Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001004056.2
Sequence Length
2276 nt
GC Content
0.5290
GUAGUGCCCCGGCCGCGGCGGCGAGGGGCGCUCCCUCUUCAGCUAAGCCGUUAGCGCCGAGCCCGCCCGGGAGCGGGUCGCCGGCCGCGGCGGGCGCCCCUGCCAGUGAGCCCCUGUCCGAAGUGAGCCACGGCAUUGACUCGGGGCUGCCCGGGGGCAGGGCACUGAGGAGGGAGUUGCGCGCGCGAGGCGAGGGCGAUGGGGCCAAGAAGAACCGGGGCGAUAGCGCGGCAGCGGUGACAGCUGGGACCCGCCGCGGUCGGGCUGCCCCCUCCCCUCGCCCCGACCGCUCCCCUGCUGGUGAGGGCCUGCGGAGGCGGCGGCGGCGGCGCCCUUGGUGGCAGUGGUGGCGGCGGAGCAGCCUCCCGGGAUCGUGUCCGGAGCUCGAGGAGAGGGUGGUGCCCGGCGAGCUAUGCACGGGGGCGGCGGCGUCUCCUCCUGUUCCGCCUCCUCAGUCUCCUCGGUCUCGCAGAAUCCGCCGGCGGCGGCGGCGCCAGGACAUGGAGCUCGAGAACAUCGUGGCCAACUCGCUGCUGCUGAAAGCGCGUCAAGAAAAGGAUUAUAGCAGUCUUUGUGACAAGCAACCGAUAGGAAGACGUCUCUUCAGGCAGUUCUGUGAUACCAAACCCACUCUAAAGAGGCACAUUGAAUUCUUGGAUGCAGUGGCAGAAUAUGAAGUUGCCGAUGAUGAGGACCGAAGUGAUUGUGGACUGUCAAUCUUAGAUAGAUUCUUCAAUGAUAAGUUGGCAGCCCCUUUACCAGAAAUACCUCCAGAUGUUGUGACAGAAUGUAGAUUGGGACUGAAGGAGGAGAACCCUUCCAAAAAAGCCUUUGAGGAAUGUACUAGAGUUGCCCAUAACUACCUAAGAGGGGAACCAUUUGAAGAAUACCAAGAAAGCUCAUAUUUUUCUCAGUUUUUACAAUGGAAAUGGCUGGAAAGGCAACCCGUAACAAAGAACACAUUUAGACAUUACAGAGUUCUAGGAAAAGGCGGAUUUGGAGAGGUUUGCGCCUGUCAAGUGCGAGCCACAGGAAAAAUGUAUGCCUGCAAAAAGCUACAAAAAAAAAGAAUAAAGAAGAGGAAAGGUGAAGCUAUGGCUCUAAAUGAGAAAAGAAUUCUGGAGAAAGUGCAAAGUAGAUUCGUAGUUAGUUUAGCCUACGCUUAUGAAACCAAAGAUGCCUUGUGCUUGGUGCUCACCAUUAUGAAUGGAGGGGAUUUGAAGUUUCACAUUUACAACCUGGGCAAUCCCGGCUUUGAUGAGCAGAGAGCCGUUUUCUAUGCUGCAGAGCUGUGUUGCGGCUUGGAAGAUUUACAGAGGGAAAGAAUUGUAUACAGAGACUUGAAGCCUGAGAAUAUUCUCCUUGAUGAUCGUGGACACAUCCGGAUUUCAGACCUCGGUUUGGCCACAGAGAUCCCAGAAGGACAGAGGGUUCGAGGAAGAGUUGGAACAGUCGGCUACAUGGCACCUGAAGUUGUCAAUAAUGAAAAGUAUACGUUUAGUCCCGAUUGGUGGGGACUUGGCUGUCUGAUCUAUGAAAUGAUUCAGGGACAUUCUCCAUUCAAAAAAUACAAAGAGAAAGUCAAAUGGGAGGAGGUCGAUCAAAGAAUCAAGAAUGAUACCGAGGAGUAUUCUGAGAAGUUUUCAGAGGAUGCCAAAUCUAUCUGCAGGAUGUUACUCACCAAGAAUCCAAGCAAGCGGCUGGGCUGCAGGGGCGAGGGAGCGGCUGGGGUGAAGCAGCACCCCGUGUUCAAGGACAUCAACUUCAGGAGGCUGGAGGCAAACAUGCUGGAGCCCCCUUUCUGUCCUGAUCCUCAUGCCGUUUACUGUAAGGACGUCCUGGAUAUCGAGCAGUUCUCGGUGGUGAAAGGGAUCUACCUGGACACCGCAGAUGAAGACUUCUAUGCUCGGUUUGCUACCGGGUGUGUCUCCAUCCCCUGGCAGAAUGAGAUGAUCGAAUCUGGGUGUUUCAAAGACAUCAACAAAAGUGAAAGUGAGGAAGCUUUGCCAUUAGAUCUAGACAAGAACAUACAUACCCCGGUUUCCAGACCAAACAGAGGCUUCUUCUAUAGACUCUUCAGAAGAGGGGGCUGCCUGACCAUGGUCCCCAGUGAGAAGGAAGUGGAACCCAAGCAAUGCUGAGCACCCCGGUGCGGACCACAGAGCAGACCCUGGCGCCAGGAAGGAGCAUGUGUUAGCGUCUCGUCCCACCUGGAAUUGUAAUAAAUACAUCUAAAUAAAACAUGCCUUGGGAGUGUACAGACCUUUCUGCACUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-796.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -836.75
Frequency: 0.0000
Diversity: 500.60
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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