Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001002235.3
Sequence Length
3142 nt
GC Content
0.5350
AGAGUCCUGAGCUGAACCAAGAAGGAGGAGGGGGUCGGGCCUCCGAGGAAGGCCUAGCCGCUGCUGCUGCCAGGAAUUCCAGGUUGGAGGGGCGGCAACCUCCUGCCAGCCUUCAGGCCACUCUCCUGUGCCUGCCAGAAGAGACAGAGCUUGAGGAGAGCUUGAGGAGAGCAGGAAAGGACAAUGCCGUCUUCUGUCUCGUGGGGCAUCCUCCUGCUGGCAGGCCUGUGCUGCCUGGUCCCUGUCUCCCUGGCUGAGGAUCCCCAGGGAGAUGCUGCCCAGAAGACAGAUACAUCCCACCAUGAUCAGGAUCACCCAACCUUCAACAAGAUCACCCCCAACCUGGCUGAGUUCGCCUUCAGCCUAUACCGCCAGCUGGCACACCAGUCCAACAGCACCAAUAUCUUCUUCUCCCCAGUGAGCAUCGCUACAGCCUUUGCAAUGCUCUCCCUGGGGACCAAGGCUGACACUCACGAUGAAAUCCUGGAGGGCCUGAAUUUCAACCUCACGGAGAUUCCGGAGGCUCAGAUCCAUGAAGGCUUCCAGGAACUCCUCCGUACCCUCAACCAGCCAGACAGCCAGCUCCAGCUGACCACCGGCAAUGGCCUGUUCCUCAGCGAGGGCCUGAAGCUAGUGGAUAAGUUUUUGGAGGAUGUUAAAAAGUUGUACCACUCAGAAGCCUUCACUGUCAACUUCGGGGACACCGAAGAGGCCAAGAAACAGAUCAACGAUUACGUGGAGAAGGGUACUCAAGGGAAAAUUGUGGAUUUGGUCAAGGAGCUUGACAGAGACACAGUUUUUGCUCUGGUGAAUUACAUCUUCUUUAAAGGCAAAUGGGAGAGACCCUUUGAAGUCAAGGACACCGAGGAAGAGGACUUCCACGUGGACCAGGUGACCACCGUGAAGGUGCCUAUGAUGAAGCGUUUAGGCAUGUUUAACAUCCAGCACUGUAAGAAGCUGUCCAGCUGGGUGCUGCUGAUGAAAUACCUGGGCAAUGCCACCGCCAUCUUCUUCCUGCCUGAUGAGGGGAAACUACAGCACCUGGAAAAUGAACUCACCCACGAUAUCAUCACCAAGUUCCUGGAAAAUGAAGACAGAAGGUCUGCCAGCUUACAUUUACCCAAACUGUCCAUUACUGGAACCUAUGAUCUGAAGAGCGUCCUGGGUCAACUGGGCAUCACUAAGGUCUUCAGCAAUGGGGCUGACCUCUCCGGGGUCACAGAGGAGGCACCCCUGAAGCUCUCCAAGGCCGUGCAUAAGGCUGUGCUGACCAUCGACGAGAAAGGGACUGAAGCUGCUGGGGCCAUGUUUUUAGAGGCCAUACCCAUGUCUAUCCCCCCCGAGGUCAAGUUCAACAAACCCUUUGUCUUCUUAAUGAUUGAACAAAAUACCAAGUCUCCCCUCUUCAUGGGAAAAGUGGUGAAUCCCACCCAAAAAUAACUGCCUCUCGCUCCUCAACCCCUCCCCUCCAUCCCUGGCCCCCUCCCUGGAUGACAUUAAAGAAGGGUUGAGCUGGUCCCUGCCUGCAUGUGACUGUAAAUCCCUCCCAUGUUUUCUCUGAGUCUCCCUUUGCCUGCUGAGGCUGUAUGUGGGCUCCAGGUAACAGUGCUGUCUUCGGGCCCCCUGAACUGUGUUCAUGGAGCAUCUGGCUGGGUAGGCACAUGCUGGGCUUGAAUCCAGGGGGGACUGAAUCCUCAGCUUACGGACCUGGGCCCAUCUGUUUCUGGAGGGCUCCAGUCUUCCUUGUCCUGUCUUGGAGUCCCCAAGAAGGAAUCACAGGGGAGGAACCAGAUACCAGCCAUGACCCCAGGCUCCACCAAGCAUCUUCAUGUCCCCCUGCUCAUCCCCCACUCCCCCCCACCCAGAGUUGCUCAUCCUGCCAGGGCUGGCUGUGCCCACCCCAAGGCUGCCCUCCUGGGGGCCCCAGAACUGCCUGAUCGUGCCGUGGCCCAGUUUUGUGGCAUCUGCAGCAACACAAGAGAGAGGACAAUGUCCUCCUCUUGACCCGCUGUCACCUAACCAGACUCGGGCCCUGCACCUCUCAGGCACUUCUGGAAAAUGACUGAGGCAGAUUCUUCCUGAAGCCCAUUCUCCAUGGGGCAACAAGGACACCUAUUCUGUCCUUGUCCUUCCAUCGCUGCCCCAGAAAGCCUCACAUAUCUCCGUUUAGAAUCAGGUCCCUUCUCCCCAGAUGAAGAGGAGGGUCUCUGCUUUGUUUUCUCUAUCUCCUCCUCAGACUUGACCAGGCCCAGCAGGCCCCAGAAGACCAUUACCCUAUAUCCCUUCUCCUCCCUAGUCACAUGGCCAUAGGCCUGCUGAUGGCUCAGGAAGGCCAUUGCAAGGACUCCUCAGCUAUGGGAGAGGAAGCACAUCACCCAUUGACCCCCGCAACCCCUCCCUUUCCUCCUCUGAGUCCCGACUGGGGCCACAUGCAGCCUGACUUCUUUGUGCCUGUUGCUGUCCCUGCAGUCUUCAGAGGGCCACCGCAGCUCCAGUGCCACGGCAGGAGGCUGUUCCUGAAUAGCCCCUGUGGUAAGGGCCAGGAGAGUCCUUCCAUCCUCCAAGGCCCUGCUAAAGGACACAGCAGCCAGGAAGUCCCCUGGGCCCCUAGCUGAAGGACAGCCUGCUCCCUCCGUCUCUACCAGGAAUGGCCUUGUCCUAUGGAAGGCACUGCCCCAUCCCAAACUAAUCUAGGAAUCACUGUCUAACCACUCACUGUCAUGAAUGUGUACUUAAAGGAUGAGGUUGAGUCAUACCAAAUAGUGAUUUCGAUAGUUCAAAAUGGUGAAAUUAGCAAUUCUACAUGAUUCAGUCUAAUCAAUGGAUACCGACUGUUUCCCACACAAGUCUCCUGUUCUCUUAAGCUUACUCACUGACAGCCUUUCACUCUCCACAAAUACAUUAAAGAUAUGGCCAUCACCAAGCCCCCUAGGAUGACACCAGACCUGAGAGUCUGAAGACCUGGAUCCAAGUUCUGACUUUUCCCCCUGACAGCUGUGUGACCUUCGUGAAGUCGCCAAACCUCUCUGAGCCCCAGUCAUUGCUAGUAAGACCUGCCUUUGAGUUGGUAUGAUGUUCAAGUUAGAUAACAAAAUGUUUAUACCCAUUAGAACAGAGAAUAAAUAGAACUACAUUUCUUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1081.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1141.10
Frequency: 0.0000
Diversity: 821.29
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((..(((.(((.....((((((((.((.((.(.(((((((....).))))))).)).)).))((((.((((......((((((((((((.(....)))))).))))))).(((((.((......)))))))...((((((.((((((((((((((((((((((.(((((((((.(((((((.(((((.(((((..(((.((((((.((((((((((...((((((.(((((((((...((((((..((((.(((((.((((((((((...((((...((((((.(((((..........((((((((.........))).......)))))..........(((((((......)))))))..........(((((....))))).............)))))))))))...))))((((((.((..........)).))))))))))))))))...(((((....(((..(((...)))...)))))))).............((((((.(((((((((((((......)))..)))))).))))...))))))..))))).))))..))))))))))....((((((...((.((((((((((..(((((((.((((((((((.....((((((((.(((((((......))))))).)))).))))))))..)))))).)))....((((((.....)))))).((.((((..........(((....)))(((((((((..((..((.((((((((((..((((.(((((...)))))))))..)))))))))).))..((((.....))))........(((((((.((((((..(.(((((....))))).....((((((((((((...((((((.(.((((.(((((...((((.(((((((.((((...))))))))))).)))).(((((((((((......((((....)))).)))))))..)))).........(((...)))..(((((.(((.(((((...(((.(((((((.(((........(((...((((..((......))..))))..))).((((.........(((((((((.(((.((..((((.................((((....)))).(((((...(((((((.(....((((((.....))).)))....).)))))))..)))))..(((((((...((((.......((((((.........)).))))..((.((.(((((....))))))).)).((.....))..((((..((.........((((...........)))).........))..)))))))))))))))))))...)).))).))))))))).........)))).........))).))))))).))).)))))))))))))....................((.....))..((((((((.((.....(((((..((......))..)))))........)).)))))))).)))))))))..).))))))...)).....))))......)))))).)..)))))))))))))..(((((((....(((((((.((((.((.(((.(((((((.(((((((((((((...)))))..((((((((((.((((..((....((..(((..(((.....((((((((((((......((((..(((((((((..((((((..(((((..........(((((((((((((.((((((.....))))))))))....)))))))))..)))))...)))..)))..)))))).)))...))))...)))).))))))))..)))..)))))..))..)))).)))))..))))).....(((.(((..(((...)))..)))...))).........)))))))((((((.(((((((..((((.(.((((((((((.((.......(((((....((((((.((((((...))))))))))))....)))))......)).))))).)))))).))))...))))))).)))))).......).)))))))))).)))))).)))))))......((((((((((((((((.......)))))))))...........)))))))...)))))))....(((......)))...))..))))))))).........((((((((......................))))))))...)))).)).((((((((((((((((...(((............................)))...))).....)))))))))..)))).))))))))))))))..)).....))))))..(((((.((..((...(((.....))).....))..)).))))).....(((((((((....(((((.((..(((.(((((...((......))....))))))))..)).)))))))))))))).....)))))..))).))).)))))))))).)))))))))......(((.(((((.(((((.((((.((......)).))))..)))))))))).)))....((((((((((......))))).......((((.....)))))))))..............)))))))))).)))))))((((..(((...)))))))....(((((.((..(((((((((((......(((((.(.((((.................)))).).)))))........))))))))))))))))))....(((..(((........)))..)))((..(((((..(((....)))...)))))..))...........)))))))))))))))))..))).))..(((..((((((((((..............((...(((...(((((.((....)).)).)))..)))...))))))))..))))..)))....))))))))).))))))..)))).))))((.(((((.........)))))))..))).)))......))))))..))).((((((..((((........)))).(((((...((((...........(((((..........)))))............))))))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,{(,,{{{{(((..,..,({{(({(((((((({.((((((({{{{|{{,,|||.((,((,.,,}|.||,}||..}})).||)})}))|((||||,.}}}|||,|||||}}|((((({{(,,,.,,}}|}}}|.,.{{{{{|.{{|{||{{{|(({({(((({({{(((((((((.{(((({,.{{{||,|||||,,||{,(((({,.,||||{||||,,,||{{{{,|||||,(((({{{{,{(((((((((((((({(((((((((({..((((...((((((.(((((..........{((((,{(.........,}}.......))))}..........(((((((......}))))))......,...(((((....)))))......,,.....)))))))))))...)))){(((((.((..........)).))))))))))))))))....(((((......((({.((..((((((({{{(((,.,,.{,..((((.((((...}))))))).{,|}}....},.))))))))))))..)).},}))....,,...))))).,,|||{{{{,....||||....{{,(({{{{|{{{,,{{{{|((|{{((((((({.,,,{((((((((.(((((((......})))))).)))).)))))}}}..)))))).|||....((((((.....)))))),(((({,(,.........{{(....}}}(((((((((.,({..((.((((((((((..(((,{(((((...)))))))))..)))))))))).))..{({(.....},}|,,,.....(((((((.((((((..,.{,,,(,,,.||,||.....((((,,({,,((...((((((.{.((((.(((((...((((.(((((((.((((...))))))))))).)))}.((((((((({,{{,...((((....)))).}}))))),,)))).......{(((,...,,}..(((((.(((.(((((,..(((.(((((((.(((.(((.{{.(((...((((..((......))..))))..))).}},.}))......(((((((((.(((.((.{((,,...............}}((({....)))).(((((...(((((((.({,(((((.....}})))}.,.,....).)))))))..))))),.(((((((...||||}}},,..(({(((....,....}}.}}}}..{({(..,,....))})|,||||{||.{{{..|.|...((((..((......,,,((((.{......,..))))....,,,..))..))))}}})))))))}}))....)).))).)))))))))........,,............))).))))))).))),))))))))))))).......,,,,.........{{.....))..((((((((.((.....(((((..((......})..)))))........)).)))))))).)))))))))..}.))))))...))...,,))))}}.}}.}))),,.}.,))))))))))))),.(((((((....(((((((.((((.{{.(((.(((((((,(((((((((((((...)))))..((((((((((.((((..((....,{..(((..(((...((((((((((((((......((((..(((((((((..(((((({.(((((.,,...}}..{((((((((((((.((((((.....)))))))))}...,)))))))))..))))).}.}))..)))..)))))).)))...))))...)))).))))))))).)))..)))}}..})..)))).)))))..))))).....,,{,(((,.(((,..|,}...,,,..))),}}},,...)))))))((((((.(((((((..((((.(.((((((((((.(({{.....(((((....((((((.((((((...))))))))))))....)))))...,..}).))))).)))))).))))...))))))).)))))).......,.)))))))))).}})))).)))))))......((((((((((((((((.......)))))))))...........))))))),..))))))),...,,,......,}}..,||{,|}}||||}}...,.,|,.(((((((|.....,...............,}))))})),,,}})),,},{(({,,{{{|||||,|||||,..............,})))))}}....,,|||....||{{...))))}}|}},|}))}.})))})))))))))..||,,||}}}}}}}}.|||||,{|..{{...,{,.....})}.....}}..)),}}))),},,}}||||||||},,.(((((|(({,{{{.(((({..|{(......)},}..)))))))),,}}||}|}||||||||||,||..|||||,.|||.|||,|}|||||}||((({|,,,.}}}}}}}|||,|{||,,((({(.((((,({,,,,,,||.}}}|,,||||}||}||.}||,,..,{,((({(((..(({{,,|,|{{.....))),..))))..)))))).,,,.,},,.....))))}}}))),)))}}}}||||},||{,,,}})}|||,},.(((({,((..(((((((((((......(((((.(.((((...........,,....)))).).)))))........))))))))))))))))))....,|||.({{,,.,,...,||,,..|(({,{{{{{.,|||,.,})),...}}}}),,)),,......||||}}||||}|||||}|}},.}},..{{{..({(..,,..,,,................}....||}..}}}...,}....|||||,,}},,.|||||.,}||||||,},|}.,}}},...))))))))),)))))}...}}}.,)))}|,|||{|}}},.}}}})}))),,...,,,,{||.}},,}}}||...|}}.{{,,||,,||,|||,||,,.|||{{{,{{{{{.,{{{.,,,|||....}}})})},},.,)).)},))},},.......,.,......,)))}},.
Back