Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001001522.2
Sequence Length
4260 nt
GC Content
0.5671
CGAGGAGCGAGCCAGUGGGGGAGGCUGACAUCACCACGGCGGCAGCCCUUUAAACCCCUCACCCAGCCAGCGCCCCAUCCUGUCUGUCCGAACCCAGACACAAGUCUUCACUCCUUCCUGCGAGCCCUGAGGAAGCCUUGUGAGUGCAUUGGCUGGGGCUUGGAGGGAAGUUGGGCUGGAGCUGGACAGGAGCAGUGGGUGCAUUUCAGGCAGGCUCUCCUGAGGUCCCAGGCGCCAGCUCCAGCUCCCUGGCUAGGGAAACCCACCCUCUCAGUCAGCAUGGGGGCCCAAGCUCCAGGCAGGGUGGGCUGGAUCACUAGCGUCCUGGAUCUCUCUCAGACUGGGCAGCCCCGGGCUCAUUGAAAUGCCCCGGAUGACUUGGCUAGUGCAGAGGAAUUGAUGGAAACCACCGGGGUGAGAGGGAGGCUCCCCAUCUCAGCCAGCCACAUCCACAAGGUGUGUGUAAGGGUGCAGGCGCCGGCCGGUUAGGCCAAGGCUCUACUGUCUGUUGCCCCUCCAGGAGAACUUCCAAGGAGCUUUCCCCAGACAUGGCCAACAAGGGUCCUUCCUAUGGCAUGAGCCGCGAAGUGCAGUCCAAAAUCGAGAAGAAGUAUGACGAGGAGCUGGAGGAGCGGCUGGUGGAGUGGAUCAUAGUGCAGUGUGGCCCUGAUGUGGGCCGCCCAGACCGUGGGCGCUUGGGCUUCCAGGUCUGGCUGAAGAAUGGCGUGAUUCUGAGCAAGCUGGUGAACAGCCUGUACCCUGAUGGCUCCAAGCCGGUGAAGGUGCCCGAGAACCCACCCUCCAUGGUCUUCAAGCAGAUGGAGCAGGUGGCUCAGUUCCUGAAGGCGGCUGAGGACUAUGGGGUCAUCAAGACUGACAUGUUCCAGACUGUUGACCUCUUUGAAGGCAAAGACAUGGCAGCAGUGCAGAGGACCCUGAUGGCUUUGGGCAGCUUGGCAGUGACCAAGAAUGAUGGGCACUACCGUGGAGAUCCCAACUGGUUUAUGAAGAAAGCGCAGGAGCAUAAGAGGGAAUUCACAGAGAGCCAGCUGCAGGAGGGAAAGCAUGUCAUUGGCCUUCAGAUGGGCAGCAACAGAGGGGCCUCCCAGGCCGGCAUGACAGGCUACGGACGACCUCGGCAGAUCAUCAGUUAGAGCGGAGAGGGCUAGCCCUGAGCCCGGCCCUCCCCCAGCUCCUUGGCUGCAGCCAUCCCGCUUAGCCUGCCUCACCCACACCCGUGUGGUACCUUCAGCCCUGGCCAAGCUUUGAGGCUCUGUCACUGAGCAAUGGUAACUGCACCUGGGCAGCUCCUCCCUGUGCCCCCAGCCUCAGCCCAACUUCUUACCCGAAAGCAUCACUGCCUUGGCCCCUCCCUCCCGGCUGCCCCCAUCACCUCUACUGUCUCCUCCCUGGGCUAAGCAGGGGAGAAGCGGGCUGGGGGUAGCCUGGAUGUGGGCCAAGUCCACUGUCCUCCUUGGCGGCAAAAGCCCAUUGAAGAAGAACCAGCCCAGCCUGCCCCCUAUCUUGUCCUGGAAUAUUUUUGGGGUUGGAACUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAUCAAUCUUUUCUCAGGCCUGGCUGGCAGAGUUUGAUUUGCCCUGGUCACUUUUGUUAUGGUUUCAGAUCUGCGCAGGGGACAGGCAGGCAUCUCGGGCUUGUAUGUGUUCCUGGCUGCCGUCCUCUGAAGGACCCUUCAUGUGCCAAGAUUCCAGGACAGUCAGAUUCUUUCAGAGGAAACAGGCCAUAGAACAGGAGAGUGAAUCUUGGGGACCGAAGGGAAAAAGGAGCCACUCAGCAGCAUGCAGUGGCUUUGGGGAGACAGAGGAAAGGAGAGAUUGCGAGUGGCAGAAUUGUUUGGAAGGUUUUUAUUUUGGAAAAGCUGUGCAGAAAAAAAUUCAAGAAAAUGUUGCUGUGAAAAGAGAAAAACAAAUCUUAAGCAUUAAAAAAAAUUCAACCAACUAGCUCAGAAGAGGGGAGAAGGCCAAGGUUGAGAGAAGAGUCACAGCCUGUCAGGCAGAUAGCUGGCCUCCGGCGGGAAGGCCAUUUCCCUGAGCACUUGCAGAGGAAGACAGGGUGGUGGCAGGACUGGAGUGGCAGUGGCUCCCAAGGCUCUCUCCUCCAACAUGUGCAUCUGCCAUCUGCUCUGCAGUCCUGCCGCAGGAUUCCCUAGUGAAGCAGCUCAGGCCUGGGGGAGCCGUGUGUAUCCCAGCUGUGCCGGCAGCAUCAUACCAAUCGUGGGGGUGGUGAAGGAGCCAGGGGUUCAUUCAUGGUUGGUUUCUGAUCAGGCAUCUUGGGAAUGGAUAAUGGAGGCAGCCGCUUUCAGGACAGGCAUGUCCAGGGGCUCCUCCCAGCCUCUACCCCGAAGUCCUCUUCCCAAGUGACCCCAGUGAUGUUUCCAUUGAGAUGCGCUCCUGGCUAUGGCAGGCACCUUCUCAACUUAUAUGUGGGAAGGGGUCCCCCAUGCUUGGGGGACCUAGGCAGCUGGCUUGGCCCAAGAGAGAUGAGGAUGGAGGCCAAACCAAAGGGGGGCGCCAAUCCCCUGUCCAACACCUUCUCACCAAAAGCUCCCGUUUGGCUGGAGGCAGACCCUGUGGCUCUGACCAGACUUCUCUGGCAGCAAUCCUCCACCAUUUGUAUCUUAAGAAGGCCCUCACCCUCUUUGAGUGGAGUCAGAGGAUGCCUCAGAUUCCAGAUGUAAGCAUCAGAACUGCUUUCUGUCAAGAGCUCCCUAAUUUUGGGAAAGAAGAGCCUGUCCCACACUGUCAGGCCCUGAGGUCAGCAGAUCUGCUCCUCCUUCCCGUGCGGUACGUCUAGGUGCUGAUGAGGGCAGUCCAGGGCGCUCUUGUUCUGGGACAGGCUCCAGUCCCCUUGCUCCAGCAGGUCUGGGGCAAGGAGGUCAGAGGUGGUGGGAGGGCCCCUGCUCUCUGUUUCCACUUCGUCUGGAUCCUUGCUGCUGCAAAGUGGCACUGAUUCUAGCUCUGUCCCUUCCUCCUUGGCUUUCCGGCUCCGAUGGGGCCAGUGGCAGGGUCCACUCCUACAAACUUGAUUGGAAGCCACAUUCCUCUGGCUCAAAUAUACUUCCAGCAUGUAGUAAACAGUCCAGAAGACGGUGAAACAGCCUACCAGCACCAGGGUCUGGGGCCGAGGCAAGCACCUACGUGAGGCACUGUUUCCCGAAGCCUACAGCCUUUCUCAGCCCAGGACAAUGAGCUCAGAAAGUCUUUUUCCUUCUAGGGACUGCCUUUUUCACCCAAACUGUUCCCUCUGCCCCCUCCCCCGACAAGGCCUGUCCUGUAAGAGUUAGGCUAGCAGGGUAGGAGCAAUGCUAUGAAACCACUGCUGGGACCCAGGUCUUCCCAGUCCUUCACCCCGCAGGUCACCCUGAGAAACACACUAAGAACUCCAUCCCCCAGACAGGACAGUCCCAUCUACCCGCAGCUUGAGUCUUGGCCCUAGUACCUUGAGGGUGUUGGGGGUGAUGGUGUAACCAUCUUCCUCAGGAAUUUUCAGCCCCGGUGGGCAGGGCAGGGCGAAGUCAUCGUGCAGGUAUUUUCCACUCAUGGCACUCUCUAACAGCCUGUGGAGAAGAAAAGAGGUGAGGAUGCCCCACUGACUAUGGUUCCUAUACCAUCUGCCCUCACCCAUUUUCCUGCCUUACAGGUGAAGACAGGGAAGCCCCACAGCAAAAAGGAGAGGCCCAGACUGUGAGUUCCCAGCCCGGGGCUCCAUCUACCGGCUUGACGCUGGAACUGGGAAGCACAGCUGGGGUUCAGAGGGCGAUGGGCUCCCUAGGCGGCCCUUCCCCUGUGACUGGCCUUCCCUCUGACACAUGCGGCUUUACCCACCUUUGUCUGUCCCUGAUGUCUACUGCACUCCACACAGAGCCAUAUAGGGUCAGCUGCCAUUGCCGGAGGAUGCCGACCUGGAAUGACUCAUCCCCUAGGGCAGCAAGGGGCAGCUCGUGAGCCACGCCCCUCUGUCAGCCAUGCCAGACAGCAGAGGCCCUGCCCGCCCUGCCACCCAAAGGGGCUCAGGCCACAUGGUCUGCUCCAGGAGCUGCCUCACUGUGUCCCACUGACCCCAGGUUCUGCAGAAGGGCCUCACUGGGUGCCCUUAGGGAUGGAAAGGGUUGAAAGGCUGUACUCCAAAGCAGAGUCUUGCUUUUCUCUCCCGUAUUUUGGGGGUUCAGCUGGGAUUAGAAAAAAAUGUCUUUCCACCAAAUUAAAGAAAGCUUUGAAAACCAC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1724.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1791.23
Frequency: 0.0000
Diversity: 993.20
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((.(((((.(((((((((.(((((.(.((.....)).).))))).......))))...((((((((((((.......((((((........)))))).......((((..((((((..(....)..))))))....))))))))..))))))))((((((.(((((((((((((((.(((((((((((((.(((((((((.....(((..((((..((((((..((((((((.((.(((((((((((....)))))...(((((((........((...(((((....)))))..)))))))))))))))...)).))).))))).....))))))...)))).)))(((.(((((.(((...(((.((((.(.(((((((((.((.((((...((.(((...))).))((.((((((((......))).))))).))........(((((.((.(((((...(((.(((((((((((((.....((...(((((((.((((.((((((((.((..((((.....((((.((((((((((....((.(((((.((.((((((((.......(((.((((((....(.((((((....(((.............)))))).))).)...)))))).)))...((((.(((.((.(((((((((((......)))))))(((((((.((((.((....)).)))))))))))....(((((......)))))..(((.((((.....)))).)))....((((((((((((((((.(..(((.((..(((...(((((((((((.((......))..))))))..)))))))).)).)))...).)))))........)))))))))))..))))))))).)))).(((((((.((((((((....))))))...)))))))))...)))))))))).))))).)).((((((.(((((((.(((.......))).))))...(((((..((((..(((((((.......)))).)))..........)))).))))).....)))))))))....))))))))...)).)))).)))).)).)))))))))))).)))))))))..)))))))((((...(((..((....))..)))...))))......((((((.((.((((((((..((((..((......))..))))...))))..)))).)))))))).)))))))))...))))))).)))))...)))).)).)))))))))))))).)))....))).)))))..)))....)))))))..)).)))))....)))....))))).))))))))))))))).))...))))..))))).))).)).))))..(((((((((((((((...(((((.((((((..(((..((((.(((.(((((....(((((((((((((.(((.((((((((((...)))))).)))).....)))(((....)))............)))..)))))))))))))))..))))))).)))...((((((((.......))))))))...........................(((.(((((((((((((((((...(((.(((.((....))))).))).))))))((((.(((((((((((..((((((((.(((.....(.(((((.(((((....((((((((((((..((...(((.((.........)))))...))..))))))))))))....)))))..))))).).(((((..((((.....((....))....))))..))))).(((((.(((((((((.(((((((((((((((...((((((.(((((.(((.((((....((((.(.(((((((.......))))))).).))))....................(((((((...((((........))))................((((((..((..(((.........)))..))....))))))........)))))))((((...))))...(((((...)))))((((((((((((((((((..((((((...(((((((..(((((((((((((((((.((.(((((((((.......((.(.............).))....)))).))))))).))))))))))))((((((((..((.(((((((..((((((((((((((..(((((.((....(((((....)))))))))))).....((..((((((.(((((((((((((((.(((((((((...(((.(((....((((.((((((((.((((..(((((((....)))))))(((((....)))))(((((((......)))))))........))))..)))))))))).)).))).)))....))).))).))).))))))))))..(((((((.((((((((.(......)))))))))(((((((((....)))))))))((((..((((.((((((((.(((((((.(..(.((((((.....))..((((((.......)))))).)))).)..).))))..........(((.....(((((((((.((((((((.((((((.(((((....)))))))).........................(((((((((((.......))))(((((((.((((...)))).)))))))((((.(((((.......)))))..)))).(((((((((.......)))).....((((((((((((.((......(((((((((..((((....))))))).((.(((...((((((......))))))....))).))..))))))......))..))))))))))))..(.(((((((((((((.....))))))))))).)).).(((((((..(((((((....)))))))....)))))))....(((((..(((((((....)))))))..)))))..)))))..............))))))).((((((...))))))))).)))))))).....(((((....((.((((((((((........)))))..........))))))))))))...((.(((.....))).))......)))).)))))....)))))).)))))))).).))).))))((.(((((...))))).))..))))...))).((((.(((.((......)).))).))))(((((((........))))))).))))).))))))..))...............)))))))....)))))))..))))((((.(((((((.((.((((((.(((...)))..((.....((((((((.....((..(((..(((...........((((....))))........)))..)))..))....))))).))).....))....))))))))))))))).))))(.(((((((((((...))))))))))).)((((((...)))))))))))..))))))))..((((....))))(((((((.....(((((..(((..(((((((((..(((.(..(..((((((........)))))).)..).)))..))))))))).))))))))(((((......))))))))))))))))).)))))))......))))))....))))))))(((..(........)..).))(((((.(((((..(((((((.((((.((.((.......))...).).))))..))))))).))))))))))..(((.((((.((.(((((((...)).))))).)))))).))).)))))))))))))).))).))))))))).))..))))))))..))))))).).)))))))).........((.((.....)).)).)))))....))).)).))))))..))))..........)))))).).))))...(((((.(((....)))...)))))))))))))))).))))))))).)))))((((..((((((((.((((((..((((((((((((....))))).((.(((((.(((..(((..(((...))))))...))).))))).))..)))))))..))))))....))))).)))..))))..(((((((...((((.......))))...)))))))............))))))..)))))))))...((((........)))).......((((((....)))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((.(((((.(((((((((,(((((.{.{{.....}}.},))))),,.....})))...(((((((((,((.......{(((((........)))))|,,{{.,{(({(,,((({{{..|,,....})))))).,,,)))}),)).,))))))))((((((.(((((((((((((((.(((((,{((({(({((((({(({.,{{{(({,{({{{,.{{((((({((((((((.((.(((((((((((....)))))...(((((((.......,((.({({{,,,,,.))))),,)))))))))))))))...)).))).))))))}}}}.,,,}}.,,||||.|,)|||}(((((.{({...(((.{(((.(.(((((((((.((.((((...,{.{((...||||||((.((((((((......))).))))).)).{{(((({{,....||||||,|,..((({({(((((((((((,{...{{,,.(((((((.((((.((((((((.((..((((.....((((.({((((((((,...((.(((((.{.(((((((((.{,,,..(((.((((((....(.((((((....(((..........,..)))))).))).)...)))))).)))..}|||(.((,.(({((({(((((((......))))))){((((((.((((.((....)).))))))))))|{{..(((((......))))).,||,.((((.....)))),)))}}..||||(((({{{{{|{(,(..{((,{{..{{{.,,|{(((((((((,(({,....||..}))))}..}))))}}}.)),)))...}.))))),,}},}},)))))}}}}},.,}}}}}}}}}.}})},(((((((.((((((((....))))))...)))))))))...)))))))))}.))))).)).((((({{(((((((.(((.......))).))))...(((((..((((..{{{((((.{,....,,,}.)),,}}}......)))).))))).....)))))))))..,.))))))))...)).)))).)))}.)).)))))))))))).))))))),),.))))))){(((...(((..((....))..))).,.)))}......((((((.((,(((({(({..{{||..||,,,,,.))..))))...))))}.}))).}))))))),)))))))))))})))})))}}))))}.})))).)).)))))))))})))).)))....))).)))))..,}}...}))),)))}|||,}},,},..,,)),}}.))))).))))))))))))))).}),..})))..))))).)))}}).))))..(((((((((((((((...(((((.((((((..{{(,.((((.{((.(((((....(((((((((((((.{{{.((({((((((...)))))).))))..,..))}(((....)))............)))..)))))))))))))))..))))))).))}...((((((((.......))))))))...................,,,,....(((.(((((((((({((((((...(((.(((.((....})))).))).))))))((((.(((((((((((..((((((((.(((.,,..{.(((((.(((((....((((((((((((..((...(((.((.........)))))...))..))))))))))))....)))))..))))).}.(((((..((((.....((....))....))))..))))).(((((.(((((((((.(((((((((((((((...((((((.(((((.(((.((((..,.((((,{.(((((((.,,,,..}}}}|}}.,.))}}................,,,,{{({{{,.,,{{,{........))))..,,,..........,(({{((..,,..(((....}}}{{|,}.,||||..|||||}|,......)),))))||({,.,||,}...{|(((,,,||}}}((((((((({.(((((((..((((((.,{(((((((..(((((((((((((((((.((.(((((((((.......((.,.............}.))....)))).))))))).)))))))))))){(((((((..((.(({((((..((((((((((((({..{(({({{{....(((((....)))))..,)))),,..,,,(((((((({({(((((((((((((.(((((((((...(((.(((....((((.((((((((.((((..{((((({,,,,}||}}},(((((....)))))||{||||,,,,,.}}}}}|}........))))..)))))))))).)).))).)))....)))},)))})).)))))))))}..(((((,..((((((({,(......)))))))))(((((((((....))))))))){(((..((((.((((((((..{,{{{{.{.(({(((,{({{...{{...||{{||}.,,..)))})).}),....||{||,,.{{,,,.,{,,,.,}}}}),.))})}(((((((((.,((((((.(((((....)))))))).....,.{{{{{,{{{,,..{{{{(({{((,..,,,}}.}}}}})))(((((((.((((...)))).)))))))((((....))))......|||||,.....}))}}((((.......)))).....((((((((((((.{{....{{(((((((((..{(({....)))}}}}|{{.(((.,.((((((......)))))).,}.))).))..)))))).}}...}}..))))))))))))..(.(((((((((((((.....))))))))))).)).),|||}|||,}|{(((((....))))))|{{{{|||||||.{((((((,.,((((((({{..|||||}}..||,,},.|||||{|{|{,.,{,{,,{||{|..,.||||||,,.))))}})).)))))))))}},},|,,,.....,},,||||{({({......,.))))),.......,|}},,}}}.))))}},...}))}})).)).))))}}}}}},,,...))).,))))))))))))))))).),})).})}}.({(((((,..{,,{{.||{{|,,,,.{(.((((((.(((.((......)).))).)))))).)}...,,||}}..))))))))),,},))))}.....,,,..,,,,.))))))))))))....)))))))..))))((((.(((((((.((.((((((,(((...|}}..,....,,{{||{(((,,..,((.{{,,..||{}}}......,.((((....)))).}.......,,..|,,..,,.,,.,,,,}.,,)},..})},}.}))))))))))))))).)))){.(((((((((((...))))))))))).,((((((...))))))}))))..)))))))}..((((....))))(((((((.....(((((..(((..(((((((((..(((.{..,..((((({,(,...,))))))).}..,.)))..))))))))).)))))))){((((......))))))))))))))))).)))))))..,,..))))))....)))))))|{{{,.,........},.|.|,(((((.(((((..(((((((.((((.(,.{{.......}}...}.).))))..))))))).)))))))))).}{((.((((.((.((((({(...}).))))).)))))).))).)))))))))))))).))).))))))))).))..)))))))),.})))))).),)})))))).........((.((.....)).)).))))),,..))).))}})))))..))))..........)))))).).))))..,(((((.(((....)))...)))))))))))))))).))))))))).)))))((((..((((((((.((((((..(((({((((({(,,,.||}}}|(({{{{||}|{|,,{,|.||||...},}))),,,)||,||||}.,}.,))))))}..))))))....})))).)))..))))..(((((((.,.((((.......))))...)))))))............))))))..}))))))))...{{.........,}|}}.......{(((((....)))))}.......
Back