Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000893.4
Sequence Length
2093 nt
GC Content
0.4482
AUUUAACCUUUGGGAACAAGGCAACUAGCGUCUGGCAGCAGGAAUCCAACCAGUGCCCUGAGUUCUGAGGCAGAGAGGAGGACAGAAGAAACAAGAGGCUGGAGAUUGUCAAAUUCAGUAUCCCAGUUGGCUCUUGAUUCUUGGUGAAACCAUCCCUCAGCUCCUAGAGGGAGAUUGUUAGAUCAUGAAACUAAUUACCAUCCUUUUCCUCUGCUCCAGGCUGCUACUAAGUUUAACCCAGGAAUCACAGUCCGAGGAAAUUGACUGCAAUGACAAGGAUUUAUUUAAAGCUGUGGAUGCUGCUCUGAAGAAAUAUAACAGUCAAAACCAAAGUAACAACCAGUUUGUAUUGUACCGCAUAACUGAAGCCACUAAGACGGUUGGCUCUGACACGUUUUAUUCCUUCAAGUACGAAAUCAAGGAGGGGGAUUGUCCUGUUCAAAGUGGCAAAACCUGGCAGGACUGUGAGUACAAGGAUGCUGCAAAAGCAGCCACUGGAGAAUGCACGGCAACCGUGGGGAAGAGGAGCAGUACGAAAUUCUCCGUGGCUACCCAGACCUGCCAGAUUACUCCAGCCGAGGGCCCUGUGGUGACAGCCCAGUACGACUGCCUCGGCUGUGUGCAUCCUAUAUCAACGCAGAGCCCAGACCUGGAGCCCAUUCUGAGACACGGCAUUCAGUACUUUAACAACAACACUCAACAUUCCUCCCUCUUCAUGCUUAAUGAAGUAAAACGGGCCCAAAGACAGGUGGUGGCUGGAUUGAACUUUCGAAUUACCUACUCAAUUGUGCAAACGAAUUGUUCCAAAGAGAAUUUUCUGUUCUUAACUCCAGACUGCAAGUCCCUUUGGAAUGGUGAUACCGGUGAAUGUACAGAUAAUGCAUACAUCGAUAUUCAGCUACGAAUUGCUUCCUUCUCACAGAACUGUGACAUUUAUCCAGGGAAGGAUUUUGUACAACCACCUACCAAGAUUUGCGUGGGCUGCCCCAGAGAUAUACCCACCAACAGCCCAGAGCUGGAGGAGACACUGACUCACACCAUCACAAAGCUUAAUGCAGAGAAUAACGCAACUUUCUAUUUCAAGAUUGACAAUGUGAAAAAAGCAAGAGUACAGGUGGUGGCUGGCAAGAAAUAUUUUAUUGACUUCGUGGCCAGGGAAACCACAUGUUCCAAGGAAAGUAAUGAAGAGUUGACCGAAAGCUGUGAGACCAAAAAACUUGGCCAAAGCCUAGAUUGCAACGCUGAAGUUUAUGUGGUACCCUGGGAGAAAAAAAUUUACCCUACUGUCAACUGUCAACCACUGGGAAUGAUCUCACUGAUGAAAAGGCCUCCAGGUUUUUCACCUUUCCGAUCAUCACGAAUAGGGGAAAUAAAAGAAGAAACAACUAGUCACCUAAGGUCCUGCGAGUACAAGGGUCGACCCCCAAAGGCAGGGGCAGAGCCAGCAUCUGAGAGGGAGGUCUCUUGACCAAUGGGCAGAAUCUUCACUCCAGGCACAUAGCCCCAACCACCUCUGCCAGCAACCUUGAGAGGAAGGACAAGAAGAAAGAUGGGAUAGAAUUUAAAUAGAGAAGAAUGCCAUUUUAUCACUCUGCCUCUGGGUGAAAUAAAGAUCAGUCUUGAUGUUCUAACUCUAAUUCACAGUGGUCUCCUUUCAGCCCUACCCAUUCUGCAGCAAAUUCCAGCUGGUCAGAGAGUCAGUGCUGUGGCUCUGCCAUGGAGGCUCAUAACCCAACACUGGAACAUUCCCUAGCCAAGGCAGAAGUCCUUAGGCGGGACUUCCUUACCACCACGGGUGCUAAAAGAAGAGUUAGUAGGUCAUGCUUCUACCAGUAAUCUAAGGACUCUCUCCUUCUCUUCUUCCUCUUUCUCCAGAUUUCCAAGCCUUAGCUAAGAGUAAUUUGGCUUGUUUAGUAUUGUUUUCUUAUGGUCCAGUUAAUUACCAAAAAUAUUUUUAAAAUCAUCUCUGUUAAUAGAAUGUCUACCAACUUCUCACUAUCAGAAAAUACUCAACCUCCAAACAAUUUGAAAUUAUCUUUCUGAUCCAGGUAAAGAAGCAAAUUGAAAAUCAAUAAAGUAAAAAGUGACGGAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-573.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -611.09
Frequency: 0.0000
Diversity: 659.42
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((...((((((((.((....((((((..(((((.((.......)).(((.((((.((((((.((((((((((((((...(((((.(((((((((((.(((.............))))))))...)))))).)))))(((((.....((((((........))))))((((....))))..........))))).))))))).))))))).)))(((.......)))..))).))))...)))(((((..(...((((....))))..)..)))))........))))).))))))(((.(((((.((((.(((.((((................((((((((........))).))))).(((((((.....)).))))).))))..))).)))).))))))))..((((((.(((((((((((((((((......)).)))))...((((((((.(((.(.(((......((((.....))))(((((.(((((((.(((((...))))).......(........)...))))))))))))))))))).))))))))....(((.....)))((((((((((((..((((((((((((((..((.((((.((((.............)))).)))).))...(((.((((...(((((........)))))................................((((((.....))))))......)))))))......(((((.(((((((..((((.((((.......(((......)))....))))..))))....((((((.....))))))...(((((.(((((((((...((((...((((....(((((.(((((.......))))).))))).........((((((.(.(((((((.(((((....))))).........))))))).).))))))....))))..))))))))))).(((((((.....................))))))).)))))))((((((((((((((.............((.....))..........((...(((((((((((....))).)))).))))...))..))))......(((((((((.........(((((((..(((((((.((((((..((((((((.....((....(((((..((............(((.((.(.((((.....))))))).)))))..)))))....))......)))))))).))))))..............(((.....................))).((((((.....(.(((((((.((....))))))))).).....)))))))))))....))..)))))))..........)))))))))((((((..(((........(((......)))...((((((((((((.......)))).(((((((((.(((.(.((....)))))))))))).)))..(((.....))).......)))))))).)))))))))((((..((((((..(((((((((((.((...................)).))))))).((((((.......))))))............))))..))))))..))))......)))).)))))).))))))))))))...((((((((........))))..)))).)))).)))))).)))).((((.((((((........(((....))).......)))..))).))))((((((((.....)))))))).....))))))))).)))...(((((((...(((((.......))))).........(((((.....))))))))))))))))))))))...))))))((((((...(((...))).....))))))....)).))))))))....)))................................(((((((((.((((...))))....(((((.((((((((((((((.((((............))))...))).))))))))...)))..)))))...(((((...)))))...........)))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....{{({,,((({{({(,((...,{((((({{(((((.,(,,{{{..,|{{{{.{|||,{|{(((.((((((((((((((...{((((.(((((((((((.{((((.......))},,)))))))...)))))).))))|(((,..}}}.((((((........))))))((((....})))..........,,,,,.)))))))}})))))).)))|||||,....|||....|{|,||..,,,{{(({|..|,..,|||}}|}},,}..,..))))},.......)))))})))))}|{{.(((((.((((.{((.((((................((((((((........))).))))).(((((((.....))}})))).))))..))).)))).)))))}}}..{,,,{{.,(((((((({{((((((.,,,..}},)))}}...((((((((.(((.(.({{......{(((,,...}))|(((((.(((((((.(((((...})))}.,...,.|,.,,.,..,...}))))))))))))}}}))).))))))))....((({{{..,,|(((,((((({((,,(((({((((({{{||,,,.||||}|{||,........,,..))))}})))|,|..||||||{||,,}|||||....}}},}))}},.......................,||,||,,((((((.....))))))......)}}}}}},,}...((((({((((((({{(({{.{||{..,{,,,,,,....,,||,...,)))},,)|||,,,,((((((.....)))))}..,{{{{(,{{{{{{{|{.,,||||,,.({((|{,.(((((.(((((.......))))).))))).,}},.,|.((((((.(.(((((((.(((((....))))).........))))))).).)))))),..,)))),.))}})}))))),(((((((.....,.,......,,.....))))))}.}))))))){{{,{{{{{,|||..,,,.{{,,...((,,..,}},{{({,....,,...,||||,{{{{{..,.})}.,,))})),,...||,.||||,{.,{{(({(({((({,,{.......,,.{({{(,,,{(({((((((..((((((((,,{...{|...{{{((..((.((((.,,,...{{{.((.{.{{{{.....))))})).)))}}..}}}}),,,.))...,..)))))))).))))))...,......,,,.,||,,,.}}}},.,,,},.,,,,|{{|{((({((..,..{.(({,,,((((,,,,}}|}||||}.|,,,,,}}}}}},.}}}..,||}|}},....,,..,......,},,||{{|,..|||(((((........(((....}))}.....}}}))((((((({{{{{{.{((,{{((({(((,{{,.|,||...,||||||,|}}}}.}}}|.(((.....))).......|||||}||{||..,}},,||||,.{||{{,.,||{{(((((((.((....{{{.....,},....)).))))))).{{{{||,,,,,..||}|||,,...,,,,,,.}}}|,,}}}}}}..}}}}...}},,)})))))),,}))))})))}})),.||||{{(((........)))),.))))),}))})))))}.))))}}))|.|||}||},......{||....)))}.,,,}})),.||}|.})},{(((((((.....))))))))....,))))))}})})))..,(((((((,,.{(((({..,{{{,,,,,.}}},,,}}|{{||,,...))))}))))))))}})}}})))|||)}}}}}((((((...|||...}}}..,..))))))....)).)))))))),...))),,,},....,,,,...................(((((((((.((({...}))}....(((((.((((((((((((((.((((............))))...))).))))))))...)))..)))))...(((((...)))))...........)))))))))
Back