Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000978.4
Sequence Length
2706 nt
GC Content
0.4368
CGGCGUUCAAGAUGUCGAAGCGAGGACGUGGUGGGUCCUCUGGUGCGAAAUUCCGGAUUUCCUUGGGUCUUCCGGUAGGAGCUGUAAUCAAUUGUGCUGACAACACAGGAGCCAAAAACCUGUAUAUCAUCUCCGUGAAGGGGAUCAAGGGACGGCUGAACAGACUUCCCGCUGCUGGUGUGGGUGACAUGGUGAUGGCCACAGUCAAGAAAGGCAAACCAGAGCUCAGAAAAAAGGUACAUCCAGCAGUGGUCAUUCGACAACGAAAGUCAUACCGUAGAAAAGAUGGCGUGUUUCUUUAUUUUGAAGAUAAUGCAGGAGUCAUAGUGAACAAUAAAGGCGAGAUGAAAGGUUCUGCCAUUACAGGACCAGUAGCAAAGGAGUGUGCAGACUUGUGGCCCCGGAUUGCAUCCAAUGCUGGCAGCAUUGCAUGAUUCUCCAGUAUAUUUGUAAAAAAUAAAAAAAAAAACUAAACCCAUUAAAAAGUAUUUGUUUGCAGUGCUUGUCUCCCUGUUCACUUCCAGGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUAAGUAGCUGGGAUUACAGGCACCUGCCGUCAUGCCUGGCUAGUUUUUGUAUUUUUGGUGGAGACAGGGUUUCACCAUGUUUGCCAAACGACUCAAACUCCUGAUCUCAAGUGAUCUGCCCACCCAGGCCUCUACAGUGUUUUUGACAUACCCUGACCAUCACUUUUCUGAAAUGGAAACUCUGGGCAUUUUUUUUUUAAAGCAAUCCUUGCUUUUUUGUGAGUUUGCAGACUUUCAGCAUCUUCCAAUUGCUGUAUUUACAAUUUUGGCCUCAAAAAGUAUUAUUUGGGUUUUGAGUCCCAAAAAUAAUAGUAGAUACUGCUCAAUGACUGGCUAUACAUGGUAGCUUCUCCUGGAGUGAGGAAGGCAUUCAAAUGGCUGGGCGCGGUAGCUGGCACCUGUAAUCCCAACACUUUCGGAGGCCAAGGCAGGCAGAUCAUGAGGUCAGGAGUUCAAGACCAGGCUGACCAACGUGGUGAAACCUCCUCUUUUCUAAAAAUACAAAAAUUAGCUGGGCGUGGUGGCGCACCGCCUGUAAUCUCAGCUACUGAGAGAAUCGCUUGAACCUGGGAGGUGGAGUUUGCAGCGAGUCGAGAUUGCACCAUUGUACUCCAUCCAGCCUGGGCAACGGAGCAAGAUUCCGUUCCCGCCCCCGCCCCAAAAAAAGGCAUUGAAGUUAAGAUAGACUAUAUAGUUAGAUCCUGGACACACACAUGGAUUUUGAGGAAUGAUGUGAGUUUGUUUAUGUAUGUACAUUUUAGCAGUUAACAGAUUUGGAGUAAAUUGAAUAUUUAUAAAACAACAGUAAUUGCCAUGUAGGUUUACUGUCAUAGUGGAAGAUGAUUAAGUUGAUGGUACCUACAGGUAUUUUGCUAUGAAAAUGUUUUGACAAACAGGAUGAUCGUGUAAUUUAUGUUCCAAGCUCUAGUUUGAGAAUGGAAGAAUGUGGUAAAUUUUUGCCAACUGAACAGGCAUAAAGCGCUGAUAAUAAGGGACUUGGCCUUAAGGUAGGAGGUUGUUAGCAUUUCUUUCUAAACGUGUAAGAGUUUAUUUAGGUGACACCCAGCGUUUUGGAAAAAUGGGUGUUUGUUUAGAACAAUAAUUUGGAGGGAAGUGGACUAAACAGGGUUUUUAGAUUAAGGUUUGUGUUUAUGUAUCUGUAUCUGCAAAUACUCAGCCAUAAAUGUUUCUACCUGUAAGUUGGGUAUAAUACAAGCUCCACUUGGUAUCAAAAAGGACUACCCUUAGUGUCUUCCAUGACUAGUUAUGGAAUGUACCAGACCUAGAGAGGAGUUGUUCUAACCUGGAGCUUUUGAAAAUGUUUCCGGUCCAUACCCUAGACCAAUUAAGUCAGACUGCAGAAUAGGACUCAGACAUCAGAAUUGUGAAGCUCCCAGGAGAUGUCAAGGUAUACCCAAGACUGAGAACCAGUACCCUGUCUAGACUGAACCAGGCUUGGUUUUAGAAGUAUUAAAUCUCGCCUGGGUACGGUGGCUCACACCUAUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGUGGGUGGAUCAUCUGAGGUCAGGAGAGUGAGACCAGCCUGUCCAACAUGUUGAAACCCCAUCUCUACUAUACAAAAUUAGCCAGGCAUGGUGGUGCAUGCUGUAAUCCCAGCUACUUGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUUGCUUGAACCCCGGAGAUGGAGGUUGCAGUGAGCUGAGGUCGCACGAUUGUGCUCCAGCCUGGGCAACCAGUGAAACUCUGGGGGGAAAGAAAAAAAAUGUAUUAAAUCUCUAGUUUUAGAGAGUUACACCAUAACAUCCCUGAGUAUGGUCAAUUUCAAGUCAGCUUUAGUGUGACAAGCCCCUAGGCCCACCAUUUAUGUCUUUAUAUAUUAUGGCAAUAUAUGAUCCUUAUAUAUUAACCACUAAUCGCUGCUGUUUUUGAAUGUUAUCUUUUCUGAGGCAGUCUUGCUCUGUCACACAGGCUGGAGUGCAGUAACACCACUGAAGCUCACUGUAACUUUGAACUGCUGGACUUGGAAUCCUCCUGCUGUGGCCUUCAAAGGGCUGCAAUUACAAGUGUGAGCCACUGCAUCCCACCUCACAUUUUAUUCUUUGGAGAUUUUUUUUGACUUGGAUUAAAAAACUUUAUAUUUACACUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-912.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -965.45
Frequency: 0.0000
Diversity: 753.24
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((...)))))))....((((((.......)))))).((((((.....(((((...((...))...)))))..((((((((..(((.((((.((......(((((.........))))).....((((((.....))))))...)).)))).))))))).)))).))).)))((((((((((....(((..((((((.((((((((((((....((((((...((((...((((.......((((((((..((((....))))...(((.((((.......)))).)))..((((((...))))))....(((((((....((((((((.....((.(((((((..(((((((......))))))).........(((((((((((...(((.(((..(.((((....)))).).))).))))))))))...)))).((((...(((((((((((...........................))))).)))))))))))))))))))))))))))((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((..(((((((((((((((((((((((.((((....((((((((..((((((((.((((((.(.((..(..((((..((((((((((((.((((((((((((((..(((((((..((((((((((((((..((((..(.((((..((((((...((((((((((.(.((((.......(((((((...))))))).....)))).).))))....(((((.........))))).........(((((((((((...(.(((((((((((........))))..))))))).).(((.(((((........((((((.....)))))).((((.((((((.(((((.(((....))).))(((.((........)).)))....)))...)))))).))))((....)).)))))))).))))))))))).((((((((((((.(.((((...)))).)...(((((((((........((((.....(((((((.(((((.(((((...((((((..((((((...)))))).....((((.....((((.((((((((..(((((((.......)))).....)))))))))))..((..(((((((((((.....)))))))...))))..)))))).....))))......(((((((((((((....))))((((((((........)).))))))..........(.((((((((((..(((............)))...)))))))))).)((((((.....))))))........(((((.((((.(((((((..(((((((((((........))))...))))))))))))))))))..))))).......)))))))))..(((.((...)).)))......(.(((((..(((......)))..))))).)...((((((....)))))).....)))))).....)))))((((.((((((...(((((((.((((.((((.((((...((((((((((((((..(((.........((((((.((((((((..............))))))))..)))))))))....))))))))))))))((((..(((((.....((((..((.(((((((.((..((((.(((....))).))))..)).))))))).))))))))))).)))).........)))).)))))))).........)))).))))))))).))))..))))).))))))).....))))........))))))))).........)))))...)))))))...))))))((((.........))))......(((.((.(.(......).).)).))).))))))..)))).)....))))..))))))))...((((((.(.(.((((...(((((....((((....((((((....)))))))))).)))))...)))))).)))))).((((.....)))).........))))))...)))))))..)))))))))))))).))))))))))))..))))....)..)).).)))))).))))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))((((((.(.((((((((((((((((..(((......((((((((((((((((.....((((.......)))).((((((((.......((((.....((((((....))))))..))))(((((.(........))))))((((.....((.((((.((((((......(((....)))...((((.(((((....)))))..)))).(((((((((...)))))))))...))))))..))))))....))))......))))))))..(((((.......)))))...))))))))))))))))......)))..)))))))))))))))).).)).))))..)))))...)))))))(((((((((...))))))))).((((....)))))))))))).....))))....))))...))))))...))))))))))))))).)))....)))...))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((...))))))).{{,((((((.......)))))).{{{{{,,..,.{((({...((...|}...))))).,|||||||{,||,,.|{{{,||.},,,.(((((.........))))).....((((((,....||||||,.,((,|{({(,....,|,||||||||{{{{(((((((((,...{(((....(((,.,,,,,,{,,,||}..}|||{,|}}}|,,....,,,,.,,.}}}|||||||,..((((....})}}.{{({{.{{{{.......)))),|||{,((((({...}))))).,},||{||||,,..((((((({....{((.(((((,...(((((((......)))))))..,.{{,.,{((({{(((({...{({.{{,..({({{{,||,)||||||}}},|}|||}|}}}...}))),,,,{,{((,,...}}}}}.........................,|}|}}},}}))))})))))))))))))))))))}(((,((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((({{((..,(((((((((((((((((((((((((({...,((((((((..((((((((.((((((.(.((..{..((((..((((((((((((.((((((((((((((..(((((((..(((((({(((((((..((((..{.((((..((((((..(((((({((((,{,,..,.......{{(((((,,,|||||||..,{{||{{,,{{{{{{{{,{{(((((({{{,..,((,(((({(((..{(((((,(((||{{,,(({{,{{((((......,.)))))},,}}}},||||}}}),)){{,,,,.{{((((((...,{|},|||{.((((......))))||}|,{|},.}))})|(((.(({(..{{{{{{..{{{..........,,}}}}}),,))))|{({{((,.,((({{{.((((((,.{{,...,}|,...}}}}}}..)}))))...,||||||...{,,...............{{(({((({(,{{,({|,,.)))))}|,..,|||||}},,}}}}}...,,|||,},,.,{|||,|||(((({.,(((({(,,{,....}})}}}}.}))})))))},)}.})}}(((.(((((((.....}))))))))))),,}}))))),.....,)})}}}}},{{{.,,{{,||||.,,,,|||((((((((........)}.)))))}..,}))},}))))}}))}||||,,{{|,,||}||,,,,,||||||.,,,}}}|||,,{|{{{{,,...)))))),,,,,,..(((((.((((.(((((({..(((((((((((........))))...))))))))))))))))))..))))).,,,...||||||,,,..{||.{|...)),)))......{.(((((..(((......)))..))))).}..,((((((....)))))).|,,,,{((((.,,,,||,|||....,,||,,.,,,.,))},}}))}}}},})))}}|,,{{{{((((((((((,.,,,....}|},.,,{{{{.((((((((...{{,....,...)))))))),,)))))}}}}....,)))}}|||}}}||,,||...}}}}}}}}}||,......(((((,({({.{((,({((({{{{||,.||||{{{{{,,||,,,{{...,||,|,,..}}))))))}.....{(((((((...(((......,(,((({.(((((((.(((((((((((....))))))).......))))))},}).))}))},)),}.))))))))))).,|||,.,.}}},.||||,,,.,,,,.}})),.....),)))),))))))))}}))),))))).))))))..)))).}....))))..)))))))}|..{{{{{{.{.{{({({..,{({{{....{{{{,...|{,(((,,,.,|||||}}},.}}}),,,,))}})}})))}}}.((((.....)))).........}))))).,,)))))))..)))))))))))))).))))))))))))..))))....}..)).).)))))).))))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))|,|||{.(.((((((((((((((((..(((.,....(((((((((((((((({{{,.((((.,.....)))).((((((((.......,(((.....((((((....))))))..)))|(((({,(......,.})))))|(((...{,{(.((((.((((((.,....(((....)))...((((.(((((....)))))..)))).(((((((((...)))))))))...))))))..))))))}...)))}......))))))))..((((|...,,},)))))...))))))))))))))))....,.)))..)))))))))))))))).).)},))),.}))})},,,)))))}}(((((((({...})))))))).....,,{{|||||,,,,}},.....}}))}}}}))),..,)},))),}})}||||||||},,}}.}}}}},,},,....,,})})))),,.
Back