((((.......)))))..{{{({,,,,((((..,,,||||{(((((((.(,,...).))))))))}}}}))))}}}(((((.,.(((((..(((((....{{{|,||{{,|,{{.,.,,,,.}})).}}}}...,||||,.......((((((((,(((({{.....,}))))}}}))))))}.........{{|||((((((((((...(((,(((.......)))....,,(((((((.(((((((.,,,..({{,({,.,{(((({.,{{{{{{..{{{,,,.,{{,...|||{,.||((((,,,,.||,,..}}.||},,|}}}}}||}|||,.(({,{{|||{{{(,(({((((({{....,,,,{,{{{{{.,({,(((.{(((({...........}))))}|||,|,.}||||.{((((((({{........,((.......}},(((((((((((.((((((..(((,{({,...,{{{.{{||,..}|||.}||,((((((((.(((((..(((((((((..{(...((((((((........)))))))).}}.)))))))))..((((..((({..,(((,,(((((............)).))))))))))).))))(((((((({........)},..,)))))),,...),))))))))))))}.}}}.}))),.)))...((((({...})))))})).)))))))))))........(((((........))))).|{{{,,||||,,,.}}}|.(({{((......})))}}.|||{|,..,(((({{{{{.....,,,,)))}))))})||}}||,.,,,......},,}))}}}})},.,))))}}}}}}|,,}}}|))||}}|.(((((,...}))))))))))))}))),,...,....{{((({,....,))))}.))))))).)))))))}}}}.))))..})))))}}}})))))...))))).,.,.((((.(((((((.(((.(((((.,,,.....,},,)})))...)))))))).))))))...,,,,)))))))})}}|{{(({((....,,..,.((((((...,{{{{...,,,.)))}|,..)))))).}}}})))|,,||...,|,||||}{{{{{{{..|{{{||,||{|{{,|{{..((((((.....))))))..(((.....)))}}}.,}}})}..,|{{{|||{{(((((((((((((((,,,.(((((((,...{((((({.{((,{((((((((((....))))))).}))|.|}|.((((((((((((((((..,,,,((({{,...,|}))}}{{(((((,..,{..(((({.((....)).)))))})},.))))}}}))))))))((((((((......(((.....(((((.,.((((.....)))).,.))))).....))).....))))))))(((((.............)))))...))))))))...||||.....,,,|((((.((((.(((.,(((((({.....)))).)))}.))))))))))))..,|}}}}}|,,.,|||||}}.,|,({{.{{{..,.}}|}}}..}})))))))))))))..............,,.,,,,,||||,..........||||||{((({(,((((((((((........))))))))|,,..,,)))|||,.((.((((((..,.{{......,,...))))))))..},,...}}.}}|||,.{({.{(((,,,((((,((({{,,.......)),))})),)))),,.)))).}}}.)))))}})).,,,..,,,,)))))))}}}|}|.|||........,{{.((((..((((((((.{((((((({.,,,...{{{(((,(({{.,|,||{{{{{,.....,,,,((({(({|||....{{|||||,...,|...{{{{{{||,,,|,|{{{....{{{{,,{{,(((....,,,|,}.))},(((((((.................))))))).,,.{{(((((,,,....,{{(({({,{({{.,.{{{{{..{{{{,.,})}}..}}}}},}}|}}}}})}}},.,|||||.,}}}})}}}}|}}.}}}},....}}}}}}}}...}},,..,},)))..},}}}..})))))),}})))})}}}.,,.))}).),)))))...,.((((((((((((((({....(((....)))....{((((((.((((.(((((.{(((({{.........{((((((.......{((.{{.(((((((((.,................,,........,...))))))))).)).))},,{{|{((((((...((((((...............))))))...))))))))),...)))))))...))))))).))))))))).))))))}{{{{{{.......((((((...((((.(....(((((((.(((((((((((((..............)))))...)))))))).)))))))...).))))....)))))))}}}},)))))))))))))))).((((((((..{,.(((((((((((((..........))))))))))))),}..))))))))....{{.||{,,(((,{(((((((.,,........,.............}}...)))))))}}}},.(((((((((((((((((....{({...}}}....))))))))...))))))))).....{((((.......,))})}....|||,..,,}|)}..{(({(((({..||...(({(((.......{({...}}}..,.....})))}}..},.})))).})))..))},.))))))))).))))))))..)))),}}}},...{(((((((,..|}}}}}}},{,,,,,...}})))}},,})))}},...
Back