Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001005782.2
Sequence Length
1459 nt
GC Content
0.3687
GGAAGUGACGCGAGGCGUAGCGGAAGUUACUGCAGCCGCGGUGUUGUGCUGUGGGGAAGGGAGAAGGAUUUGUAAACCCCGGAGCGAGGUUCUGCUUACCCGAGGCCGCUGCUGUGCGGAGACCCCCGGGUGAAGCCACCGUCAUCAUGUCUGACCAGGAUAGCAGUGAGAUUCACUUCAAAGUGAAAAUGACAACACAUCUCAAGAAACUCAAAGAAUCAUACUGUCAAAGACAGGGUGUUCCAAUGAAUUCACUCAGGUUUCUCUUUGAGGGUCAGAGAAUUGCUGAUAAUCAUACUCCAAAAGAACUGGGAAUGGAGGAAGAAGAUGUGAUUGAAGUUUAUCAGGAACAAACGGGGGGUCAUUCAACAGUUUAGAUAUUCUUUUUAUUUUUUUUCUUUUCCCUCAAUCCUUUUUUAUUUUUAAAAAUAGUUCUUUUGUAAUGUGGUGUUCAAAACGGAAUUGAAAACUGGCACCCCAUCUCUUUGAAACAUCUGGUAAUUUGAAUUCUAGUGCUCAUUAUUCAUUAUUGUUUGUUUUCAUUGUGCUGAUUUUUGGUGAUCAAGCCUCAGUCCCCUUCAUAUUACCCUCUCCUUUUUAAAAAUUACGUGUGCACAGAGAGGUCACCUUUUUCAGGACAUUGCAUUUUCAGGCUUGUGGUGAUAAAUAAGAUCGACCAAUGCAAGUGUUCAUAAUGACUUUCCAAUUGGCCCUGAUGUUCUAGCAUGUGAUUACUUCACUCCUGGACUGUGACUUUCAGUGGGAGAUGGAAGUUUUUCAGAGAACUGAACUGUGGAAAAAUGACCUUUCCUUAACUUGAAGCUACUUUUAAAAUUUGAGGGUCUGGACCAAAAGAAGAGGAAUAUCAGGUUGAAGUCAAGAUGACAGAUAAGGUGAGAGUAAUGACUAACUCCAAAGAUGGCUUCACUGAAGAAAAGGCAUUUUAAGAUUUUUUAAAAAUCUUGUCAGAAGAUCCCAGAAAAGUUCUAAUUUUCAUUAGCAAUUAAUAAAGCUAUACAUGCAGAAAUGAAUACAACAGAACACUGCUCUUUUUGAUUUUAUUUGUACUUUUUGGCCUGGGAUAUGGGUUUUAAAUGGACAUUGUCUGUACCAGCUUCAUUAAAAUAAACAAUAUUUGUAAAAAUCAUACUAAUGCUUAUUUUAUUUUAAUUGUAUAGAAAGAAAAAAAUGCCUAAAAUAAGGUUUUCUUGCAUAAAUACUGGAAAUUGCACAUGGUACAAAUUUUUUCUUCAUUACUGUACAGUGAUGAUGUUAAUGACUUUGAAGCACUGAAAGUUACUGAAGUGCCUUCUGAAUCAAGGAUUUAAUUAAGGCCACAAUACCUUUUUAAUACUCAGUGUUCUGUUUUUUUAAAAACUUGAUAUUCCUGUAUGGUGCAUAUAUGAUACAGUUACCUAAUCAUGUUGAAUAAAUGGGCAUGCCAAAAAUUCUUACUGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-360.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -390.17
Frequency: 0.0000
Diversity: 314.65
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((.((((..(((((((....))))).))...))))((((((((((.(((((...(.(((....))).)...))))).)))..(((...(((((((((.((((((......))))....)).)))))).))).))).((((..(((((.....)))))...))))..((((((....))))))....))))))).((((..((..((((((((......(((((...)))))((....))...(((.((.....)).)))))))))))..)).)))).....(((..((((((...(((((((((((((((..(((((((((((((.....((((..((((..((((....(((......)))....)))).))))..)))).))))))))))))))))))........((((((....)))))).))))))))))...))))))..)))....((((((......(((((.(((((........(((((..((((((((....((.((((((((....((((((..((((((..((((.((((.(((((((((((.....((....((((......((..((((..(((......(((((...((((.(..(((((((...)))))))..).))))...)))))((((((...(((.((((((((((((((.....(((.((((((...........((....))........((((.(((((((...(((((.(((((..((((.......)))))))))...))))).......((((((...(((.(((((((((.(((((.(((....((((((((((((...(((((((...(((..............)))...)))))))...((((...))))......((.(..(((....)))..).)))))).))))))))...))).)))))))))))((((((((...)))))))).........))))))...)))))).........((((..........)))))))))))))))............))))))))).....)))))))))))))))))....)))))))))...))))..))...))))....(((((((.......(((((((((((...((((.(((.......))).)))).....))))))))))).)))))))((((((.....((((......)))))))))))).....))))))))))))))))))).)))))).......((((((((....))))))))...))))))...)).))))))))))))))))...(((((((.((((((...))))))...)))).)))..................((((((..(((((....)))))..)))))).((((((.(((....))).))))))..........)))))......)))))..)))))..))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{((((((((.,(({{(((,,..}}}}),))..,})))((((((((((.(((((...(,({,....))).)...))))).))),.(((...(((((((((.((((((......))))....)).))))))},)).))),||||..(((((.....))))).,,||||,,((((((....))))))....})}}))).((((..((..((((((((..{,..(((((...))))){{||.,|,...|{|..|,,},.}}.,,,))))))))..)).)))).....(((..((((((...((((((((((((((..,(((((((((((.,.{{..((((..((((..((((....,({,.....}))....)))).))))..)))).,)))}})))))))))))),,..,}}.{(((((....)))))}.))))))))))...))))))..)))....,{{{{{......(((((.(((((...,{{..{{(((..((((({{,...{({.((((((((....((((((..((((((..(((,{((((.(((((((((((.....((....((((......{(..((((..(((......,{{{{...((((.(..(((((((...)))))))..).))))...}}}}}((((((...(((.((((((((((((((.....((,{((((((.....{{{{,,((,.{{,.{{{(((.((((({(,,,((((.....))}|,,||}}|{{{.,}}..}))),)),})}}})))))|.,,...((((((...(((.(({{(((((.(((((.(((....((((((((((({...{((((({..,(((...,,....,....))}...)))))))...((({...})))......,,,(.{(((....,,,.})})))))).))))))))...))).))))))))))}((((((({...}))))))),,,....,,))))))...))))))....|||,,({((..........}})),,|}))},,,}}}},........))))))))).....)))))))))))))))))....)))))))))...))))..))...))))....(((((((.,.....{{(((((((({.{.(((,.(((.......))).}))).}},,))))}}}})}),)))))))((((((.....((((......)))))))))))).....))))))))))))))))))).)))))).......((((((((....)))))))).,.))))))...)),}))))))}}}}}}}}}|,.(((((((.((((((...))))))...))))},}}......,,,,,,,....|{(||{{,,|{{{,.,,,))))}..}}},,,.((((((.(((....))).)))))),,},,.....))))),}}...)))))..)))))..,,}))))))),..
Back