Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001001583.2
Sequence Length
2114 nt
GC Content
0.5478
GAGCGGAGGAGACCCUGCGGCGCGCGGCGGCGGCUCCCGGGCGUCCCGGGCCCGGUGGCGGCGCGGCUGUGGUUGGCUGAGCGCCGCGGGCCGCCCCCCGCCCGCCCCCUCCCCUGCUCCCCUCCCCCGCCUCCCGCGGCGGCUGGCGUCGGGAAAGUACAGUAAAAAGUCCGAGUGCAGCCGCCGGGCGCAGGAUGGGAUCCGGCUCCUCCAGCUACCGGCCCAAGGCCAUCUACCUGGACAUCGAUGGACGCAUUCAGAAGGUAAUCUUCAGCAAGUACUGCAACUCCAGCGACAUCAUGGACCUGUUCUGCAUCGCCACCGGCCUGCCUCGCACUCCGUACAAAGUGAGACCUGUGGCCAUCAAGCAACUCUCCGCUGGUGUCGAGGACAAGAGAACCACAAGCCGUGGCCAGUCUGCUGAGAGACCACUGAGGGACAGACGGGUUGUGGGCCUGGAGCAGCCCCGGAGGGAAGGAGCAUUUGAAAGUGGACAGGUAGAGCCCAGGCCCAGAGAGCCCCAGGGCUGCUACCAGGAAGGCCAGCGCAUCCCUCCAGAGAGAGAAGAAUUAAUCCAGAGCGUGCUGGCGCAGGUUGCAGAGCAGUUCUCAAGAGCAUUCAAAAUCAAUGAACUGAAAGCUGAAGUUGCAAAUCACUUGGCUGUCCUAGAGAAACGCGUGGAAUUGGAAGGACUAAAAGUGGUGGAGAUUGAGAAAUGCAAGAGUGACAUUAAGAAGAUGAGGGAGGAGCUGGCGGCCAGAAGCAGCAGGACCAACUGCCCCUGUAAGUACAGUUUUUUGGAUAACCACAAGAAGUUGACUCCUCGACGCGAUGUUCCCACUUACCCCAAGUACCUGCUCUCUCCAGAGACCAUCGAGGCCCUGCGGAAGCCGACCUUUGACGUCUGGCUUUGGGAGCCCAAUGAGAUGCUGAGCUGCCUGGAGCACAUGUACCACGACCUCGGGCUGGUCAGGGACUUCAGCAUCAACCCUGUCACCCUCAGGAGGUGGCUGUUCUGCGUCCACGACAACUACAGAAACAACCCCUUCCACAACUUCCGGCACUGCUUCUGCGUGGCCCAGAUGAUGUACAGCAUGGUCUGGCUCUGCAGUCUCCAGGAGAAGUUCUCACAAACGGAUAUCCUGAUCCUAAUGACAGCGGCCAUCUGCCACGAUCUGGACCAUCCCGGCUACAACAACACGUACCAGAUCAAUGCCCGCACAGAGCUGGCGGUCCGCUACAAUGACAUCUCACCGCUGGAGAACCACCACUGCGCCGUGGCCUUCCAGAUCCUCGCCGAGCCUGAGUGCAACAUCUUCUCCAACAUCCCACCUGAUGGGUUCAAGCAGAUCCGACAGGGAAUGAUCACAUUAAUCUUGGCCACUGACAUGGCAAGACAUGCAGAAAUUAUGGAUUCUUUCAAAGAGAAAAUGGAGAAUUUUGACUACAGCAACGAGGAGCACAUGACCCUGCUGAAGAUGAUUUUGAUAAAAUGCUGUGAUAUCUCUAACGAGGUCCGUCCAAUGGAAGUCGCAGAGCCUUGGGUGGACUGUUUAUUAGAGGAAUAUUUUAUGCAGAGCGACCGUGAGAAGUCAGAAGGCCUUCCUGUGGCACCGUUCAUGGACCGAGACAAAGUGACCAAGGCCACAGCCCAGAUUGGGUUCAUCAAGUUUGUCCUGAUCCCAAUGUUUGAAACAGUGACCAAGCUCUUCCCCAUGGUUGAGGAGAUCAUGCUGCAGCCACUUUGGGAAUCCCGAGAUCGCUACGAGGAGCUGAAGCGGAUAGAUGACGCCAUGAAAGAGUUACAGAAGAAGACUGACAGCUUGACGUCUGGGGCCACCGAGAAGUCCAGAGAGAGAAGCAGAGAUGUGAAAAACAGUGAAGGAGACUGUGCCUGAGGAAAGCGGGGGGCGUGGCUGCAGUUCUGGACGGGCUGGCCGAGCUGCGCGGGAUCCUUGUGCAGGGAAGAGCUGCCCUGGGCACCUGGCACCACAAGACCAUGUUUUCUAAGAACCAUUUUGUUCACUGAUACAAAAAAAAAAAAAGGAAUUCAUGAUGCUGUACAGAAUUUUAUUUUUAAACUGUCUUUUAAAUAAUAUAUUCUUAUACGGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-725.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -763.56
Frequency: 0.0000
Diversity: 589.32
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.((((.....((((.(((.((.((((((((((((((.......))))))..((((((((((((....)))))..))))))))))))))).)))))))))...)))).)))))).((((((.((((..(((...)))..))))..))))..((((((((...(((.((((.((((..(((((((((((((((((.((((.....(((((.((..((((...))))...)).)))))....((((..(((.....((((.....)))).(((.....))).......))).)))).))))))))))))))...))..))))))))))))).))).........(((...((.(((.(((....(((.((((((((((.(((((((((....((..((((((.((((.....((((.((.((......)).))))))..)))).))))))..))(((((((..((((((((((((.(...(((...((((((.((((((((((.(((.......)))...))))).)))))......((((((((....(((..((..((......))..))..))).))))))))(((((((.(((.(((((((.....((((((.....(((......))).((((.((((........))))))))(((((.((((...(((.((..((((..((.....((((((.(((.((((...((((((....)).))))............((((((((((...)))).((..((((......))))..)).......((((((((((........)))))))))).))))))....)))).))))))))).))))))...)))))..)))).)).)))(((.(.((((((...(((((((((.......))).))))))))).)))).))).)))))))))))))))).))).......((((..(((.(((.(((.(((((.............)))))))).))).)))..)))).....))))))))))..)))............).)))))).....))))))..)))))))((((.((((.((((.((((...)))).)))))))).)))).....(((((...((((........)))).))))).))))..))))).))))..((.((((.(((((((((....................)).)))))))...(((((..((((((((.(((((((((....(((....)))...((((((..((((.........))))..))))))..((((((....(((.((.(((.((...(((((..(((....((((.((((((......)))))).))))......(((((((...(((((.(((((.((((......)))).((((........))))((((((.(......(((.((.(((((((.(((((....((..(....)..))))))).)).(((((((.......((((.((((((((((((...(((((((((((.((...........))))))))))))).....))))))).......))).)).)))).......)))))))...(((((.....((((((.(((..........)))...))).))))))))..((((((...))))))..))))).)).))).........).)))))).))))).)))))(((((...((((((.......(((.((((.((((..((((((..(((....)))..))).)))..)))).))))))).......)))))).)))))...(((.......)))...(((((((.(((.((....)).))).))).........))))...)))))))......)))..))))).))))))).)))...)))))))))).)))))))))))))..))))))))).)).(((((((((...))))))))))).)))).)))..))).)))..))...))).....((((..((((........((((((........)))))).........))))..)))).))))))))(((((..((((((((((......)))))).)))).))))).....))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((.((((.....((((.(((.((.((((((((((((((.......))))))..((((((((((({....}))))..))))))))))))))),)})))))))...)))).))))))((((((,.((((,..,.(((((((((,{,(((((....,...........))))).,,)))))))))))}).,))}.))).((((((((((((((.,,..((((...))))...},.))))).......|}}.}).,{{{{..(((..(({{(((({,(.((((,...(((..((((((((((((..,((({({.{,.(((((.((..,..{(({(,{{........,)))}),)).))))).}},.}),)}}..)))).)))))))).))}........((((.....)))).))))})))))))).))).))|}|{{{{{{,,|{,{((((((((.(((((((..((((((((((((.{..,(((...((((((.((((((((((.(((,....,.)))...))))).)))))......((((((((....(((..((..((......))..))..))).)))))))){|{{{{{{((({(((((({,,..||{{{((,,...,,,.,}...))}.{(({,{{({,,......))))}))}(((((.((((...(((.((..((((..((.....{(((((.(((.((((.,.{{{((,....}).}}}|.....,,,,...((((((((((...))))..{,.((((......)))).,||||.....{{|(((((((........)))))))})).))))))..,.)))).))))))))).)))))).,.)))))|,)))}.}).))){{(.(.((((((.,.(((((((((.......))).))))))})}.)))).})).{{|||||||,|,||||,|||.,..{,.((,,..{{,.|||,|||}||||,}.}}}}}}}}}..,|||||||,||..}}).})}))}}}}}))))))))))..,.....,,,......,.))))))....,})))))..))))),{((((.(({((((((.((((...)))).)))))))).))))|..{(((((.{.{(((((..{....((({......})))....,....((((({........(((((((,(......|,...,........)).)))))))...(((((..((((((({{(((((((((....{({....}}}...((((((..((((.........))))..))))))..((((((....(((.((.(({{((,,{((({(,.{{{,.,.((((.((((((......)))))).)))),..,|.(((({({..{((((({({(((.((((......))))}}}....,..|{{(((((({...,,,,...,}}}}})}}}||,{{.((((,...|((..(....}..))))))).}}.{{{{{{{.......{(((.((((((((((((.,,(((((((((((.((...........)))))))))))))..,,.))))))}..,,,,.}}},)).)))}...,}}.)}})))}...}}}|||,||||||{.,.||||,|||.,,,,}},...}}}},,..|||}}},|||{{.,{||||}|{,,{{,,.,}|||,||,,}}||,},|}}}...))}}).}},{((((((...((((((...,...(((.((((.((((..((((((..(((....)))..))).)))..)))).)))))))...,...)))))).))))))).{{{.......}})...|{{|{{{.(((.((....}).))}.))),,},,.},,,})}}}.)))))),......})).,))))).))))))).)))...)))))))))).)))))))))))))..)))))))))))..(((((((((...)))))))))}..}))))).))))))},,},.))).))))},..)|,{({,{({,..,|,,..{(((((........)))))}...,{{{,.||||{{|,||.....,,,}|||||}}|.|}|||,,.}}}}}})}}},,..,||.|,,,,,}},))))..
Back