Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000845.3
Sequence Length
3704 nt
GC Content
0.4571
AGCUCAGCCCCCUCAGCCCAGAGAUCAGCCACAAGUGCGGCCGCUGUGCUCGCCUCACGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGCUGACAUGGAGCUGCGGGCCCCCGGCGGGCUUCCUCACCGCGCCCUCUGCGGGGAGCAGGGAAUAAUUCUGCUACAAGGCUGAUUUCAAGGACAUGAAUUGUUGACCUCAUCCCAACAUCAGAACCUCAGAUGUUCUAAUUUUUGCACCAUUCCAGGCAAGUUGAUCUUAUAAGGAAAUAAAAUUGAACCUUAGGGGUCUGAUGGAAAUUCACUGUGACAUUCAAAUCAAGAAAACUUGCUAAUGCCCACAGAGCCUUUUCCCCAUGGGCCCUGAUGGUAGCCUCCAGAAGGUGCAGCCUCAGGUGGUGCCCUUUCUUCUGUGGCAAGAAUAAACUUUGGGUCUUGGAUUGCAAUACCACCUGUGGAGAAAAUGGUAUGCGAGGGAAAGCGAUCAGCCUCUUGCCCUUGUUUCUUCCUCUUGACCGCCAAGUUCUACUGGAUCCUCACAAUGAUGCAAAGAACUCACAGCCAGGAGUAUGCCCAUUCCAUACGGGUGGAUGGGGACAUUAUUUUGGGGGGUCUCUUCCCUGUCCACGCAAAGGGAGAGAGAGGGGUGCCUUGUGGGGAGCUGAAGAAGGAAAAGGGGAUUCACAGACUGGAGGCCAUGCUUUAUGCAAUUGACCAGAUUAACAAGGACCCUGAUCUCCUUUCCAACAUCACUCUGGGUGUCCGCAUCCUCGACACGUGCUCUAGGGACACCUAUGCUUUGGAGCAGUCUCUAACAUUCGUGCAGGCAUUAAUAGAGAAAGAUGCUUCGGAUGUGAAGUGUGCUAAUGGAGAUCCACCCAUUUUCACCAAGCCCGACAAGAUUUCUGGCGUCAUAGGUGCUGCAGCAAGCUCCGUGUCCAUCAUGGUUGCUAACAUUUUAAGACUUUUUAAGAUACCUCAAAUCAGCUAUGCAUCCACAGCCCCAGAGCUAAGUGAUAACACCAGGUAUGACUUUUUCUCUCGAGUGGUUCCGCCUGACUCCUACCAAGCCCAAGCCAUGGUGGACAUCGUGACAGCACUGGGAUGGAAUUAUGUUUCGACACUGGCUUCUGAGGGGAACUAUGGUGAGAGCGGUGUGGAGGCCUUCACCCAGAUCUCGAGGGAGAUUGGUGGUGUUUGCAUUGCUCAGUCACAGAAAAUCCCACGUGAACCAAGACCUGGAGAAUUUGAAAAAAUUAUCAAACGCCUGCUAGAAACACCUAAUGCUCGAGCAGUGAUUAUGUUUGCCAAUGAGGAUGACAUCAGGAGGAUAUUGGAAGCAGCAAAAAAACUAAACCAAAGUGGGCAUUUUCUCUGGAUUGGCUCAGAUAGUUGGGGAUCCAAAAUAGCACCUGUCUAUCAGCAAGAGGAGAUUGCAGAAGGGGCUGUGACAAUUUUGCCCAAACGAGCAUCAAUUGAUGGAUUUGAUCGAUACUUUAGAAGCCGAACUCUUGCCAAUAAUCGAAGAAAUGUGUGGUUUGCAGAAUUCUGGGAGGAGAAUUUUGGCUGCAAGUUAGGAUCACAUGGGAAAAGGAACAGUCAUAUAAAGAAAUGCACAGGGCUGGAGCGAAUUGCUCGGGAUUCAUCUUAUGAACAGGAAGGAAAGGUCCAAUUUGUAAUUGAUGCUGUAUAUUCCAUGGCUUACGCCCUGCACAAUAUGCACAAAGAUCUCUGCCCUGGAUACAUUGGCCUUUGUCCACGAAUGAGUACCAUUGAUGGGAAAGAGCUACUUGGUUAUAUUCGGGCUGUAAAUUUUAAUGGCAGUGCUGGCACUCCUGUCACUUUUAAUGAAAACGGAGAUGCUCCUGGACGUUAUGAUAUCUUCCAGUAUCAAAUAACCAACAAAAGCACAGAGUACAAAGUCAUCGGCCACUGGACCAAUCAGCUUCAUCUAAAAGUGGAAGACAUGCAGUGGGCUCAUAGAGAACAUACUCACCCGGCGUCUGUCUGCAGCCUGCCGUGUAAGCCAGGGGAGAGGAAGAAAACGGUGAAAGGGGUCCCUUGCUGCUGGCACUGUGAACGCUGUGAAGGUUACAACUACCAGGUGGAUGAGCUGUCCUGUGAACUUUGCCCUCUGGAUCAGAGACCCAACAUGAACCGCACAGGCUGCCAGCUUAUCCCCAUCAUCAAAUUGGAGUGGCAUUCUCCCUGGGCUGUGGUGCCUGUGUUUGUUGCAAUAUUGGGAAUCAUCGCCACCACCUUUGUGAUCGUGACCUUUGUCCGCUAUAAUGACACACCUAUCGUGAGGGCUUCAGGACGCGAACUUAGUUACGUGCUCCUAACGGGGAUUUUUCUCUGUUAUUCAAUCACGUUUUUAAUGAUUGCAGCACCAGAUACAAUCAUAUGCUCCUUCCGACGGGUCUUCCUAGGACUUGGCAUGUGUUUCAGCUAUGCAGCCCUUCUGACCAAAACAAACCGUAUCCACCGAAUAUUUGAGCAGGGGAAGAAAUCUGUCACAGCGCCCAAGUUCAUUAGUCCAGCAUCUCAGCUGGUGAUCACCUUCAGCCUCAUCUCCGUCCAGCUCCUUGGAGUGUUUGUCUGGUUUGUUGUGGAUCCCCCCCACAUCAUCAUUGACUAUGGAGAGCAGCGGACACUAGAUCCAGAGAAGGCCAGGGGAGUGCUCAAGUGUGACAUUUCUGAUCUCUCACUCAUUUGUUCACUUGGAUACAGUAUCCUCUUGAUGGUCACUUGUACUGUUUAUGCCAUUAAAACGAGAGGUGUCCCAGAGACUUUCAAUGAAGCCAAACCUAUUGGAUUUACCAUGUAUACCACCUGCAUCAUUUGGUUAGCUUUCAUCCCCAUCUUUUUUGGUACAGCCCAGUCAGCAGAAAAGAUGUACAUCCAGACAACAACACUUACUGUCUCCAUGAGUUUAAGUGCUUCAGUAUCUCUGGGCAUGCUCUAUAUGCCCAAGGUUUAUAUUAUAAUUUUUCAUCCAGAACAGAAUGUUCAAAAACGCAAGAGGAGCUUCAAGGCUGUGGUGACAGCUGCCACCAUGCAAAGCAAACUGAUCCAAAAAGGAAAUGACAGACCAAAUGGCGAGGUGAAAAGUGAACUCUGUGAGAGUCUUGAAACCAACACUUCCUCUACCAAGACAACAUAUAUCAGUUACAGCAAUCAUUCAAUCUGAAACAGGGAAAUGGCACAAUCUGAAGAGAUGUGGUAUAUGAUCUUAAAUGAUGAACAUGAGACCGCAAAAAUUCACUCCUGGAGAUCUCCGUAGACUACAAUCAAUCAAAUCAAUAGUCAGUCUUGUAAGGAACAAAAAUUAGCCAUGAGCCAAAAGUAUCAAUAAACGGGGAGUGAAGAAACCCGUUUUAUACAAUAAAACCAAUGAGUGUCAAGCUAAAGUAUUGCUUAUUCAUGAGCAGUUAAAACAAAUCACAAAAGGAAAACUAAUGUUAGCUCGUGAAAAAAAAUGCUGUUGAAAUAAAUAAUGUCUGAUGUUAUUCUUGUAUUUUUCUGUGAUUGUGAGAACUCCCGUUCCUGUCCCACAUUGUUUAACUUGUAUAAGACAAUGAGUCUGUUUCUUGUAAUGGCUGACCAGAUUGAAGCCCUGGGUUGUGCUAAAAAUAAAUGCAAUGAUUGAUGCAUGCAAUUUUUUAUACAAAUAAUUUAUUUCUAAUAAUAAAGGAAUGUUUUGCAAAUGUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1101.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1170.51
Frequency: 0.0000
Diversity: 988.03
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((((.(((((((..(.((((((.....(((.((((((((((.((((......)))))).)))))))).)))...).)))))).))).)))).)))(((((((.((((...........)))).))).))))(((((((.....)))))))....)))))).....(((((((....(((((.........)))))............)))))))(((.((((((.((((((.(((((((((((((..(((((.............))))).)))))((((.(((..(((...)))..)))..))))....)))))))).....((((((.((((.........)))).))).)))(((((((((.(((((((..((.(((((((((........(((..(((..(((.....)))..)))..)))......))))))))).))(((((..((...(((((((...((.....))))))))).))..)))))(((((((((((.((.((((((..((.(((........))).)).)))))).....((((((..((((((..(((((....)))))..))).)))..))))))))))))(((.((((..........))))))))))))))))))))).))))).))))...........((((.((((....((((.((((((......(((((..(((.(((((..((((.(((((((((((((((..........(((((((((((((((((((((((((.(((((..((.(((((((((..(((((....)))))(((((((...(((((((..........))))))))))))))...(.(((..(((((........)))))..))))..(((.((.......)).)))).))))))))))..))..)))..))))))((((((((((.(....((((((((....)))))))).(((((....(((((.(((((((....(((((.(((..(((....)))(((((..((((..(((....))).))))..)))))....((((((.((....))..))))))..........))).))))).))))....)))........)))))..)))))).)))))))))).))).))))))))......))))))))....)))))))))))).))).)))).....(.(((((((((((((..(((.((........)).)))..(((((....)))))..((((((((((((.((............)).))))).)....))))))...(((((((((((((((((....((((...(((((((.....(((.......))).(((((((....(((.(((((((((((((..(((..............)))..))))).((((.......))))......(((((......(((((.((..(((((.....((((((.((((((((.(((................((((...........))))....(((((((((((((.(((((((((..((((((((((((((((((.(((.(((((((((..((((...(.(((((........(((((((.((.((((.....)))).))...((((....(..((((.((((..(.(((((((((..(((..((.((((((((.((.(((....))).))...))))))))))..)))((((.((((((...((.((((((((.((((..((((.....))))..)))))))).))))..)).((((((.(((((((((.........(((((((((((..((((..(((.......)))....)))).((((..((...((((((((((......))))))..))))...))..))))..(((((.....((((.((((((((.(....((.((((.......)))).)).....).)))).)))).)).)).....)))))..)))))).))))))))))))))..)))))).)))))).)))).......((((((..((.(((.....))).))..))))))............(((.......))).((.((((((((((.((((((....(((..(((((...)))))...))).........))))))....)))))))))))).....))))))))).)....)))).))))..)...))))))))))).((((((((((((((((((....(((..(((...((((.(((((((....))).......))))))))......)))..)))...(((((((((((...))).)))).))))((((((((....))))))))..........))))))))).)))))))))............)))))))))))))..((((((((...)))))))).)))))).))))))).)))))))....((((((...(((((.(((((((..(((((..((((..((((((((((..(((((((((((((............(((((......)))))......(((...((((..((((...((((....))))((((((((.(((.((((.(((((.......))))).)..(((.....))).))).))))))))))).......)))))))).))))).)))).....))))))))))))..)))))..))))..)))))...))))))).))......))).)))))).((((((((..((((..........(((((((((....((((((((((..((..((((.....))))......(((......(((((.(.(((((((((...((.((((...(((((((((((.(((......)).).)))))))))))................((((((...((.....))...))))))..(((((((((.((((((((.....))))))))))))......................(((((...)))))......(((.(..(.((.....((((((....)))))))))..).))).......)))))(((.....))).)))).))))))))))).))))))....)))...))..)))))))))).......)))))).)))...........))))...))).)))))...(((((...((((...))))..)))))....((((....))))(((((.((((.((.........)).))))..))))).))))))).))))))))).)))..))))))))))))).))))))))....)))))))))))..))..)))))..))))).))))))))..((((....(((((((...........))))))).)))).......)))..)))))))((((.........)))).(((((((((..............(((..((.....))..)))..)))))))))......)))))))..)))).......)))))))))))))))))..))))))))))))).).((((....))))........((((((((..........))))))))))))))))..)))))))))))..))))..)))).))))...(((((..((((((..(((((........)))))...))))))..)))))....((((((......))))))))))))...)))))).)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,.(((((((((.(((((((..{.(((((,.,...(((.((((((((((.((((......))))))}}))))))).)))...}.)))))}.))).)))).)))(((((((.((((...........)))).))).))))(((((({.....,))))))....))))))..,,.((({{{{{{..{{{|{.........}||||{|,{,...},.}})))),,.{,.((((((.((((((.(((((((((((((,.(((((.........,...)))))})))))((((.(((..(({...}))..)))..))))....))))))))...{{(({{{{.((({.,,,,....)))),||},}}}{((((((((.(((((((..((,((((((((({{,,,{,{(((..(((.|{|{.,,..|||||}}|,{||,..,,.,|)))))))}.}|{{{{,..{{...(((((((..{(,,....},),))),)}))}})}}}|{({{({{{{((.((.((((((..((.(((........))).)).)))))).....((((((..((((((..(((((....)))))..))).)))..))))))}|}}||((((({((.{,.......}))))}))}))))}))))))).))))).))))....,}},..,{(((.((({....((((.((((((......{((({..{{,{(((({..((((.(((((((((((((((..........((((((((,,,({,,((((,((((.{(((((..(({(((,,,,(({{{(,|({{{{,||||(((((((...(((((((..........))))))))))))))...{.(((..(((((........)))))..)))}..(((.((.......)).))),.|,})))|)})}}..,,)))..,)))))|(((((((((,(,...((((((({....}))))))).{{{{{....{((({,{{..,,,.,,|(((((,(((..(((,...},,(((((..((((..{{{....))).)))}..)))))...,(,((((.((....))..)))))),,},,}|,..))),))}}),}}|{{...,}})}},,},}))))},,))}))),}}))})))))})))}))))),))}}....))))))))....)))))))))))).))).)))).....{.(((((((((((({||(((.((........)).))).)|.{(({{........}||||{{{(((((.((..,......,,.)).))))),)....},}}}}...{{(((((((((((((((,,,,((((,..(((((({......,,...,,..|||,((((({({{..(((.((((((({,,{{({((((,,,,{,..{{{(,,{{|,,{{,,,.((((.....,.|}}|,||.|||||||},.,..,,|||}||..,{,,{{{{{.{,,|||}((((((((,({{.,,,....,,.,,...{{((.,......,,,,,}}....(((((((((({((.(((((((((..((((({{(((((((((((.(((.(((((((((..{(({.,{(,({{,,........{{{{{{{,((.((((,...,)))).)).,,((({..|,|,.((((.((((..(.(((((((((...,{{{((.((((((((.((.(((....))).))...)))))))),.....,((((.((((((.{{((,((((((((.((((..((((.....))))..)))))))).}|}}..,|||{,,,,.{((((((((.........(((((((((((..((((..({{.......}))..,.)))).((((..((...((((((((((......))))))..))))...))..))))..(((((.....(({{.((((((((.{....{{.{(((,......,))),)).,...}.))))))})}.}}.)).....)))))..)))))).))))))))))))))}})))))..)))))).)))),......((((((..((.(((.....))).))..))))))..,,.{{{,{.,({{,......,}}.((.((((((((((,((((((...,{({..(((((...)))))...,,....},....))))))..,.)))))))))))),}},.))))))))).)....)))).)))),{|,,,|}}}}}|||||{((((((((((((((((((....(((..(((..,((((.(((({{{....}}}.......))))))))......)))..)))...{((((((((((...))).)))).)))|((((((((....)))))))),.........)))))))))}}))))))))...}}}}},,,}}}}})})))))))..(((((((,...,))))))).)))))).))))))).)))))))....{(((((...{{{{{.(((((({..(((((..((((.,(((({{((({,.|((((({{{{{{{..,.|{{,.,..(((((......)))))}}}.,.{{{,..(({{..{(({,,,(({|,,..,))}|(((((((.(((.(((|,(((((.......))))).|,.,,,.,,..}}}.})).))))))))))}...,,}})))})))}.})))),)}))}.,,,|)))))))))))..}))))..))))..)))))...))))))).)).,,,..))).)))))).,(((((((..((((..........(((((((((....((((((((((..((..((((.....})))...,..,,.......(((((.(.((((((((({..{{.(({{...(((((((((((.(((......)).).))))))))))).......,,,,.....,,,,,,.|||{,,.||}|{{,|}}|||{{(({{{{{((.((((((((.....))))))))})}}......................(((({...}))))......,,..|.}},||,....||||{{||,|}}}},}||},,},})}..,}}..,}}},{((.....))).,})}.,)))))))))).))))))....}}}..,})..)))))))))).......))))))}}))...........)))).,.)))},)))}....{{((,..{{{|...)))),,)))))}...{{((....))}|(((((.((((.((......,,.}}.))))..))))),}}))))).))))))))).)))..)))))))))}}}}.}})}}}}}..,.|||||||||||..||,,|,....,,,.,..}))))))}..{{{{....(((((((...........))))))),}}}}.......))}..))))))}{{{{.........)))}.{((((((((.{,.....,...{,,{,..,|,...,|,..,}},.))))))))}......)))))))....,,,,},.,.)))))))))))))))))..))))))))))))).}.((((....))))........((((((({..........))))))))}))))))),,)))))))))))..)))).,)))}.))))}}}|((((.,((((({..(((((........)))))...}})))),,)))),....{(((((......))))))))))))...)))))).}},
Back