Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000868.4
Sequence Length
4743 nt
GC Content
0.4094
GAGGUAGGCGCUCUGGUGCUUGCCGAGGACGCUUCCUUCCUCAGAUGCACCGAUCUUCCCGAUACUGCCUUUGGAGCGGCUAGAUUGCUAGCCUUGGCUGCUCCAUUGGCCUGCCUUGCCCCUUACCUGCCGAUUGCAUAUGAACUCUUCUUCUGUCUGUACAUCGUUGUCGUCGGAGUCGUCGCGAUCGUCGUGGCGCUCGUGUGAUGGCCUUCGUCCGUUUAGAGUAGUGUAGUUAGUUAGGGGCCAACGAAGAAGAAAGAAGACGCGAUUAGUGCAGAGAUGCUGGAGGUGGUCAGUUACUAAGCUAGAGUAAGAUAGCGGAGCGAAAAGAGCCAAACCUAGCCGGGGGGCGCACGGUCACCCAAAGGAGGUCGACUCGCCGGCGCUUCCUAUCGCGCCGAGCUCCCUCCAUUCCUCUCCCUCCGCCGAGGCGCGAGGUUGCGGCGCGCAGCGCAGCGCAGCUCAGCGCACCGACUGCCGCGGGCUCCGCUGGGCGAUUGCAGCCGAGUCCGUUUCUCGUCUAGCUGCCGCCGCGGCGACCGCUGCCUGGUCUUCCUCCCGGACGCUAGUGGGUUAUCAGCUAACACCCGCGAGCAUCUAUAACAUAGGCCAACUGACGCCAUCCUUCAAAAACAACUAAAGGAUGAUAUGAUGAACCUAGCCUGUUAAUUUCGUCUUCUCAAUUUUAAACUUUGGUUGCUUAAGACUGAAGCAAUCAUGGUGAACCUGAGGAAUGCGGUGCAUUCAUUCCUUGUGCACCUAAUUGGCCUAUUGGUUUGGCAAUCUGAUAUUUCUGUGAGCCCAGUAGCAGCUAUAGUAACUGACAUUUUCAAUACCUCCGAUGGUGGACGCUUCAAAUUCCCAGACGGGGUACAAAACUGGCCAGCACUUUCAAUCGUCAUCAUAAUAAUCAUGACAAUAGGUGGCAACAUCCUUGUGAUCAUGGCAGUAAGCAUGGAAAAGAAACUGCACAAUGCCACCAAUUACUUCUUAAUGUCCCUAGCCAUUGCUGAUAUGCUAGUGGGACUACUUGUCAUGCCCCUGUCUCUCCUGGCAAUCCUUUAUGAUUAUGUCUGGCCACUACCUAGAUAUUUGUGCCCCGUCUGGAUUUCUUUAGAUGUUUUAUUUUCAACAGCGUCCAUCAUGCACCUCUGCGCUAUAUCGCUGGAUCGGUAUGUAGCAAUACGUAAUCCUAUUGAGCAUAGCCGUUUCAAUUCGCGGACUAAGGCCAUCAUGAAGAUUGCUAUUGUUUGGGCAAUUUCUAUAGGUGUAUCAGUUCCUAUCCCUGUGAUUGGACUGAGGGACGAAGAAAAGGUGUUCGUGAACAACACGACGUGCGUGCUCAACGACCCAAAUUUCGUUCUUAUUGGGUCCUUCGUAGCUUUCUUCAUACCGCUGACGAUUAUGGUGAUUACGUAUUGCCUGACCAUCUACGUUCUGCGCCGACAAGCUUUGAUGUUACUGCACGGCCACACCGAGGAACCGCCUGGACUAAGUCUGGAUUUCCUGAAGUGCUGCAAGAGGAAUACGGCCGAGGAAGAGAACUCUGCAAACCCUAACCAAGACCAGAACGCACGCCGAAGAAAGAAGAAGGAGAGACGUCCUAGGGGCACCAUGCAGGCUAUCAACAAUGAAAGAAAAGCUUCGAAAGUCCUUGGGAUUGUUUUCUUUGUGUUUCUGAUCAUGUGGUGCCCAUUUUUCAUUACCAAUAUUCUGUCUGUUCUUUGUGAGAAGUCCUGUAACCAAAAGCUCAUGGAAAAGCUUCUGAAUGUGUUUGUUUGGAUUGGCUAUGUUUGUUCAGGAAUCAAUCCUCUGGUGUAUACUCUGUUCAACAAAAUUUACCGAAGGGCAUUCUCCAACUAUUUGCGUUGCAAUUAUAAGGUAGAGAAAAAGCCUCCUGUCAGGCAGAUUCCAAGAGUUGCCGCCACUGCUUUGUCUGGGAGGGAGCUUAAUGUUAACAUUUAUCGGCAUACCAAUGAACCGGUGAUCGAGAAAGCCAGUGACAAUGAGCCCGGUAUAGAGAUGCAAGUUGAGAAUUUAGAGUUACCAGUAAAUCCCUCCAGUGUGGUUAGCGAAAGGAUUAGCAGUGUGUGAGAAAGAACAGCACAGUCUUUUCCUACGGUACAAGCUACAUAUGUAGGAAAAUUUUCUUCUUUAAUUUUUCUGUUGGUCUUAACUAAUGUAAAUAUUGCUGUCUGAAAAAGUGUUUUUACAUAUAGCUUUGCAACCUUGUACUUUACAAUCAUGCCUACAUUAGUGAGAUUUAGGGUUCUAUAUUUACUGUUUAUAAUAGGUGGAGACUAACUUAUUUUGAUUGUUUGAUGAAUAAAAUGUUUAUUUUUGCUCUCCCUCCCUUCUUUCCUUCCUUUUUUCCUUUCUUCCUUCCUUUCUCUCUUUCUUUUGUGCAUAUGGCAACGUUCAUGUUCAUCUCAGGUGGCAUUUGCAGGUGACCAGAAUGAGGCACAUGACAGUGGUUAUAUUUCAACCACACCUAAAUUAACAAAUUCAGUGGACAUUUGUUCUGGGUUAACAGUAAAUAUACACUUUACAUUCUUGCUCUGCUCAUCUACACAUAUAAACACAGUAAGAUAGGUUCUGCUUUCUGAUACAUCUGUCAGUGAGUCAGAGGCAGAACCUAGUCUUGUUGUUCAUAUAGGGGCAAAAAUUUGACAUUGUCAGAAUGUUGUGUUGGUAUUUACUGCAAUGUCUGUCCCUAAACAUAGUGGUAUUUUAACAUAGCAGCUGGUUAACCGGGACUACAGAAGUGGAAGGAUAAUGAGAUGUAAUACACCAAAUAGCUUUUCACUUCUUAAGGACAGUGUUCAAAUUCUGAUUAUUACAACAAGCAAACUGAAAUUAGUGUUUUCAUUCUGGUCCUUAGUAAAUUCCUAAUUCUAUGAUUAAACUGGGAAAUGAGAUCCCAGAGUUAUUUCCCAACCCAGGAUUCAACAUCAAUUGGGUUUUGAUCUCAGCAUCCUGGAAAUUUGUGUGCUUCACACAAAGUGAAAUUAGUAUUUUGAGCCUUAUUAAAAUAUUUUCUUAAUUAUGGUACCUCUGUCUAUAGGACUUAAUUUAGCAGUCCAUUUUUGAGUAAAACUUGUAUUGGAAGUAUAGAUGGUAGAAACUUUGGAAGUUUUACUUGAUUAAGGACUACAGAAUUGGGCCCUUAGAAUGUGAAAAAAAAAAGUAAUUAAAAAGACACUUUUACCGAACUCGGGAUUACAGAAACACGGAGUUUCCAUUUGGAUUUUAAACAAAAUUUAUGUCAUUUUCAGAUCCUUCCAAACUCUCUAGUGCAGGAAAAGGCUGCAGCUAAUUUGUGAAAGUGGCAAGCUCUUCAUUGCACUGCAGUUAUUUACCAGAAGUUUAAAUCUUUGUUAAAAUAUAGUGUUGUGUUACAAUAAGUGUUGGCCAUCAUUUCAUUCGUGGGCCUGCUGCUCUCUAAGAAUUCAGUAGCAUUUUAAUAGUUUCUAAACCAUGAAAAGUUUUCAAGCAUUGCUAAAGUCAGGCCAUUCAGUCUAUGCUGUGUGCAGAGUAUACAAGUGUUUCUAGUAACAGUAUUUCCAUACGUGCCCAUUUCACACAACUGUGGAUAAAUUUUGGAAGAAUUCAUGAUGCUAGUUCUUACGCUUGACAGUUACUUACACACCUGAGAAUGUGCCUCUCAGUAUCUUAAAAUUGGUUAAUGAAAAAUCUGAAUUUCUAAAACCCUUGGUCUGUGUUCUCAACACACAGUAUAGAUAAAUCCAAUAGUCUGCCACAAGGGCAGUGGAAGAGCUGCUGUAUUUGAGGAAACUCAUACAGUCUCUAUUUGAUUUGCAACACUGCCAAACAUCAGUCAAUUGCUUGAGCAUGCCCAAAUAUAACAUGAAAGUCAAGUCUACCUGCCUUGCCUGUUAGGUCUGUUGAAGUGCAUGUUAAAAUAAUUAUAUGAAGCAGAAUGAGAUGAUUUAAUUCUUACCGAAAUGAAAAUGGCUGAAGAAACACAGCAUGCAUUUAGCAUGAGUUCUGCACAUACAGAUGGUGUCCUGCAUGUAUGCCAUGUAUGUUGCAUGAAUCCAUCGAUUUGUAUUAAUGUAGGGCAGAAUAGCUGAUAGAAGAAGGACUGAAGAAAAUCCUUCAGCAAUCCUUAAAAAGACCAUGCAUUCAGAUCUGAAGUAGUGUGAGUGUUAGAAAAAACUGGAAACAUCUGAUUUCUGAACUAUCAGGGCAAGCUCAUAGCACAUGUUUUACAAAGAAACAAAAUAUAAAUCACAGAUUUCCAAAAGUACUAGCAAUAAGUUGAAUGAUAAUAGCUCACAGCACAUUUGUUAAUGAUUCUUGUGUCAUCAAGUAGUAGUACUUAAUAGUACCCAACCUGGUAAUUAUCCUCAAGUUGUGUGCUAUUCGUAAGUUCUGUGCAGUUUGGUAUGAAACAAAUAUACUCAUUUGGAUAUAAAUCUUACCCUUCAAUGUUAAAUCUACAAACUUUUAUAAAUGUUUUAAAGAAGUCCAUGUGAUAAUUGUAAAGGUGAUGAAUUUACCAUCAAACAAAUCAUUUUGAUGUAUUAUUAUAUAUGUAUAUCUGUGUAAGACACGUGCAACAGACUGCCUUAUAUUAUUUUCUGUAAUUCUUCUCCUUUGUCAAAUGGUAUUUUUUGUGAAUGGUUGCAAAGUGUUGUCUUAUUCCUAAUUCCUGUAUGUUAUCCACUACAGGUUUUAUGAGACUUCCUAUUAAUUUAUUAAAUUUAUUAAAUGUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1372.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1464.04
Frequency: 0.0000
Diversity: 972.43
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((....)))))))))(((((........)))))...(((((((.((.....(((((((((..((((((((((((..........))))))))))))..)))((((..((((....(((((..(((.(.((((((((........(((....)))..((((((((..(((.((((((((...)))))))))))(.(((.((((((((.........)))..(((((((..(((.((.((.((((.(((...........(((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((...........((((((.....(((((((((((...((((((((.((((((((.((....(((((..((...((((((((........)))))).)))))))))...((((.(((((....)))).).))))..((((((.(((((...((((......))))...(((.(..((((((((.((((........)))).))))))))..)..)))..))))))))))))).))))).)))........))))))))..(((.((((((...........)))))).))).........(((((((((.......(((((((............)))))))....((((((..((......))..))))))((((((..(((..(((.(((((((((.......))))))))).))))))..))))))....(((((((.........)))))))...))))))))).))))))))..))).....))))))............)))).)))))))))))........))))))))((((((((((((........((((((((((((((((..(((((((.((....((((((............((((((((..((((((((((....))).....(((((((...............))))).)).)))))))..............(((((((((.((.......))))))..)))))...))))))))....((((......)))).......))))))..)))))))))...........))))))))))))))))............(((........)))))))))))))))))).)))))))))).)))))(((.((((......((((((((((((((((((((((((.((((((....(((((((((......(((((((.((((((((........)))))))).))).)))).....((((((.(((........)))...))))))...........)))))))))......)))).)))))))))..(((((((............)))))))..(((((((............))).))))..)))).))))))))))))))))))))))).))))..)).))))).(((......))))))))))))))))))).(((((....((((((...))))))..)))))...((((.((((((((((...((..((((((((((..((((.................)))).........((((((((..((((((((((........(((((((((..............((((.(((((.((...((((((((...))))...))))...)).)))))..)))))))))))))(((((((((....((((.......))))....)))))))))..........(((((...(((...(((((..((((.((((((...(((..((((......(((..(((((...((((.(((((.....................))))).)))).)))))..)))..(((((.(((......))).))))).....)))))))...)))))).))))...)))))....)))..)))))....(((((((((..(((....(((((((.((((..((((........)))).))))......((((((....((((((...(((((((...(((..((((((((...............(((..(..(((((((((.((..((((..((.(.(((((...........))))).)))..)))).)).))...)))))))..)..)))))))))))..))).....))))))).(((((((.((((((((......(((((.((.((((....)))).)).)))))...(((...(((((...)))))...))).)))))))))))))))..)))))).....)))))).(((.(((((((........))))))).))).(((((...)))))))))))).....)))..))))))))).)))))))))))))))))).)))))))))).....))...)))))))))))))))))))))))))))))).)))).)))))))))...))))..((((((((((((((((......((((((.......))))))(((((....(((((((((....)).))))))).))))).....(((((.......)))))..(((((((.((..................)).)))))))((((((((((((.(((((.(((......))).)))))))))))))))))(.((((((((..(((...(((.....(((((((((((((....(((((((((((....((((((.((((.((....)).)))).))))))..))))))))))).((((....))))..((..((((((((((((....((.(.(((...)))))).....))))))))))))..))))))))).)))))))))...))).)))))))))............))).))))))))))))).((((.......))))..((((((((((..((((((((((..........))))))))))..(((((((.(...(((((.......)))))....).)))))))...((((((((...))))))))..((((...(((((((((......)))))))))))))))))))))))...(.(..((((..((.((((((((.(.(((((.(..(((((((((((((.((..(....(((.....)))....)..)).)))))))))))))..).))))).).))))))))))..))))..).)......((((((............)))))).(((....)))(((((((((((..(((((((((((..((((((((....))))))))(((((((((((.(...............((((((((.......))))).)))...).))))))))))).((........)).((((((((((((...(((........))).(((((((.....((((((((((..........((((((((((((((((((.(((((.(((((((............))))))).........((((........))))....(((((((((((((...((..(((......((((((((((((((..(((.((((((((((..((((((.((...((((((...........((((((....)))))).......))))))......)).)))))).....)))))..................((((((.......))))))............((((...((((........))))...)))).......))))).)))..))))))))))))))...((((.....(((((.....)))))))))((((..((((((..((((....)))))))))))))).................)))..))...)).))).))))))))...)))))....(((((((....((((....(((((.(......).)))))...))))....)))))))..................)))))))))).((((.(((.....))).)))).))))))))...))))))))))...)))))))...((((((((.((((((((((..((.((((..(((((...))))).)))).))..)))))....)))))...)))))))).))))))))).)))...(((((((((((......))))))...)))))...........(((((((.((........)).)))))))..........))))))).))))....((((....))))((((..((....((((.(((((((((.(((.(((..((((((((((((((((((...((((((((......(.((((.(((((..((.(((.((((....))))..)))..))..))))))))).)..))))))))((((((((.((((.(((.........))).)))).)))))))).(((((...(((.(((...((((((.......))))))...))).))).....)))))...................((((..........))))....))))))..)))))).........(((((.....)))))((((((........))))))......)))))).)))...))).))))))))).))))...))..)))).........))))))))))).................))))))......)).))).)))).((.(..((((((....(((..((((((.((.....))))))))..)))))))))..)))............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((((((....)))))))))(((((........))))).,,({{{{{{,{{,....{{{{,,(((..((((((((((((..........})))))))))))..)))((((..((((....(((((..(({{(.((((((((.,,{{{{{(.({{...,.,{((((((({{,(((.((((((((...)))))))))))..|}))}|{{(({,,,,...{{,,{.,.,|.}}|,,.,,,.}))))}}}}}}}},}}},}}}}}}.(((((((((((((((.((({((((((((((((((((((((((.......,...((((((.....(((((((((((..,((((((((.((((((((.((....(((((..((...((((((((........)))))).)))))))))...((((.(((((....)))).).))))..((((((.(((((...((((......))))...(((.{..((((((((.((((........)))).))))))))..,..)))..))))))))))))).))))).)))........)))))))).,(((.((((((...........)))))).))).........(((((((((.......(((((((..........,.)))))))....((((((..((,....,))..))))))((((((..(({..(((.(((((((((.......))))))))).)))}))..))))))....(((((((.........)))))))...))))))))).))))))))..))).....))))))............)))).)))))))))))........)))))))}((((((((((((........((((((((((((((((..(((((((.({....,,,,((.{{,{{,.....((((((({..((((((({{{....|||,....((((({{...,...........})))).}}.))))))).,,,..........(((((((((.{{.......,})))),.)))))...})))))))....{(((......)))).....,,))))).,})}))))))).......,...)))))))))))))))).........||,{{,........}}}))))))))))))))).)))))))))).)))))(((((.(((..{..((((((((((((((((((((((((.((((((....(((((((((....(((,,,{{(.((((((((........)))))))),}}}.}||.|.(({(((((.{((,....}}}.)))))}),},))........}}})))))))))......)))).)))))))))..(((((((............)))))))..(((((((............))),})))..}))).)))))))))))))}..)))))))},{,,.{{|{,|{,{,.||.....}}}}..})}}|}|||||,,,.(((((...,({((((...))))))..}))))...{{((.((((((((((...((..((((((({((..((((.................}))}.........(((((((({,((((((((((........((((((((({{{{{...,,({{(,,,((((((({,,,{{,{,,,,,,,,.))),,.)))))))),))))}})).},.))))))))))(((((((((....{(((.......}))}....)))))))))........,,(((((...(((...(((((,{((((.((((((...(((..((((..,,{,{,,,,(({,,...{(({.{((((.,.....||,...}}}.....))))).)))).,|||||,,,|,,,((((.,,}}},...,,}})}}))}},..)))))))...)))))).)))).,.)))))....)))..))))),...(((((((((...{{.{,.((((((({(((({,(,,,.,,,..,})))),||||......((((((..,,((((((...(((((((,,.{((..((((((((.{,............{{(,,{,,(((((((({,({..((((..((.(.(((((.........}.))))).)))..)))).}},),..,))))))).,).,))}})))))))..)))..,.,))))))}.{(((((,{((((((((......(((((.(({((({...,)))).)).)))))...(((...(((((...)))))...))).))))))))))))))}..)))))).,,..)))))).|{{.(((((((........))))))).))},{{{{|,,,}}}},}}))))).}}..,.}..))))))))).)))))))))))))))))).})))))))))))}).}},}.)))))))))))))}.,})},.,)))))))).)))).)))))))))...))))|.((((((((((((((((......((((((.......)))))),{{{,....,{{{{{(((,,,,||,|}}}|}|,|}}}}...,,(((((.......,}}}}..(((((((.({............,{,...}|,|||||||(((((((((({{((((((.(((......))).)))))))))))))))))|}||||||||..,||},|||},,..,{(((((({{{||{,,..{((((((((({.,..((((((.((((.,{....,,.)))).))))))..))))))))))).{{{{....)))),.|{..((((((((((((....(,.(.(((...)))}},..,..))))))))))))..)))))))))}}))}}}})),..,,,.}}}}}}}},...,,,....,.))))))))))))))))),|{{{,,,,,..,,,,..((((((((((..((((((((((..,,...,,.))))))))))..(((((((.{...(((((.......)))))....,.)))))))...((((((((...))))))))..(((,..,(((((((((......)))))))))))))))))))))))...,.{..((((.,((.((((((((.{.(((((.{..(((((((((((((.((..(....({(.....}))....)..)).)))))))))))))..}.))))).}.)))))))),)},))))..}.}......,{{{{{.........,..}})))}.{{{....}||(((((((((({..(((((((((((.{(,,,((((.,,{|..,|{{{{{,,,,(((((((({,,,,.........(((((((({,,..(((({{.(((.........,))),)),,))}.})}.}))))))}(({((((((....{{,,......,}},{((((({.....((((((((((.,.....,,,((((((((((((((((((.(((((.(((((((............))})))}.........((((........)))}....,((((((((((((.,.((.,(({......((((((((((((((..(((.((((((((((..((((((.(({,.((((((....{......{{{{{{....}))))).......)))))}.}}...)).)))))).....)))))}}.,.{,.....,,....((((((.......))))))............((((...((((........))))...))))....,,.})))).)))..))))))))))))))...((((.....(((((.....)))))))))((((..((((((..{(((....))))))))))))))..,||,,,.,}}....,))}..}}...)).})},})))))))},.)))))....(((((((....((((....(((((.(......).)))))...))))....)))))))..................))))))))))}|{{{.{((.....))}.)))}.,)))))}}...))))))))))...})))))).,.((((((((.((((((((((..((.((((.,(((({...))))).)))).))..)))))....)))))...)))))))).}}}}}}}}}...,...(((((((((((......))))))...)))))...........|||{||,}|}}}}}}}..})})))))))},}}}..,,.))))))).))))....{(({....))))((((..((....((((.(((((((((.(((.{({..,(((({((((((((((({...((((((((.,....,.(((,,(((((..((.(((.((((....))))..)))..))..))))))))).}.,))))))))((((((((.((((.{((.......,},}}.)))).)))))))).(((((,{.(((.(((.,.((((((.......)))))).,.))).))).....))))).......,{,.......||{,((,{{,.,,,..,,}},,.,)))))}..))))))..}}},,..|{(((.....))))|{{((({........))))))|,,...,})))).)))...))).))))))))).))))...))..)))).........}))))))))))},....,.,,,.,,,,.})}}},..,,,.)).}))}}))),||.{..((((((,...{((..((((((,(,....,)}))))))..)))))))))..)}}....{{{,{.,,....,,.}}},,....
Back