Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000909.6
Sequence Length
2762 nt
GC Content
0.3635
AAUCUUUAGGAUCUGAGCAGGAGAAAUACCAGCGGAUCUUCCCCACUCUGCUCCCUUCCAUUCCCACCCUUCCUUCUUUAAUAAGCAGGAGCGAAAAAGACAAAUUCCAAAGAGGAUUGUUCAGUUCAAGGGAAUGAAGAAUUCAGAAUAAUUUUGGUAAAUGGAUUCCAAUAUGGGGAAUAAGAAUAAGCUGAACAGUUGACCUGCUUUGAAGAAACAUACUGUCCAUUUGUCUAAAAUAAUCUAUAACAACCAAACCAAUCAAAAUGAAUUCAACAUUAUUUUCCCAGGUUGAAAAUCAUUCAGUCCACUCUAAUUUCUCAGAGAAGAAUGCCCAGCUUCUGGCUUUUGAAAAUGAUGAUUGUCAUCUGCCCUUGGCCAUGAUAUUUACCUUAGCUCUUGCUUAUGGAGCUGUGAUCAUUCUUGGUGUCUCUGGAAACCUGGCCUUGAUCAUAAUCAUCUUGAAACAAAAGGAGAUGAGAAAUGUUACCAACAUCCUGAUUGUGAACCUUUCCUUCUCAGACUUGCUUGUUGCCAUCAUGUGUCUCCCCUUUACAUUUGUCUACACAUUAAUGGACCACUGGGUCUUUGGUGAGGCGAUGUGUAAGUUGAAUCCUUUUGUGCAAUGUGUUUCAAUCACUGUGUCCAUUUUCUCUCUGGUUCUCAUUGCUGUGGAACGACAUCAGCUGAUAAUCAACCCUCGAGGGUGGAGACCAAAUAAUAGACAUGCUUAUGUAGGUAUUGCUGUGAUUUGGGUCCUUGCUGUGGCUUCUUCUUUGCCUUUCCUGAUCUACCAAGUAAUGACUGAUGAGCCGUUCCAAAAUGUAACACUUGAUGCGUACAAAGACAAAUACGUGUGCUUUGAUCAAUUUCCAUCGGACUCUCAUAGGUUGUCUUAUACCACUCUCCUCUUGGUGCUGCAGUAUUUUGGUCCACUUUGUUUUAUAUUUAUUUGCUACUUCAAGAUAUAUAUACGCCUAAAAAGGAGAAACAACAUGAUGGACAAGAUGAGAGACAAUAAGUACAGGUCCAGUGAAACCAAAAGAAUCAAUAUCAUGCUGCUCUCCAUUGUGGUAGCAUUUGCAGUCUGCUGGCUCCCUCUUACCAUCUUUAACACUGUGUUUGAUUGGAAUCAUCAGAUCAUUGCUACCUGCAACCACAAUCUGUUAUUCCUGCUCUGCCACCUCACAGCAAUGAUAUCCACUUGUGUCAACCCCAUAUUUUAUGGGUUCCUGAACAAAAACUUCCAGAGAGACUUGCAGUUCUUCUUCAACUUUUGUGAUUUCCGGUCUCGGGAUGAUGAUUAUGAAACAAUAGCCAUGUCCACGAUGCACACAGAUGUUUCCAAAACUUCUUUGAAGCAAGCAAGCCCAGUCGCAUUUAAAAAAAUCAACAACAAUGAUGAUAAUGAAAAAAUCUGAAACUACUUAUAGCCUAUGGUCCCGGAUGACAUCUGUUUAAAAACAAGCACAACCUGCAACAUACUUUGAUUACCUGUUCUCCCAAGGAAUGGGGUUGAAAUCAUUUGAAAAUGACUAAGAUUUUCUUGUCUUGCUUUUUACUGCUUUUGUUGUAGUUGUCAUAAUUACAUUUGGAACAAAAGGUGUGGGCUUUGGGGUCUUCUGGAAAUAGUUUUGACCAGACAUCUUUGAAGUGCUUUUUGUGAAUUUAUGCAUAUAAUAUAAAGACUUUUAUACUGUACUUAUUGGAAUGAAAUUUCUUUAAAGUAUUACUAUUAACUGACUUCAGAAGUACCUGCCAUCCAAUACGGUCAUUAGAUUGGGUCAUCUUGAUUAGAUUAGAUUAGAUUAGAUUGUCAACAGAUUGGGCCAUCCUUACUUUAUGAUAGGCAUCAUUUUAGUGUGUUACAAUAGUAACAGUAUGCAAAAGCAGCAUUCAGGAGCCGAAAGAUAGUCUGAAGUCAUUCAGAAGUGGUUUGAGGUUUCUGUUUUUUGGUGGUUUUUGUUUGUUUUUUUUUUUUUUCACCUUAAGGGAGGAUUUAAUUUGCUCCCAACUGAUUGUCACUUAAAUGAAAAUUUAAAAAUGAAUAAAAAGACAUACUUCUCAGCUGCAAAUAUUAUGGAGAAUUGGGGCACCCACAGGAAUGAAGAGAGAAAGCAGCUCCCUAACUUCAAAACCAUUUUGGUACCUGACAACAAGAGCAUUUUAGAGUAAUUAAUUUAAUAAAGUAAAUUAGUAUUGCUGCAAAUAGUUAAAUUAUAUUUAUUUGAAUUGAUGGUCAAGAGAUUUUCCAUUUUUUUUACAGACUGUUCAGUGUUUGUCAAGCUUUCUGGCAUAAAUAUGUACUCAAAAGGCAUUUCCGCUUACAAUUUGUAGAAACACAAAAUGCGUUUUCCAUACAGCAGUGCCUAUAUAGUGACUGAUUUUUAACUUUCAAUGUCCAUCUUUCAAAGGAAGUAACACCAAGGUACAAUGUUAAAGGAAUAUUCACUUUACCUAGCAGGGAAAAAUACACAAAAACUGCAGAUACUUCAUAUAGCCCAUUUUAACUUGUAUAAACUGUGUGACUUGUGGCGUCUUAUAAAUAAUGCACUGUAAAGAUUACUGAAUAGUUGUGUCAUGUUAAUGUGCCUAAUUUCAUGUAUCUUGUAAUCAUGAUUGAGCCUCAGAAUCAUUUGGAGAAACUAUAUUUUAAAGAACAAGACAUACUUCAAUGUAUUAUACAGAUAAAGUAUUACAUGUGUUUGAUUUUAAAAGGGCGGACAUUUUAUUAAAAUCAAUAUUGUUUUUGCUUUUUCUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-634.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -695.62
Frequency: 0.0000
Diversity: 726.65
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((((.(((((((.((.....((((...(((((((((.((((....((((.((((((....(((((.(((....))).))))).(((...(((((..(((.....))))))))...)))..))))))))))....))))......((((..........))))..))))))...)))....)))).....))..))))))).))......(((((((......((((((..(((((((...........((((((.((((((.((((((..........(((((((................((((........))))(((((((.((((((((.(((....(..((.(.(((.((((((..(((...))).)))))).)))).))..)....)))...))))))).)..)))))))(((((((((((..(((.(((..(((((((.(((((((((.........((((.(.((((.(((..(((........)))..))).))))).)))).((((.(((((((((((((.(((((........(((((((((((.(((......(((((....)))))...))))))))).)))))(((((((........(((((.(((.......)))...........(((((((((...(((((((((((.......(((....))).............(((((((((.(((((((((((..((....(((((((............((((((........(((.........)))......))))))...(((((((((((((((....((((((.....(((((..((((.(((((((((((......))).))))).......(((...)))(((((((...((((((........((((((...((((.....(((((((((.............................))))))))).....)))).....))))))...........)))))).)))))))...........(((.(((((((...(((.............(((((((((......).)))))))))))...)).)))))...)))..))))))).........)))))...))))))))))))).)))))))))))))))....)).)))))))))..)).))).))))))))))))))))).......((((.(((..((((((...))))))....)))))))......))))))))).))))).......))))))).............((.(((((((.(((.((((......)))).))))))).))).)))))))))))....((((.....))))..)).)))))))..))))....................))).)))))).))))................)))..)))...))).))))).))))))(((((......))))))))))))................((((((((.....)))))))))))))).))))))...((((((((((((......)))))......(((..((((((((.(((.(((.......))).))).))))))))..)))(((...(((..((((((((..(((((............((((((((....((((((......(((..((((.((((((....)))))).))))..)))....))))))...))))))))..........)))))..))))))))..)))))).........))))))).))))))...........)))))))..))))))...(((((.((((.(((((((((((..........))).)))......))))).)))))))))....)))))))((((((((((....((((((((...((((..((((((....))))))....))))..))))))))...(((((((.(((((((((((((((.....((((((..(((((.((.((((....(((....)))..)))).)).))))).))))))...)))))))))))))))((((((((...((((((.(((.(..(((((((((((((...))).((((..(((((..((..((...))..))..)))))..((((...)))).)))).......((.((((...((((((.(((((((((..(((((.......))))).......)))))))))...)))))).....)))).))....))))))))))..).))).))).)))...))))..))))..((((((((((((.....((((...((((.((((((....(((((...))))).......)))))).))))...))))...)))))......(.((((((..........)))..)))).........)))))))..)))))))((((((.((((((((..(((.........((.((((.................)))))).........)))..))..)))))))))))).....(((((.(((((....((((..(((((.....((.((((((((.((((...(((..(((((((((..((((..........))))....))).))))))..))).)))))))).)))).))......)))))..))))))))).)))))....(((((..((((.......)))))))))....((((((((((.((((......)))).))))))))))..))))))))))...))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((((((({.(((((((.{(,....((((..,(((((((({.((((....(((,{((((((....{((((.(((....))).))))}.(((...(((((..(((.....))))))))...)))..))))))))))....))))......((((..........)))}..))))))...))}.}..)))).....))..))))))).||,,...((({{((((((..(((,((..{(((.(((((((({.........(({((((((.(((((({{{{{{{{{.,,((((({,...,,|||}}.}}.((((........)))).,{{{.({{,{{...))))),}}})))))))))((,{((((((((,(,..(((.((({..........{(((((,,,,,..||||}||.|{.{{,{{{,{((((.((((((..,.((((.(((.(((((((((((.....(((((((((((.(,((((.(((..((({{...,}.})).,))).))))}.))||{(((((((.,((((((.{{(({{{....,,...,,|||.,{,....,||,,{{,|{{{{...,))}}},,,)))})))))),.)))))))},.}))))))))(((..(((.......)))..)))......(((((((((...(((((((((((,...,,.,{{...,||,..}},......,.{((((((((.(((((((((((..{{....(((((((,..,..,.{{{,,((({,........(((.........)))...,}.))))}}.,,{((((((((((((((...,((((((.,{,,({({(..{{{|.||{{{,,{,((,,,{{,|||,|||||{{.....{{{||,|||(((((({...((((((,,,.....((((((.,,((((.....(((((((((........,,.........,.........))))))))).....)))).....)))))).......,},,)))))).))))))).,..,,,|,..|((.((((({{...((,.,,,.........((((((({(......}.)))))))))))...)),)))))...},,,,))}}}}}.....,,,.))))),,.))))))))))))).)))))))))))))))....}}.)))))))))..}).))).))))))))))))))))).......{(((.(((..((((((...))))))....})}))))......))))))))).,{{,{{........|,,|..,,))},.(((((....))))).)))))))))))..)))..)))).,)))).)).)))).}))}||{{||}|,..,,,,,,,}))))),}..,}}.,{{..,,.{{,......((((.{,....)),)}}}..,,,......}}}.......}}}).))).,.)),..)))))))))))((((....,}}),|||,,,,,))}.........,,....((((((((.....)))))))))))))).)))))))}....(((.((((,..}}}}))),,((........))..}))))))))}))}..,,...)))..)))}})},..}}})))||,{{{{({{||{{,((((((...((((((((,.....((((((((((((((((((...,,,.((({(((..{(((({....}))))}.,{{{({(,,,((((,,..,,||||...||||}},,,,..,,,{|,|||,,})}}}}...{{{{{||,,|||.||{,,..,||,||(.(((((({(((..{{{{.,,|..,}}}.}}}})))}..})),})),)}},,,,.|||.,|||||.}}}}}}}},,,}))}{(((((....))))))}}}}||}.,,,,.}},.(((((.((((({......((((((....)))))).(((((((((((((.(((((((({.{({{(((((((((((((((,,...((((({..,,,,(((((.(.......).)))))....|,...}},.||||.}))}}).,.)))))))))))))))}}),,.,{{({(.,{{.{,........,,)},,.||{|...}))}}}}},,,,,.,.,)))))))))......)))))))))))))))))))).)))))..,,)))))))))))))))..((((((((({,,{{{{{{|||{|{,{{,,,...||})|},},,}}}}})))))))))))))))))))))))...)))))).......,(({{{((((((((((,,{(({,.{{,...,||||,.....((((...((((.((((({..,.{{(({...})))}.......)))))).))))...)))){(((({{,,.{{{{{,({{{{{..........|},.,{,{{.,,.......}}|{{{.((((....((((((.((((((((..(((......,,.((.((((.................)))))).,,......)))..))..}))))))))))).....)))).})}}}}}},}}}}}}}}.,,,..)))))))..,}},})))))))))))})|{((({,,,,,|{||.,....,{|{|}}|....,,,.)))))}.}}))}}))}}.}}.,,}}}},...,...}))))))))).....,,(({{....,,))},....((((.((((((..(((.((({{(((((((((,(((,......}))).))))))))))))))))...)))))).)))).
Back