Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000910.4
Sequence Length
3619 nt
GC Content
0.4161
GAGAGACCCUGGACACUGUUCCUGCUCCCUCGCCACCAAAACUUCUCCUCCAGUCCCCUCCCCUGCAGGACCAUCGCCCGCAGCCUCUGCACCUGUUUUCUUGUGUUUAAGGGUGGGGUUUGCCCCCCUCCCCACGCUCCCAUCUCUGAUCCUCCCACCUUCACCCGCCCACCCCGCGAGUGAGUGCGGUGCCCAGGCGCGCUUGGCCUGAGAGGUCGGCAGCAGACCCGGCAGCGCCAACCGCCCAGCCGCUCUGACUGCUCCGGCUGCCCGCCCGCGCGGCGCGGGCUGUCCUGGACCCUAGGAGGGGACGGAACCGGACUUGCCUUUGGGCACCUUCCAGGGCCCUCUCCAGGUCGGCUGGCUAAUCAUCGGACAGACGGACUGCACACAUCUUGUUUCCGCGUCUCCGCAAAAACGCGAGGUCCAGGUCAGUUGUAGACUCUUGUGCUGGUUGCAGGCCAAGUGGACCUGUACUGAAAAUGGGUCCAAUAGGUGCAGAGGCUGAUGAGAACCAGACAGUGGAAGAAAUGAAGGUGGAACAAUACGGGCCACAAACAACUCCUAGAGGUGAACUGGUCCCUGACCCUGAGCCAGAGCUUAUAGAUAGUACCAAGCUGAUUGAGGUACAAGUUGUUCUCAUAUUGGCCUACUGCUCCAUCAUCUUGCUUGGGGUAAUUGGCAACUCCUUGGUGAUCCAUGUGGUGAUCAAAUUCAAGAGCAUGCGCACAGUAACCAACUUUUUCAUUGCCAAUCUGGCUGUGGCAGAUCUUUUGGUGAACACUCUGUGUCUACCGUUCACUCUUACCUAUACCUUAAUGGGGGAGUGGAAAAUGGGUCCUGUCCUGUGCCACCUGGUGCCCUAUGCCCAGGGCCUGGCAGUACAAGUAUCCACAAUCACCUUGACAGUAAUUGCCCUGGACCGGCACAGGUGCAUCGUCUACCACCUAGAGAGCAAGAUCUCCAAGCGAAUCAGCUUCCUGAUUAUUGGCUUGGCCUGGGGCAUCAGUGCCCUGCUGGCAAGUCCCCUGGCCAUCUUCCGGGAGUAUUCGCUGAUUGAGAUCAUCCCGGACUUUGAGAUUGUGGCCUGUACUGAAAAGUGGCCUGGCGAGGAGAAGAGCAUCUAUGGCACUGUCUAUAGUCUUUCUUCCUUGUUGAUCUUGUAUGUUUUGCCUCUGGGCAUUAUAUCAUUUUCCUACACUCGCAUUUGGAGUAAAUUGAAGAACCAUGUCAGUCCUGGAGCUGCAAAUGACCACUACCAUCAGCGAAGGCAAAAAACCACCAAAAUGCUGGUGUGUGUGGUGGUGGUGUUUGCGGUCAGCUGGCUGCCUCUCCAUGCCUUCCAGCUUGCCGUUGACAUUGACAGCCAGGUCCUGGACCUGAAGGAGUACAAACUCAUCUUCACAGUGUUCCACAUCAUCGCCAUGUGCUCCACUUUUGCCAAUCCCCUUCUCUAUGGCUGGAUGAACAGCAACUACAGAAAGGCUUUCCUCUCGGCCUUCCGCUGUGAGCAGCGGUUGGAUGCCAUUCACUCUGAGGUGUCCGUGACAUUCAAGGCUAAAAAGAACCUGGAGGUCAGAAAGAACAGUGGCCCCAAUGACUCUUUCACAGAGGCUACCAAUGUCUAAGGAAGCUGUGGUGUGAAAAUGUAUGGAUGAAUUCUGACCAGAGCUAUGAAUCUGGUUGAUGGCGGCUCACAAGUGAAAACUGAUUUCCCAUUUUAAAGAAGAAGUGGAUCUAAAUGGAAGCAUCUGCUGUUUAAUUCCUGGAAAACUGGCUGGGCAGAGCCUGUGUGAAAAUACUGGAAUUCAAAGAUAAGGCAACAAAAUGGUUUACUUAACAGUUGGUUGGGUAGUAGGUUGCAUUAUGAGUAAAAGCAGAGAGAAGUACUUUUGAUUAUUUUCCUGGAGUGAAGAAAACUUGAACAAGAAAUUGGUAUUAUCAAAGCAUUGCUGAGAGACGGUGGGAAAAUAAGUUGACUUUCAAAUCACGUUAGGACCUGGAUUGAGGAGGUGUGCAGUUCGCUGCUCCCUGCUUGGCUUAUGAAAACACCACUGAACAGAAAUUUCUCCAGGGAGCCACAGGCUCUCCUUCAUCGCAUUUUGAUUUUUUUGUUCAUUCUCUAGACAAAAUCCAUCAGGGAAUGCUGCAGGAAACGAUUGCCAACUAUACGAAUGGCUUCGAGGAGAUAAACUGAAAUUUGCUAUAUAAUUAAUAUUUUGGCAGAUGAUAGGGGAACUCCUCAACACUCAGUGGGCCAAUUGUUCUUAAAACCAAUUGCACGUUUGGUGAAAGUUUCUUCAACUCUGAAUCAAAAGCUGAAAUUCUCAGAAUUACAGGAAAUGCAAACCAUCAUUUAAUUUCUAAUUUCAAGUUACAUCCGCUUUAUGGAGAUACUAUUUAGAUAACAAGAAUACAACUUGAUACUUUUAUUGUUAUACCUUUUUGAACAUGUAUGAUUUCUGUUGUUAUUCCUAUUGGAGCUAAGUUUGUCUACACUAAAAUUUAAAUCAGACUAGAGAAUAAUUUUUGUGGCAUGUUGUAACAUUUCACAGUAUUUACAAGCUAUUUUUGCACAGGUACAUAGCUCUCAUGUAUUUAAAGAACACUGCAGUGUUAUUUUCUUUGAAAUUCAUCCUCCACGGACCCAUUCAUACUAAAUAAAACAAUGUAAUUACAUUAAAAUGGACCUAUCUGUAAGAGGUACUAAAAACACUGGAUUCAUUUCAUCUUGCAAAUGUUGUAUUUCAAACCAGUUUCACAUAAGUUAUUUGUCUUCUUUUCAAAAUAAUUAGCUAUAUUUUUAUAUAAUAUGAAUAUAUACAUAAAAAUUGUUUCUAUAAAUUGUAGAACAUAGAUGCUACAGUAUUUUUUAUUUAAUUAUAUUAUGAAUAAAAUUGUUAUUUCAAUAGUACCCAACCAAAGAUGCUUAAAAACCUUCUAUGUUCAUAAAAAAUAACAACUGAGAUGUUAAAAUAGUCAUACGUCUUUAGAUGCUAUUAAAGUUUCAUUAGUCAUAUUUUUGUAAAUAUGACAGAAUUUGUGAAUAUAUUUUUAAAGCAAAAAACUUCAACAUGCAUAUGAUAUAUAGUUACAACAUUAAUUUUAUGAACUGGAGAGCUUUACUUUGUGGAUAUAUUUAAAAUUCAUAUUAUAGCUCCUAUUAAAUUCCUUCCAUGAUAGAUAUAAAGGACUGGUUUUUAAGUGCACUGCACUUCUGGAAUACUGAAAAAGAAUGAAAACAAUAUGUUAGAUUAGGUGUAAGACUUUAAGAAGCGAACAAAAAGUAAUGUAUAUCUGUAAUAUAUAAUCAAAUGAUUCAUUUUUCUGUUAGACUAGGCAAAUUGUUCAAAAAUAACCUUUUUGUCUUUUAAGUAGCAGUCACUUUGCUUAAGAUGCUAAUAGAAAACUGUGGUUAAAGAUUUACCCUCCCUCUUGGUGAAUUAUUACACUGUAAGAAAUGUAUAUGCUACUGUGUUACAUGUUGUAUUAGUAAAUUAUUAGAAUCCAAUUAAUGAUUCAAUUAACAUAUAUCUUAUCCAAUUCAUUAUGUCAAUUCAUUAAUAAAAUACCUUUUAUGUAGAGGCUUUAUGUUGCAAUUAAAAAGUUGGGAAAAUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1020.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1092.55
Frequency: 0.0000
Diversity: 1064.39
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((..((((((.((((..(((((((((((((.....((.((((....(((((........((((((((........((((((((((((((((......((((....(((.((((......)))).))).))))..........((.((((.(((((((((.(((.......))).)))))...))))..(((((.......))))).))))))(((((((((..((((.(((.....)))...)))).)))).)))))..(((.((((((((....)).)))))).))).(((((((..((((((..(((((..((...((((....)))))))))).)..)))))).((((((.(((((((....(((((((((..((.(((((.....((((..(((((((..........))))).))..)))).....))))).)).)))).)))))....)))).))).))))))..........))))))))))))))))))))))).(((..((((.(...((((....((.((((.(...((((..((((((....((.(((...))).))...))))))...(((((((((.(((......((.(((((....(((((((((((.(((...)))))))).)))))).)))))))......))).))))))))).))))....).)))).))..))))).))))..))).....((((...(((.((((((.........................)))))))))..))))..((((.((((...)))).)))).((((((((..(((((......))))))))))))).....))))))))((((((((....(((((.....))(((((((...((.((.((((.............)))))).))....))))))))))))))))))(((.((.((((.....))))))))).((((((..(((((((..((((((.((.....((..(((((.((((.((...((((.....)))).)))))).))))).)))).)))))))))))))....)))))).....)))))..))))..))((((...(((....)))))))))))))))....))))).....)))).))))))..))))))).................((((..((((....))))..))))((((((((((.(((.......((.(((((((....((((((....((((.(((.((((.....(((((((((((..((....)).....(((((((......))))).)))))))))))))(((.(((((.((((((..((........))...)))))).))))).))).......).))).))).)))).(((((((((....))))..)))))((((((((((........((((..(.((((((((((((........(((.....((((......))))......)))((((((........))))))((((((....))))))(((((((.(((.((((....))))...))).))))))))))............(((((((((.....((.(((((((((...((..(((((((..((((.((.........)).))))....)))))))..))..(((.....)))(((((((........)))))))..))).))).)))..)).....)))))))))...........))))))))).)...))))((((((((((((((.((((((.........((((......)))).((((....)))).))))))..(((.((((.((......)).)))))))))))))(((((((((....(((((((((.(..((((.....(((((...(((((((((((.......(((((((((((((.((((((((....((((((....(((((((...((.(.(((.(((((((.......((..((((((.((((.((........))))))..))))))..))..)))))))))).).))...)))).))).....(((((((.(((.....(((((((((((((...))))).)))(((........))).((((((((.((((((((.((.........))))))))))..))))))))(((..((((..........)))).))).)))))....)))..((((((((..............))))))))....((((....)))).....)))))))))))))))))).....(((((........)))))..)))))))))).))))))))))))))).))...)))))....))))..).))))).))))........(((((((.....((((.......))))..)))))))((((((.((((((((((((((((((..((((..((((((((((((...(((((.....((((((..(((((.((((((((((((.((..(((((((..........)))))))..)).)).))).)))))))..((((((.((((....)))).))))))....((((((((((...(((....))).))))))....))))((((((((((((....)))).....))))))))...........))))).....))))))....)))))...))))))........))))))..))))(((((((..............((((.....)))))))))))...))))))))).................((((((((............))))))))...(((((.((((((...)))))).))))).........((((.(((((...)))))))))..(((((....)))))(((((((((.........)))))))))))))))))).))))))))))))))).))))))))(((((((.((((.((((((((((((((.((.(((((((((............))))).)))).)).))))............(((((((((....))))))))).....((((((.(((((.((....(((.............)))....)).))))).))))))......))))))))))))))(((((.((...(((((((.........))))))).)).))))).........(((((..............)))))..)))))))((((((...)))))).))))))))))................((((((((...((((((((..(((((.............)))))....))))))))))))))))((((....))))...(((((((((((..(((((((((((((((((((.....))))))..........))))))....))))))).....)))))))))))..))))))...)))))))))....((((((((........))))..)))).(((((.((((....)))))))))((((((...(((((.............((((((((....(((.(((((.................))))).)))))))))))......(((((.....))))).)))))..)))))).....))))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((..((((((.((({..((((((((((((({{,....,(({(({.{(,{{,..{{{.{{((,((,,,.{{,....(((((((((((((((((.....((({....(((.((((.....,)))).})),)))}..........|.......(((.,((((.(((.......))).)))))}).|((({,{{{||||({{(((((({.,|||||(((((((((..((((.(((.....)))...)))).)))).))))|||||||((((((((,,,.}},)))))).{,((((({{{||,|||{|||.|||,.||||,..{|||...}))))}},,,,.|||||||}}|||||{{.||{{|{{....,,{(({{{{,{(({,,(((.....,,||}.|||||||,}.|{{....,}))).))}})))).},},,}}|},},}}}}}}}}},}..}})))))))){||||||{...,...}}))))))))))))))))))))))).|||,..||.}.}}},))|.,..,|,,|||.|}}.((.({{(((((({{,.{,.(((,.,|||{{|..,||||||{,,(((((((((.(((......((.(((((....(((((((((((.(({...}))))))).)))))).)))))))......))).)))))))))..,||{{{.|,||||({{{{|||,|,,}}||}))}...}}||||}..|||.|{|||..,}||.........,.{{{,...}})),}})|}||,|}},.{((((.((((...)))).)))),((((((((..(((((......)))))))))))))....|}}},,,}}|||||({{{(((((((((....|,(((((((...((.((.((((.............)))))).))....))))))).,.))))))))}}},|,,|{||,,..})))}}}),,.((((((..(((((((..((((((.({.....{{..(((((.((((,,{...({{{.....)))}.}})))).))))).,,}),))))))}))))))....)))))).,,.,)))}}..)}),}}))||||}}}|,|,...,}))),,))))))))....))))).....)))).))))))..))))))).................{(((..((((....))))..)))|((((((((((.(((.......((,(((((((....(((((({,(((((((,{,(((((((((.(((((((((((..((....)).....{{(((((......))))).)})))))))))))))))))))),.,,{((((((({{{{((((({.,{((((((.((...(((((((..(((({((((...)))))((((((((....})))..}}}}..((((...(({{{.......})))).,,)}||,,,{{,.......,{{{.,...((((......))))......}}}{(((((........)))))}((((((....)))))).{(((((((..{({...,}})))))))}{{{{.{||,{||},....,,..}}}||}{||||{,,,,,.,.,|||||,}}.},,,}}|}}}..,..))))..)))))))...)))))))).}},},},,...}}}}|||.,,..||,(((((((........)))))))}}.))))))}},,.{{{....}))..,...(((((((......))))))){((((.(((((((((((({(((({.{(((((.{.....,.|(({,|,,..}))),|{||....,}}).)))))}..,{{.((((.{(,,....}},))}}))}}}}}}|((((((((({...(((((((((.{..((((...{.(((((...(((((((((((.......{(((((((((((((((((((((,..,((((((....{({{(((...((,(.(((.(((((({...,,,,{{,.{{{(((,{,((,,(,....,,.}})})),||}|||},.||,,}}}}))))}),),}),,.)))).)}}.....(((((((.,((,....|||,,{(((((((...))))).))}{{(........))).{(((((((.((((((((.({.........))))))))))..)))))))},((..((((..........)))).))|{||||,....|||..((((((((.,,,.....,},..))))))))..,}|,,,..}})))).....)))))))))))))))))).....(((((........)))))..))))))))))}})))))))))))))).)}...))))).}..))))..}.)))))}}}))......,.{{{{{{,.....||||,...,,{|}},..})))}}}{(((({.(((((((((((({(((((.,{{.,....,,,{((({{{,....,,,,,,|.||||||,,||,}}}|||||||,{{,{|{{|{{,{(((({,,,......,,|||||..,}.,,.|||,|||||||{{{(((((.((({,,,.|}}}.}}}}}},,..||||((((((...(((....))).))))))...,}}}}{(((((((((((....)))).....)))))))}.....{((,,.,{|||...,{||||,.....,.....{((({....)))))...}||||..,.}}|}}..})))|.,.......{{{((,,,,,,,|||.,.||,},,.},}}}},...,,.}}}}}........((((({(({,.........,)}))))})}},|((((.{{((({...}))))).}))},}}}}}}}}}||||||||{|.,,})))))}}}..,{{||,.,})))},{((((((((.........))))))))}})))))))).))))))))))))))),))))))}}........((((.((((((((((,,,,.,,.,(((((({(.....,,,....}}}}},,,,),)),))))...}},}},...(((((((((....)))))))))..,..((((((.(((((.,{....(((.............)))....)).))))).))))))..,...))))))))))))))(((((.{,...(((((((.........))))))).}}.)))))............,}))))..)))))....)))))))|||||,{(((((...)))))}.,}))}},},,....,|,,{||,..,.((((((((...((((((((..(((((.............)))))....)))))))))))))))),{{{....})))},.{((((((((((.,,(((((((,{(({....,,.,}....)))))}|{{{{{{{{|,||....,)))))))))...))))))))))}.,))))))...))))))}}},,,.....||||}|||,.|{||||{{{|,|.{{(((.{{{{,,,.})})))))},,}}}}.}}}},...,,,,.{{{{{...,,,,,||}}},{{{.(((((.................))))).})))},,||||{.,,..(((((.....))))).,}},},,}},,,,.....})))))))))))),
Back