Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001008486.2
Sequence Length
1525 nt
GC Content
0.5567
CUCUUUCCCGCCGCCGCCUGGGAGGGGACCCGGGCUGCCAGGCGCCCAGCUGUGCCCAGAUGGAUGGGACAGAGACCCGGCAGCGGAGGCUGGACAGCUGUGGCAAGCCAGGGGAGCUGGGGCUUCCUCACCCCCUCAGCACAGGAGGACUCCCUGUAGCCUCAGAAGAUGGAGCUCUCAGGGCCCCUGAGAGCCAAAGCGUGACCCCCAAGCCACUGGAGACUGAGCCUAGCAGGGAGACCACCUGGUCCAUAGGCCUUCAGGUGACCGUGCCCUUCAUGUUUGCAGGCCUGGGACUGUCCUGGGCCGGCAUGCUUCUGGACUAUUUCCAGGCCAACACUGGACAAAUUGAUGACCCCCAGGAGCAGCACAGAGUCAUCAGCAGCAACCUGGCCCUCAUCCAGGUGCAGGCCACUGUCGUGGGGCUCUUGGCUGCUGUGGCUGCGCUGCUGUUGGGCGUGGUGUCUCGAGAGGAAGUGGAUGUCGCCAAGGUGGAGUUGCUGUGUGCCAGCAGUGUCCUCACUGCCUUCCUUGCAGCCUUUGCCCUGGGGGUGCUGAUGGUCUGUAUAGUGAUUGGUGCUCGAAAGCUCGGGGUCAACCCAGACAACAUUGCCACGCCCAUUGCAGCCAGCCUGGGAGACCUCAUCACACUGUCCAUUCUGGCUUUGGUUAGCAGCUUCUUCUACAGACACAAAGAUAGUCGGUAUCUGACGCCGCUGGUCUGCCUCAGCUUUGCGGCUCUGACCCCAGUGUGGGUCCUCAUUGCCAAGCAGAGCCCACCCAUCGUGAAGAUCCUGAAGUUUGGCUGGUUCCCAAUCAUCCUGGCCAUGGUCAUCAGCAGUUUCGGAGGACUCAUCUUGAGCAAAACCGUUUCUAAACAGCAGUACAAAGGCAUGGCGAUAUUUACCCCCGUCAUAUGUGGUGUUGGUGGCAAUCUGGUGGCCAUUCAGACCAGCCGAAUCUCAACCUACCUGCACAUGUGGAGUGCACCUGGCGUCCUGCCCCUCCAGAUGAAGAAAUUCUGGCCCAACCCGUGUUCUACUUUCUGCACGUCAGAAAUCAAUUCCAUGUCAGCUCGAGUCCUGCUCUUGCUGGUGGUCCCAGGCCAUCUGAUUUUCUUCUACAUCAUCUACCUGGUGGAGGGUCAGUCAGUCAUAAACAGCCAGACCUUUGUGGUGCUCUACCUGCUGGCAGGCCUGAUCCAGGUGACAAUCCUGCUGUACCUCGCAGAAGUGAUGGUUCGGCUGACUUGGCACCAGGCCCUGGAUCCUGACAACCACUGCAUCCCCUACCUUACAGGGCUGGGGGACCUGCUCGGUUCAAGCUCCGUGGGCCACACUGCUGCUGUGCCAAGAAGGUGUACAGCCUCCCCAGGAUGGGGCCUCAUACAACCCUUCAUCUGCACUCAACAUUUAAUCGUGUCCUUGCUGUCUUUUUAUUUUCCUUUUUGUUUGUUAGCAAAAACCUCUAUUUAGAUUUCAAUAAUCAGAGAAGUGUAAAAUAAAACAGAUUAUAUUGUACUUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-573.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -598.94
Frequency: 0.0000
Diversity: 459.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((((((((.(((((((......))))))).))..(((((......))))).....)).))))).))))....((((((((.(((.(((((((((.((((.(((((.((.(((((((...........))))))).((((.((.((((((((((.(((((........(((((((((...))))))))).............(((......)))...))))).)).)))))))).)).))))(((((..(((((...((.((..((.((......((.(((.(((((((((...))))))))).))).))....))))..)).))))))).....))))).........((.(((((.((((((.((..((((.(((((((.....(((((.(((...((((.....))))...))))))))....))))))))))))).)))))).))))).)).((((((..(((((((((...(((.((((((((.((((.((.(((((...((((((....))))))(((((..((.((...(((..((((.(((.((((((((((.....(((((.(.(((....))).)..)))))...)))))..))))).))).))))..)))))..))..))))).......))))).))..))))..))))))))..))))))))))))..)))))).......(((((...))))).)).))))).)))).)))))....(((((((....(((((........))))).....)))))))(((.....))).......(((.(((((((((((...........((((..(((((((((((.((...(((..(.((((...)))))....)))...))...(((((.((((.....((((((...........)))))).)))).)))))........)))))))))))))))))))))))))).))).((....(((((.......)))))...)).)))).)))))..(((((((((...(((((((.......((((..........))))))))))).............((((..((((...))))..))))((((((...))))))((((((.((((((((............))))))))..)))))).........(((((......((((....))))...)))))((((((.((((.((((.(((((..((((.(((((((....)))).))).)))).)).))).)))).(((((((((.(.(((..(((...(((((((((((((....))).)))))))..)))..)))))).).)))).)))))........((((((((......).))))))).......)))).)))))).........)))))))))......((((......))))....))))))............((((((((....)))))))).((((..(((........)))..))))((((((((.((((......)))).))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,...,,,{({,{,{{{{{(((((((.,.{((({,((((((((((((..(((((.{{(((((.((((.,,{{(,{(((({{{{{(((((((.(.(((((.((((.(((((,((.(((((((.........,}))}}))).((((.((.((((((((((.(((((......,.(((((((((...))))))))),....,.,.....(({......))).,.))))).)),}))))))).)).))))((({,.,((({,,{{(({{,,{{,{||,....,({.(((.(((((((((...})))))))).))).))..,{|||,....}}}})|||,....|}}||,....,,,,((.(((((.((((((.({,{((((.(((((((....,(((((.{{{.,,||{{,.,..}})),..})))))))....))))))))))))}.)))))).))))),}|,((((((..(((((((((...(({.(((((((((((({.((,((({(...((((((....)))))){{{{{..||,||,,||||,.{(((.(((,{(((((((((.....{{|{|,|,|({|,..,,},)|||}}}}.,,)))))..))))),))).))))..))))},,)),,)))}).......))}}}.))},)}}))})))))))).,}}}))))))))).,))))))...,...|{|||,,,))))}.)).))))).)))).))))).},))))}}}|,,||}...,|)))}}|||..{((...)))},})))),))))).}}.......(((.(((((((((((...........{(({..(((((((((((.,(...(((..{.((({...})))}....)))...||...(((((.((((...{.{(((,(........,.,)))),}.)))).))))).,}}....)))))))))))})))))))))))))).)))........)))))..))).}})}.})))))),))}))))))))|{{{(((((({.(((((((.....{((({......,,,,|}}}}.}}}}}.......{{{,.,((((..((((...))))..)))))})),....)))))...)).)))))}}..,,,},......,||}|},|||{,,|{{{{{........(({{,,,....,|||},..,,,,..)))))){||||{.{{||,(({{.{{{,,,.((((.(((((((....)))).))).)))).),.}}},||}}.(((((((((.(.(((..(((...(((((((((((((....))).)))))))..)))..)))))).).)))).))))).....,..{{{{||||,....,},)}})))),,...,.))}),))))}}......,,,},}}}}},(((....((({......))))...})).{{{,,{{{{{{{,.,((((((((....)))))))}.((((..(((........)))..)))),||,|,||}|||}}}.}}}),,,.}))})},}}.
Back