Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000917.4
Sequence Length
2743 nt
GC Content
0.3981
GCCCAGUCGCGCCGCCAGCGGGCUGAGGGUAGGAAGUAGCCGCUCCGAGUGGAGGCGACUGGGGGCUGAAGAGCGCGCCGCCCUCUCGUCCCACUUUCCAGGUGUGUGAUCCUGUAAAAUUAAAUCUUCCAAGAUGAUCUGGUAUAUAUUAAUUAUAGGAAUUCUGCUUCCCCAGUCUUUGGCUCAUCCAGGCUUUUUUACUUCAAUUGGUCAGAUGACUGAUUUGAUCCAUACUGAGAAAGAUCUGGUGACUUCUCUGAAAGAUUAUAUUAAGGCAGAAGAGGACAAGUUAGAACAAAUAAAAAAAUGGGCAGAGAAGUUAGAUCGGCUAACUAGUACAGCGACAAAAGAUCCAGAAGGAUUUGUUGGGCAUCCAGUAAAUGCAUUCAAAUUAAUGAAACGUCUGAAUACUGAGUGGAGUGAGUUGGAGAAUCUGGUCCUUAAGGAUAUGUCAGAUGGCUUUAUCUCUAACCUAACCAUUCAGAGACAGUACUUUCCUAAUGAUGAAGAUCAGGUUGGGGCAGCCAAAGCUCUGUUACGUCUCCAGGAUACCUACAAUUUGGAUACAGAUACCAUCUCAAAGGGUAAUCUUCCAGGAGUGAAACACAAAUCUUUUCUAACGGCUGAGGACUGCUUUGAGUUGGGCAAAGUGGCCUAUACAGAAGCAGAUUAUUACCAUACGGAACUGUGGAUGGAACAAGCCCUAAGGCAACUGGAUGAAGGCGAGAUUUCUACCAUAGAUAAAGUCUCUGUUCUAGAUUAUUUGAGCUAUGCGGUAUAUCAGCAGGGAGACCUGGAUAAGGCACUUUUGCUCACAAAGAAGCUUCUUGAACUAGAUCCUGAACAUCAGAGAGCUAAUGGUAACUUAAAAUAUUUUGAGUAUAUAAUGGCUAAAGAAAAAGAUGUCAAUAAGUCUGCUUCAGAUGACCAAUCUGAUCAGAAAACUACACCAAAGAAAAAAGGGGUUGCUGUGGAUUACCUGCCAGAGAGACAGAAGUACGAAAUGCUGUGCCGUGGGGAGGGUAUCAAAAUGACCCCUCGGAGACAGAAAAAACUCUUUUGCCGCUACCAUGAUGGAAACCGUAAUCCUAAAUUUAUUCUGGCUCCAGCUAAACAGGAGGAUGAAUGGGACAAGCCUCGUAUUAUUCGCUUCCAUGAUAUUAUUUCUGAUGCAGAAAUUGAAAUCGUCAAAGACCUAGCAAAACCAAGGCUGAGCCGAGCUACAGUACAUGACCCUGAGACUGGAAAAUUGACCACAGCACAGUACAGAGUAUCUAAGAGUGCCUGGCUCUCUGGCUAUGAAAAUCCUGUGGUGUCUCGAAUUAAUAUGAGAAUACAAGAUCUAACAGGACUAGAUGUUUCCACAGCAGAGGAAUUACAGGUAGCAAAUUAUGGAGUUGGAGGACAGUAUGAACCCCAUUUUGACUUUGCACGGAAAGAUGAGCCAGAUGCUUUCAAAGAGCUGGGGACAGGAAAUAGAAUUGCUACAUGGCUGUUUUAUAUGAGUGAUGUGUCUGCAGGAGGAGCCACUGUUUUUCCUGAAGUUGGAGCUAGUGUUUGGCCCAAAAAAGGAACUGCUGUUUUCUGGUAUAAUCUGUUUGCCAGUGGAGAAGGAGAUUAUAGUACACGGCAUGCAGCCUGUCCAGUGCUAGUUGGCAACAAAUGGGUAUCCAAUAAAUGGCUCCAUGAACGUGGACAAGAAUUUCGAAGACCUUGUACGUUGUCAGAAUUGGAAUGACAAACAGGCUUCCCUUUUUCUCCUAUUGUUGUACUCUUAUGUGUCUGAUAUACACAUUUCCUAGUCUUAACUUUCAGGAGUUUACAAUUGACUAACACUCCAUGAUUGAUUCAGUCAUGAACCUCAUCCCAUGUUUCAUCUGUGGACAAUUGCUUACUUUGUGGGUUCUUUUAAAAGUAACACGAAAUCAUCAUAUUGCAUAAAACCUUAAAGUUCUGUUGGUAUCACAGAAGACAAGGCAGAGUUUAAAGUGAGGAAUUUUAUAUUUAAAGAACUUUUUGGUUGGAUAAAAACAUAAUUUGAGCAUCCAGUUUUAGUAUUUCACUACAUCUCAGUUGGUGGGUGUUAAGCUAGAAUGGGCUGUGUGAUAGGAAACAAAUGCCUUACAGAUGUGCCUAGGUGUUCUGUUUACCUAGUGUCUUACUCUGUUUUCUGGAUCUGAAGACUAGUAAUAAACUAGGACACUAACUGGGUUCCAUGUGAUUGCCCUUUCAUAUGAUCUUCUAAGUUGAUUUUUUUCCUCCCAAGUCUUUUUUAAAGAAAGUAUACUGUAUUUUACCAACCCCCUCUCUUUUCUUUUAGCUCCUCUGUGGUGAAUUAAACGUACUUGAGUUAAAAUAUUUCGAUUUUUUUUUUUUUUUUAAUGGAAAGUCCUGCAUAACAACACUGGGCCUUCUUAACUAAAAUGCUCACCACUUAGCCUGUUUUUUUAUCCCUUUUUUAAAAUGACAGAUGAUUUUGUUCAGGAAUUUUGCUGUUUUUCUUAGUGCUAAUACCUUGCCUCUUAUUCCUGCUACAGCAGGGUGGUAAUAUUGGCAUUCUGAUUAAAUACUGUGCCUUAGGAGACUGGAAGUUUAAAAAUGUACAAGUCCUUUCAGUGAUGAGGGAAUUGAUUUUUUUUAAAAGUCUUUUUCUUAGAAAGCCAAAAUGUUUGUUUUUUUAAGAUUCUGAAAUGUGUUGUGACAACAAUGACCUAUUUAUGAUCUUAAAUCUUUUUUAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-739.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -795.31
Frequency: 0.0000
Diversity: 687.87
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((.(((.....)))))))).((((.((((((((.(((.((((((((.(((((..((((((((.....)).))).)))..)))))))))))....)).)))...(((((((..(((((.....(((........)))......))))))))))))...))))))))(((((((((((((((.(((((((((((((.......(((((((((.....)))))).)))...)))))))).))))))))((((((((....(......)....))).)))))......(((..(((((((......(((((((((((((((.....)))))).......(((((...(((((....))))))))))..((((((((.......((((......))))..(((((..(.((((((((...(.(((((((((((((((((....))))....))))).......)))))))))...)))))))))..))).))..((((((((((....))))..))))))(((((((((...((((.((.((((.(((....(((..(((((((.........))).))))..)))....))).)))))).)))).....))))......)))))....(((((((....(((((......)))))....))))))).......(((((......))))).........(((....))).))))))))..((..((....)).))..........)))))))))....)))))))..))).((((((((((((((((....)))).....((((....)))).(((..((((.(((((((((.(((((((((...))))..(((((.((...(((((((....)))))))...)).)))))...........(((((.....((((..((((((.....)))))).))))..............((((((((((((((((((((......(((((((((.(((..((((....((((((((.((((.(((((..(((...))).)))))((((.(((((.(((.....((((.(...(((...)))...).)))).......))).))))).)))).((((....(((((.(((((((.((.......)).))))))))))))(((((.(((((((((...)))))).))).)))))........))))........((((......)))).((((.((......))..)))).........)))).))))))))..............))))))).)))))))))........((((((...((((.(.(((........))).).))))...)))))).........)))))))))..((((..((((((..........((((((((((((.((((((((.((((((((((((((((..((...(((((((((...(((((...))))))))(((((((............(((((.(((..........))).))))).((.((((((((((....)))))))))).))((((.((((.....))))))))........((((((((...((.((((((((.(((.((...))..))).)))))))).))...)))).)))))))))))((((.(((((.(((((((.((((...(((.....))).(((((....)))))..((((....((((.(((.((...((((((.........))))))))))))))).....)))))))))))))))......((((((.......))))))((((((((....)))...))))).........))))).)))).((((((((...))))))))...)))))))).(((((..(((((((.((((.....((((((.(((((...(((...((((...((.....))...)))).))))))))))))))...))))...))))))))))))..)))))).)))))))).))...)))))))).(((((.......((((((.((((((((........(((.((.((((((((.(..((((.((((......))))))))..).)))))))).)).))).((..((((((.((((..((((.(((((.((((((((((........((((((...(((((..((((((.......)))))).)))))...))))))))))...)))))).)(((((((........)))))))))))..))))...)))).))))))..))..(((((...)))))........))).))))))))))).....)))))))))))))))))...(((((((.......(((.((.((((((....((((.(((..............))).))))((((..............))))....)))))).)).))))))))))...))))))..)))))))))))))))....)))))...))))).)))))))))))))..))).......((((((((((..(((((.(.....(((((....)))))).))))))))))))))))))))...))))))))))...)))))))))...((((((((....(((.(((((.((....))))))).)))....))))))))..((....((((((((((.((((...)))).))))))))))....)).....(((((....))))).))))..............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(((((((.(((.....)))))))}.|||,.((((((((,(((.((((((((.(((((..(((((({{.....}}.))).)))..)))))))))))....)).))).,.(((((((,.{((((.....(({,{,...}})))......))))))))))))...)))))))){{(({{(({{{{(((.(((((((((((((.....,,{((((((((.....)))))),),}...)))))))).))))))))((((((((....{,.....}....)))}}))))......(((..(((((({......(((((((((((((((.....))))))...,,.,(((((,.,(((((....))))))})))..((((((((...,,{.((({......)))}..(((({..,.((((((((...(.(((((((((((((((((....)))}...,))))).......)))))))))...))))))))),,)}).}}..{(((((((((....)))).,)))))}(((((((((.,.((((.((.((((.(((,,,,({{..(((((((.........))).)))),,)))....))).)))))).)))).....))))......)))))..,.(((((((..,.(((((......)))))..,.))))))).......((({,,|....|}))}.}}}.....(((....})).))))))))..{{,,{{,,,|||,,,.,}},....,)))))))))....}}})))),,)}}.{{{{{,((((,,((((....)))),,,,.{(({,...,))},,,{,,{{{{,(((((((((.{((((((((...})))..(((((.{,{{,(((((((....))))))).,,},.)))))...........{{{{{.....((((..((((((.....)))))).))))..............((((((((((((((((((((..,...(((((((((.(((..((((....((((((((.((((.(((((..(({...})).)))))((((.(((((.{{,.....((((.{...(({...}))...,.)))).......})}.))))).)))).(((,....(((((.(((((((.((.......)).)))))))))))),{(((.({(((((((...))))))},}}.)))||,...,,,.}}}}........{(({{{||..,))).||||.{,....,,,}..,}}),........)))).)))))))).,,.,,,},,....))))))).)))))))))........((((((,{.(((({(.,,,....,}}})}).).}}}},,.))))))......,..))))))))),.((((..((((((..........((((((((((((.((((((({,({((((((((((((((..{{...(((((((((,..{((({...})}})}))(((((((..,{{{{,,.{{({{{{,||{,}},,,,..,|||,}|}}||{{.((((((((((....))))))))))...((((.((((,...,))))))))....,,,.((((((({...((.((((((((.(((.{(...})..))).)))))))).)}.,.)))).)))))}))))){(((,({{({|{{{{{,,,{(({...{{{.....})),|||{{...,}))}}..{(({....((((.(({{((...((((((.........))))))))))))))).....))))))}}}}}}}}},,,...((((((.......)))))),{{{{{||....}},...))))}.........))))).)))).((((((((...))))))))...)))))))).{(({{..(((((({|({{{.{...((((((.(((({.,{{{{...((({...{{.....)).,.)))).})))))))}))))).,.))}}.,.}))))))})))}.,)))))))}})))))).))...}}}})}}|,(((((,...,,{((,,(({,(((((,,.,,,{,,,((({(({{(((((((.{..((((.((((......))))))))..}.)))))))}|||,}||.{{..((({{{.{{{{,|||{{||,|||.|||||{|||||.|||,|.||((((,,,(((((..((((((.......)))))).))))}.,.))))))))))},,}))))}..(((((((........))))))),,,,,,})))}}},)))}),))),.}))}},{||||},}}}}}}}|,}},,})).}))),))}}}}.....},}}}))))))))))))...(((((((.......,,,.,,,{{||{,.....,,,,|,,.........,,,,.,..{(((.((((.,............)))).)))),,,,,,}},,,,)))))))...))))))..)))}}})))))))))....})))),..))))).))))))))),,}}}})}|,,.{{..((((((((((..(((((.,.....(((((....)))))).))))))))))))))),,)),...})}))))))),,,|||||}}}}...{(((((((....(((.(((({{((....))))))).))),,.,|}}}}))),,}},.}}|||||{{{{{.{{{,...,))).})}|||||||{{,,,(({{(,(((((....}}}))}}).}}))),.))))))}}}...,,},,,,.....
Back