Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001007069.2
Sequence Length
2070 nt
GC Content
0.3816
AGUGACCGGAGGCGGCGGCGGCGAGCGGUUCCUUGUGGGCUAGAAGAAUCCUGCAAAAAUGUCUCUCUAUCCAUCUCUCGAAGACUUGAAGGUAGACAAAGUAAUUCAGGCUCAAACUGCUUUUUCUGCAAACCCUGCCAAUCCAGCAAUUUUGUCAGAAGCUUCUGCUCCUAUCCCUCACGAUGGAAAUCUCUAUCCCAGACUGUAUCCAGAGCUCUCUCAAUACAUGGGGCUGAGUUUAAAUGAAGAAGAAAUACGUGCAAAUGUGGCCGUGGUUUCUGGUGCACCACUUCAGGGGUUGGUAGCAAGACCUUCCAGUAUAAACUAUAUGGUGGCUCCUGUAACUGGUAAUGAUGUUGGAAUUCGUAGAGCAGAAAUUAAGCAAGGGAUUCGUGAAGUCAUUUUGUGUAAGGAUCAAGAUGGAAAAAUUGGACUCAGGCUUAAAUCAAUAGAUAAUGGUAUAUUUGUUCAGCUAGUCCAGGCUAAUUCUCCAGCCUCAUUGGUUGGUCUGAGAUUUGGGGACCAAGUACUUCAGAUCAAUGGUGAAAACUGUGCAGGAUGGAGCUCUGAUAAAGCGCACAAGGUGCUCAAACAGGCUUUUGGAGAGAAGAUUACCAUGACCAUUCGUGACAGGCCCUUUGAACGGACGAUUACCAUGCAUAAGGAUAGCACUGGACAUGUUGGUUUUAUCUUUAAAAAUGGAAAAAUAACAUCCAUAGUGAAAGAUAGCUCUGCAGCCAGAAAUGGUCUUCUCACGGAACAUAACAUCUGUGAAAUCAAUGGACAGAAUGUCAUUGGAUUGAAGGACUCUCAAAUUGCAGACAUACUGUCAACAUCUGGGACUGUAGUUACUAUUACAAUCAUGCCUGCUUUUAUCUUUGAACAUAUUAUUAAGCGGAUGGCACCAAGCAUUAUGAAAAGCCUAAUGGACCACACCAUUCCUGAGGUUUAAAAUUCACGGCACCAUGGAAAUGUAGCUGAACGUCUCCAGUUUCCUUCUUUGGCAACUUCUGUAUUAUGCACGUGAAGCCUUCCCGGAGCCAGCGAGCAUAUGCUGCAUGAGGACCUUUCUAUCUUACAUUAUGGCUGGGAAUCUUACUCUUUCAUCUGAUACCUUGUUCAGAUUUCAAAAUAGUUGUAGCCUUAUCCUGGUUUUACAGAUGUGAAACUUUCAAGAGAUUUACUGACUUUCCUAGAAUAGUUUCUCUACUGGAAACCUGAUGCUUUUAUAAGCCAUUGUGAUUAGGAUGACUGUUACAGGCUUAGCUUUGUGUGAAAACCAGUCACCUUUCUCCUAGGUAAUGAGUAGUGCUGUUCAUAUUACUUUAGUUCUAUAGCAUACUUGCAUCUUUAACAUGCUAUCAUAGUACAUUUAGAAUGAUUGCCUUUGAUUUUUUUUUUAAAUUCUGUGUGUGUGUGUGUAAAAUGCCAAUUAAGAACACUGGUUUCAUUCCAUGUAAGCAUUAAACAGUGUAUGUAGGUUUCAAGAGAUUGUGAUGAUUCUUAAAUUUUAACUACCUUCACUUAAUAUGCUUGAACUGUCGCCUUAACUAUGUUAAGCAUCUAGACUAAAAGCCAAAAUAUAAUUAUUGCUGCCUUUCUAAAAACCCAAAAUGUAGUUCUCUAUUAACCUGAAAUGUACACUAGCCCAGAACAGUUUAAUGGUACUUACUGAGCUAUAGCAUAGCUGCUUAGUUGUUUUUGAGAUUUUUUAGUCAACACAUAAUGGAAACUUCUUUCUUCUAAAAGUUGCCAGUGCCACUUUUAAGAAGUGAAUCACUAUAUGUGAUGUAAAAGUUAUUACACUAAACAGGAUAAACUUUUGACUCCCCUUUUGUUCAUUUGUGGAUUAAGUGGUAUAAUACUUAAUUUUGGCAUUUGACUCUUAAGAUUAUGUAACCUAGCUACUUUGGGAUGGUCUUAGAAUAUUUUUCUGAUAACUUGUUCCUUUUCCUGACUCCUCCUUGCAAACAAAAUGAUAGUUGACACUUUAUCCUGAUUUUUUUCUUCUUUUUGGUUUAUGUCUAUUCUAAUUAAAUAUGUAUAAAUAAAGUUACAUUUUAGUCUGUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-516.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -557.45
Frequency: 0.0000
Diversity: 523.05
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.(((((((((.(((((.(((.(((((..(((.(((((.(((((..((..((((((.(((...((((((((..(((...)))..))..))))))............(((......(((.......)))......)))......))).))))))..))..)))))))))(((((......)))))(((.(((..(((((...(((((..(((....)))..))))))))))..))))))......).)))....)).)))...))).))))).)))))))))))((((.((((((((..(((......)))..(((.((((.....)))).))))))))).)).))))......((((((((.((((((.((((((..(((.((((((((.((((((((((((((((((((((.......((((((...(((..((((..((((((..(.((......(((((((((..((((((...(((((((((((((((..((((..(((((((((((((((((...)))))).).)))))))))).))))...))).).)))))(((((.(((....(((((.....)))))....)))))))).((((((((((((.((..(((((..((((.(((((((((((...((.......))...)).))))...)).)))..)))).)))))((((((((....(((((.........)))))....)))))))).....((((((((((.((((((((((((((........)))))))........(((((.(((((....((((..((....))..))))...))))).)))))....(((((((.((((((....)))))).(((((..(((((((((((((((........))))..))))))....))))).))))).(((((((((((......)))))....))))))....((((((((((((.((((....(((((........)))))...)))).)))..............))).))))))....)))))))((.(((........)))))..)))))))))))............)))))))))))))).)))))).((((((........)))))).............))))))....))))))..)))))))))......)).)..))))))..((((.(((((((.((((((((((....((((((((((((.....((((((..((((((.((.....))))))))))))))((((((((.((((((((((.((((.......))))...(((((.((((((....((((...))))...)))))))))))((((.((..((((((...(((((...((((((((.((.............)).)))))))).)))))...))))))..)).))))...........)))))))...))))))).))))..........)))).)))))))).))))).((((.(((((...(((((((((..((...........((((((((...((.......))....)))))))).((((.....(((...((((....))))))).....))))..............(((...(((((((.(((...((..(....)..))...))).))))))).))).(((((((...(((...)))))))))).))..)))))))))...))))).))))........((((((......(((((((.((....)).)))))))))))))..(((((.....))))).((((((((..((..((....))..))))))))))......(((..(.(((..(((((((((((((......))))))))))..)))..)))..)..)))............))))).))))))).))))((((((.....))))))...)))).))))))))).......)))))))..))))))))).........))))))...)))))))).))).)))))).))))))...))))))))((((.(((((..........))))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.({.(((((((((.(((((.((((((((((..,,.((((({.{{{{..,,,{{{,,...(((((.(((.,,{{..({{...)))..}),})),)))}}..},..}}}.|}}}}}}}}))))}.{((((((({...(({.......)))..)))).))))}||||||}}||(((((......)))))|{{.(((..(((((...(((((..(((....}))..))))))))))..))),}}......,,}}}.....,.,.....,)).))))).)))))))))})((((.{{(((((({,(((......)))..(((.((((.....)))),))))))))).}}.))))......{(((((((.((((((.((((((..(((.((((((((.((((((((((((((((((((((.......((((((..,((({{,,(({{,,{{{,,{(,((,,....{,|||||||,.||||||}}}|((((,,,,,,,{||}}((({,.(((((((((((((((((...)))))).}})))))))))).))))...|||,|,|||||{((((.(((....(((((.....)))))....))))))),.((((((((((({.((,.(((((..((((.(((((((({{{...((.......)).,.}}.})))...)).)))..)))).))))}|||{{{||....|||}|.......,,.((((((((.{(((({(.{{{{.,,,||||{{.((((((((((((((........)))))))........(((((.(((((..,,{((({,{(....})}}),}).,,))))).)))))....(((((((.((((((....)))))).{((((..((((({(((({{{{{........}})),.))))))....}}))).}}))}.(((((((((((......)))))....))))))....((((((((({{(.((({,,{,{{{{{.,,,,.,,))|||.|,}}}}.})).,||..........))).))))))....))))))){.,{((,......,)))))..))))))),}}))))))).)))))))).)))}}))))).)))))}.((((((........))))))..,......,,,,}}}}}},,,,)))|||,,}|}},,}}|||,|{,||.,|,)|}}}},.((((.(((((((.(((({{{(({..{,{(((((((((((,,...((((((..(((((,,((.....))))))))))))))(({{,({((((((((((((.((((.......))))...(((({,((((((....({{,...})}}...)))))))))))((((.((..((((((...(((((...((((((((.{(........,,,..,,.)))))))).)))))...))))))..)).))))...........))))))))))}.,}),},))))..,..,.||,}}|}.}))))))).})))}..((((.{.,..,,{{...||||..,...}}}}.....{(((((((,,.{{.......||...})))))))}.,,(({{{{{(((,{,((,(,,,,||,,|||{{..,|},,............||{{|||.|{{{{{{,({{...{{,.|....,..}}...))),))))))).,,..||||{||||,|{{,..))}))}))))}))}}))),}|,}}}}})))),.|{(({{{{{{,...,{{{,.(((((((((((.((....)).))))))}})))).}}(((((.....))))){((((((({,{{,,.,,....}),,)})))))))}.,....{{{..{.(((..((({(((((((((......)))))))))},.)))..)))..}..)))}}}}}}}.....})))).))))))).))))((((((.....))))))...}}}}.))))))))).......))))))),.,)))))))),.......,))}})),..))}))))).))).)))))).))))))...)))))))}{{({.(((((..........)))))}))},,.....
Back