Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000840.3
Sequence Length
4268 nt
GC Content
0.5030
GCAGUGUGCAGUUGAGUCGCGAGUACGGCUGAGCUGCGUACCGGCCUCCCUGGCUCUCACACUCCCUCUCUGCUCCCGCUCUCCUAAUCUCCUCUGGCAUGCGGUCAGCCCCCUGCCCAGGGACCACAGGAGAGUUCUUGUAAGGACUGUUAGUCCCUGCUUACCUGAAAGCCAAGCGCUCUAGCAGAGCUUUAAAGUUGGAGCCGCCACCCUCCCUACCGCCCCAUGCCCCUUCACCCCACUCCGAAAUUCACCGACCUUUGCAUGCACUGCCUAAGGAUUUCAGAGUGAGGCAAAGCAGUCGGCAAAUCUACCCUGGCUUUUCGUAUAAAAAUCCUCUCGUCUAGGUACCCUGGCUCACUGAAGACUCUGCAGAUAUACCCUUAUAAGAGGGAGGGUGGGGGAGGGAAAAGAACGAGAGAGGGAGGAAAGAAUGAAAAGGAGAGGAUGCCAGGAGGUCCGUGCUUCUGCCAAGAGUCCCAAUUAGAUGCGACGGCUUCAGCCUGGUCAAGGUGAAGGAAAGUUGCUUCCGCGCCUAGGAAGUGGGUUUGCCUGAUAAGAGAAGGAGGAGGGGACUCGGCUGGGAAGAGCUCCCCUCCCCUCCGCGGAAGACCACUGGGUCCCCUCUUUCCCCAACCUCCUCCCUCUCUUCUACUCCACCCCUCCGUUUUCCCACUCCCCACUGACUCGGAUGCCUGGAUGUUCUGCCACCGGGCAGUGGUCCAGCGUGCAGCCGGGAGGGGGCAGGGGCAGGGGGCACUGUGACAGGAAGCUGCGCGCACAAGUUGGCCAUUUCGAGGGCAAAAUAAGUUCUCCCUUGGAUUUGGAAAGGACAAAGCCAGUAAGCUACCUCUUUUGUGUCGGAUGAGGAGGACCAACCAUGAGCCAGAGCCCGGGUGCAGGCUCACCGCCGCCGCUGCCACCGCGGUCAGCUCCAGUUCCUGCCAGGAGUUGUCGGUGCGAGGAAUUUUGUGACAGGCUCUGUUAGUCUGUUCCUCCCUUAUUUGAAGGACAGGCCAAAGAUCCAGUUUGGAAAUGAGAGAGGACUAGCAUGACACAUUGGCUCCACCAUUGAUAUCUCCCAGAGGUACAGAAACAGGAUUCAUGAAGAUGUUGACAAGACUGCAAGUUCUUACCUUAGCUUUGUUUUCAAAGGGAUUUUUACUCUCUUUAGGGGACCAUAACUUUCUAAGGAGAGAGAUUAAAAUAGAAGGUGACCUUGUUUUAGGGGGCCUGUUUCCUAUUAACGAAAAAGGCACUGGAACUGAAGAAUGUGGGCGAAUCAAUGAAGACCGAGGGAUUCAACGCCUGGAAGCCAUGUUGUUUGCUAUUGAUGAAAUCAACAAAGAUGAUUACUUGCUACCAGGAGUGAAGUUGGGUGUUCACAUUUUGGAUACAUGUUCAAGGGAUACCUAUGCAUUGGAGCAAUCACUGGAGUUUGUCAGGGCAUCUUUGACAAAAGUGGAUGAAGCUGAGUAUAUGUGUCCUGAUGGAUCCUAUGCCAUUCAAGAAAACAUCCCACUUCUCAUUGCAGGGGUCAUUGGUGGCUCUUAUAGCAGUGUUUCCAUACAGGUGGCAAACCUGCUGCGGCUCUUCCAGAUCCCUCAGAUCAGCUACGCAUCCACCAGCGCCAAACUCAGUGAUAAGUCGCGCUAUGAUUACUUUGCCAGGACCGUGCCCCCCGACUUCUACCAGGCCAAAGCCAUGGCUGAGAUCUUGCGCUUCUUCAACUGGACCUACGUGUCCACAGUAGCCUCCGAGGGUGAUUACGGGGAGACAGGGAUCGAGGCCUUCGAGCAGGAAGCCCGCCUGCGCAACAUCUGCAUCGCUACGGCGGAGAAGGUGGGCCGCUCCAACAUCCGCAAGUCCUACGACAGCGUGAUCCGAGAACUGUUGCAGAAGCCCAACGCGCGCGUCGUGGUCCUCUUCAUGCGCAGCGACGACUCGCGGGAGCUCAUUGCAGCCGCCAGCCGCGCCAAUGCCUCCUUCACCUGGGUGGCCAGCGACGGCUGGGGCGCGCAGGAGAGCAUCAUCAAGGGCAGCGAGCAUGUGGCCUACGGCGCCAUCACCCUGGAGCUGGCCUCCCAGCCUGUCCGCCAGUUCGACCGCUACUUCCAGAGCCUCAACCCCUACAACAACCACCGCAACCCCUGGUUCCGGGACUUCUGGGAGCAAAAGUUUCAGUGCAGCCUCCAGAACAAACGCAACCACAGGCGCGUCUGCGACAAGCACCUGGCCAUCGACAGCAGCAACUACGAGCAAGAGUCCAAGAUCAUGUUUGUGGUGAACGCGGUGUAUGCCAUGGCCCACGCUUUGCACAAAAUGCAGCGCACCCUCUGUCCCAACACUACCAAGCUUUGUGAUGCUAUGAAGAUCCUGGAUGGGAAGAAGUUGUACAAGGAUUACUUGCUGAAAAUCAACUUCACGGCUCCAUUCAACCCAAAUAAAGAUGCAGAUAGCAUAGUCAAGUUUGACACUUUUGGAGAUGGAAUGGGGCGAUACAACGUGUUCAAUUUCCAAAAUGUAGGUGGAAAGUAUUCCUACUUGAAAGUUGGUCACUGGGCAGAAACCUUAUCGCUAGAUGUCAACUCUAUCCACUGGUCCCGGAACUCAGUCCCCACUUCCCAGUGCAGCGACCCCUGUGCCCCCAAUGAAAUGAAGAAUAUGCAACCAGGGGAUGUCUGCUGCUGGAUUUGCAUCCCCUGUGAACCCUACGAAUACCUGGCUGAUGAGUUUACCUGUAUGGAUUGUGGGUCUGGACAGUGGCCCACUGCAGACCUAACUGGAUGCUAUGACCUUCCUGAGGACUACAUCAGGUGGGAAGACGCCUGGGCCAUUGGCCCAGUCACCAUUGCCUGUCUGGGUUUUAUGUGUACAUGCAUGGUUGUAACUGUUUUUAUCAAGCACAACAACACACCCUUGGUCAAAGCAUCGGGCCGAGAACUCUGCUACAUCUUAUUGUUUGGGGUUGGCCUGUCAUACUGCAUGACAUUCUUCUUCAUUGCCAAGCCAUCACCAGUCAUCUGUGCAUUGCGCCGACUCGGGCUGGGGAGUUCCUUCGCUAUCUGUUACUCAGCCCUGCUGACCAAGACAAACUGCAUUGCCCGCAUCUUCGAUGGGGUCAAGAAUGGCGCUCAGAGGCCAAAAUUCAUCAGCCCCAGUUCUCAGGUUUUCAUCUGCCUGGGUCUGAUCCUGGUGCAAAUUGUGAUGGUGUCUGUGUGGCUCAUCCUGGAGGCCCCAGGCACCAGGAGGUAUACCCUUGCAGAGAAGCGGGAAACAGUCAUCCUAAAAUGCAAUGUCAAAGAUUCCAGCAUGUUGAUCUCUCUUACCUACGAUGUGAUCCUGGUGAUCUUAUGCACUGUGUACGCCUUCAAAACGCGGAAGUGCCCAGAAAAUUUCAACGAAGCUAAGUUCAUAGGUUUUACCAUGUACACCACGUGCAUCAUCUGGUUGGCCUUCCUCCCUAUAUUUUAUGUGACAUCAAGUGACUACAGAGUGCAGACGACAACCAUGUGCAUCUCUGUCAGCCUGAGUGGCUUUGUGGUCUUGGGCUGUUUGUUUGCACCCAAGGUUCACAUCAUCCUGUUUCAACCCCAGAAGAAUGUUGUCACACACAGACUGCACCUCAACAGGUUCAGUGUCAGUGGAACUGGGACCACAUACUCUCAGUCCUCUGCAAGCACGUAUGUGCCAACGGUGUGCAAUGGGCGGGAAGUCCUCGACUCCACCACCUCAUCUCUGUGAUUGUGAAUUGCAGUUCAGUUCUUGUGUUUUUAGACUGUUAGACAAAAGUGCUCACGUGCAGCUCCAGAAUAUGGAAACAGAGCAAAAGAACAACCCUAGUACCUUUUUUUAGAAACAGUACGAUAAAUUAUUUUUGAGGACUGUAUAUAGUGAUGUGCUAGAACUUUCUAGGCUGAGUCUAGUGCCCCUAUUAUUAACAAUUCCCCCAGAACAUGGAAAUAACCAUUGUUUACAGAGCUGAGCAUUGGUGACAGGGUCUGACAUGGUCAGUCUACUAAAAAACAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAAACAAAAGAAAAAAAUAAAAAUACGGUGGCAAUAUUAUGUAACCUUUUUUCCUAUGAAGUUUUUUGUAGGUCCUUGUUGUAACUAAUUUAGGAUGAGUUUCUAUGUUGUAUAUUAAAGUUACAUUAUGUGUAACAGAUUGAUUUUCUCAGCACAAAAUAAAAAGCAUCUGUAUUAAUGUAAAGAUACUGAGAAUAAAACCUUCAAGGUUUUCCAGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1430.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1504.35
Frequency: 0.0000
Diversity: 1028.65
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((((((..(((((.(((..(((((..........))))).....((((((.((.......(((((((...((((((((....(((.((((...((((........)))))))))))....))))))))....(((.(((((...))))).))).........(((.....)))..))))))).......)).))))))(((.((((.......(((((.(((((((((.((.(((((.(((((.......((((.(((.....)))..))))))))).))))).)).....((((.(((.....((((..(((.....................)))..)))).....))).)))).........................((.(((.(((((((((((((...((...(((((((((((((.........((((((.((((.((((..((((.....((((....))))............(((((..(((((.(((.....))))))))....)))))(((((((((((.....)))).....((......)).(((.(((((((((((.........))).))))))))))).))))))))))).)))))))).))))))........)))))))))))))...))....)))))).....)))))))))).))...((((.(((((((((...(((((....)))))..))))))...))).)))))))))))))))))))))))))))))))))....))))))))))....((((((((.((((((((..((.....))..))))))))..))).((((((..(((......))).((((.((((...)))).)))).((((..((((((...((((.((((((((((((((((..((((((((.......)))))(((((((.((....))..)))))))..(((((.(((....((((.....((((((((.((((((((.((........)).))))))))........((((((((((((..(((((((((.(((.....((.(((.....))).)).((((((...))))))..((((((((((.....((((..(((.((....)))))..))))..((((((((((((......(((((((((.(((((((((((((........)))))))))))))...........(((((((((...((((((((((((.((((((((............(((.(((((((((((((.(((((((((..((.((((((.((.((((((((((.(((((.(((...(((((((....(((((...)))))...))))))).....))).))))).))(((((((((((((((.....)))))))((((...(((....)))..)))).((.(((.((.((((..((((((((((...)))))))))).(((((((.(((((((((((.(.((((....)))).))))))......((((..........))))...((.(((((((..(((.((((....((((((.((((((((....)))).)))))))))).))))...))))))))))))..))))))...))))))).(((((...(((........))).)))))............))))))...))).))))))))))..((((((....))).))).))).))))).))..)))))).(((((((((((.(((((((((((((..(((((((..((((((((.((.((((...(((((((....(((((.......)))))(((.....))).(((..((((((((..(((((((((((((((((((((((..((((((((((.(((((..........(((((........)))))))))))))))(((.((((((.(((((.((((.(((((....))).)).)))).(((.((((((((((....(((.(((......))).)))..))).))))))))))))))))))))).)))....))))).))).).))))((((....).))).......)))))).)))))....)))).)))))).)).)))...........)).)))))...))))............((((...((((((((((((((((((((.((...............)).)))))).....(((........)))(((((((((.(((...(((.(((..(((..((((.((((((((((.((........)).))))))))))(((((((.(((((.....(((....)))(((((.....)))))(((.(((((((((((((......(((((((....(((((((....(((.((((((((..(((((((..((((.....))))........)))))))....).)))))))...........)))....)))))))....)))))))......)))).))))))..))))))))))).))))))).............(((((((((....)))).)))))...)))))))..))).)))....))).)))).)))))...............))))))))))).)))..........(((((((((((.(((((((((.....................)))..)))))).)).)))).)))))..)))).))))))))))))))).)).......)))))..........))))..))))))))))))))).((((((((((..(((..((.....)).))).....(((.(((((........))))).)))........))))))))))((((((.((........)).))))))..(((((......)))))(((((...(((((.....)))))..))))).....((((((((..(((..((((.((((((...((.(((......)))...((.(((((.((((((.....))))))............))))).))....((((((.((.((((...)))).))....))))))((((...)))))).....))).))).)))))))))))))))......))..))))))))))))))...(((((...(((((((........))))...)))....)))))))))).))))))(((.(((((..((((....(((((((((.......(((((.(((.....))))))))((((.....))))))))))))).....))))..))))))))..))))))))))).)))))))))(((.(((..(((((((((((((((((..............)))))))...)))).))))))..))).))))).)))))))....(((....)))....))))))))))))))))))))).....(((((..(((((((((.....))))).....)))).))))).................((.((.....)).)).((((((((((.(.(.....).).)))).)))))).((((.....)))).(((((.((((((.(((......)))))))))..)))))..))))))))))..................((((((((((((((.((((....)))).)))((.(((.(((.((((((........))))))))).))))).(((((..(((....))).))))).(((((.(((.((((...)))).).)).)).))).))))))..)))))..))))))))...))))..))))))))))))...........(((......)))..((((.....))))))))))))......)))).))).)))))..((((((((((.(((.......))).))))))))))..((((((....))))))((((....)))))))))))))).))))))..................(((.....))).....((((.((((((......)))))).))))....))))))).))))))..)))).........................................(((((((..........(((.(((......))).))))))))))(((((((....)))))))))))))........((((.(((((.....))))).)))).........(((((((...))))))).........(((((((...............((((.(((....))).)))).))))))).(((((((...)))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.((((((((((.(((((......))))).))))))||}|,((((....,||||,........{{((,,(((,,..((((((((....(((.((((((.(.((....,}}},))))})))))....))))))))....|}|,|||{({{{||,||{{(,(({{{...,,{{..{((((((({{{,,,,,......}}}||||,.||....||||.....(((((.(((((((((.((.(((((.(((((.......((((.(((.....)))..))))))))).))))).)).,.,|((({.(({.....{{{(..(((,....................}})..)))}..,,,))}.}}}}....,,,},},,.....,,{{|...,}}|||.(((((((((((((...{(...(((((((((((((......{..((((((.((((.((((..((((.,.({,(((,...}}}||,..........(({{{..(((({,(((.....))))))))....}}}}}((((((({(({.....))))}...,{{....,,.|.(((.(((((((((((.........))).))))))))))).})))))))))).)))))))).))))))........)))))))))))))...})....)))))).....)))))))}}}.||,.{{{({.((({(((((...(((((....)))))..)))))),},}))})))))))))))))))))),|||||{{{{{,({(,({.,{({{{{|(({{..{(({{(({.{(((((((..,,.....}}..))))))))..}|},,{{{{,..{((...,..))).,,}|}|||||||||||,{||||||,,{,,,,,.|||||||||{|,||||||{(({{|..,|||{{{{({{{,,,,}}))|(((((({.({,..,|,..|||||||,,||||||{{|,...||||..|.|||||||{|.{{{{{{{(|({.{||,,,,}}.}|}|}}}}.......,({{|||{{|{||||{{{|({{({.{{{,,.|,{{.(((.....}},.{{.((((((...)))))},,((((((((({{{{{..,(({{(({,((,{{,|,,,},,)))}..(((((((((((({{{...((({{{(({.(((((((((((((........)))))))))))))...........((((((({{...((((((((({(.(((((((((............((((.((((...(((((((((.((((.....,{{,.(((((((((.(((,{(.(((((.(((.,.((,(((,.{{.(((((...}}))}.,.)),,))).}}.,))).))))).))}}},,(((((((((....{((((((....})))))}))))))))}{((...,..|||(((((({{{(((((((((((...))))))))}..(((((((.(((((((((((.(.((((....)))).,)))))......,|{,..........,},,..,((.(((((((..(((.((({,...((((((.((((((((....)))).)))))))))).)))}...)))))))))))),.))))))...)))))))........,}))))))))),((..((((...(({..{({.((((((....,(((....,..........))}....,)).)))).)))))).,))))..)))...(((((((((({.(((((((((((((,,(((((((..((((((((.{,.((((.,.((((({(,.{,(((((.......)))))(((.....))).{((..{{((((((..{((((((((((((((,{{{{(((..((((({((((.(((((.........,(({{{,.,.....},,}})))))))))|(((.((((((.(((((.((((.(((((....))).)).)))).(((.((((((((((....(((.(((......))).)))..))).))))))))))))))))))))).)))....))))).))).}.}}||((((....).)))}......)))))).)))))....)))).)))))).)).)))........,..)).))))).,.))))............{{{,...((((((((((((((((((((.((.....,......,,.)).)))))).....{((........))|(((((((((.(((...(((.(((..(((..({{{.((((((((((.((........)).))))))))))(((((((.((((({{,..{,{....{{,{((((.....)))))|||.{{{((((((((((......(((((((.,..(((((((....(((.((((((((..(((((((,,((((.....)))).}......)))))))....},)))))))...........)))....)))))))...,)))))))......)))).))))))..)))))}))))).)))))))......,,.....(((({({{{....,})),)))))...)))))))..))).)))....))).)))).))))),..............))))))))))).)))..........(((((((((((.(((((((((......,..............)))..)))))).)).)))).)))))..,))}.))))))))))))))).)).......)))))..........))),.}))))})))))))))).((((((((((..(((..((.....)).))).....(((.(((((......,.))))).)))........))))))))))((((((.((........)).))))))..,{{((,....,))))|(((((...(((({.....)))))..)))))...))))))))).......(((((((,.,((((({..(((......))).}))))))))))))||||..})).).))))))))))))).)))).(((((.{{{{((.((((..(((({(((((({,...(((((({.((({{,||||((,,,.({{{..(((((...)))))....)}}}....},.||({((.((((...))))})),,}}|,|||||,....,,,)}},.})))).})))))){||,,(((((((........))))))).}}}....|))))))}..}))}..)))).)))}))))))..{(((((..(((...))).)))))){{....,)}..||......)})))))))))}).)))))))))(((.(((,,((((((((((,,,,,,({{{.,,,.......,))}),)}}})))).))))))..))).))))}.)))))))....{{{....))))}}.)))},,,,,}))))))))))).....{((({..{{{((((((.....))))),....)))).))))).,,.............}|}})))}}..))})..((((((((((.(.(.....).).)))).)))))).((((.....)))).{((({,((((((.(((......))))))))),.)))))..}))))))))).....,,,..,..,|{,{{{{{{({{{{((((.((((....)))).)))|(.(((.((,{((((((........))))))))).))))..((((,..{||}}..}}},))))).||(((.{({.((((...)))),}.)).})|}}}.}}}}|},.}}}},..}))))}}}.,|}|||.{||||}}}}}}}}...,,,....}|||,...,})))}}|(((.....)))},,}}}|||...||||},..,||,||||,.,,,..,,...(((({.(..{(((.....)))}.},)))))...|||,||.|||||||..{{|,,,..,,,}})))))))))}}}},,,,,..,,,,,,,,..,,|{((((((......))),})))}...},)))}}))..}))))}))))),)))|)}.{((((((((...................................{{{..,{{{,.......,,,...(((.(((......))).))).,,}},((((((({....))))))))..{({({(,{{,..,,,,|}|}}}}}},)))),,}))},........(((((((...))))))))))))))),{{((({{.............,.{(({.{((....))}.}))).))))))}.{((((((...)))))))...)).
Back