Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001001585.2
Sequence Length
2066 nt
GC Content
0.5508
GAGCGGAGGAGACCCUGCGGCGCGCGGCGGCGGCUCCCGGGCGUCCCGGGCCCGGUGGCGGCGCGGCUGUGGUUGGCUGAGCGCCGCGGGCCGCCCCCCGCCCGCCCCCUCCCCUGCUCCCCUCCCCCGCCUCCCGCGGCGGCUGGCGUCGGGAAAGUACAGUAAAAAGUCCGAGUGCAGCCGCCGGGCGCAGGAUGGGAUCCGGCUCCUCCAGCUACCGGCCCAAGGCCAUCUACCUGGACAUCGAUGGACGCAUUCAGAAGGAACACGACCAUCUCCCUGCUGACCACCGACGACGCCAUGGUCUCCAUCGACCCCACCAUGCCCGCGAAUUCAGAACGCACUCCGUACAAAGUGAGACCUGUGGCCAUCAAGCAACUCUCCGCUGGUGUCGAGGACAAGAGAACCACAAGCCGUGGCCAGUCUGCUGAGAGACCACUGAGGGACAGACGGGUUGUGGGCCUGGAGCAGCCCCGGAGGGAAGGAGCAUUUGAAAGUGGACAGGUAGAGCCCAGGCCCAGAGAGCCCCAGGGCUGCUACCAGGAAGGCCAGCGCAUCCCUCCAGAGCAUUCAAAAUCAAUGAACUGAAAGCUGAAGUUGCAAAUCACUUGGCUGUCCUAGAGAAACGCGUGGAAUUGGAAGGACUAAAAGUGGUGGAGAUUGAGAAAUGCAAGAGUGACAUUAAGAAGAUGAGGGAGGAGCUGGCGGCCAGAAGCAGCAGGACCAACUGCCCCUGUAAGUACAGUUUUUUGGAUAACCACAAGAAGUUGACUCCUCGACGCGAUGUUCCCACUUACCCCAAGUACCUGCUCUCUCCAGAGACCAUCGAGGCCCUGCGGAAGCCGACCUUUGACGUCUGGCUUUGGGAGCCCAAUGAGAUGCUGAGCUGCCUGGAGCACAUGUACCACGACCUCGGGCUGGUCAGGGACUUCAGCAUCAACCCUGUCACCCUCAGGAGGUGGCUGUUCUGCGUCCACGACAACUACAGAAACAACCCCUUCCACAACUUCCGGCACUGCUUCUGCGUGGCCCAGAUGAUGUACAGCAUGGUCUGGCUCUGCAGUCUCCAGGAGAAGUUCUCACAAACGGAUAUCCUGAUCCUAAUGACAGCGGCCAUCUGCCACGAUCUGGACCAUCCCGGCUACAACAACACGUACCAGAUCAAUGCCCGCACAGAGCUGGCGGUCCGCUACAAUGACAUCUCACCGCUGGAGAACCACCACUGCGCCGUGGCCUUCCAGAUCCUCGCCGAGCCUGAGUGCAACAUCUUCUCCAACAUCCCACCUGAUGGGUUCAAGCAGAUCCGACAGGGAAUGAUCACAUUAAUCUUGGCCACUGACAUGGCAAGACAUGCAGAAAUUAUGGAUUCUUUCAAAGAGAAAAUGGAGAAUUUUGACUACAGCAACGAGGAGCACAUGACCCUGCUGAAGAUGAUUUUGAUAAAAUGCUGUGAUAUCUCUAACGAGGUCCGUCCAAUGGAAGUCGCAGAGCCUUGGGUGGACUGUUUAUUAGAGGAAUAUUUUAUGCAGAGCGACCGUGAGAAGUCAGAAGGCCUUCCUGUGGCACCGUUCAUGGACCGAGACAAAGUGACCAAGGCCACAGCCCAGAUUGGGUUCAUCAAGUUUGUCCUGAUCCCAAUGUUUGAAACAGUGACCAAGCUCUUCCCCAUGGUUGAGGAGAUCAUGCUGCAGCCACUUUGGGAAUCCCGAGAUCGCUACGAGGAGCUGAAGCGGAUAGAUGACGCCAUGAAAGAGUUACAGAAGAAGACUGACAGCUUGACGUCUGGGGCCACCGAGAAGUCCAGAGAGAGAAGCAGAGAUGUGAAAAACAGUGAAGGAGACUGUGCCUGAGGAAAGCGGGGGGCGUGGCUGCAGUUCUGGACGGGCUGGCCGAGCUGCGCGGGAUCCUUGUGCAGGGAAGAGCUGCCCUGGGCACCUGGCACCACAAGACCAUGUUUUCUAAGAACCAUUUUGUUCACUGAUACAAAAAAAAAAAAAGGAAUUCAUGAUGCUGUACAGAAUUUUAUUUUUAAACUGUCUUUUAAAUAAUAUAUUCUUAUACGGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-703.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -742.53
Frequency: 0.0000
Diversity: 579.62
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.((((.....((((.(((.((.((((((((((((((.......))))))..((((((((((((....)))))..))))))))))))))).)))))))))...)))).)))))).((((((.((((..(((...)))..))))..))))..((((((((....(((((((((((((((((((((.((...)).).))))))...(((((.((..((((...))))...)).)))))...(((((((.(((...(((.((.......)).)))...))).(((((.((....))...))))))))))))(((((......(((((...(((((..((((((((...((.........((((..(((((..((..(((((...(((.(((.((((((((((((((.(((((.((((((.((((......))))((((..((..(((((((.((.(((((((((.((.((.((........)).))(((((........)))))...))))))))))).))((((....))))(((((.(((((((((.((((((.....((.((((((((((((((..............((.((((((..(((...((((.............(((.(((.((((((((.(((..((((((((..............(((((((.(.....((((.((.((((((..((((...)))).....(((((((...(((((((((...((((((.((((((........))))))(((((....))))).(((((.....((((.....))))......((((....)))).))))).((((((...(((((((((.......))).))))))))).)))......(((((((((.(.(((((.((....)).))..((((.......))))))).).)))))))))....)))).))...)))).)))))..)))))))(((...)))................)))))).)).))))..))))).)))(((((.((((.((((.((((...)))).)))))))).)))))(((((((((((.(((.........((((......)))).......(((((((.........(((((((((....................)).)))))))...(((.((.....)).))))).))))).....))).))))....))))))).))))))))......))))))))))).))).)))..))))))).)))))).))(((((((........((((.((((((......)))))).)))).((((....))))..(((((.(((......))))))))((((.......))))..((((((...))))))..)))))))......((.(((((....((..(....)..))))))).)).)))))))))....))))).))....((((((...(((((((((((.((...........))))))))))))).....)))))).........))))...))(((........)))....)))))))))))))).)))))..))..)).......)))).....)))))).)).....)))))))).))....)))))))))).))).((((...)))).......(((((((...((((((.......(((.((((.((((..((((((..(((....)))..))).)))..)))).))))))).......)))))).))))))).(((.......)))....((.(((.(((.((....)).))).))).)).)))))..))...)))).)....))))))..))))..)))).)))))....)))))))).))))))))).))).))))((((.((((...(((((((((...)))))))))....).)))))))(((((.....)).)))......((((..((((........((((((........)))))).........))))..)))).))))))))(((((..((((((((((......)))))).)))).))))).....))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((.((((.....((((.(((.((.((((((((((((((.......))))))..((((((((((({....}))))..))))))))))))))),)})))))))...)))).))))))(({(((..((((.....(((((((((,{,(((((....,...........))))).},)))))))))))))..))}.))).,{{{||||,|||,(|{,..{(((,,.|||,.,{{.{||||,..((((((((.(((...(((.((.......)).)))...))).(((((.{(....})...)))))))))))))..},,(((.(((((....((((((((.((((........)))).,..,(((((((((...{{..{((((((((((({((,.((,(..{(,..({{(.,.,,}}}}...,|||}}}..}).))}.(({((({,,,({{{{((({{(((({(,((,,,{(,(,((((((({({{(.(((((.((((((,,.((((((((((.(((,....}.)))...))))).))))).{{...((((((.,.(((((((((..((((,......}}})..}))...,{|.,{,{{.|..(((((((....(((((...,,..{.....,..}}...)))))...)))))))...},)}.,,.{(((({....}).))))........)))))).,.))))))..|}....|,.((((......))))..{(({....}}}},((((((........)))))){{{(|....}))))....,},..))))))....))))).,)).}))))))).}.,..,,|},}|||||{.{.(((((((((.......))).))))))|),.,,}}.,,,.(((((((((.(.(((({,{(.,..{{.{{..,.,...}})})}}))))).).))))))))).,,||||}}.}}}})))}.)),)))))))))}.)))),))))..,,.,,,...,,..,(((({{{{...((({,,(,((((((((,{({(((((((((,((((...}))),|||}}|||{{{{,{((,,{((((...({({,.......}}}|.}}))}.}||...,||,,(((({.....|||,,((((((({(......|,.,,,........)).)))))))...(((,({...,,||{|}|(({{,(({....{(((.((((({.,((((((..((((.........))))..)))))).,(((((....({{(((((.(((.,..(((((((...,....((((.((((((......)))))).)))),,{{{....|||,..((((,{(({,,,.,,||}}}}}}|||},|,....,,}},,{(((({...,)))),..)))))))..)))))).))))..)))))|{({.......,)))},,|||||.,{||,..,...,{{{,|{{{,(((((((.,,(((((((((((.((...........)))))))))))))..,,.))))))}..}}},.},,)))})))}.,,)))})}.)))}...}}}{{{||{{((((.,,,{(({{{{...,.,,,...|{|.|...,},))},(((({...}))))|{{{(,{{{{{((({{{.,,,{{,,,,,}}..,))}.)},,}||||{((,,.(({{{{,}.|,,.(((.((((.((((..((((((..(((....)))..))).)))..)))).))))))).,,},..)))))),)}}})))}}}},,}..},))),)}})}}|||,|||.||,},,)}.))).))}.,,....}}}})}}}.,.})},,....,,))),})),).,)))}})}}))}..)))))))))})))))))))))))))))))))))))..,.,|{(({((({...}}})}}}))}|.,}}...})),))}))...})))....,.....((((..((((........((((((........)))))).........))))..))))...||{{{.(((((..{(({((((({......)))))).}}}}.)))))..}}))),..
Back