Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000956.4
Sequence Length
2458 nt
GC Content
0.4951
GCGGGUAGGCGCGGGAGCCUCGAGCGCCGCUCGGAUGCAGCAGCCGAGCCGCCACUCGGCGCGCGGCGGGAGACCCAGGGCAAGCCGCCGUCGGCGCGCUGGGUGCGGGAAGGGGGCUCUGGAUUUCGGUCCCUCCCCUUUUUCCUCUGAGUCUCGGAACGCUCCGGCUCUCAGACCCUCUUCCUCCCAGGUAAAGGCCGGGAGAGGAGGGCGCAUCUCUUUUCCAGGCACCCCACCAUGGGCAAUGCCUCCAAUGACUCCCAGUCUGAGGACUGCGAGACGCGACAGUGGCUUCCCCCAGGCGAAAGCCCAGCCAUCAGCUCCGUCAUGUUCUCGGCCGGGGUGCUGGGGAACCUCAUAGCACUGGCGCUGCUGGCGCGCCGCUGGCGGGGGGACGUGGGGUGCAGCGCCGGCCGCAGGAGCUCCCUCUCCUUGUUCCACGUGCUGGUGACCGAGCUGGUGUUCACCGACCUGCUCGGGACCUGCCUCAUCAGCCCAGUGGUACUGGCUUCGUACGCGCGGAACCAGACCCUGGUGGCACUGGCGCCCGAGAGCCGCGCGUGCACCUACUUCGCUUUCGCCAUGACCUUCUUCAGCCUGGCCACGAUGCUCAUGCUCUUCGCCAUGGCCCUGGAGCGCUACCUCUCGAUCGGGCACCCCUACUUCUACCAGCGCCGCGUCUCGCGCUCCGGGGGCCUGGCCGUGCUGCCUGUCAUCUAUGCAGUCUCCCUGCUCUUCUGCUCGCUGCCGCUGCUGGACUAUGGGCAGUACGUCCAGUACUGCCCCGGGACCUGGUGCUUCAUCCGGCACGGGCGGACCGCUUACCUGCAGCUGUACGCCACCCUGCUGCUGCUUCUCAUUGUCUCGGUGCUCGCCUGCAACUUCAGUGUCAUUCUCAACCUCAUCCGCAUGCACCGCCGAAGCCGGAGAAGCCGCUGCGGACCUUCCCUGGGCAGUGGCCGGGGCGGCCCCGGGGCCCGCAGGAGAGGGGAAAGGGUGUCCAUGGCGGAGGAGACGGACCACCUCAUUCUCCUGGCUAUCAUGACCAUCACCUUCGCCGUCUGCUCCUUGCCUUUCACGAUUUUUGCAUAUAUGAAUGAAACCUCUUCCCGAAAGGAAAAAUGGGACCUCCAAGCUCUUAGGUUUUUAUCAAUUAAUUCAAUAAUUGACCCUUGGGUCUUUGCCAUCCUUAGGCCUCCUGUUCUGAGACUAAUGCGUUCAGUCCUCUGUUGUCGGAUUUCAUUAAGAACACAAGAUGCAACACAAACUUCCUGUUCUACACAGUCAGAUGCCAGUAAACAGGCUGACCUUUGAGGUCAGUAGUUUAAAAGUUCUUAGUUAUAUAGCAUCUGGAAGAUCAUUUUGAAAUUGUUCCUUGGAGAAAUGAAAACAGUGUGUAAACAAAAUGAAGCUGCCCUAAUAAAAAGGAGUAUACAAACAUUUAAGCUGUGGUCAAGGCUACAGAUGUGCUGACAAGGCACUUCAUGUAAAGUGUCAGAAGGAGCUACAAAACCUACCCUCAGUGAGCAUGGUACUUGGCCUUUGGAGGAACAAUCGGCUGCAUUGAAGAUCCAGCUGCCUAUUGAUUUAAGCUUUCCUGUUGAAUGACAAAGUAUGUGGUUUUGUAAUUUGUUUGAAACCCCAAACAGUGACUGUACUUUCUAUUUUAAUCUUGCUACUACCGUUAUACACAUAUAGUGUACAGCCAGACCAGAUUAAACUUCAUAUGUAAUCUCUAGGAAGUCAAUAUGUGGAAGCAACCAAGCCUGCUGUCUUGUGAUCACUUAGCGAACCCUUUAUUUGAACAAUGAAGUUGAAAAUCAUAGGCACCUUUUACUGUGAUGUUUGUGUAUGUGGGAGUACUCUCAUCACUACAGUAUUACUCUUACAAGAGUGGACUCAGUGGGUUAACAUCAGUUUUGUUUACUCAUCCUCCAGGAACUGCAGGUCAAGUUGUCAGGUUAUUUAUUUUAUAAUGUCCAUAUGCUAAUAGUGAUCAAGAAGACUUUAGGAAUGGUUCUCUCAACAAGAAAUAAUAGAAAUGUCUCAAGGCAGUUAAUUCUCAUUAAUACUCUUUAUUUAUCCUAUUUCUGGGGGAGGAUGUACGUGGCCAUGUAUGAAGCCAAAUAUUAGGCUUAAAAACUGAAAAAUCUGGUUCAUUCUUCAGAUAUACUGGAACCCUUUUAAAGUUGAUAUUGGGGCCAUGAGUAAAAUAGAUUUUAUAAGAUGACUGUGUUGUACCAAAAUUCAUCUGUCUAUAUUUUAUUUAGGGAACAUGGUUUGACUCAUCUUAUAUGGGAAACCAUGUAGCAGUGAGUCAUAUCUUAAUAUAUUUCUAAAUGUUUGGCAUGUAAAUGUAAACUCAGCAUCAAAAUAUUUCAGUGAAUUUGCACUGUUUAAUCAUAGUUACUGUGUAAACUCAUCUGAAAUGUUACAAAAAUAAACUAUAAAACAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-837.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -881.11
Frequency: 0.0000
Diversity: 766.70
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((.(.((((((.(((((((((((.((...)).))))))((((....)))).(.((((((..((((((.((..((((....)))))).))))))..((((((((((....((((....))))...))))))))))((((((..(((((....)))))..))))))((((((((.((((.(((....)))))))))))))))................((((((((((((((((...))))...))).(((.(((((....))))).))).(((....)))...((((((.(((....)))..((((.((((.(((((........)))...((((((((((...))).))))))))).)))).)))).((((...)))))))))).)))))))))..(((((((((..(((((...........))))).)).))))))).((((((.(((........))).))))))..)))))).)....((((((.(((.((((.(((((....))))).))))))))))..)))...))))).)))).))).))))....))))).))))....(((((((......)))...))))...((((((((((((....(((((((((((((...(((.((((((...(((((.(((((.........(((((........)))))..))))).((((.((((((((((((..((((.((((((..(..((......))..)..)..)))))))))..)))))))))))).))))((((((((.((((....(((((......))))).((((.((.(((.......))).)).))))...((((.((.(((((((...((.((((((...((.(((......((.((........)))).....))).))..)))))).))..))))))).)).))))....)))).)))))))).((((((...)))))).)))))...)))))).((((((((.((((.(((((((.((((((............((.((.....)).))............)))))).))))..)))..............((((((((.(((...((((((((.(((((((.(((((((((((..........)))))....(((((((......))))))).....((((((..(.....)..)))))).(((((.((((((......((.(((((..(((((...((.(((((...(((..(((((((....((((.((((...((((...((((((((((((...(((((..((((((((...)))))))).)))))..................)))))))).((((((.......((((((((((.((....(((..(((((.........(((((....((((((.......))).)))......)))))..)))))..)))((((((....((((((.((..(((((((......))))))).((.((((.........)).)).)).)).)))))).....)))))))).))))))))))((((((.(((...))).)))))).....))))))........)))).))))....)))).)))))))))))..)))...)))))))...))))).))))).))((((((((....(((((........(((.(((((.....))))).)))....(((.((...(((((....(......)...)))))....)).))).((.(((((..((((..(((((.((((((((((((.....(((((((.....)))))))......(((((((..........))))))).....((((.(((((((....))).)))))))).....(((((....)))))((((...((((((.((((.......)))).))))))((....))..((((((......))).)))(((((.......)))))))))....))))..))))))))..)))))..))))..))))))).....)))))...)))))))).)))))).)))))....................)))))).))))..))).)))))))).....)))...))))))))(((((........)))))............((((((........))))))....))))))))))))..))).....))))))))))).))...((((((......((((((...((......))....))))))))))))....((((((((((....(((.((((((((.((((((((....))))))))..)))))))).)))........))))))))))...)))))).............))))))..(((((((((((((.(((((((.((............)).))))))).))).)))))))))).........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(((((,((((({,(,,,,||..||||||||||({(({.{{{{||||||((((,,,,||||{||((((({,{{(({{{{{..,{|||||,,|,||||}}}}}))}}|{((((((((,,..((({...,||||,,|||||}}}|||(((({(,,(((({.,,,|||||,.}}}}}}(((((((,{((((.(((....))))))))))))))).,,,,,......,,(((((,(((,...}|||...})))).....{{({,.,||||.{{((({{(((,((,((,...((((((,.,,,..(((....))}.}|||}}..||}}}},},.)))}}})||,}}}||||||||||,.,}}.,}}}}}}||||||,..}}}}}}}}}}|(({(((({{{.{{{(((((({(((((((({{{{((((,.....}}}},.)),}}..,.((((((((((((((.(((........))).))))))........))))))))((((.(((.((((.(((((....))))).))))))))))).|||...}},)),,|,}.)))}}))}}}}}))))).}),)}}}}))}}||,..,,,{||}||||||||..((,((....||},...||||.||((((({{{(({...,,,,,{,.{{(((.|,,,..........,}}})),})}},,)))))))))))}}||||,((((((((((((..((((.(((((,..,..((......))..}..}..)))))))))..)))))))))))).}}}}{(((((((.((((....(((((......))))).((((.{(.(((.......))).)}.))))...((((.((.(((((((...((.((((((.,.((.(((......,(,{,........}},,.....))).)),.)))))).))..))))))).)).))))....)))).))))))))}||||||}}.}})))))))}}),}}))))))}||{(((({{({,({(((((((((((,((..........,,||.{{||......),}}.,,.}}}},}))))}}}))))},}}|{(((,.{,,,,{,.((({{{{{.|||..,{{{{{{{{.||||||{.,{{{|||||||}}|{{{{...,}}}},...(((((((......))))))).}},,||||||,,|||.,,|..||||{{{((,{({(((,(({..,{{((.,((((,.(((((.,{((,((((,{{{((({{((((((({...,,,,.,({{.{(((,....}}}},(((((((...(((((..((((((((...)))))))).)))))..................)))))))},,,.,||}}}}}..,,||||||||}|,}}}}}|,..||||({{....}},,,{{{....((((((.......))).))}......}}}},..,||||(({,,.,||||}}}.,{({{{.||,,||||||,.,}}},,))),))}}}}||}|.......,,|}.,,{||.,,}))},})}}...,))))),},))))},}},)}|||||},,{{,.{|,.,|||||{{{..,{{{|{...,{{{{.|||{|{..||,|||||,|}}||||}}}}..,||{{{||,,,.,.}}))))).))))),))|||{{{{({{{{((({(...{{...(((.(((((.....))))).))).}}.|||}||}},|{((({(({({...{{,...},)),..}}))})))}{{.(((((..((((..(((((.((((((((((((,....(((((((.....)))))))..,{{.(((((((..........))))))).,}}.{(((.(((((((....))).)))))))}{,.,{(((((....)))))||||...((((((.((((.......)))).))))))((,.,.|},.|||,||,.....}}}.,}|({{{{,......,})))},))...,))))..))))))))..)))))..))))..))))))}.}}}})),))},.,,))))},.)))}}}})))))}|...},},},,,,,..,,,,|}}}}.||||..,}}.)))))))),,,,.}}},,,|||||}}}(((((........)))))...,,,|},,,.((((((........)))))}...,}))},||||,}|........,...)))}||,{(((((((((((((......((((((...{{......))....))))))))))}}.})))))))}|}|.,,,,|||.((((((((.((((((((....))))))))..)))))))).}}}......,.,,,,,..,,{{{{,|(((....))))}}}}..,)))))..(((((((((((((.(((((((.((..,......,..)).))))))).))).)))))))))).........................
Back