Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001001581.2
Sequence Length
2043 nt
GC Content
0.5472
GAGCGGAGGAGACCCUGCGGCGCGCGGCGGCGGCUCCCGGGCGUCCCGGGCCCGGUGGCGGCGCGGCUGUGGUUGGCUGAGCGCCGCGGGCCGCCCCCCGCCCGCCCCCUCCCCUGCUCCCCUCCCCCGCCUCCCGCGGCGGCUGGCGUCGGGAAAGUACAGUAAAAAGUCCGAGUGCAGCCGCCGGGCGCAGGAUGGGAUCCGGCUCCUCCAGCUACCGGCCCAAGGCCAUCUACCUGGACAUCGAUGGACGCAUUCAGAAGCACUCCGUACAAAGUGAGACCUGUGGCCAUCAAGCAACUCUCCGCUGGUGUCGAGGACAAGAGAACCACAAGCCGUGGCCAGUCUGCUGAGAGACCACUGAGGGACAGACGGGUUGUGGGCCUGGAGCAGCCCCGGAGGGAAGGAGCAUUUGAAAGUGGACAGGUAGAGCCCAGGCCCAGAGAGCCCCAGGGCUGCUACCAGGAAGGCCAGCGCAUCCCUCCAGAGAGAGAAGAAUUAAUCCAGAGCGUGCUGGCGCAGGUUGCAGAGCAGUUCUCAAGAGCAUUCAAAAUCAAUGAACUGAAAGCUGAAGUUGCAAAUCACUUGGCUGUCCUAGAGAAACGCGUGGAAUUGGAAGGACUAAAAGUGGUGGAGAUUGAGAAAUGCAAGAGUGACAUUAAGAAGAUGAGGGAGGAGCUGGCGGCCAGAAGCAGCAGGACCAACUGCCCCUGUAAGUACAGUUUUUUGGAUAACCACAAGAAGUUGACUCCUCGACGCGAUGUUCCCACUUACCCCAAGUACCUGCUCUCUCCAGAGACCAUCGAGGCCCUGCGGAAGCCGACCUUUGACGUCUGGCUUUGGGAGCCCAAUGAGAUGCUGAGCUGCCUGGAGCACAUGUACCACGACCUCGGGCUGGUCAGGGACUUCAGCAUCAACCCUGUCACCCUCAGGAGGUGGCUGUUCUGCGUCCACGACAACUACAGAAACAACCCCUUCCACAACUUCCGGCACUGCUUCUGCGUGGCCCAGAUGAUGUACAGCAUGGUCUGGCUCUGCAGUCUCCAGGAGAAGUUCUCACAAACGGAUAUCCUGAUCCUAAUGACAGCGGCCAUCUGCCACGAUCUGGACCAUCCCGGCUACAACAACACGUACCAGAUCAAUGCCCGCACAGAGCUGGCGGUCCGCUACAAUGACAUCUCACCGCUGGAGAACCACCACUGCGCCGUGGCCUUCCAGAUCCUCGCCGAGCCUGAGUGCAACAUCUUCUCCAACAUCCCACCUGAUGGGUUCAAGCAGAUCCGACAGGGAAUGAUCACAUUAAUCUUGGCCACUGACAUGGCAAGACAUGCAGAAAUUAUGGAUUCUUUCAAAGAGAAAAUGGAGAAUUUUGACUACAGCAACGAGGAGCACAUGACCCUGCUGAAGAUGAUUUUGAUAAAAUGCUGUGAUAUCUCUAACGAGGUCCGUCCAAUGGAAGUCGCAGAGCCUUGGGUGGACUGUUUAUUAGAGGAAUAUUUUAUGCAGAGCGACCGUGAGAAGUCAGAAGGCCUUCCUGUGGCACCGUUCAUGGACCGAGACAAAGUGACCAAGGCCACAGCCCAGAUUGGGUUCAUCAAGUUUGUCCUGAUCCCAAUGUUUGAAACAGUGACCAAGCUCUUCCCCAUGGUUGAGGAGAUCAUGCUGCAGCCACUUUGGGAAUCCCGAGAUCGCUACGAGGAGCUGAAGCGGAUAGAUGACGCCAUGAAAGAGUUACAGAAGAAGACUGACAGCUUGACGUCUGGGGCCACCGAGAAGUCCAGAGAGAGAAGCAGAGAUGUGAAAAACAGUGAAGGAGACUGUGCCUGAGGAAAGCGGGGGGCGUGGCUGCAGUUCUGGACGGGCUGGCCGAGCUGCGCGGGAUCCUUGUGCAGGGAAGAGCUGCCCUGGGCACCUGGCACCACAAGACCAUGUUUUCUAAGAACCAUUUUGUUCACUGAUACAAAAAAAAAAAAAGGAAUUCAUGAUGCUGUACAGAAUUUUAUUUUUAAACUGUCUUUUAAAUAAUAUAUUCUUAUACGGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-705.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -741.81
Frequency: 0.0000
Diversity: 451.01
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.((((.....((((.(((.((.((((((((((((((.......))))))..((((((((((((....)))))..))))))))))))))).)))))))))...)))).))))))((((((..((((.....(((((((((...(((((................)))))...)))))))))))))..))).))).((((....(((((((.((.((((...(((..(((.(((.(((((((((((.((((........((((........)))).....)))).))))).(((........))))))))).)))...))).........)))..)))).))..)))).))).....((((((((((..((.(((((((((.(((((((..((((((((((((.(...(((...((((((.((((((((((.(((.......)))...))))).)))))......((((((((....(((..((..((......))..))..))).))))))))(((((((.(((.(((((((.....((((((.....(((......))).((((.((((........))))))))(((((.((((...(((.((..((((..((.....((((((.(((.((((...((((((....)).))))............((((((((((...)))).((..((((......))))..)).......((((((((((........)))))))))).))))))....)))).))))))))).))))))...)))))..)))).)).)))(((.(.((((((...(((((((((.......))).))))))))).)))).))).)))))))))))))))).))).......((((..(((.(((.(((.(((((.............)))))))).))).)))..)))).....))))))))))..)))............).)))))).....))))))..))))).(((((.((((.((((.((((...)))).)))))))).)))))..((((((.(.((((((..(....((((......)))).........((((((........(((((((((....................)).)))))))...(((((..((((((((.(((((((((....(((....)))...((((((..((((.........))))..))))))..((((((....(((.((.(((.((...(((((..(((....((((.((((((......)))))).))))......(((((((...(((((.(((((.((((......)))).((((........))))((((((.(......(((.((.(((((((.(((((....((..(....)..))))))).)).(((((((.......((((.((((((((((((...(((((((((((.((...........))))))))))))).....))))))).......))).)).)))).......)))))))...(((((.....((((((.(((..........)))...))).))))))))..((((((...))))))..))))).)).))).........).)))))).))))).)))))(((((...((((((.......(((.((((.((((..((((((..(((....)))..))).)))..)))).))))))).......)))))).)))))...(((.......)))...(((((((.(((.((....)).))).))).........))))...)))))))......)))..))))).))))))).)))...)))))))))).)))))))))))))..)))))))))))..(((((((((...))))))))))..)))))).)))))))..)).))).))))))..))..(((((...)))))..((((((........))))))...(((((.(((((((.((........))))))))).)))))...)))))))))).....((((....))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((.((((.....((((.(((.((.((((((((((((((.......))))))..((((((((((({....}))))..))))))))))))))),)})))))))...)))).))))))((((((,,(((({..,.(((((((((,{.(((((....,...........))))).,,)))))))))))}).,))}.))).{{(({,,.(((((((.((.((((...(((..(((.(((.(((((((((((.((((....,...((((........)))).....)))).))))).(((........))))))))).)))...))).........)))..)))).))..)))).))).,,..{(((((((((..{(,(((((((((.(((((((..((((((((((((.{...(((...((((((.((((((((((.(((,....}.)))...))))).)))))......((((((((....(((..((..((......))..))..))).)))))))),{,{{{{{(((,(((((((,,..|{{({((,....,,|.,,...))}.((((,{(((........))))))))(((((.((((...(((.((..((((..((.....((((((.(((.((((.,.{{(((,....}}.|}||.......,,...((((((((((...))))..,..((((......))))..||||.....|||(((((((........)))))))}}}.))))))..}.)))).))))))))).)))))).,.)))))}.)))).)).)))(((.(.((((((...(((((((((.......))).))))))))).)))).))).|||||||||,|,||||,}||....{,.(({{..{{,.|||,|||}||||,}.,}}}}}}}}..,}||||||,||..}}).}))))}}}}}))))))))))..,,,.....,......,.)))))).....))))))..))))),|((((.(({{{((((.((((...)))).)))))))).))))}..{(((((.{.((((((..(....((((......)))).........((((((........(((((((,(......|....,........)).)))))))...(((((..(((((((,{(((((((((....{{{....}}}...((((((..((((.........))))..))))))..((((((....(((.((.(({,(({{{((({(..({{,.,.((((.((((((......)))))).)))),..,|.(((((((..{((((({({(((.((((......))))}}}....,..{{{(((((({,....,,...,|}}}}}}}|,,,((.(((({...,((..(....}..))))))).}).{{{{(((..,....{(((.((((((((((((.,,(((((((((((.((...........)))))))))))))..,,.))))))}..,.,..}}},)).)))}..,.}|.}}}}))}...||||||,{{{{{({.,.||{{,|||.,,,,},,...}}}},,,.,}})}}||{{({.,,||||,|{{,{|,,.,}|||,}}},}}}},},}}}}...)}}}).}},|((((((...((((((...,...(((.((((.((((..((((((..(((....)))..))).)))..)))).)))))))...,...)))))).))))))).{{{.......}})...{(({{{(.(((.((....)).))}.))),}},,.,..,}}},,.))))))}......})).,))))).))))))).)))...)))))))))).)))))))))))))..)))))))))))..(((((((((...))))))))))..)))))).))))))).,)}.))).)))))}.,)).{({,{{,...||||..{(((((........)))))}...,{{{{.{((((((.{{......,.))))))))}.})))}...)))))))))).....{{,|....,}),)))}..
Back