Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001004128.3
Sequence Length
2547 nt
GC Content
0.5964
AUCCGGUGCUUGCGUGUGGUGGUGAGCGCAGCGCCGAGGAUGAGGAGGUGCAACAGCGGCUCCGGGCCGCCGCCGUCGCUGCUGCUGCUGCUGCUGUGGCUGCUCGCGGUUCCCGGCGCUAACGCGGCCCCGCGGUCGGCGCUCUAUUCGCCUUCCGACCCGCUGACGCUGCUGCAGGCGGACACGGUGCGCGGCGCGGUGCUGGGCUCCCGCAGCGCCUGGGCCGUGGAGUUCUUCGCCUCCUGGUGCGGCCACUGCAUCGCCUUCGCCCCGACGUGGAAGGCGCUGGCCGAAGACGUCAAAGCCUGGAGGCCGGCCCUGUAUCUCGCCGCCCUGGACUGUGCUGAGGAGACCAACAGUGCAGUCUGCAGAGACUUCAACAUCCCUGGCUUCCCGACUGUGAGGUUCUUCAAGGCCUUUACCAAGAACGGCUCGGGAGCAGUAUUUCCAGUGGCUGGUGCUGACGUGCAGACACUGCGGGAGAGGCUCAUUGACGCCCUGGAGUCCCAUCAUGACACGUGGCCCCCAGCCUGUCCCCCACUGGAGCCUGCCAAGCUGGAGGAGAUUGAUGGAUUCUUUGCGAGAAAUAACGAAGAGUACCUGGCUCUGAUCUUUGAAAAGGGAGGCUCCUACCUGGGUAGAGAGGUGGCUCUGGACCUGUCCCAGCACAAAGGCGUGGCGGUGCGCAGGGUGCUGAACACAGAGGCCAAUGUGGUGAGAAAGUUUGGUGUCACCGACUUCCCCUCUUGCUACCUGCUGUUCCGGAAUGGCUCUGUCUCCCGAGUCCCCGUGCUCAUGGAAUCCAGGUCCUUCUAUACCGCUUACCUGCAGAGACUCUCUGGGCUCACCAGGGAGGCUGCCCAGACCACAGUUGCACCAACCACUGCUAACAAGAUAGCUCCCACUGUUUGGAAAUUGGCAGAUCGCUCCAAGAUCUACAUGGCUGACCUGGAAUCUGCACUGCACUACAUCCUGCGGAUAGAAGUGGGCAGGUUCCCGGUCCUGGAAGGGCAGCGCCUGGUGGCCCUGAAAAAGUUUGUGGCAGUGCUGGCCAAGUAUUUCCCUGGCCGGCCCUUAGUCCAGAACUUCCUGCACUCCGUGAAUGAAUGGCUCAAGAGGCAGAAGAGAAAUAAAAUUCCCUACAGUUUCUUUAAAACUGCCCUGGACGACAGGAAAGAGGGUGCCGUUCUUGCCAAGAAGGUGAACUGGAUUGGCUGCCAGGGGAGUGAGCCGCAUUUCCGGGGCUUUCCCUGCUCCCUGUGGGUCCUCUUCCACUUCUUGACUGUGCAGGCAGCUCGGCAAAAUGUAGACCACUCACAGGAAGCAGCCAAGGCCAAGGAGGUCCUCCCAGCCAUCCGAGGCUACGUGCACUACUUCUUCGGCUGCCGAGACUGCGCUAGCCACUUCGAGCAGAUGGCUGCUGCCUCCAUGCACCGGGUGGGGAGUCCCAACGCCGCUGUCCUCUGGCUCUGGUCUAGCCACAACAGGGUCAAUGCUCGCCUUGCAGGUGCCCCCAGCGAGGACCCCCAGUUCCCCAAGGUGCAGUGGCCACCCCGUGAACUUUGUUCUGCCUGCCACAAUGAACGCCUGGAUGUGCCCGUGUGGGACGUGGAAGCCACCCUCAACUUCCUCAAGGCCCACUUCUCCCCAAGCAACAUCAUCCUGGACUUCCCUGCAGCUGGGUCAGCUGCCCGGAGGGAUGUGCAGAAUGUGGCAGCCGCCCCAGAGCUGGCGAUGGGAGCCCUGGAGCUGGAAAGCCGGAAUUCAACUCUGGACCCUGGGAAGCCUGAGAUGAUGAAGUCCCCCACAAACACCACCCCACAUGUGCCGGCUGAGGGACCUGAGCUUAUUUGAAGUCCUGCCUCAUUCUCACUGGAGCCUCAGUCUCUCCUGCUUGGUCUUGGCCCUCAACUGGGGCAAGUGAAGCCAGAGGAGGGUCCCCCAGCUGGGUGGGCUGGAAUGGAACUCCUCACUAGCUGCUGGGGCUCCGCCCACCCUGCUCCCUUCCGGACAAUGAAGAAGCCUUUGCACCCUGGGAGGAAGGACCACCCCGGGCCCUCUAUGCCUGGCCAGCCUCCAGCUCCUCAGACCUCCUGGGUGGGGUUUGGCUUCAGGGUGGGGUUUGGAAGCUUCUGGAAGUCGUGCUGGUCUCCCAGGUGAGGCAAGCCAUGGUUGCUGGGCUGUAGGGUGAGUGGCUUGCUUGGUGGGACCUGACGAGUUGGUGGCAUGGGAAGGAUGUGGGUCUCUAGUGCCUUGCCCUGGCUUAGCUGCAGGAGAAGAUGGCUGCUUUCACUUCCCCCCAUUGAGCUCUGCUCCCUCUGAGCCUGGUCUUUUGUCCUUUUUUAUUUUGGUCUCCAAGAUGAAUGCUCAUCUUUGGAGGGUGCCAGGUAGAAGCUAGGGAGGGGAGUGUCUUCUCUCUCCAGGUUUCACCUUCCAGUGUGCAGAAGUUAGAAGGGUCUGGCGGGGGCAGUGCCUUACACAUGCUUGAUUCCCACGCUACCCCCUGCCUUGGGAGGUGUGUGGAAUAAAUUAUUUUUGUUAAGGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1073.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1114.31
Frequency: 0.0000
Diversity: 860.57
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((.((((..........))))))))))(((((((((((((.((..(((.(((((.((((((((((((..(((((.((.(((((....))))).))..)))))...))))).....)))))(((.((((((((((......((((.((((.((.((..........)).))))))...)))).((((((.(((((.(((((...((((.(.(((.((((.((((........)))))))).))).).))))...((((((((...(((((....(((....)))....)))))...))..)))))).))))).))))).)))))).(((((((((((((..(....)..))))))))))..))).(((((((.((((.(.((((((((((((....))))(((((.(((.....(((....(((((((((.((.....(((((((((..(((((((.....))).))))..((((.(((((.......(((.((..(((.......))).)).)))....))))).))))))))))))).((((((.(((((.(((((.((..((((((((((..(....)..)))))))).)).((((.(((.........((((.((((.((((..((((..((((....))))..))))(((((((((((.((((((....(((.(((((.....(((((.((.(((((((.((((((.(........).)))))).....(((((((....((((.(((.((((...(((((((((((..(((((..(((..(((((((...((((...((((..((.......(((((.(((((.((.((((.(((((((...(((((((...(((..((((...))))....((((......))))..(((.(((..(((..((((.((....))))))..)))))))))..((((.(((((((((.(..((((.(((((...)))).).)))))))))))))).)))).)))..))))))).))))))))))).))...))))).).)))).((((((((.(......).)))))))).....))..))))...))))...))))))))))...)))))..))))))))((((((((.............))))))))......)))))))))).)))).)))))))..((((((..(((.....))))))).)))))))))..((.(((.(((.(((((........((((((..(((((.(((((((((..(((...((...(((.(((.((.....)).))))))...)))))..))))))))).)))))..))))))..((((((.....((((((((((((((((.(((((.....(((.(((...)))))).))))))))))...)))....))))))))..)))))).((((((((((((((.((((......(((((.....(((((.......))))).....((((...(((.......)))...)))).))))).)))))))))....)))..))))))))))))))))).))..)).)))))..)))))))).....))))))...))))).....)))))))))).)))).))))........))).))))))..))))))).))).....(((.(((.((.((((((((((((...)))))))....))))).)).))).)))))))))..))))).))))))....)))..))).)))))..((....(((((.......)))))..)).)))))))).).)))).)))))))......................)))))))))).))).)).)))))...)))..))))).))))))))))..(((((((((((((((((((((((.(.((((.(((......))).))))).))))...))))))).(((((....))).))(((((...((....))...))))).))))))))))))......((((((((..((((((..(.....(((.(((((((.((((((((..(((((...(((((((((....((((((((((.(((((....(((((.....)))))))))).))))))...))))))))))))).((((((((....(((((((.(((((......))))).)).)))))..((((((((.(((((.((((((...((((((((((.((((.(.(((((..(((..(((((((...(((....)))...)))).)))..))))))))))))).((((.(((......)))))))..)))))))))).)))))).))))))))))))).................(((((((((((((((((....))))).))))))...)))))))))))))).((((((((((...))))))))))..)))))..)))))))).))))))).)))...)..)))))).))))))))(((((((.(((....(((((.((((((.((((((......))).)))))))))....)))))....)))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,{(((({,(((((,((((({({(({((((({((.......((((.(((....))).))))((((((((((((..(((((.((.(((((....))))).))..)))))...))))).....))))))).((((((((.((.......))...))))}}})),,.|||||{.{({,{(({...}|,||||||||}||||||||,|,,,}),)}}}}}|.|,||}}}(({(...,,,|||}}}.(((((((...))))}}}((((((((......||,}}})))|,,||||,.||}|.}}...)}}}}},)))}|||.|,||,||,{||||||{{(((((((((((.,(...,)..))))))))))){{{{{(((((((,{{(({({(((((((((((({{{{((({,,....||}}}}..,,,...}|||{|||||,(({{...{((((((((,.(((((((.....))).))))},((((.(((((....,..(((.((..(((.......))).)).)))....))))).))))})))))))}.||||,,,|||||.|||{,,}|,.||{{||||||,.........}}}}}})).}|,{((({((,.{,,{,....((({((,,.,.{{{{(((,,((({((((((|{{{,{{,{{(({(({((((.{(((((....(((.{(((,...},|{,||},{.{|||{,|}||{||.}|.,|}||||,,)))))|||||{(((((((,,{,((((.{({.((((,,,(((((((((((..(((((..{{(..(((((((.,.((((...((((..{{.......(((((.(((((.((.((((.(((((((...(((((((...(({..((((...}}})...,((((......|||}..,,,,|||,|{{{..{{((.((....}}}}}},.)))},}}})..((((.(((((((((.({{(,((.,((((...)))).).,))))))))))))).)))).)))..))))))).))))))))))).))...))))).)}}))).((((((((.(......,.)))))))).....)}..))))...)))).,.))))))),}}...)))))..)))))))){{,(({,,......|.,,.,{||||,,,,.,}}}})}||||}}},.)))).,}})))).}||}||||.{(({||||||}||}}.|{|||||||..(({(((,(((,(((((,,.,{{,,((((((..(((((.(((((((((..(((...{..,.(((,(((,,,..,}})},))),}}...).)))..))))))))).)))))..))))))..((((((.....((((((((((((((((.(((((.....(({{(((...)))))).))))))))))...)))....))))))))..)))))).((((((((((((((.((((....{{(((((.....(((({,{{....,}}}}...}}|||||,.,{{.,{{{{.,,)}}}),,,.})))).)))))))))...,))}..))))))|||||}}}}}}.}|,,|,.})))).,}}}))))).....}}}))),,,,))))..,.,}||||}||||{|||},||}||..|||{{|||{||||||{,|||,||||.||..{{,(({.(((.((.((((((((((((...)))))))....))))).)).))).}})}|}},||,|||||{||||||,,{,,}|{{|||{|||||{{{{...,{{(((.......)))))....,|||,,}}).},}}}}.}}}}))).,,,.......|||,|{|||..,,,||||{((.(((((({((((((...{{{,|,....,,,}}...}}}..,||||||)|||{{(({((((((.(.((((.(((......))).))))).)))).,}}))))))}||},|}}}})))}))),)))...||..},))}}.)))))},))))))))))}||||,,{((|{{((,,(({{{,..,..,,.{((,{{{{(((,((((((((..((,{,...{({(((..,....||||||{|{,{{|{{({{,{{{(((.,,.,}})}}})))),,,}}||.}}}}}}}|}||,}}|.|||||}|}}|{.((((.(.(((((((((,,,,{({((((((((,,,(.({{,,,,.)}),}...}))})))))))}).)))))).}))}),)}||}||}.,|||,||||.}|||}}}}{{|,.{{(,,.|...}})}}}),)),)))}|.,}}.))..}}}})))),)))),}))},)})))),)))))),))))))).||}|,...,.))},,,...,,|||||(((((((((((....)))))}})))))),.)))))))}||||||.||||||||||.},),)))))})))})))}},.)))))))).)}})))).))),,.}}}))}})),)))))))){((((((|(|{,|..{,(((.((((((.((((((......))).)))))))))|||.|},}}....)))))))))).
Back