Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001003794.3
Sequence Length
4166 nt
GC Content
0.5670
GUCGCCGCGAAGCCGGUCGCGCGCAGCUCGUCCCGGCCCUGGCCCGCCGCAAACGAGGAUCCGCUGCGCUCGGGGAACGCGACAGCGGCGCUCGUGGCCCCGGACCUGAAGACCCUUCCAGCAUGCCAGAGGAAAGUUCCCCCAGGCGGACCCCGCAGAGCAUUCCCUACCAGGACCUCCCUCACCUGGUCAAUGCAGACGGACAGUACCUCUUCUGCAGGUACUGGAAACCCACAGGCACACCCAAGGCCCUCAUCUUUGUGUCCCAUGGAGCCGGAGAGCACAGUGGCCGCUAUGAAGAGCUGGCUCGGAUGCUGAUGGGGCUGGACCUGCUGGUGUUCGCCCACGACCAUGUUGGCCACGGACAGAGCGAAGGGGAGAGGAUGGUAGUGUCUGACUUCCACGUUUUCGUCAGGGAUGUGUUGCAGCAUGUGGAUUCCAUGCAGAAAGACUACCCUGGGCUUCCUGUCUUCCUUCUGGGCCACUCCAUGGGAGGCGCCAUCGCCAUCCUCACGGCCGCAGAGAGGCCGGGCCACUUCGCCGGCAUGGUACUCAUUUCGCCUCUGGUUCUUGCCAAUCCUGAAUCUGCAACAACUUUCAAGGUCCUUGCUGCGAAAGUGCUCAACCUUGUGCUGCCAAACUUGUCCCUCGGGCCCAUCGACUCCAGCGUGCUCUCUCGGAAUAAGACAGAGGUCGACAUUUAUAACUCAGACCCCCUGAUCUGCCGGGCAGGGCUGAAGGUGUGCUUCGGCAUCCAACUGCUGAAUGCCGUCUCACGGGUGGAGCGCGCCCUCCCCAAGCUGACUGUGCCCUUCCUGCUGCUCCAGGGCUCUGCCGAUCGCCUAUGUGACAGCAAAGGGGCCUACCUGCUCAUGGAGUUAGCCAAGAGCCAGGACAAGACUCUCAAGAUUUAUGAAGGUGCCUACCAUGUUCUCCACAAGGAGCUUCCUGAAGUCACCAACUCCGUCUUCCAUGAAAUAAACAUGUGGGUCUCUCAAAGGACAGCCACGGCAGGAACUGCGUCCCCACCCUGAAUGCAUUGGCCGGUGCCCGGCUCAUGGUCUGGGGGAUGCAGGCAGGGGAAGGGCAGAGAUGGCUUCUCAGAUAUGGCUUGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAUCAGAAAUUGGAGAAAUCCUUAGCACAAUUUUCUAAAAAAUAACAGACAUUUUUGUUAUACAUUAGACUAUCAGACACUGGACCUACCUUAAUGGUUAGACACUUUAUGCAAAAAAAGAGAAAGGUCCCAGGUGAUUUUCCACAAAGAAUGUGCUAAAAUGUCCACUGAAAACAAAGCCAAGCCUCUGCCCUGCCUCUCCCAGCUCCCACAAGGGUUCCAGGAAUUCCUGGUGUUCCCAGGACACCAGACUGCAAUAACUGGAGGCGCCUCCUUCCUGCCCACCCUUCGCUCACGCCCCAGCGCCCUCUCUGACCAGCCUCCGCUUGGUGGCCUUCCUCUGGCCGUGUGAUGAGGUGGUUGCUGUCUCCAUAGGGGCCAGCUCCCCAGGGCAGACUCACGUGCCCCUCUGAGGCUCAGAAAAUGCCCAGCCCUUCCUCAAAAUGAGCAGCCACCCAUGACUUUGUGGGCUCCUUGUUAGCCUGAGACCAGGCUUUGCAGAGGGGCGGGGGGUGAGGCUUAGCCCAGAAGGAGAACUGAGCAGGAAACCAAGGCUCUUCUCUGUCCCCUGCCCUUCCCCUCCUGCCAGGGGGAGGCUCAGGUUGGUCCCCGAGUGCCGCCUGUACUCACAAAGGCUGCCUUUCCUCUAGAGUCACUAAUUUUACCUGAUGCUAUGAGAGAAUCAUAUUGAAGAUGAAAUGUCUAAUAUAUAAUGUAUAUUUUAAAGCAGAGACUAUUUUGGUGGAUAGGUGGGAGGGAGCAAGGGGAGUUUGAGGGAAUCAGAGCUUGAUGCUACUGUACAGAACUGGACAGGUUGGGCCGGCAGUGGUGGGGCCAGAGGGCUCUGUGCUCUAGGAGCUAAGCCAGCAGCCCCCGAGAGGGGACUUGGCUGGGCCUUUCCUAUGGGCAAGGCCCAGUGCUCUUCCUGCCCACCAGGGACCAUGGAGCAGUGGCACCCUAUGGGGCUAUGAUCCCUAGGCCUGGGCCUGGGCCUGCCUAUGGCCCAGAGCUACCCUGGGAGUGUCAGUGCUAGCAGCACAGCUACCUCUGGUGGCAGGAGAAGAGAGGCCCAGCACAGCAGCAGGCCAGGCCUUCCUGUCCAGGUCUGCAUGGAGCACUCGGUGACCCAGAGCAGGGACUGGAGGCACCCCCAGCCCUGCCCCAGGCCACAGCAGGACAGGCCGGGACAGGCCUCACCCAAGGCCAAGGCUGGCAUCAGCCAAUCAUUCAGAGCUGAGGCCCUGGGCCUAGCCUGCCCUUCUCAGGUGCCAAUACCACCCCAGCCCUGCCCUUGGCCUCACUUUUUCCCAGCAAUAAGUGGGGUUCACCACCCGCCUCGGGAAUACUUUCCCCUUCUAAAUGGGACUUGCUGUUACCUCAGGAGGCUCCUUAGUGCAAAUAUGACCCUGGUCAGGGCUUUGCCACCGUUGAAGCCCUGCAGAAGGUGCAAUGUAGGGGUUCUGGGGCCACAGAGGAGAGGCCACUUCCCACCAGGACCCCCAACAUGAAGUCUAGGCCUCAGGGGCUCCCGCCCUUCUUCCUCCAGCAGCGGGAACUGCCACUGCUCUCCCAGGCCCUGUUCUGGAGGCUAACCUUGGUUCCUGGAGAGUGUGCCCCUCCACCCUCCCUCCAGCAGCCCUGAUCACACCAUGAGAGCCAGGAACGGGUCACCCUGCUGAAGAUCACUCUGUGCCCUGGGGGAGGAGCCAAGCCCUCACCCCACAAGGGGCAGGUGGGGGCUUGGUUGCUGACCCGGCCCAAGUCCCCACAGAGCACCUUCUGUAGCUCCAGCUUGUCUCCCUGGCUUCUCUUUGAAGGAGAAAAAUGUAAAAUAUGCACUGAGAAAGCCAGCCCCGCCUGCUUAGUCAGCCCCGGCAGCAGGGCAGCCAUGGGAACUCAGGAAAAGCAGGAACCCUUUCCAAAAGCCCAGAGAUGCCCUGGGCUCAGAUCUGUAAUUCUCCCAGGAGCUGUGAUAGAGCAGGCCACACAAAGUCCCUACGCCUCCCUGCUGCCUCCCCCAGAUGCAUGUGGUGGCAUCACCAUUCCCCAAAUUGAAUAUCAGCAUGCGGCCUGACCAGGGACUCUUUAGAUGCAUGAAUUUAUUUAUAUGAAGGCUCUCACAGAGACACACACAGCACUUCAGUAGCAUUUGCAUUCCUGGUUAAAGAAUCACCAAUAUUUAAAAUAAAAACUUUCCUGAAAUUGGGACUGUCAUGUUAUCCAGAAGGGCUGGUACAUCCGCCCACCAUGUCCCCCUGCUGGGUCAGGAGCCAACACAGGACCCUGCGUGUGAGCGUGCCUGACAUCUCACGCACGGCCACUCCAGAGCCGGUCCCUGUCCUUGGAAAGCUGUGAAGCCUUGCGUUGAGUUCCUUCUCGAUACUGACGGCUCCGUGCUGACAUUCUGAGCUCUGGAGUCACACCAGCGCAGGGGCGUGGAGGAACUGAGGUUUGGAAGGAAUGCCAGGUCUCGCACAGCUUGGCCUCGAGAAGGUGAGAGGAAGGCAAAGGCCAGGGAGGGGACCCAGAGAGGCCUGGCACACAAGGCCCAAGCACCACCGUCAACACAGCCCAGUCCAUACAGAAAUGGGUUUCAUGCCUGAAAAGCUUUUUACAGAAAGAUGCCGCCUGUAGCCAGUGACAGCCGCAACCCUACAGGCCUCAGUUCCUUGCAGAGGUGAGGGGUAGAGAGUCAGCCUCCCUCCCUUCCAGCAGCGACCCAGCUUCCCUCCACUUCCAGGUGGUGCUGGGCUCACCGAGGGAGCACUGGUGGGUGCUCUGAAAACCCACAGGAUCCCACCUCCAGGCCCACCUGGGUCCCAUCUCACUCUCUUCUUCUUUCACCAAUUGCUAACAUAGACCUUGUUGGGAUCACGAUGGCUUCACAAGCCAGCUGUUGGGUUUGCUAUGUCACUGUGGCUCAGUCACAUCCCUGCGUGUAUACUGUCUGCGGGGCACAUAUGUAUCCAUUUAGAGCUAAAGGAAUCAGUGUACACUACAGCUAAUCCUAAUAAAUCCGAUGUUUUCGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1647.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1722.58
Frequency: 0.0000
Diversity: 889.08
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((.((((((((((((((((..((((((....(((....)))....)).))))..))))))).........)))))..))))..)))))))..((((((((.....((((((((...((((((((((.(...(((((((((((..((((...(((((....((((((..........)))))).))))).).))).(((((((((....).))))))))..........((....))...((((((..((((((..(((...)))..))))))....)).))))..........(((((.(((((....((.(((((((((((....)))(((((....((((...))))....))))).((((((((((..((((((((.(((...(((((((.(((....)))(((((..((.((...(((((.(....))))))...)).))..)))))(((.....)))((((((.((((......(((((.(((((((.(((..(((.....(((.(((..((((..((((.(((((((.((((.((..........((((..((((.((((.............)))).))))....)))))).))))))).))))))))..)))).))).)))...((((((((((.(((.....((((((((((((((((((((.....((((.(((((..((((((.....((((.(((((((......))))..))))))))))))))))))(((((.((.....)).)))))))))..)))).)))))))))........(((.....(.((((((..(((((.((((((((..........)))).)).))))))).))))))).....)))..))))))).)))..)))...)))))))........)))...))).))))))).)))))...)))).))))))......)))))))...)))))))))))..............((((((((......))))..))))((((((((((((((((((.....((...(((.((((((...)))))).))).))..))))))))))(((((((.(((((((((.((((((........(((....)))....................((((....((((.(.....((((((((....(((((...((((((((....))))))))...)))))..........(((((((((((.....)))......((((........))))....)))).))))(((......)))......))))))))..).)))))))).....))))))...))))))))).))).(((..(..(((....)))..)..)))....(((((((((...))))))))).)))).......((((....))))))))))))..)))))))))).....))))).))))))))))))))).))))))))).)).))))))))))).((((((((.((((((((((.........((((......)))).(((((........)))))..(((.(((.........))))))...............)))))))))))))..(((((((((..((((((.((((((....))))))..))...(((((((((((((((((((..(((.((.((((((..((((.((...))...)))))))))).)).((((.(((((((((......)))))))))..))))..((((.(((((((((.(((..((((.(....(((.(((((((((((...(((((((..(...((..((((.(((((..((.((((...((((.....))))...)))).)).....))))).)))).))...)..))))))).)))).))))))))))....)))))...)))....((((((.....))).)))..((((.(((((((((..((((((((..((.(((((((...((((.((.(((((((((((((.(((((..((.((((....)))).))))))).)))...))))).)))))))))))....(((((((((((.(((((((.......((((.(((((((((((((((.......)))))((((((((((((((....)))).))))))).)))....)))).)))))).))))(((......)))..))))))))))))))..)))).)))))....)).))....))).))))).))))))))).))))....).)))))))).))))....((((((.((((.((...))))))))))))....((((...........)))))))..))))))))))).(((((((((.((((....))))......(((.(((.(((((...))))))))))).......((((.((.............)))))).))))))))).......(((((........))))).......))))))))(((((....))))).........(((((((.(((......))).))).))))..(((((..((.(((((((((((((.(..(((((((((((.(((..((((((((((((..(((.((((..((.((((((((((((((((((((((((......((....)).....)))))...))))))((((((....))))))....((.((((((.((((.(((...(((((((((((((......)))))(((....))).((((.((((((((.(((......))).)))..))))).)))).............))))).)))...))).)).)))))))).)).)).)))))).....(((..((.(((((((((((((((((......))..))))))))))))))).))..)))))))).)).)))))))..))))))))))))))).))))..(((.....)))(((((((...))))))).........(((((((((((..((((..((...))..))))..))))....((((((((((..((...((((.((..((((....(((...)))))))...(((((((.......))))))).(((........)))....((..((((......)))).))......))))))...))..)))))))))).........)))))))))))))).....((((........))))..........).)))))))))))..))..))..)))))...............))))..))))))))).))))).....((((((((.((....))....((((.(((.((.((.(((((.((((...............)))))))))))...))...))).))))..((((.((.....)))))).(((((((((..(((((((((((...((((.(((((((((((.(.(((..(((((.(((....))).)))))..))).))))....))).)))))..))))...(((....))).....((((((......)))))).)))))(((((((.(((.(.....).)))..)))))))...))))))..)))))))))....)))))))))))))))).....)))))).))...(((((((....(((((((.(((((...(((....))).((((.(((((((((...(((((((.......((((((.((((((((.........(((((.((......))..)))))((((....))))..(((((((....))))).)).((((((((...(((.....)))....))))))))(((.((.....)).)))(.((((((.((.(((.....))).)))))))))...(((......)))..............))))))))))))))......((((...(((.(((((.........))))))))..))))....)))))))...))))))))).)))).))))).)))))))...))))..)))......))).((((((((((......(((((...)))))((((((.(((......((((.((((.....)))).)))))))...(((((((((((((....(((....(((....))).....)))...)))..)))))))))).)))))).)))))))))).(((((.....))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((((.((((((((((((((((..((((((,,..,{{...,)))....}}.))))..)))))))........})))))..))))..)))))))..{(((((((..,..(((((((({,,((((((((((,(..,(,(((((((({..((({...(((((....((((((..........)))))).))))).,.))).(((((((((....).)))))))).....,....{{.....,...((((((..((((((..(((...)))..))))))....)).)))).,......,.(((((.(((((....({.(({((((({((....))}(((((,(.{(,.....)).))}..})))).(((((((((({.((((((((.(((...(((((((.(((....)))(((((..((.((.{.(((((.(....}))))).}.)).))..)))))(((.....}}},{(({{.{|||......(((((.{((((((.(({..,,,.....(((.(((..((((..((({,(((((({,((((.((..,,......{{{{.,((({.{{||,,....,,,|...}}}}.})}}....)))})).))))))))}}))))))..)))).))).)))...((((((((((.(((.....((((((((((((((((((((,....{(((.({(({,.{((({{.....((((.(((((((......))))..))))))))))))}}}}}|(((({.{{.....)),))))))))),.)))).)))))))))........(((.....(.((((((..(((((.((((((((,,....,}..)))).)).))))))).))))))).....)))..))))))).)))..)))...)))))))........},....})).))))))}.)))))..,|||}.}}))))......)))))))...))))))))))),,,,.......,,,(((({({({,....)))},.))))((((((((((((((((((.,,..({...(({.((((((...)))))).))),)}.,))))))))))({(((((.(((((((((.((((((.,,,,...(((....))}....................{{{{....{(((.,..,,,((((((((.{{,(((((...((((((((....))))))))...)))))........,.(((((((({((.....))}......{{{{........},}),}..)))))),))|||......}}}..,)).))))))))..,.)))))))).....))))))...))))))))).)))}{((..{..(((....)))..}..))}....(((((((((...))))))))).,})}.......((((....))))))))))))..))))))))))...,,))))).)),)))))))))))),))))))))).)).})))))))))).||||{{{(.((((((((((,.......,|{||,,,.,.)}}}.(((((........))))).,(((,{{{,,,,.....}}|||||||{{,,,,....,}))}}|||}|||||,.{(((({(((..((((((.((((((....))))))..))}}.(((((((((((((((((((..(((.((.((((((..((((.((...))...)))))))))).)).((((.(((((((((......)))))))))..))))..((((.(((((((({.(((..((((.{....(((.(((((((((((...(((((((..,...{{..((((.(((((...,{((((...((((.....))))..,}}}}.,))....))))).)))).})...}..))))))).)))).))))))})))....}))))...})),...((((((.....))).)))..((({.(((((((((..((((((((.,((,({{((((..,((((,,,..|||||,,|,|}}.|||||,,{{,((((....)))).}}||||(((((((({({..,||||},}))))}...{(((((((({({(((((((.......{(((.((((((((((.((({,......,}}||{({(((((((((((....)))).))))))).))).})})))).)))))).))))(((......)))..))))))))))))))},,))),)))))}}).)}.},.,..))).))))).))))))))).})))....}.)))))))).))))..{.((((((.((((.((...))))))))))))....((((...........)))))))..))))))))))).((({(({(((((({.,{{|||.......,,|.|||}}(((({{{|||,,,|,,,},,,....}}||,|}}.........,}}))),}).)))))||||{{{{{.,,,,,...,,.}})))))}.......))))))))(((((....))))).........((({(((.(((......))).))).)))|{,(((((..{{.(((((((((((((,{..(((((({((((.(({.,((((((((((((..(((.((((..{(,(((((((((((({(((((((((((......((....)).....)))))...)))))){(((((....)))))}....{{.((((((.(((,.(((...(((((((({((({......})))){((....}}}.((((.((((((((.(((......))).))}.}))))).)))).,,..........)))))}}))...})),)}.)))))))).)).}).))))))}..,{(((..((.(((((((((((((((((....,}))..})))))))))))))).))..)))))))),,}.)))))))..))))))))))))))).))))..(((.....)))(((((({...})))))).........{{{{{{|((((..((({..({...}},,))))..))))....((((((((((..((...((({,({..(({{..,..((,...,}))))...(((((((.,....,)))))))..{,.,,{,...}||{...{|,}{{|{.,,.,,)))),},......})))))...))..)))))))))).....,,,,})))))}))))))}.....,,,,.......,||,,.,}||,,||.}|)))))))))))..}}..}},,|}}}}.....,,,....,||||||,,}||}}}))).,.,}}.,.,,,(((({((,(({|..||,.{{(((({{,,,{,....{{{{{.{{,...,........,}..},,}))))))).}}),}}}))},,,,)}}||||,||.....}}}}||.(((((((((..(((((((,((((..((....,.}).,))}|,(,(((,,(((((.(({....))).))))}..,||(((((((((((....{(({..|||,.,((({{.,,||...|.((((((......)))))).}}.))))))})).}|,))))..))).)))))))))),.,.))))))..))))))))).}}.})))))))}))))))).....)))))),,}...(((((((....(((((((.(((((...(((....))).((((.(((((((((.,.(((((((.......(((((,,((((((((........,(((((.((......))..)))))|{{,....|}},..{({((({...,})))}.}}.((((((((...(((.....)))....)))))))){{{.{{.....}}.|}|{,((((((.{(.(((.....))).)))))))}..|.(((......))).,............))))))))))))))......((((...((,{(((((.........)))))))),.))))....)))))))...))))))))).)))).))))).)))))))...))))..))}......))).((((((((((.....,(((({...}))))|(((((.((({.,(({.,(({,{{,||||,|}}}.|||||||,,,({({{{{{{{,||,|,,||{....|||,...}}}...},)))..,)})..)))))))))).)))))}.)))))))))).(((((.....))))).
Back