Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000903.3
Sequence Length
2521 nt
GC Content
0.4383
ACACGCGACUCCCACAAGGUUGCAGCCGGAGCCGCCCAGCUCACCGAGAGCCUAGUUCCGGCCAGGGUCGCCCCGGCAACCACGAGCCCAGCCAAUCAGCGCCCCGGACUGCACCAGAGCCAUGGUCGGCAGAAGAGCACUGAUCGUACUGGCUCACUCAGAGAGGACGUCCUUCAACUAUGCCAUGAAGGAGGCUGCUGCAGCGGCUUUGAAGAAGAAAGGAUGGGAGGUGGUGGAGUCGGACCUCUAUGCCAUGAACUUCAAUCCCAUCAUUUCCAGAAAGGACAUCACAGGUAAACUGAAGGACCCUGCGAACUUUCAGUAUCCUGCCGAGUCUGUUCUGGCUUAUAAAGAAGGCCAUCUGAGCCCAGAUAUUGUGGCUGAACAAAAGAAGCUGGAAGCCGCAGACCUUGUGAUAUUCCAGUUCCCCCUGCAGUGGUUUGGAGUCCCUGCCAUUCUGAAAGGCUGGUUUGAGCGAGUGUUCAUAGGAGAGUUUGCUUACACUUACGCUGCCAUGUAUGACAAAGGACCCUUCCGGAGUAAGAAGGCAGUGCUUUCCAUCACCACUGGUGGCAGUGGCUCCAUGUACUCUCUGCAAGGGAUCCACGGGGACAUGAAUGUCAUUCUCUGGCCAAUUCAGAGUGGCAUUCUGCAUUUCUGUGGCUUCCAAGUCUUAGAACCUCAACUGACAUAUAGCAUUGGGCACACUCCAGCAGACGCCCGAAUUCAAAUCCUGGAAGGAUGGAAGAAACGCCUGGAGAAUAUUUGGGAUGAGACACCACUGUAUUUUGCUCCAAGCAGCCUCUUUGACCUAAACUUCCAGGCAGGAUUCUUAAUGAAAAAAGAGGUACAGGAUGAGGAGAAAAACAAGAAAUUUGGCCUUUCUGUGGGCCAUCACUUGGGCAAGUCCAUCCCAACUGACAACCAGAUCAAAGCUAGAAAAUGAGAUUCCUUAGCCUGGAUUUCCUUCUAACAUGUUAUCAAAUCUGGGUAUCUUUCCAGGCUUCCCUGACUUGCUUUAGUUUUUAAGAUUUGUGUUUUUCUUUUUCCACAAGGAAUAAAUGAGAGGGAAUCGACUGUAUUCGUGCAUUUUUGGAUCAUUUUUAACUGAUUCUUAUGAUUACUAUCAUGGCAUAUAACCAAAAUCCGACUGGGCUCAAGAGGCCACUUAGGGAAAGAUGUAGAAAGAUGCUAGAAAAAUGUUCUUUAAAGGCAUCUACACAAUUUAAUUCCUCUUUUUAGGGCUAAAGUUUUAGGGUACAGUUUGGCUAGGUAUCAUUCAACUCUCCAAUGUUCUAUUAAUCACCUCUCUGUAGUUUAUGGCAGAAGGGAAUUGCUCAGAGAAGGAAAAGACUGAAUCUACCUGCCCUAAGGGACUUAACUUGUUUGGUAGUUAGCCAUCUAAUGCUUGUUUAUGAUAUUUCUUGCUUUCAAUUACAAAGCAGUUACUAAUAUGCCUAGCACAAGUACCACUCUUGGUCAGCUUUUGUUGUUUAUAUACAGUACACAGAUACCUUGAAAGGAAGAGCUAAUAAAUCUCUUCUUUGCUGCAGUCAUCUACUUUUUUUUUAAUUAAAAAAAAUUUUUUUUUGAAGCAGUCUUGCUCUGUUACCCAGGCUGGAGUGCAGUGGUGUGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCAGGUUCCAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCUAGUAGCUGGGAUGACAGGCGCCUGCCAUCAUGCCUGACUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGCGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGACCUCAGGUGAUCCGCCUACCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAUCCACCACACCUGGCCCUUGCAAUCUUCUACUUUAAGGUUUGCAGAGAUAAACCAAUAAAUCCACACCGUACAUCUGCAAUAUGAAUUCAAGAAAGGAAAUAGUACCUUCAAUACUUAAAAAUAGUCUUCCACAAAAAAUACUUUAUUUCUGAUCUAUACAAAUUUUCAGAAGGUUAUUUUCUUUAUCAUUGCUAAACUGAUGACUUACUAUGGGAUGGGGUCCAGUCCCAUGACCUUGGGGUACAAUUGUAAACCUAGAGUUUUAUCAACUUUGGUGAACAGUUUUGGCAUAAUAGUCAAUUUCUACUUCUGGAAGUCAUCUCAUUCCACUGUUGGUAUUAUAUAAUUCAAGGAGAAUAUGAUAAAACACUGCCCUCUUGUGGUGCAUUGAAAGAAGAGAUGAGAAAUGAUGAAAAGGUUGCCUGAAAAAUGGGAGACAGCCUCUUACUUGCCAAGAAAAUGAAGGGAUUGGACCGAGCUGGAAAACCUCCUUUACCAGAUGCUGACUGGCACUGGUGGUUUUUGCUCUCGACAGUAUCCACAAUAGCUGACGGCUGGGUGUUUCAGUUUGAAAAUAUUUUGUUGCCUUCAUCUUCACUGCAAUUUUGUGUAAAUUUCUCAAAGAUCUGAAUUAAAUAAAUAAAAUUCAUUUCUACAGACCCACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-748.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -795.75
Frequency: 0.0000
Diversity: 476.24
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
............((((((((((((((((((((......((((.....))))...))))))))..(((....)))((((((.....((((((((..(((((.....(((.(((..(((.((.(((((.(((((....((.(((.((((.((((((.(((.((.((((.(.(((((((.........))))))).)..(((((((((((((((((((.((((.(((((((((((.(((((......)))))))))...........))))))).))))(((((.((((.((.((((...((((((((..........))))))))..))))..)))))).)))))............((((.(((((((((((...((((((((..........)))((((((((((((((((((((........(.((((..(((((.(((.(((((((.((((((((......((.((((.(((((....)))))..(((((((((((((...(((((.(((((.(((...)))..)).......))).))))).)))))).)))))))...)))))))))))))).)))))))...)))..))))).)))).)))))))).((.((((((((..((((((.....))))))))))))))))....))))))))))))).(((((.(.(((((.................((((..............))))((((((....((((((((..(((((((..(((.((((((((((.(((.........)))..)))))...))))).)).)..))))....)))..))))))))..))))))............))))).))))))(((((((((((((.......((((((......))))))(((.(((((.........))))).)))....(((((((((((((((...((((.......((((((((......((((...((....))....))))......)))))))).......)))).)))))))))...))))))))))))))))))).))))).(((((.....((.....)).....)))))((((......((((((........)))))).((((((....))))))))))...............)))))))).))))))).....(((((((((......(((((((((((.....)))).....))))))).....))))..))))).)))))))))))......((((((((......(((.(((((..(((((.((.(((....((((..((((..(((.(((((........))))))))..))))...))))..)))..))..))))).))))))))(((((((.....((((((..(((((((((........(((((((...(((............)))...)).)))))....))))).))))....))))))....))))))).((((....))))...................))))))))(((((((((.........))))))))))))))))).......((((((((.....)))))))).......((((.((((.......(((..(((.((((.((((((((((((.((.......))))))))))..))))))))....)))..)))........)))).)))))))).))))))))))).)))))))))..))))))))))))))).(((((((((.(((((((.(((((((.((((((((.((((...(((((((..((((..........))))...((((((((((((..((((((((.....)).)))))).....))))).))).))))...)))))))(..((((((((.((((((((((((((((((...........................)))))))............((((((((((..((((((...........((((((........................)).))))...........)))))))))))))))).(((((........))))).....((((((((((...))).)))))))))))))))))).((((((..(((.((((((.....)))))))))..))))))(((((......)))))((((((....))))))(((((((.(((...((((..((((((((..((....))..)))))))).)))).(((((......)).)))......))))))))))...........))))))))..)....))))))))).)))))))...)))...))))))).)))))))))..((((...(((((((......(((((.((((....))))))))))))))))...))))...))))))......))))).)))))))).(((((...))))).......))))))...........))))))))))))......(((...(((..((((((..........))))))..)))..)))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
............((((((((((((((((((((......((((.....))))...))))))))..(((....)))((((((.....((((((((..(((((.....((({(({..(((.(,{(((((.(((((....((.(((.((((.((((((.(((.((.((((.(.(((((((.........))))))).).,(((((((((((((((((((,({{,.(((((((((({((((((......))))}}))),|......,..))))))).,},((((({.((((.((.((((.,.((((((((..,....,..)))))))).,))))..)))))).})))))......,,,..((((.(((((((((((...{(((,,.,..,,,,.,,,,||((((((((((((((((((((........{.{{(({.(((((.(((.(((((((.((((((({.,{...,({(,((.,,{||.|}}})))}..((((((({(((((...(((((.((({{.,,{....,...||,.....,))).))))).)))))).)))))))...},},,,)))))))).)))))))...))},.))))).)))}.,})))))).{{.((((((((..((((({.....})))))))))))))}}....))))))))))))}.|||||.{.(((((..,{{.,.....,,..,((((...........,..))))((((((....((((((((..{((((((..{((.((((((((((.(((,......,.))}..)))))...))))).)).}..)))),..,)},..))))))))..)))))).....,......))))).}}|||},|||(((((((((.......((((((......)))))){{(.({(((.,......,))))).}}}....(((((((((((((((...,(((.......((((((((..,|.,||||...,{....,,..,.})))......)))))))).......)))).)))))))))...))))))}))))))))}}||||....}|||,..{{{{{{,{{,.,,..,},},}})}},,}}}},,((((((........)))))),((((((....))))))}.......,,.........))))))))},)))))).....(((({{((({{.,..(((((((((((.....}))).....))))))).,}},,))}..)))))}))))))))))).....{((((((((,.,..{((({(({(({,(,{((,.{.(((....((((..((((..(((.(((((........))))))))..))))...)))).,))}..|||.}}},},}}}|||||{,,{|||......||||,.}||||,||||,}}.,,..(((((((...(((..........,.)))...))))))))|,|{||,|||||}}|||||,||||{{{,....)))}.,||}}.})))}..,,,,,..}}}}.,}.}.))))))))|{(((((((.........)))))))}})))))))},......,(((((((.....)))))))}.......{(((.((((..{(((,.,(..(((.((((.((((((((((((.{(.....,.))})))))))..))))))))....)))..)))))).....)))).)))})))).))))))))))).))))))))).,))))))))))))))).(((((((((.((((((({(((((((.((((((((.((((...(((((((..((((..........))))...((((((((((((..((((((((.....)).)))))).....))))).)))},)))...))))))){..((((((((.((((((((((((((((((..,....................,...))))))}............((((((((((..((((((...........((((((.......,,.......,,......)).))))...........)))))))))))))))).(((((,......,))))).....{(((((((((...})}})))))))))))))))))).((((((..(((.((((((.....)))))))))..)))))){((((......))))}{(((((....}))))}(((((((.(((...{(((..((((((((..(({...,}},)))))))).}))}.(((((......)).)))......}}})))))))...........})))))))..}....))))))))).)))))))}}},,}...))))))).)))))))))..{(((,..(((((((......(((((.((((....)))))))))))))))),,,)}}).}})},)))......))))).)))))))).{((({...})))}.......))))))...........))))))))))))......{{{...(((..((((((..........))))))..)))..,}}......
Back