Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001001576.2
Sequence Length
1723 nt
GC Content
0.5421
GAGCGGAGGAGACCCUGCGGCGCGCGGCGGCGGCUCCCGGGCGUCCCGGGCCCGGUGGCGGCGCGGCUGUGGUUGGCUGAGCGCCGCGGGCCGCCCCCCGCCCGCCCCCUCCCCUGCUCCCCUCCCCCGCCUCCCGCGGCGGCUGGCGUCGGGAAAGUACAGUAAAAAGUCCGAGUGCAGCCGCCGGGCGCAGGAUGGGAUCCGGCUCCUCCAGCUACCGGCCCAAGGCCAUCUACCUGGACAUCGAUGGACGCAUUCAGAAGCACUCCGUACAAAGUGAGACCUGUGGCCAUCAAGCAACUCUCCGAGCAUUCAAAAUCAAUGAACUGAAAGCUGAAGUUGCAAAUCACUUGGCUGUCCUAGAGAAACGCGUGGAAUGACCAACUGCCCCUGUAAGUACAGUUUUUUGGAUAACCACAAGAAGUUGACUCCUCGACGCGAUGUUCCCACUUACCCCAAGUACCUGCUCUCUCCAGAGACCAUCGAGGCCCUGCGGAAGCCGACCUUUGACGUCUGGCUUUGGGAGCCCAAUGAGAUGCUGAGCUGCCUGGAGCACAUGUACCACGACCUCGGGCUGGUCAGGGACUUCAGCAUCAACCCUGUCACCCUCAGGAGGUGGCUGUUCUGCGUCCACGACAACUACAGAAACAACCCCUUCCACAACUUCCGGCACUGCUUCUGCGUGGCCCAGAUGAUGUACAGCAUGGUCUGGCUCUGCAGUCUCCAGGAGAAGUUCUCACAAACGGAUAUCCUGAUCCUAAUGACAGCGGCCAUCUGCCACGAUCUGGACCAUCCCGGCUACAACAACACGUACCAGAUCAAUGCCCGCACAGAGCUGGCGGUCCGCUACAAUGACAUCUCACCGCUGGAGAACCACCACUGCGCCGUGGCCUUCCAGAUCCUCGCCGAGCCUGAGUGCAACAUCUUCUCCAACAUCCCACCUGAUGGGUUCAAGCAGAUCCGACAGGGAAUGAUCACAUUAAUCUUGGCCACUGACAUGGCAAGACAUGCAGAAAUUAUGGAUUCUUUCAAAGAGAAAAUGGAGAAUUUUGACUACAGCAACGAGGAGCACAUGACCCUGCUGAAGAUGAUUUUGAUAAAAUGCUGUGAUAUCUCUAACGAGGUCCGUCCAAUGGAAGUCGCAGAGCCUUGGGUGGACUGUUUAUUAGAGGAAUAUUUUAUGCAGAGCGACCGUGAGAAGUCAGAAGGCCUUCCUGUGGCACCGUUCAUGGACCGAGACAAAGUGACCAAGGCCACAGCCCAGAUUGGGUUCAUCAAGUUUGUCCUGAUCCCAAUGUUUGAAACAGUGACCAAGCUCUUCCCCAUGGUUGAGGAGAUCAUGCUGCAGCCACUUUGGGAAUCCCGAGAUCGCUACGAGGAGCUGAAGCGGAUAGAUGACGCCAUGAAAGAGUUACAGAAGAAGACUGACAGCUUGACGUCUGGGGCCACCGAGAAGUCCAGAGAGAGAAGCAGAGAUGUGAAAAACAGUGAAGGAGACUGUGCCUGAGGAAAGCGGGGGGCGUGGCUGCAGUUCUGGACGGGCUGGCCGAGCUGCGCGGGAUCCUUGUGCAGGGAAGAGCUGCCCUGGGCACCUGGCACCACAAGACCAUGUUUUCUAAGAACCAUUUUGUUCACUGAUACAAAAAAAAAAAAAGGAAUUCAUGAUGCUGUACAGAAUUUUAUUUUUAAACUGUCUUUUAAAUAAUAUAUUCUUAUACGGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-576.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -610.26
Frequency: 0.0000
Diversity: 457.47
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.((((.....((((.(((.((.((((((((((((((.......))))))..((((((((((((....)))))..))))))))))))))).)))))))))...)))).)))))).((((((.((((..(((...)))..))))..))))..((((((((....(((((((((((((((((((((.((...)).).))))))...(((((.((..((((...))))...)).)))))....(((((.((((........((((........)))).....)))).)))))..((((((.((..(((.((((............)))).)))))))))))........((((..(((..(.......)..)))..).)))((..(((((((..((.((((((((((........))))))))))))((((((..(((..(((((((((.....((.((..(((((((((((.(.(((..(((.((((((...(((((((((.......))).))))))((.(((.((.........)).))).))(((.((....)).))).(((.((((((((.((((...((((.........((((.......))))(((.((.(((((((.(((...))).....))).)))).)))))............(((((((.(((((((.((((.((((.((((...)))).)))))))).))))((((((((((...((((........)))).))))).(((..((((..((((.....(((((((((((((((....................)).)))))))...(((.((.....)).)))((...(((....((((.((((((..((((((..((((.........))))..))))))..(((((....((.(((((.(((....(((((((........((((.((((((......)))))).)))).((((....))))..(((((.(((......))))))))((((.......))))..((((((...))))))..)))))))..)))))).))))..)))))((((........))))....................(((.((((((((((((...(((((((((((.((...........))))))))))))).....))))))).......))).)).)))....)))))).))))...)))...)).)))))))))))))))))..)))))...........(((....))).(.((((((.(((.((....))...))).)))))).)..))).))))).)).(((((((...((((((.......(((.((((.((((..((((((..(((....)))..))).)))..)))).))))))).......)))))).)))))))...))))....)))))))))))).))).))))))..)))...)))).).))))).)))))..)).))......))))..))).))..))).))))))..)))))))..))))))))).))).))))((((.((((...(((((((((...)))))))))....).)))))))(((((.....)).)))......((((..((((........((((((........)))))).........))))..)))).))))))))(((((..((((((((((......)))))).)))).))))).....))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((.((((.....((((.(((.((.((((((((((((((.......))))))..((((((((((({....}))))..))))))))))))))),)})))))))...)))).)))))),({((((.((((..(({.,,|||,.}}}}.,)))}..((((((({....((((||,(((((((((|((|||(.|||.|||.|||||},}.|||{||,.,,{(((...||}}...,..})))}....(((((.{(({..,.,...((((........)))).,..,}))),)))))..((((((.{{..(((.((((............)))).))))})))))).......{((((..(((..{.,.....}..)))..).)))|,,{(((((((..((.((((((((((........))))))))))))|(((((.,(((..{((((((((.....{{.{(..(((((((((({.{.(((..(((.(((((({({({{({{{{{....,,,|||.||||||,|{{{{|{{{{..(((((((((.(.(((({,{(.,..{{.{{..,.,...}}}}}}}))))).).)))))))))...{(((,,.....}}||,(({{(,({{((({.(((,,.|||..{,,|||,|,,}.,}|||||....,{{{{,{{{,(((,,,(((((.(({{(((((.((((...)))).))))))}}.}}}}|{,,,{{(({,,,{{{{,.......||||.,,}},,}||...{||.,(((({,...,|||,,((((((({(......|,...,........)).)))))))...(((.((.....)).)))||,||||{....{(((.(((({{.,((((((..((((.........))))..)))))).,(((((....({{(((((.(((.,..(((((((...,....((((.((((((......)))))).)))),,{{{....||},..((((,{(({,,,.,,||}}}}}}|||},|,....,,}),,|(((({...,)))),..)))))))..)))))).))))..)))))|{({.......,)))},,||||,.,{||,......,{{{,{{{{{(((((((.,,(((((((((((.((...........)))))))))))))..,,.))))))}..}}}},},,)))})))}.,.)))))).)))}}}})),.,,,)})))),,,,)}}},))))}.,))),..,}),}}}..(((....)))...||}))))}}.{{{{{,,,{{{,||.,,,||,|,,,.}.,,))}}),},.(((((((...((((((.......(((.((((.((((..((((((..(((....)))..))).)))..)))).)))))))...,...)))))).))))))).,,|.......}})}}))))}))}}}},))))))..)))...)))}.}.))))),,))))..)).}}......))))..))))}}.,))).)))))}..)))))))}})}))))))).})),))))((((.{(({...(((((((((...)))))))))....).)))))))|((((.....)).))}......((((..((((........((((((........)))))).........))))..)))).))))))))(((((..((({((((({......)))))).})}}.))))).....))...
Back