Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001005376.3
Sequence Length
1257 nt
GC Content
0.5465
AGGAGAGAAGACGUGCAGGGACCCCGCGCACAGGAGCUGCCCUCGCGACAUGGGUCACCCGCCGCUGCUGCCGCUGCUGCUGCUGCUCCACACCUGCGUCCCAGCCUCUUGGGGCCUGCGGUGCAUGCAGUGUAAGACCAACGGGGAUUGCCGUGUGGAAGAGUGCGCCCUGGGACAGGACCUCUGCAGGACCACGAUCGUGCGCUUGUGGGAAGAAGGAGAAGAGCUGGAGCUGGUGGAGAAAAGCUGUACCCACUCAGAGAAGACCAACAGGACCCUGAGCUAUCGGACUGGCUUGAAGAUCACCAGCCUUACCGAGGUUGUGUGUGGGUUAGACUUGUGCAACCAGGGCAACUCUGGCCGGGCUGUCACCUAUUCCCGAAGCCGUUACCUCGAAUGCAUUUCCUGUGGCUCAUCAGACAUGAGCUGUGAGAGGGGCCGGCACCAGAGCCUGCAGUGCCGCAGCCCUGAAGAACAGUGCCUGGAUGUGGUGACCCACUGGAUCCAGGAAGGUGAAGAAGGGCGUCCAAAGGAUGACCGCCACCUCCGUGGCUGUGGCUACCUUCCCGGCUGCCCGGGCUCCAAUGGUUUCCACAACAACGACACCUUCCACUUCCUGAAAUGCUGCAACACCACCAAAUGCAACGAGGGCCCAAUCCUGGAGCUUGAAAAUCUGCCGCAGAAUGGCCGCCAGUGUUACAGCUGCAAGGGGAACAGCACCCAUGGAUGCUCCUCUGAAGAGACUUUCCUCAUUGACUGCCGAGGCCCCAUGAAUCAAUGUCUGGUAGCCACCGGCACUCACGAACGCUCACUCUGGGGAAGCUGGUUGCCAUGUAAAAGUACUACUGCCCUGAGACCACCAUGCUGUGAGGAAGCCCAAGCUACUCAUGUAUAAAUGCCAUGUGGAGAUAGAGCCCCAGAUGUUUCAGCCAUCUCAGCCCAGGCACCAGACAAGUGGGUGAAGAAGCCACCUUGGACAUGUAGCCCCAGCAGAUGUGAUAUAGAGAAGAAACAGGAAACUUGGCUAUAUUAGUUUCCUAGGGCUGCCUGUGAUAAAUUAUUACAAACUUUAUAAACUAACACAUUGUGUGCCUAUAUCAAAACAUCAUGGAAGGACAGGCACAGUGGCUCAUGCCUGUAGUCCUAGCACUUUGGGAGGGUGAGAAAGGAAGAUCUCUUGAGCUCAGGAGUUCAAGAUCAGCCUGGGCAACACAGUGAGACCUCAUCUCCACUAAAAAUAAAAAAAAAUUGGCUGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-431.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -452.36
Frequency: 0.0000
Diversity: 333.31
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((.((.((.((.(((((((((((...(((......)))))))....))))).)).)))))).))((((((.(.(((.((.((((...((((((((((((....)))))))(((((.....))))).......(((((((......)))).))).((((.(...((((...)))).)))))))))).((((((........))))))......)))).))))).).)))(((((((((.(((((((.((..(((((.(....((....))..)))))).....)))).)))))......((((((((((...))))))).))).(((((..((((((((..((((((...))))))((((((((((((((..((((((((..(((.(((((..(((((((...((((.....(((.(((..(((((....((((((((((((((...)))..))))))..))))).....)))))...(((((.(((((...))))).)))))((((((((..(...(((((((...))))).))(((((....)))))(((((..(((..(((((....))))).......)))..)))))....)..))))))))..........)))))).....)))).))))))).)))))(((((....))).)).......((((...))))(((((.((((((......(((.((.(((........))).)).).))(((((.((.(((.(.(((.....(((.(((((.(((.(((.((.......)))))..)))..))))).))).))).))))..)).))))).)))))).))))).....((.(((((.((..((((.((((.((((.(((((..(((....))).)))))))))..((((((.((((.........((((..(((((..(((...........)))...)))))..))))........))))..))).)))(((((((.((.((((.((((((((..(((..........)))..)))))))))))).)).))))))).(((((((...)))))))......................(((((((...((....((...))....)).))))))))))))))).))..))))).))))).))))))))))))))............(((((((((....))))))))).)))))))))).))).)))..)))))..)))))))))................)))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{{{(,.{(.{(.((.((({{{{{{(({.,(((,,..,,}}},}}}...,|||}}.)),)}}||,,{,||,{{{,|,|{{|{{|{,{{.,,{{,{{(((((({,...,|}})}}{{|||}|},,,))))}||,,..(({{(((,.....)))),))).{((((..(((((((,{(({{,{(({{{({,{,{({({..,,,},,|||}}}}......}}},.,,,}|,|{|(|{((((,{{..,,{||,|,||..|||{{.,....((....}}.||}}}}}...,,||,,.|||}},....,}}||)))},..,})))))),)))},})}},..,)))}},}..))))))).)))))(.((((((((((((({..((((((((..({{.(((((..(((((((,,.((((.{{{{((,.({,{.(((((....((((((((((((((...)))..))))))..))))).....))))).,,||{{{.|||||,.,))),),)}}||((((({{(,,(..{({(((((...))))).))(((((....)))))(((((..(((,{(((((....)))))....,}.)))..))))).......}}}))))}.},},}}}..,}},}}.....,}},.})))))).)))))(((((....))).)).......{(((...)))}(((((.((((((.....{(((.({,(((,....,,,||}.}),,,)))||||,,..{||.,.{(({{{,.(((.(((((.(((.(((.({.......)))))..)))..))))).))).||..,,,}..}}}))))},)))))).))))).....,{.(((((.({..((((.((((.((((.(((((..(((....))).)))))))))..((((((.((((.......({(({(..(((((..(((...........)))...}))))..))))}.......))))..))).)))(((((((.((.((((.((((((((..(((..........)))..)))))))))))).)).))))))).(((((((...))))))).....................,{((((((...((....(,...})....)).))))))})))))))).))..))))).})})).))))))))))))))..........,,(((((((((....))))))))).)))))))).).....,}}}.,,.})}.))))),|,.................,,,.,,.
Back