Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001006621.2
Sequence Length
2951 nt
GC Content
0.5124
GUCGUGUGCGGCUCGGGGUAAUAGGGCUGCUGCUCGGCCGGCCGGCGGCGGCGAGCAGCAGGGGCAUGAGGGCUAACCCGGGAAGCGGCAGCUGAGCGGGCCGGGAGGAGCGCCGGUCCCCGUGGAUCCCGAGAGUGCAGAGCUCGGGGCAGGGGCCGGGAGGCGUGGGGGAGCCGGGCCCUCCCCUCAGGAACGUGUCCCGGGGCCGACCCGGCCCGUAGUGUGGAAGCAGCUUCAGCCCAGGAGUUAAAGUCACUGUUUGAAAAAAAAUCUCUCAAAGAGAAGCCUCCAAUUUCUGGGAAGCAGUCGAUAUUAUCUGUACGCCUAGAACAGUGCCCUCUGCAGCUGAAUAACCCUUUUAACGAGUAUUCCAAAUUUGAUGGCAAGGGUCAUGUAGGUACAACAGCAACCAAGAAGAUCGAUGUCUACCUCCCUCUGCACUCGAGCCAGGACAGACUGCUGCCAAUGACCGUGGUGACAAUGGCCAGCGCCAGGGUGCAGGACCUGAUCGGGCUCAUCUGCUGGCAGUAUACAAGCGAAGGACGGGAGCCGAAGCUCAAUGACAAUGUCAGUGCCUACUGCCUGCAUAUUGCUGAGGAUGAUGGGGAGGUGGACACCGAUUUCCCCCCGCUGGAUUCCAAUGAGCCCAUUCAUAAGUUUGGCUUCAGUACUUUGGCCCUGGUUGAAAAGUACUCAUCUCCUGGUCUGACAUCCAAAGAGUCACUCUUUGUUCGAAUAAAUGCUGCUCAUGGAUUCUCCCUUAUUCAGGUGGACAACACAAAGGUUACCAUGAAGGAAAUCUUACUGAAGGCAGUGAAGCGAAGAAAAGGAUCCCAGAAAGUUUCAGGCCCUCAGUACCGCCUGGAGAAGCAGAGCGAGCCCAAUGUCGCCGUUGACCUGGACAGCACUUUGGAGAGCCAGAGCGCAUGGGAGUUCUGCCUGGUCCGCGAGAACAGUUCAAGGGCAGACGGGGUUUUUGAGGAGGAUUCGCAAAUUGACAUAGCCACAGUACAGGAUAUGCUUAGCAGCCACCAUUACAAGUCAUUCAAAGUCAGCAUGAUCCACAGACUGCGAUUCACAACCGACGUACAGCUAGGUAUCUCUGGAGACAAAGUAGAGAUAGACCCUGUUACGAAUCAGAAAGCCAGCACUAAGUUUUGGAUUAAGCAGAAACCCAUCUCAAUCGAUUCCGACCUGCUCUGUGCCUGUGACCUUGCUGAAGAGAAAAGCCCCAGUCACGCAAUAUUUAAACUCACGUAUCUAAGCAAUCACGACUAUAAACACCUCUACUUUGAAUCGGACGCUGCUACCGUCAAUGAAAUUGUGCUCAAGGUUAACUACAUCCUGGAAUCGCGAGCUAGCACUGCCCGGGCUGACUACUUUGCUCAAAAACAAAGAAAACUGAACAGACGUACGAGCUUCAGCUUCCAGAAGGAGAAGAAAUCCGGGCAGCAGUGACACUGGCCUCCAGCCUCAAUCUGUUCCGUAGCUCAGAGCCUGCCUGCCAGGGCCAAGUGCCCUAGAGUCCACCCGGUGUCCUGAAGUCCUCGGGGGGAGGCCAGCCCCUGGCUCACUGGCACAGGGCAGGUGGGCUCUCGGGGAAGGUGUCGGGGGCCCCCUAGGAGGGAGCGCUGGGGACAUUGCCAUGGGACGGAAGUCUGCUUGGCAGUGGCUUUGAUAAGCGAUGCUUGGGGGUCAGACCACCCCCUAGAGGAGCCACGUGCCGCCCAGCCACCUUCAAUGCCUGCCACCCUGCCCGAGGAUGUACAGAGCCGUGCCCACACAUUUCCUUGCAACUUGAUCAAAUUUCUUAAAGCAAACAACAAAAAUGUACAUUUCUGUUUUUCCUUUUAAUAAACAGGUGUACUCUUUAUCAUGGUUGGUAUGAUGGACCAUUCUUUGGGGCGGAGGAUUGAUUAUGUUACUCUCUUUAAAAUCUGUUCCCAUAUUGAACAGGCAGAUUGGAAAAGCUAUGGUUCGAUUUCUCAGAAGAAAUGUUUAGGUCUUAGUCAAUAGUUUUAACUAUGCCAUUUGUUUAAAUGAGUGCAUUUGCUUCGAGGGUAGUGUCUUACUAAAAGUUAGGAACAGAGACCUAGUGGUGUGUCCAAGGCCGUGUCACUUUCCCCUUCAGCACACCCCAGCUUCUGACCUCAGAGCCCAGGAGCUGCGUGGACAGUGUGGGGUGCCAGGAGGAGGGGCGGUGGCUGGUCCUCAGGCACGCUGCACUCCCAGCCAGACAUGGUCUUUCCGUUUCUUAAGUAGCAAGUGUAGGUUUCAGCUGGCAGUUCCACCUGCAUGUUCUCUGCUUCGCUGCCUUGGAAGGGGCCACAUUCCCCAUUCCUCUUCUCCUUACAGCGCCUGCCUCCUUUUUCAAGCAGGCGGAAAGCUGCUGUUUCUCACGUUUCAGGGAGAGGGGUGAGCGGAGGGAGACCUGUGUCCGUGCCGUCCGGCUCCCUGGGUGGGAACAGGCAAGGGAUCAGAUGCCCCUGACACCACGCCUCUGGCCACACCAGAUGCCUCUGCAGUCCUCGACAGCCUCUUCAGUGUCCCUCCUGCGGUGAUGUCCUUACUGUCCCCAGCCAGGGCCGGGGACCGGUGUUUCACUGAGGACCUGCAUUAGAAACAUUUUUUAAAUUGUUGUACAGGAAGAGAUGUGUCUAAAACAGCAUCUUAAAGCUGAGUGUAUUUCUUUGCACAAGGGGUCAUGCUGAUGAAUUCUUCUUUCAUUCUGAUCUUUGUUCAGCCAACAGGAGCGUCCUUUUCUAAUGUCUUCCAUUCCUACCCCCCACCCAAAAACAAAAGAAAUAUUUGUAGCUUGCUAUCUGUAUUUGAAUUUUUAGCAAUUUUAUAUUUAGAUACUUUGAAAAAUGUAAAUGACUAAUUUGGUCAUUAAAUCUUGUGACAUAUUCGAUAUUAAAAUGAUAUUAAAAUAAAAGUCAUAUAAAUACACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1018.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1070.29
Frequency: 0.0000
Diversity: 738.94
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((.((...((((...(((((((((((((((.(((.(....).)))))))))))))((((((((((((....(((.....)))..((((((((((((.((.(((((((((((((((......((((((.........))))))(((((((((((((.(((((((((((.......))))))).....)))).)))))((((((...))))))(((((((.((....((((...((((((((((..((...((.(((((...........))))).))....))..))))))))))))))..)).)))))))((((.(.....).)))).)))).))))....................((((((((((((((((.(((...((.((((...((.....((((......((.(((((.(((((((((((((.....((((((((..(((((..(.((((.....(((.(((((.(........)))))).))))))).).))).)).)))))...(((.((((((((((..(((........((((....))))........)))..)))..))))))).))).......)))......))))))))))))).))))))).....))))....)).)))).))...))))))))))))....))))))).(((((((((((...((((..(((((((.((((((((((.(((((((...)))))))...........(((((((.((..((((((.......((((((.........(((((.((.....)).)))))((((((.(((..((((((....................)))))).))).)))))))))))))))))).)))))).)))...)))))).....)))).)))..(((.(((((...(((((((.((.(((..(((.(((((((((((((....((((((..((((((..(((((..((((((.(((......((.((((((.(((.((((...(((((((((..((........................)).))))).))))....))))............(((((((.((((((..((((((..(((..(((.((((((.(((((....((((.((((......((((..(((.(((((......(((......)))........)))))...)))..)))).((((((...(((.........)))....)))))).............(((.(((.(((((((....((((.((((((..(((.((..(((((((((...(((...(.(((.(((((((((..((.((((...((((((((........((((((...(((((((((((((((((((((.(((..............))).)))).))).)....)))))((((....)))).......))))))))((((((..((((...))))..)))..))).....))))))((((((((((((((..(((((.(((........(((.(((((.(.(.....).).))))).)))((((((...))))))))))))).)..))))))))))))))((((.(.((((..(.((((.......(((((.(.(((((((.((((((((..((((....))))...)))))((((((((..(((((...))).((((((......))))))))..))))))))))).).))))))).)))))...)))).))))).).))))))))))))...)))).))..)))).))))).))))(((.(((((((.(((((....((.............((((((..((((((...........))))))))))))..(((((((((.....)))))))))(((.....))).))))))).))))))).)))....(((......(((((((.......)))))))......)))..)))....)))))).)))..)).)))..)))))))))).......(((((....))))).....))))))).))).)))..)))).)))))))))..)))))))))....))).....)))))))))))).)))))))...))).)))))).))))).))))))...)))))..))((((....))))))))..))))))))))))).((((((.(((((..(((((..(((....)))..))))).))))).))))))(((((.(((((((((((((((((((((((...(((((....(((((....(((..((((......))))..))).)))))...)))))...))))((((.......))))..((((((((((((((((((((((((((.(((....))).))))))...)).)))))............))))))))))).)))))))..)))))).)))))...(((....)))....))).))))).))))))((((.........))))))).))).)))))))))....))))))))..((((((.....((((..........))))....)))))).))))....)))).....)))))))))))))))))))))))))).))..)).))))).(((((.(((((((((...((((...)))).))))))))).)))))..((((........)))).(((((......))))).((((((((.(..((((((.......)))))))))))))))..)))))..........)))))).....)))))).....))))).))))...))....(((((.......)))))...((((((...((......))...))))))...(((((((............)))))))((((((((...))))))))......((((((.((((.(((((((...)))))))..))))...))))))....))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((.((...((((,..{((({((((((((({{(((.(,...)})))))))))))))(((((({{((({...|||({{{,(|||,.{(({,(((((((.{(.(((((((((((((((......((((((.........))))))(((((((((((((.(((((((((((.......))))))).....)))).)))))((((((...))))))(((((((.((..,.((((,..{(((((((((..(({..((.(((((...........))))).))..},}}..)))))))))))))).,)).)))))))((((.(.....).)))).)))).))))...{{,,.......,,,,..((((((((((((((({,(((...(({((((...((.....((((......({((((((.(((((((((((((,,,,,((((((((.{(,({{..{,((((,....(((.(((({.{........)))))).)))))))..,))).}},))}||{{,(,{.((((((((.({.(({.,((,{..((((....))))..{(((...)))}})}}}),}))),}),)}}}}}},)})},}}}.))))))))))))).))))))).....))))....)).)))).))}..))))))))))))....))))))).(((((((((((...,{,({.((,({(({((,{{{{,.,.(((((((...)))))))...,.......(({((((.(({,((((({,,..,{{((((((........,(((((.((.....)).)))))|(((((.(((..((((((........,,..........)))))).))).))))),))))))))),}}|||||||,,,|,,..,{||||.{{,||,,.|},|,({,{(((((.,.{||||||,|}.|||}.|||}||||{|{{{{(({....{{||{|..||||||..(((((..((((((.(((......{,.((((((.(((.((((...(((((((((..{{........................}}.))))),})))....))))............(((((((.((((((,.{(((((..(((..((({((((((.(((((....((((.((({......((((..(((.(((((.,....{((......}}),.....,.)))))...)))..)))).,(((((...(((.........)))....)))))|,,..,,,,,,{{.,,,,{,,.{{{{{{,....((((.((((((..(((.((..(((((((((...(((.{{(,(((.(((((((((..((.((((...((((((((........((((((,,.((((((((((({{,{{(((((.{{,....,,,,,.....|}}.}}}}.}},.,,},,))))}((((....)))).......))))))))((((((..((((...))))..)))..)))....,))))))((((((((((((((..((((,,(((........{((.(((((.(.{.....}.}.))))),))}((((((...))))))))))))).)..))))))))))))))((((.(.((((..(,((((......,(((({.(.(((((({.((((((((.,((((....)))).,.)))))((((((((..{({((...))},((((((......)))))),}..))))))))})).).))))))).)))))...)))),})))).).))))))))))))...)))).))..)))).))))).}}||{((.(((((((.,{(((,...{(.............((((({..((((((...........))))))))))))..{{(((((((.....)))))))))(({.....))).})})))),))))))).))).............{((((((.......))))))).,}},,))...)))....)))))))}}}..)).)))..))))))}))).,,|,,.{((({....)))))},...,}))))),))).}))}.)))).)))))))))..)))))))))....))).....)))))))))))).)))))))...))).)))))).}}))).)))))).,.))))).,}}{(((....)))))))),,)))}))}))||||(((({((,(((((.,{((((,,(((,..,|||..||}}},||}}},|||||}|((((.((((((({((((({(((({{{{|..,({(((,,({({(((,...(((..({{{.....,))))..))),)}))))),))))),},||||((((.......)))).}|||{((((((((((((((((((((((.(({....})).))))))...)).)))))............))))))))))}.))))))},,}))))),})})}.|.(((....))).}.}))).))))}..|(((..((..((((......))))..))..))))||||},.,.))))),}},,,}))}})))).}}}}))}..,,,,,))))}})))),}))},,,}})}.))))}}}}.)))))))))))))))))))))))))).))..)).))))).(((((.(((((((((...((((...)))).))))))))).))))}..((((........)))).(((((......))))).((((((((.{..((((((.......))))))})))))))}..}}}}}....,|||}}}))))},,,..}))))),,,..})))),)))}..,)}....{((((.......})))),,.{(((((...{{....,,||...}))))}..,{|{||||}||,,,.,,...,,,,}},((((((((...))))))))......((((((.((((.(((((((...)))))))..))))...))))))....})))).
Back