Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000900.5
Sequence Length
1650 nt
GC Content
0.3727
GUAGGAGCCUCUCUCCCUACUGCUGCUACACAAGACCCUGAGACUGACCUGCAGGACGAAACCAUGAAGAGCCUGAUCCUUCUUGCCAUCCUGGCCGCCUUAGCGGUAGUAACUUUGUGUUAUGAAUCACAUGAAAGCAUGGAAUCUUAUGAACUUAAUCCCUUCAUUAACAGGAGAAAUGCAAAUACCUUCAUAUCCCCUCAGCAGAGAUGGAGAGCUAAAGUCCAAGAGAGGAUCCGAGAACGCUCUAAGCCUGUCCACGAGCUCAAUAGGGAAGCCUGUGAUGACUACAGACUUUGCGAACGCUACGCCAUGGUUUAUGGAUACAAUGCUGCCUAUAAUCGCUACUUCAGGAAGCGCCGAGGGACCAAAUGAGACUGAGGGAAGAAAAAAAAUCUCUUUUUUUCUGGAGGCUGGCACCUGAUUUUGUAUCCCCCUGUAGCAGCAUUACAGAAAUACAUAGGCUUAUAUACAAUGCUUCUUUCCUGUAUAUUCUCUUGUCUGGCUGCACCCCUUUUUCCCGCCCCCAGAUUGAUAAGUAAUGAAAGUGCACUGCAGUGAGGGUCAAAGGAGAGUCAACAUAUGUGAUUGUUCCAUAAUAAACUUCUGGUGUGAUACUUUCAUCUUGUAAAUCUGCUUUCUUUUGGGAAGAUAUUGAGAUAUUUAAAUCAUGGCCCACCUUACCCAAAAUAGGAGAUUCUGUUCAUCUCAUAUCUAGUAUUAAUUAGAAAAAUAACUACAUAAAAAGAAGGAAGCUAAGAAGGCACUCACUCAGCCAUAAAUUCUCUAAACCCUCUCUACCUUGGAAUCCGUGAAUGGAAUCUGGUAUGUUUUUUGCAGGAUUUUCCUAUUGUAAAUUGUGGCAAAUACAGGGCUCCCUUCAUUUGCUUUUCAUCUCUUAUGCAUCAAAGUCAAAAACAUUUCUGAAUCAAGAUAAUCUAGAAGAGAAAAAAGGAGGAAAAGGAAAAGAGAAAGCAGAAGGGACAAAUAAAAGCAAUUGGCAAAAACUGUCAAUAAUAGUUUAUACACUUAACUAUAUCAAUAAUCACAUUAUAUGUAAAUAGUCUAAACAAUCCAAUUAUUUUUUACUUCUACUUAUGUUAUAUUUUUACUUCUACAUUUGUUAAAGGUUCCACGCUACAUUUUUACUAUUCUUGCUUUAAAUAAUUUUAAUAAUUUCUUUUAAAGUUUAGAUAAUAAGAAAAUAUCCCGGGCCAGGCACAGUGGCCACACCUGUAAUCUCAGUAGCCAUGACCAUACCAAUGCACUCCAGCCUGUGAAACAGAGUGAGACUCUGUCUCUACAGAAAAAUAAAAAAGAAAAGAAAGAAAAGAUCUCAUAUAUUUACCCAUGUAAUUUUCAUUUCCUGUUUUCUUCAUUCUUCUUUCCAUCUGGUGUCACUUCCUUUCUGCCUGACGACUUCCUUUAACGUUUUUUAUAGUUCAGGUCUGCAGGAUUCUUUAAGUUUUGUAUGCUUGUUUUUAUUCUUGAAAGAUAUUUUCACUGUAUAUUGAAUCCCAAGUUGCCACGUUUCUUUUAAUUAUUUUAAGGUAUUCCACUGAAUUCUAGCUUGCACAAUUUUUCGAUAUAAAAUUUGUUGUAAUUCUUACCUUUGUUCCACUGUGUAUACUGCAUCUUUUAUCUCUGGCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-364.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -395.49
Frequency: 0.0000
Diversity: 342.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((.............))).))))(((((((...((((....(((((((..(..(((.(((((((((....((((((((((..((((((((((....))))).(((((.....)))))((.((.((((....)))))).))..(((((.........)))))...))))).....)).....................(((((((((((((((....((((......))))..(((....)))..(((((((((((((...((((((((((((((((((.((((((.......((....))...(((((((((((.((((((((((((((((.....((((.((...)).))))((..((............))..))..(((((((((.....)))))))))..)))).)))).......)))))))).......(((((...(((((((((.(((((....................))))).)))).)).)))...)))))......((((((((....((((((.(((((..((((((((((((..(((.(((.......(((((((((.......))))).))))........))))))..))).)))))))))))))).))))))........))))))))............))))))))))).........((......))(((((((((((((......((((((....)))))).....................(((..(((((..(((.........)))........................)))))..)))))))))))))))).))).)))..))))))).)))))))))))....)))))).....))).))))..........))))))))))))...)))................(((((...((.(((...))).))..))))).))))))))(((((((........((((((((((............(((((((.....))))))).((((((.........))))))..........((((...))))(((((((............))))))).........((..((((...............))))..))....((((....(((((.((((((.((((...((((((((.((((.....))))...))))))))...)))).)))))).........(((((.......)))))...............)))))...))))((((((..((......))((((((.(((((((...))))))).)).)))).........((((((((..(((((((............((((....)))).............)))))))..)).)))))).....))))))....))))))))))........)))))))...))))))))).)))..)..)))))))..))))...))))))).(((..(((...((((((((((((..........(((..(((.....)))..)))......)))))))).........((....))...))))...)))..))).........((.((((((..(((.(((.....((((..((...))..).)))))).)))..)))))).)).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((.....}},,,))).||,{|||,(((((((...((((....(((((((,.(..(((.(((((((((....(((((((({{..{{{{{(((((....))))).{((((.....)))}}((.((.((((....)))))).)}..{{({{.........})))}.,.}|||}{,.,{|,|,.....,,}},.}}.,,,..{{(((((((((((((.,,.((((......))))..(((....)))..{((((((((((((...((((((((((((((((((.(((,{((((.,..(({...,,..}}|,,,,((((((((((....{(((.(((...........,..})).)))}((((((......{{((((.{(({{({,,,,....,{((((({.{(({..,((((..(({.(.((((((.(((((.....{{.(((((...{((((((((.(((((.....,..............}}))),)))).))}}))...))))),.....((((((((....((((((.(((((..((((((((((((..(((.(((.......((({(((({.{....}))))).))))........))))))..))).)))))))))))))).))))))........))))))))....,.)))))..)))))).))))..)))}..,.}))}.))))))))}}.})}}))))}}.((((((....)))))).................{{{{((......(({{(((.........))).....}))).....,))),},}.}))))).})))))))))})}.)))),}}.)))..))))))).)))))))))))....)))))).....)))))})).......,,.))))))))))))}..}))......,,........{((((...{(.(({...})).))..)))},.})))))))(((((((........((((((((((............(((((((.....))))))).{(((((,,.......}))))}....,,,,,...|}}}},}||{,{||||..,,........,,,,}}.,,,,|,,..((..((((...............))))..))..},((({....(((((.((((((.(({({,.((((((((.{(,{.....}},,...))))))))..,)))).))))))........,(((((.......))))).....||........)))))...)))),{{{{{.,({......|,((((((.(((((((...))))))).)).)))).........,((((({({{(((((((.{........,.{(((....))))...........,.)))))))..}),))}))}.....))))))....)))))))))).,......)))))))...))))))))).)))..).,)))))))..))))...))))))).{((..(({...(({(,(((((((.,,.,,,...(((..(((.....)))..)))...,..}}}))))}........,({.,..}}...))))...)))..))}.........((.((((((..(((.(((.....{{{,...,....,..}.)}}))).)))..)))))).)),))}.
Back