Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001011699.1
Sequence Length
1465 nt
GC Content
0.5276
GCCUCGCAGCCACCCCUCCUGCGUCUCCACAAAUGGUCCGACCCGCAAGCAAGGGGGCGGGUCCGGCUUUGAAAAGCCGGCGGGUCGGGCCUUGAGGUGGAAGGCGGGAAAAUGGCGGAUUCCUCGGGGCGAGGCGCUGGGAAGCCUGCAACCGGCCCCACAAAUUCUAGCAGUGCCAAGAAGAAGGAUAAAAGAGUUCAAGGUGGAAGAGUGAUUGAGUCCCGGUAUCUGCAGUAUGAAAAGAAGACAACCCAAAAGGCUCCUGCAGGAGAUGGGUCACAGACCCGAGGGAAGAUGUCUGAAGGUGGAAGGAAAUCCAGCCUGCUCCAGAAAAGCAAAGAUAGCAGUGGGGUCGGAAAGGGUGACCUGCAGUCCACGUUGCUGGAAGGGCAUGGCACAGCUCCACCUGACCUGGAUCUCUCUGCUAUUAAUGACAAAAGCAUCGUCAAAAAGACGCCACAGUUAGCAAAAACAAUAUCAAAGAAACCUGAGUCAACAUCAUUUUCUGCCCCUCGGAAAAAGAGCCCGGAUUUAUCUGAAGCAAUGGAAAUGAUGGAGUCUCAGACACUACUGCUGACGCUACUAUCCGUAAAGAUGGAGAACAAUCUUGCUGAGUUUGAAAGAAGGGCAGAAAAGAAUUUAUUAAUAAUGUGUAAGGAGAAGGAGAAGCUACAGAAAAAGGCCCACGAGCUGAAGCGCAGGCUUCUCCUCUCUCAGAGGAAGCGGGAGCUGGCAGAUGUCCUGGAUGCCCAGAUCGAGAUGCUCAGCCCCUUCGAGGCAGUGGCCACACGCUUCAAGGAGCAAUACAGGACAUUCGCCACGGCCCUGGACACUACCAGGCACGAGCUGCCCGUGAGGUCCAUCCACCUGGAGGGAGAUGGGCAGCAGCUCUUAGACGCCCUGCAGCAUGAACUGGUGACCACUCAGCGCCUCCUGGGAGAACUUGAUGUUGGUGAUUCGGAAGAAAAUGUGCAGGUGCUGGACUUACUGAGCGAACUCAAGGACGUGACGGCGAAAAAGGACCUUGAGCUCCGAAGGAGCUUUGCCCAGGUGCUGGAACUCUCCGCAGAGGCAAGCAAAGAGGCAGCCUUGGCAAACCAGGAAGUCUGGGAAGAGACCCAGGGCAUGGCGCCCCCCAGCCGGUGGUAUUUCAAUCAAGACAGUGCCUGCAGAGAAUCUGGGGGAGCACCCAAGAACACGCCCCUGUCUGAGGACGACAACCCGGGUGCCUCGUCAGCCCCCGCUCAGGCCACGUUCAUCAGCCCAAGCGAAGAUUUUUCUUCAAGCAGCCAGGCAGAAGUCCCGCCCUCUCUCUCUCGUUCAGGGAGGGACUUGUCAUGACUCAUGGUUACAUUCAGGAUACUUGAGCACUUUAUAUACUACCGUAGCACUGUAGCUAUUUUUUAUGUGAUAAUCUUGUUUGAUAAAAAAGUAAACCUGUUUUGCAAUUGAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-503.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -532.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 305.18
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((.((((....((((((.(.(((((....((((((((((((..((......)).....((((((....)))))))))))))))))).....)))))).))))))...))))....((....)))))))))..((((..(((.......))))))).........(((((((........((..((((((.(((((((...(((..(((((((((((((((((((((((.........(((..((((....(((.((((..((((((..(((((...))))).((((....(((((((.(.((((......)))).)(((((((.......((..((((((((.((((((((...(((((....((.(((((...((((.....))))))).)).))..)))))..))..)))))).))))))))..))..........((((.....)))).(((((((((((...................(((((.(..(((((((((((((...(((((.(((.........))).))))).)))..))))))))))..).))))).......))))))).((.(((((......))))))).....((((.(((..(((.....)))..)))..))))............))))...(((((.(((((((((...(.....(((......)))....)...))))))))))))))....)).)))))((((((((.((((((((((((......)))(((...))).((.((((.(((((.(((....)))))))))))).))....))))))))).))).((..(((((......)))))..)).(((((((((....(((.(((....))))))..)))))))))))))))))))))))))((.((.(((..(((...))).)))))))))))))))))..)))...))))....)))...........)))))))))))).....(((((((...((((((.(.(...........).).))))))(((((...)))))((((((....(((.(((....))))))..)))))).....((((..(((.((....)))))..))))(((......))).((((.(((((.(((((((...((((((((((......)).)))))).)).......))))))).((((((.......((((.(.....).)).)).......))))))..))))))))).))))))).............(((...(((((((....)))))..)).....)))(.(((((((.((((.............)))).))))))).)...))))))..))))).)))......))))))).)))).))..))......))))))).....(((((((..((..((.(..(((((.........)))))..).))..))..))))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((.((((....((((((.(.(((((....((((((((((((..((....,.}}.....{(((({....}))))})))))))))))).....)))))).))))))...)))),,...{,...}}))))))){,((((..(((.......))))))}......,..(((((((...,..,.{{.{((((((.(((((((.,.,..{{(((..((((((((((((((((((.,,,.....(((..((((.,..(((.((((..((((((..(((((...)))))|((((,...{(((,,.(((((((.,....,|||{|((,,((({{...,{{...((({((((.(((((({,...{{,||,}}}||.|||{{.,}||||}},.}))),)))..,.,)}}))))),,},,.,}))))})||||}||..,,.....}}},.((((.....)))).....(((((((..............}....(((((.(..(((((((((((((...(((((.(((.........))).))))).)))..))))))))))..).))))).......))))))).{{.{{,((,,,...}))))},.....|||{(((({{(,,......{{{{|,,........,,..........,,,..{((({{(((((((((...(.....(((......)))....}...))))))))))))))}...,,..||||((((((((.((((((((((((......)))(((...))).((.((((.(((((.(((....)))))))))))).))....))))))))).))),((,.(((((......))))),.)).(((((((((....(((.(((....))))))..))))))))),)))))),,,}))))),(,{(,,,,..||{,,.},)})))))},))))))))))..)))...)))),,..)))........,,,))))))))))))))))}(((((((..,{(((((.(,(....,,.....,.}.)))))|(((((...)))))|{((((,,,,{(({(,..{{{|,,||,,,},,.,)}..,,|||),}||||||},,.|||||..,}}|{{{......))),((((.(((((.(((((((,{.((((((((((......)).)))))).)).,.}...))))))).((((((.......((,{{(,....}.)).)).......))))))..))))))))).))))))){{{,.,.,.....{{|...||(((((....)))))..}}.,,..})){.(((((((.((((.........}...)))).))))))),}|,|}}},},}})),.)})))......))))))).)))).)},.))..,...))))))),}...(((((((..((..({.{..(((({,,.......)))))..}.})..))..))))))}.........
Back